① 거주자가 법 제77조의2제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서 "대토"라 한다)로 보상받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 양도소득세 과세특례를 적용한다. <개정 2015.2.3, 2016.2.5, 2020.2.11>
1. 세액의 감면을 신청하는 경우: 거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액에 대한 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면한다.
2. 과세이연을 신청하는 경우: 거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 대토를 양도할 때는 「소득세법」제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도 시까지로 본다.
② 법 제77조의2제2항에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 법 제77조의2제1항에 따라 대토보상을 받은 자(이하 "대토보상자"라 한다)에 대한 보상명세를 다음 달 말일까지 대토보상자의 납세지 관할 세무서장에게 통보하는 것을 말한다.
③ 사업시행자는 대토보상자에게 대토보상을 현금보상으로 전환한 때에는 그 전환내역을 다음 달 말일까지 제2항의 세무서장에게 통보하여야 한다.
④ 법 제77조의2제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제1항제1호에 따른 양도소득세 감면세액 전액[제1항제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 총보상액에 대한 세액(거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도소득금액에 법 제77조에 따른 세액감면율을 적용한 세액)에서 거주자가 현금보상 또는 채권보상 등을 통하여 이미 납부한 세액을 뺀 금액으로 하며, 이하 이 조에서 "과세이연금액 상당 세액"이라 한다]에 제63조제9항을 준용하여 계산한 이자상당액을 가산하여 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. <개정 2010.12.30, 2013.2.15, 2015.2.3>
2. 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 해당 대토를 양도하는 경우. 다만, 대토를 취득한 후 3년 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑤ 법 제77조의2제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상(제4호의 경우 법 제77조제1항에 따른 3년 만기보유특약이 체결된 때의 채권보상을 말하되, 현물 출자를 통해 받은 주식을 「부동산투자회사법」제26조의3제4항제1호의 요건을 갖추지 않은 상태에서 처분할 경우 만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상으로 한다)의 양도소득세 감면세액의 차액(제1항제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액)을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월(제3호에 따른 증여의 경우에는 3개월, 같은 호에 따른 상속의 경우에는 6개월) 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. <개정 2013.2.15, 2015.2.3, 2017.2.7, 2020.2.11, 2021.5.4>
1. 해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우(제4호를 적용받는 경우는 제외한다)
⑥ 법 제77조의2제4항에 따라 양도소득세 감면이나 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 또는 기획재정부령으로 정하는 과세이연신청서에 대토보상 신청서 및 대토보상 계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2015.2.3>
⑦ 사업시행자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 해당 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 보유사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 양도자의 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하며, 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 때에는 양도자의 납세지 관할 세무서장에게 그 등기사항증명서를 제출하여야 한다. <개정 2015.2.3, 2018.2.13, 2019.6.25>
⑧ 제5항제4호에 따라 현물출자하는 경우 현물출자자와 현물출자받은 부동산투자회사는 현물출자계약서 사본을 현물출자자의 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. <신설 2020.2.11>
