① 법 제46조의7제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 매출액 대비 연구ㆍ인력개발비 투자 비중이 5퍼센트 이상인 중소기업"이란 주식교환 또는 현물출자일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 5퍼센트 이상인 중소기업을 말한다. <개정 2020.2.11>
② 법 제46조의7제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술우수 중소기업"이란 다음 각 호의 기업을 말한다. <신설 2022.2.15>
2. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 주식교환 또는 현물출자일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비를 3천만원 이상 지출한 기업. 다만, 직전 과세연도의 기간이 6개월 이내인 경우에는 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비를 1천5백만원 이상 지출한 중소기업으로 한다.
3. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」에 따른 기술신용평가업무를 하는 기업신용조회회사가 평가한 기술등급이 기술등급체계상 상위 100분의 50에 해당하는 기업
③ 법 제46조의7제1항 각 호 외의 부분에 따른 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주는 해당 법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주로 한다. <개정 2022.2.15>
④ 법 제46조의7제1항제1호에 따른 전략적 제휴계획은 벤처기업(제1항에 따른 중소기업을 포함하며, 이하 이 조에서 "벤처기업등"이라 한다)이 생산성 향상과 경쟁력 강화 등을 목적으로 주식회사인 법인(이하 이 조에서 "제휴법인"이라 한다)과의 계약을 통하여 협력관계를 형성하려는 계획을 말한다. <개정 2016.12.1, 2020.2.11, 2022.2.15>
⑦ 법 제46조의7제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 최대주주"란 법인의 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 주주 1인과 그의 특수관계인이 보유하는 주식을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 그 주주 1인을 말한다. <개정 2022.2.15>
⑧법 제46조의7제1항에 따라 벤처기업등의 주주가 제휴법인 또는 제휴법인의 주주와 주식교환 또는 현물출자(이하 이 조에서 "주식교환등"이라 한다)를 함에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 주식교환등으로 인하여 취득한 제휴법인의 주식을 양도(주식교환등 외의 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식교환등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)한 때에는 다음의 계산식에 따라 산출한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. <개정 2022.2.15>
⑨ 벤처기업등의 주주가 법 제46조의7제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 후 같은 항 제3호의 요건을 위반하는 사유가 발생한 때에는 주식과세이연금액에 주식교환등으로 취득한 주식 중에서 해당 사유가 발생한 날 현재 남아 있는 주식이 차지하는 비율을 곱한 금액에 해당 주식교환등을 한 당시의 「소득세법」제104조제1항에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액을 해당 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. <개정 2022.2.15>
⑩ 법 제46조의7제3항에 따라 양도소득세의 과세이연 신청을 하려는 자는 주식교환등을 한 날이 속하는 분기의 말일부터 2개월 이내에 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 벤처기업등 주식교환ㆍ현물출자 주식양도차익 과세이연신청서에 전략적 제휴계획, 주식교환계약서와 세제지원대상 여부를 확인할 수 있는 서류로서 기획재정부령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. <개정 2020.2.11, 2022.2.15>
