① 시ㆍ도지사는 제3조의4ㆍ제27조ㆍ제30조의 사무를 처리하기 위하여 이를 전담하는 행정기구를 설치한다. 이 경우 경제자유구역이 둘 이상의 시ㆍ도에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 협의하여 공동 행정기구를 설치한다. <개정 2011.4.4, 2021.6.15>
② 제1항에 따른 행정기구(이하 "경제자유구역청"이라 한다)의 장은 시ㆍ도지사가 임명하되, 산업통상자원부장관과 미리 협의하여야 한다. 이 경우 경제자유구역이 둘 이상의 시ㆍ도에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 협의하여 공동 임명한다. <개정 2011.4.4, 2013.3.23>
③ 경제자유구역청의 장(이하 "경제자유구역청장"이라 한다)의 임기는 3년으로 하되, 연임할 수 있으며, 그 밖에 임용기준 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2011.4.4>
④ 제1항에 따른 사무를 처리하기 위하여 경제자유구역청장과 시장ㆍ군수ㆍ구청장 상호 간에 지방세 및 수수료ㆍ사용료의 부과ㆍ징수, 민원서류의 발급 등에 필요한 자료를 제공하여야 한다. <개정 2011.4.4>
⑤ 국가는 경제자유구역청의 운영에 드는 경비의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 지원하여야 한다. <개정 2011.4.4>
⑥ 경제자유구역청에는 「지방자치법」과 그 관계 법령에서 정하는 바에 따라 해당 지방자치단체의 공무원의 정원을 둘 수 있다. <신설 2011.4.4>