①법 제48조제2항 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 재산"이라 함은 제12조제1호에 규정된 종교사업에 출연하는 헌금(부동산·주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)을 말한다.
②법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(재정경제부령이 정하는 인건비 및 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산(출연받은 재산중 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 것을 제외하되, 사립학교법에 의한 학교법인이 다른 학교법인의 교육용 기본재산으로 출연하는 토지 및 건물을 포함한다)을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 당해 공익법인등의 공익목적사업과 동일한 목적의 공익사업을 영위하는 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.<개정 1999.12.31>
③법 제48조제2항제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유등으로 인하여 3년이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다.
④법 제48조제2항제3호에서 "대통령령이 정하는 기준금액"이라 함은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액의 100분의 70에 상당하는 금액을 말한다.<개정 1997·11·10, 1998·12·31, 1999.12.31>
1. 당해 과세기간 또는 사업년도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조제2항제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 법인세법제29조제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액
2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금
⑤법 제48조제2항제3호의 규정에 의한 직접 공익목적사업에 사용한 실적은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업년도 종료일부터 1년이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 당해 과세기간 또는 사업년도와 직전 2과세기간 또는 사업년도와의 3년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있다.
⑥법 제48조제2항제4호에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 사용하지 아니한 경우"라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다)이 1년이내에 매각대금의 100분의 30, 2년이내에 매각대금의 100분의 60, 3년이내에 매각대금의 100분의 90에 각각 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다)을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.<개정 1999.12.31>
⑦법 제48조제2항제5호에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.<개정 1998·12·31>
1. 공익법인등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 당해 공익법인등과 동일하거나 유사한 공익법인등에 귀속시키지 아니한 때
2. 직접 공익목적사업에 사용하는 것이 사회적 지위·직업·근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제공하는 것인 때. 다만, 주무부장관이 재정경제부장관과 협의(행정권한의위임및위탁에관한규정제3조제1항의 규정에 의하여 공익법인 등의 설립허가등에 관한 권한이 위임된 경우에는 당해 권한을 위임받은 기관과 당해 공익법인등의 관할세무서장의 협의를 말한다)하여 따로 수혜자의 범위를 정하여 이를 다음 각목의 1에 해당하는 조건으로 한 경우를 제외한다.
가. 당해 공익법인등의 설립허가의 조건으로 붙인 경우
나. 정관상의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 또는 정관상의 목적사업에 새로운 사업을 추가하기 위하여 재산을 추가출연함에 따라 정관의 변경허가를 받는 경우로서 그 변경허가조건으로 붙인 경우
⑧법 제48조제8항에서 "출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자"라 함은 출연자와 제19조제2항 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주등 1인"은 "출연자"로 본다.<신설 1999.12.31>
⑨법 제48조제8항에서 '대통령령이 정하는 공익법인등"이라 함은 다음 각호의 법인을 말한다.<신설 1999.12.31>
1. 제19조제2항제3호의 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인