① 해양수산부장관이 제10조제1항 본문에 따라 항만개발사업실시계획을 수립 또는 변경하여 공고한 경우, 같은 항 단서 및 같은 조 제2항에 따라 비관리청의 항만개발사업실시계획을 승인 또는 변경승인하여 공고한 경우 및 제51조제5항에 따라 항만배후단지개발사업실시계획의 승인 또는 변경승인을 고시한 경우에는 제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여 다음 각 호의 인가·허가·결정·면허·협의·동의·승인·신고 또는 해제 등(이하 "인가·허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 다음 각 호의 법률에 따른 인가·허가등을 고시하거나 공고한 것으로 본다.
제13조제6항 후단 중 "제9조제1항 본문에 따라 항만공사를 시행하여 완료한 경우"를 "제9조제1항에 따라 항만개발사업을 시행하여 완료한 경우"로, "제85조제1항 각 호의 허가 등"을 "제98조제1항 각 호의 허가 등"으로, "항만공사로 조성되거나 설치된 토지 또는 항만시설"을 "항만개발사업으로 조성되거나 설치된 토지 또는 항만시설"로 한다.
법률 제16774호 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부개정법률 제364조제9항제1호 중 "관리청이 시행하는 항만공사"를 "해양수산부장관이 시행하는 항만개발사업"으로 하고, 같은 항 제2호 중 "항만공사실시계획"을 "항만개발사업실시계획"으로, "항만공사"를 "항만개발사업"으로 한다.
③ 해양수산부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 그 내용에 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되는 사항이 포함되어 있는 경우에는 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 협의 요청을 받은 날부터 20일 이내에 의견을 제출하여야 하며, 그 기간 내에 의견을 제출하지 아니하면 협의가 이루어진 것으로 본다.