① 특별관리지역 안에서는 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 죽목의 벌채, 토지의 분할, 물건을 쌓아놓는 행위를 할 수 없다. 다만, 특별관리지역의 취지에 부합하는 범위에서 대통령령으로 정하는 행위에 한정하여 시장, 군수 또는 구청장의 허가를 받아 할 수 있으며, 허가된 사항을 변경하고자 하는 경우에도 또한 같다.
② 제1항 이외의 행위제한에 관한 사항은 제11조제2항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 "주택지구"는 "특별관리지역"으로 본다.
③ 제1항에도 불구하고 국토교통부장관 또는 관계 중앙행정기관의 장이나 지방자치단체의 장(이하 이 조 및 제6조의4에서 "해당 기관장"이라 한다)은 특별관리지역 안에서 대통령령으로 정하는 개발사업을 위한 지정·승인·허가·인가 등(이하 이 조 및 제6조의4에서 "지정등"이라 한다)을 할 수 있다.
④ 해당 기관장이 제3항에 따른 지정등을 하는 경우에는 미리 국토교통부장관과 협의하여야 한다.
⑤ 특별관리지역을 지정할 경우 국가 또는 지방자치단체는 다음 각 호의 사항에 대한 행정적·재정적 지원을 할 수 있다. 이 경우 국토교통부장관은 제4조에 따른 종전 시행자에게 다음 각 호의 지원사항의 전부 또는 일부를 부담하게 할 수 있다.