조세특례제한법 시행령 - 택스넷 : NO.1 재경비즈니스 포털 사이트

법 령 칙 통칙 집행

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① 법 제46조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 "지배주주ㆍ출자자 및 그 특수관계자"(이하 이 조에서 "지배주주등"이라 한다)의 범위에 대하여는 제36조 제6항을 준용한다.

② 법 제46조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 재무구조개선계획"이란 제34조 제6항제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 것으로서 지배주주등이 보유한 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)의 양도ㆍ양수계획이 명시된 것을 말한다. <개정 2017.2.7>

③ 법 제46조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 제34조 제7항제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. <개정 2017.2.7>

④ 법 제46조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 특수관계자"란 같은 항에 따른 교환대상법인(이하 이 조에서 "교환대상법인"이라 한다)과의 관계가 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. <개정 2019.2.12>

⑤ 법 제46조 제1항에 따른 주식등의 양도ㆍ양수에 있어 교환대상법인의 주식등을 양도한 지배주주등 간의 해당 법인 주식등의 보유비율에 따라 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 교환양수법인(이하 이 조에서 "교환양수법인"이라 한다)의 주식등이 배분되어야 한다.

⑥ 법 제46조 제1항에 따라 양도소득세 또는 법인세에 대한 과세를 이연받는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다.

1. 지배주주등이 법인인 경우: 다음 각 목의 방법에 따라 과세를 이연받는 방법

가. 법 제46조 제1항에 따라 주식등을 양도함에 따라 발생한 양도차익은 주식등의 양도 당시의 시가(「법인세법」 제52조 제2항에 따른 시가를 말한다)에서 양도일 전일의 장부가액을 뺀 금액(양수한 교환양수법인의 주식등의 가액을 한도로 한다. 이하 이 조에서 "과세이연금액"이라 한다)으로 하되, 그 금액은 양수한 교환양수법인의 주식등의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

나. 가목에 따라 계상한 압축기장충당금은 양수한 교환양수법인의 주식등을 양도, 상속 또는 증여(법 제46조 제1항에 따라 양수한 주식등 외에 다른 방법으로 취득한 주식등이 있으면 같은 항에 따라 양수한 주식등을 먼저 양도, 상속 또는 증여한 것으로 본다. 이하 이 조에서 "처분"이라 한다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식등을 처분하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.　 가목에 따른 압축기장충당금 × 양수한 교환양수법인의 주식등 중 처분한 주식등의 수/양수한 교환양수법인의 주식등의 수

2. 지배주주등이 거주자인 경우: 법 제46조 제1항에 따라 주식등을 양도할 때 양도소득세를 납부하지 아니하고 양수한 교환양수법인의 주식등을 처분할 때에 교환양수법인의 주식등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 납부하는 방법

⑦ 법 제46조 제2항에 따른 자산부족액은 교환대상법인과 교환양수법인의 기업교환계약에 자산의 실제조사에 대한 내용이 포함되어 있는 경우로서 주식등을 양도ㆍ양수한 날 현재의 자산부족액을 해당 법인이 「금융위원회의 설치 등에 관한 법률」 제19조에 따라 설립된 증권선물위원회에 요청하여 지명을 받은 회계법인으로부터 확인받아 수정하여 회계처리한 것에 한정한다. <개정 2021.1.5>

⑧ 법 제46조 제3항 각 호 외의 부분 후단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 말한다. <개정 2019.2.12, 2022.2.15>

1. 거주자의 경우: 법 제46조 제1항에 따라 주식등을 양도할 때 납부하지 아니한 양도소득세액에 가목에 따른 기간과 나목에 따른 율을 곱하여 계산한 금액

가. 법 제46조 제1항에 따라 주식등을 양도할 때 과세이연금액에 대한 양도소득세를 납부하지 아니한 과세연도의 종료일의 다음 날부터 같은 조 제3항 각 호의 사유가 발생하여 과세이연금액에 대한 양도소득세를 납부하는 과세연도의 종료일까지의 기간

나. 제11조의2 제9항 제2호에 따른 율

2. 내국법인의 경우: 과세이연금액을 익금에 산입하지 아니한 사업연도에 과세이연금액을 익금에 산입하지 아니함에 따라 발생한 법인세액의 차액에 가목에 따른 기간과 나목에 따른 율을 곱하여 계산한 금액

가. 과세이연금액을 익금에 산입하지 아니한 사업연도 종료일의 다음 날부터 법 제46조 제3항 각 호의 사유가 발생하여 과세이연금액을 익금에 산입하는 사업연도의 종료일까지의 기간

나. 제11조의2 제9항 제2호에 따른 율

⑨ 법 제46조 제3항 제1호에 따른 업종의 분류는 한국표준산업분류의 소분류에 따른다.

⑩ 법 제46조 제4항에 따라 과세를 이연받을 수 있는 금액은 같은 조 제1항에 따라 양수한 교환양수법인의 주식등의 가액에 상당하는 금액의 범위에서 현물출자 또는 물적분할 당시 과세를 이연받은 금액으로 하되, 그 금액은 교환양수법인의 주식등의 압축기장충당금으로 계상하고 제6항제1호나목을 준용하여 익금에 산입한다.

⑪ 재무구조개선계획승인권자는 교환대상법인의 그 승인일이 속하는 사업연도(이하 이 항에서 "사업연도"라 한다) 종료일까지 재무구조개선계획의 내용을 기획재정부령으로 정하는 재무구조개선계획서에 따라 교환대상법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하며, 다음 각 호에 해당하는 사업연도의 과세표준 신고기한 종료일까지 기획재정부령으로 정하는 재무구조개선계획이행보고서를 교환대상법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 교환대상법인이 재무구조개선계획승인권자의 확인을 받아 재무구조개선계획서 또는 재무구조개선계획이행보고서를 납세지 관할세무서장에게 제출하는 경우에는 재무구조개선계획승인권자가 제출한 것으로 본다.

1. 법 제46조 제1항에 따라 주식등을 양도ㆍ양수한 날이 속하는 사업연도

2. 법 제46조 제1항에 따라 주식등을 양도ㆍ양수한 날이 속하는 사업연도의 다음 3개 사업연도

⑫ 법 제46조 제1항ㆍ제2항 및 제4항을 적용받으려는 주주등은 같은 항에 따라 주식등을 양도ㆍ양수한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기업교환계약서, 기획재정부령으로 정하는 주식등양도ㆍ양수명세서, 과세이연신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

조세특례제한법 시행령 32413호