제13조제6항 후단 중 "제9조제1항 본문에 따라 항만공사를 시행하여 완료한 경우"를 "제9조제1항에 따라 항만개발사업을 시행하여 완료한 경우"로, "제85조제1항 각 호의 허가 등"을 "제98조제1항 각 호의 허가 등"으로, "항만공사로 조성되거나 설치된 토지 또는 항만시설"을 "항만개발사업으로 조성되거나 설치된 토지 또는 항만시설"로 한다.
법률 제16774호 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부개정법률 제364조제9항제1호 중 "관리청이 시행하는 항만공사"를 "해양수산부장관이 시행하는 항만개발사업"으로 하고, 같은 항 제2호 중 "항만공사실시계획"을 "항만개발사업실시계획"으로, "항만공사"를 "항만개발사업"으로 한다.