제13조제6항 후단 중 "제9조제1항 본문에 따라 항만공사를 시행하여 완료한 경우"를 "제9조제1항에 따라 항만개발사업을 시행하여 완료한 경우"로, "제85조제1항 각 호의 허가 등"을 "제98조제1항 각 호의 허가 등"으로, "항만공사로 조성되거나 설치된 토지 또는 항만시설"을 "항만개발사업으로 조성되거나 설치된 토지 또는 항만시설"로 한다.
법률 제16774호 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부개정법률 제364조제9항제1호 중 "관리청이 시행하는 항만공사"를 "해양수산부장관이 시행하는 항만개발사업"으로 하고, 같은 항 제2호 중 "항만공사실시계획"을 "항만개발사업실시계획"으로, "항만공사"를 "항만개발사업"으로 한다.
② 해양수산부장관은 「해운법」제23조에 따른 해상화물운송사업을 하는 자 등 대통령령으로 정하는 자가 여러 사람의 화물을 동시에 운송하는 경우로서 항만시설 사용자를 대리하여 제41조제1항 후단에 따라 해양수산부장관에게 신고를 하고 항만시설 사용자의 사용료를 한꺼번에 대신하여 낸 경우에는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해당 사업자에게 사용료 대납업무에 드는 경비를 지급할 수 있다.
③ 제1항에 따른 사용료의 종류와 요율(料率) 산정 시 고려사항 등은 대통령령으로 정한다.
④ 항만시설운영자나 임대계약자는 제1항에 따른 사용료의 요율과 징수방법 등에 관한 사항을 미리 해양수산부장관에게 신고하여야 한다.
⑤ 해양수산부장관은 제4항에 따른 신고를 받은 경우 그 내용을 검토하여 이 법에 적합하면 신고를 수리하여야 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 항만시설의 사용료에 관하여는 해양수산부장관, 해당 항만시설운영자 또는 임대계약자가 정하는 바에 따른다.