①이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 이 법 제2장제1절, 제3장제2절·제3절 및 제5절, 제5장제1절·제2절제45조의2, 제6장제51조(租稅特例制限法에 의한 還給에 한한다)와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다.<개정 1984.8.7. 1996.12.30, 1998.12.28>
②관세법 및 수출용원재료에대한관세등환급에관한특례법에서 세관장이 부과·징수하는 국세에 관하여 이 법에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 동법이 정하는 바에 의한다.<신설 1984.8.7>