①법 제48조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 재산"이란 제12조제1호에 따른 종교사업에 출연하는 헌금(부동산·주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)을 말한다. <개정 2010.2.18>
②법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(기획재정부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다. <개정 1999.12.31, 2000.12.29, 2008.2.29>
③법 제48조제2항제1호 단서에서 "직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다. <개정 2010.2.18>
④법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 해당 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다. <신설 2000.12.29, 2010.2.18>
⑤법 제48조제2항제5호에서 운용소득과 관련된 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 "운용소득"이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다. <개정 2000.12.29, 2005.8.5, 2010.2.18>
1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조제2항제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 「법인세법」제29조제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 당해 과세기간 또는 사업연도중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액
2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금
⑥법 제48조제2항제5호에 따른 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항제1호에 따라 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시 후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다. <개정 2000.12.29, 2010.2.18>
⑦법 제48조제2항제5호에서 "매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우"란 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. <개정 2000.12.29, 2010.2.18>
⑧법 제48조제2항제6호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 1998.12.31, 2008.2.29, 2010.2.18>
1. 공익법인등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 당해 공익법인등과 동일하거나 유사한 공익법인등에 귀속시키지 아니한 때
2. 직접 공익목적사업에 사용하는 것이 사회적 지위·직업·근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제공하는 것인 때. 다만, 주무부장관이 기획재정부장관과 협의(행정권한의위임및위탁에관한규정제3조제1항의 규정에 의하여 공익법인 등의 설립허가등에 관한 권한이 위임된 경우에는 당해 권한을 위임받은 기관과 당해 공익법인등의 관할세무서장의 협의를 말한다)하여 따로 수혜자의 범위를 정하여 이를 다음 각목의 1에 해당하는 조건으로 한 경우를 제외한다.
가. 당해 공익법인등의 설립허가의 조건으로 붙인 경우
나. 정관상의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 또는 정관상의 목적사업에 새로운 사업을 추가하기 위하여 재산을 추가출연함에 따라 정관의 변경허가를 받는 경우로서 그 변경허가조건으로 붙인 경우
⑨법 제48조제2항제1호·제3호부터 제6호까지의 규정을 적용할 때에는 출연받은 재산·운용소득·출연받은 재산의 매각대금 및 제8항제1호에 따른 잔여재산(이하 이 항에서 "출연받은 재산등"이라 한다)중 일부가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 인하여 직접 공익목적사업에 사용할 수 없거나 제8항제1호에 따른 국가·지방자치단체 및 공익법인등에 귀속시킬 수 없는 때에는 해당 금액을 출연받은 재산등의 가액에서 뺀 금액을 기준으로 해당 각 조항을 적용한다. <신설 2003.12.30, 2009.2.4, 2010.2.18>
1. 공익법인등의 이사 또는 사용인의 불법행위로 인하여 출연받은재산등이 감소된 경우. 다만, 출연자 및 그 출연자와 제19조제2항제1호의 관계에 있는 자의 불법행위로 인한 경우를 제외한다.
2. 출연받은 재산등을 분실하거나 도난당한 경우
⑩법 제48조제8항에서 "출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자"라 함은 출연자(재산출연일 현재 당해 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원중 적은 금액을 출연한 자를 제외한다)와 제19조제2항 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주등 1인"은 "출연자"로 본다. <신설 1999.12.31, 2000.12.29>
⑪법 제48조제8항에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 법인(제12조제4호에 해당하는 공익법인을 제외한다)을 말한다. 이 경우 제19조제2항제3호부터 제5호까지 및 제8호에 따른 "주주등 1인"은 "출연자"로 본다. <신설 1999.12.31, 2000.12.29, 2010.2.18>
1. 제19조제2항제3호의 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인
⑫법 제48조제9항 본문 및 제10항 본문에서 "특수관계에 있는 내국법인"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자가 제1호에 해당하는 기업의 주식등을 출연하거나 보유한 경우의 당해 기업(당해 기업과 함께 제1호에 해당하는 자에 속하는 다른 기업을 포함한다)을 말한다. <신설 1999.12.31, 2000.12.29>
3. 제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이사의 과반수이거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인
⑬법 제48조제9항 후단에서 "그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액"이라 함은 각 사업연도 종료일 현재 제1호의 가액에서 제2호의 가액의 100분의 30(법 제50조제3항에 따른 외부감사, 법 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 법 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하면 100분의 50)에 해당하는 금액을 차감하여 계산한 가액을 말한다. <신설 2000.12.29, 2005.8.5, 2008.2.22>