①법 제38조제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 법인"이라 함은 합병등기일이 속하는 사업년도의 직전 사업년도개시일부터 합병등기일까지의 기간중 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다. 다만, 합병당사법인 모두가 소득세법시행령제22조 각호의 1에 해당하는 법인인 경우에는 특수관계에 있는 법인으로 보지 아니한다.<개정 1998.12.31, 2000.12.29>
3. 동일인이 임원의 임면권의 행사 또는 사업방침의 결정등을 통하여 합병당사법인(합병으로 인하여 소멸·흡수되는 법인 또는 신설·존속하는 법인을 말한다. 이하 같다)의 경영에 대하여 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 관계에 있는 법인
②법 제38조제1항에서 "대통령령이 정하는 대주주"라 함은 당해 주주등의 지분 및 그와 제19조제2항 각호의 1에 규정된 관계에 있는 자의 지분을 포함하여 당해 법인의 발행주식총수등의 100분의 1이상을 소유하고 있거나 소유하고 있는 주식등의 액면가액이 3억원이상인 주주등을 말한다.
③법 제38조제1항에서 "대통령령이 정하는 이익"이라 함은 다음 각호의 이익을 말한다. 이 경우 이익을 증여한 자가 제2항의 규정에 의한 대주주외의 주주로서 2인이상인 경우에는 주주 1인이 당해 이익을 증여한 것으로 본다.<개정 1999.12.31, 2000.12.29>
1. 가목의 규정에 의한 가액에서 나목의 규정에 의하여 계산한 가액을 차감한 금액이 가목의 규정에 의한 가액의 100분의 30이상 차이가 있는 경우의 당해 이익
3. 합병당사법인의 1주당 평가가액이 액면가액(합병대가가 액면가액에 미달하는 경우에는 당해 합병대가를 말한다)에 미달하는 경우로서 그 평가가액을 초과하여 합병대가를 주식등외의 재산으로 지급한 경우에는 액면가액에서 그 평가가액을 차감한 가액에 합병당사법인의 대주주(제2항에 규정된 대주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 주식수를 곱한 금액이 3억원이상인 경우의 당해이익
④법 제38조제2항의 규정에 의한 평가가액의 차액은 다음의 산식에 의한다.<개정 1999.12.31> (제3항제1호 가목의 가액-제3항제1호 나목의 가액)×주가가 과대평가된 합병당사법인의 대주주의 합병후 주식수
⑤제3항제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 합병후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액은 합병후 신설 또는 존속하는 법인이 소득세법시행령제22조 각호의 1에 해당하는 법인인 경우에는 다음 각호의 가액중 적은 가액으로 하며, 그외의 법인인 경우에는 제2호의 가액으로 한다. <개정 2000.12.29>
2. 주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병직전 주식가액과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 합병직전 주식가액을 합한 가액을 합병후 신설 또는 존속하는 법인의 주식수로 나눈 가액. 이 경우 합병직전 주식가액의 평가기준일은 상법제522조의2의 규정에 의한 대차대조표 공시일 또는 증권거래법제190조의2의 규정에 의한 합병신고를 한 날 중 빠른 날(소득세법시행령제22조 각호의 1에 해당하지 아니하는 법인인 경우에는 상법제522조의2의 규정에 의한 대차대조표 공시일)로 한다.
⑥제3항제1호 나목의 규정에 의한 1주당 평가가액과 제5항의 규정에 의한 합병직전 주식가액은 법 제63조의 규정에 의하여 평가한 가액에 의한다. 다만, 소득세법시행령제22조 각호의 법인의 경우 법 제63조제1항제1호 다목의 평가방법에 의한 평가가액의 차액(제4항의 산식에 의하여 계산한 차액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 법 제63조제1항제1호 가목 및 나목의 평가방법에 의한 평가가액의 차액보다 적게 되는 때에는 법 제63조제1항제1호 다목의 방법에 의하여 평가할 수 있다.<신설 1998.12.31, 1999.12.31>
⑦법 제38조제1항의 규정에 의한 이익을 계산함에 있어서 합병등기일까지 계속하여 3년이상 재정경제부령이 정하는 사업외의 사업을 영위한 내국법인간에 다음 각호의 요건을 갖추어 2000년 12월 31일이전까지 합병하는 경우에는 제6항의 규정에 불구하고 증권거래법제190조의2 및 동법시행령제84조의7의 규정에 의한 가액에 의할 수 있다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 대주주가 합병등기일부터 5년이내에 자기지분을 처분하는 때에는 그 처분한 날에 재정경제부령이 정하는 바에 따라 법 제38조제1항의 규정에 의한 이익(법 제63조의 규정에 의하여 계산한 것을 말한다)을 증여받은 것으로 본다.<신설 1998.12.31, 1999.12.31>