1. 외부 회계감사를 받아야 할 의무

┃외부 회계감사의무 대상 공익법인

상속세 및 증여세법상 공익법인 중 직전 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 자산총액이 100억원 이상이거나 직전 사업연도의 수입금액과 출연재산 합계액이 50억원 이상 또는 출연재산가액이 20억원 이상인 공익법인은 당해 사업연도에 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받아 감사인이 작성한 감사보고서를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 관할세무서장에게 제출하여야 합니다.

만약, 회계감사 대상 공익법인의 의무를 이행하지 않은 경우 다음의 가산세를 부과합니다.

(해당 사업연도 수입금액 + 출연재산가액) × 0.07%

┃외부 회계감사의무 제외 대상 공익법인

① 회계감사를 받아야 하는 사업연도의 직전 사업연도의 총자산가액 등이 다음 각 호를 모두 충족하는 공익법인 등

㉠ 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 상속세 및 증여세법 제60조, 법 제61조 및 법 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말함)의 합계액이 100억원 미만일 것 ㉡ 해당 사업연도¹⁾의 수입금액과 그 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것
㉢ 해당 사업연도²⁾에 출연받은 재산가액이 20억원 미만일 것

1), 2) 회계감사를 받아야 하는 사업연도의 직전 사업연도 예를 들어 2024년도에 ㉠ ~ ㉢을 모두 충족하는 공익법인은 2025년 사업연도에 외부 회계감사대상에 해당하지 않으나, ㉠ ~ ㉢ 중 하나라도 만족하지 못하는 공익법인은 2025년 사업연도에 외부 회계감사를 받아야 합니다.

② 상증령 제12조 제1호(종교), 제2호(학교 등³⁾)의 사업을 영위하는 공익법인

3)「초･중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원 종교 및 학교법인의 경우에는 위 ①의 요건을 모두 충족하지 못한 경우에도 외부 회계감사 대상에서 제외됩니다. ※ 참고법령

상속세및증여세법 제50조 【공익법인등의 세무확인 및 회계감사의무】
상속세및증여세법시행령 제43조 【공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인 등】

┃공익법인 회계 감리제도

기획재정부장관은 외부 회계감사를 받아야 하는 공익법인 등이 공시한 감사보고서와 그 감사보고서에 첨부된 재무제표가 다음 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 감사보고서와 재무제표에 대하여 감리할 수 있습니다. ① 계량적 분석 또는 무작위 표본 추출 등의 방법에 따라 감리 대상으로 선정된 경우
② 기획재정부장관이 공익법인 등의 회계 관련 법령 위반사실의 확인을 위하여 감리가 필요하다고 인정하는 경우 기획재정부장관은 감리 및 자료 제출요구 업무를 한국공인회계사에 위탁합니다. ※ 참고법령

상속세및증여세법 제50조 【공익법인등의 세무확인 및 회계감사의무】
상속세및증여세법시행령 제43조의 3 【감사보고서 등에 대한 감리】

┃공익법인 주기적 감사인 지정제도

지정기준일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액이 1천억원 이상인 공익법인이 연속하는 4개 과세연도에 대하여 감사인을 자유선임한 경우, 기획재정부 장관은 다음 2개 과세연도에 대하여 기획재정부장관이 지정하는 감사인에게 회계감사를 받도록 할 수 있습니다. 이 경우 기획재정부장관은 감사인 지정 업무의 전부 또는 일부를 국세청장에게 위임할 수 있습니다. ※ 참고법령

상속세및증여세법 제50조 【공익법인등의 세무확인 및 회계감사의무】
상속세및증여세법시행령 제43조의 3 【공익법인등에 대한 감사인 지정 등】

┃일정비율을 초과하여 주식을 보유하는 공익법인

위 “2) 외부 회계감사의무 제외 대상 공익법인”의 경우에도 당해 사업연도에 내국법인의 발행주식총수 5%, 계열주식 총재산가액의 30%(50%) 초과 보유 공익법인인 경우 외부 회계감사를 받아야 합니다.

2. 공익법인 회계기준 적용의무

공익법인이 외부 회계감사의무, 결산서류 등의 공시의무를 이행할 때에는 기획재정부 공익법인 회계기준 심의위원회에서 정하는 회계기준을 따라야 합니다. 다만 의료법에 따른 의료법인 또는 사립학교법에 따른 학교법인, 국립대학법인 서울대학교 설립·운영에 관한 법률에 따른 국립대학법인 서울대학교, 국립대학법인 인천대학교 설립·운영에 관한 법률에 따른 국립대학법인 인천대학교는 제외합니다.

이처럼 공익법인이 외부 회계감사의무 대상여부를 판단함에 있어 공익법인 회계기준에 따라 작성된 재무제표를 기준으로 판단하여야 합니다. 공익법인 회계기준에서는 유가증권의 평가에 대해 일반기업회계기준을 따르도록 하고 있으며, 일반기업회계기준에서는 단기매매증권과 매도가능증권은 공정가치로 평가하도록 하고 있습니다. 다만, 매도가능증권 중 시장성이 없는 지분증권의 공정가치를 신뢰성있게 측정할 수 없는 경우에는 취득원가로 평가합니다.

그러므로 공익법인이 시장성 있는 주식을 보유하고 있는 경우에는 취득 당시의 취득가액이 아닌 당해 사업연도 종료일 현재 주식시장에서 거래된 가액으로 평가하여 자산총액이 100억원 이상인지 판단해야 합니다. ※ 참고법령

상속세및증여세법 제50조의 4 【공익법인 등에 적용되는 회계기준】
상속세및증여세법시행령 제43조의 6 【공익법인 등에 적용되는 회계기준】

※ 참고기준

공익법인회계기준 제37조 (유가증권의 평가)
① 유가증권은 취득한 후 만기보유증권, 단기매매증권, 그리고 매도가능증권 중의 하나로 분류한다. ② 유가증권의 평가는 일반기업회계기준에 따른다. 다만, 매도가능증권에 대한 미실현보유손익은 순자산조정으로 인식하고 당해 유가증권에 대한 순자산조정은 그 유가증권을 처분하거나 손상차손을 인식하는 시점에 일괄하여 당기손익에 반영한다.
일반기업회계기준 유가증권의 최초 측정과 후속 측정 (6.28∼6.30)
6.28   유가증권의 최초 측정에 대해서는 문단 6.12를 적용한다. 6.29   만기보유증권은 상각후원가로 평가하여 재무상태표에 표시한다. 만기보유증권을 상각후원가로 측정할 때에는 장부금액과 만기액면금액의 차이를 상환기간에 걸쳐 유효이자율법에 의하여 상각하여 취득원가와 이자수익에 가감한다. 6.30   단기매매증권과 매도가능증권은 공정가치로 평가한다. 다만, 매도가능증권 중 시장성이 없는 지분증권의 공정가치를 신뢰성있게 측정할 수 없는 경우에는 취득원가로 평가한다.

3. 출연재산 일정비율 의무 사용

또한 주식을 보유한 공익법인의 경우 출연재산 일정비율 의무 사용시 주의가 필요합니다. 공익법인 중 총자산가액 5억원 이상이거나 해당 사업연도 수입금액과 출연재산가액 합계액이 3억원 이상인 공익법인 및 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 그 내국법인 발행주식총수 등의 5%를 초과하여 보유하고 있는 공익법인은 매년 출연재산가액의 1%(동일주식 10% 초과 보유시 3%)를 직접 공익목적사업에 사용하여야 합니다.

┃출연재산가액

출연재산가액은 직접 공익목적사업에 사용해야 할 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말합니다.

수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 재산(직접 공익목적사업용 재산은 제외)의 [총자산가액 - (부채가액 + 당기 순이익)]
주식을 보유한 공익법인의 경우 총자산가액 중 해당 공익법인이 3년 이상 5년 미만 보유한 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장된 주권 상장법인의 주식의 가액은 직전 3개 사업연도 종료일 현재 각 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 한 가액의 평균액으로 하고, 해당 공익법인 등이 5년 이상 보유한 경우의 가액은 직전 5개 사업연도 종료일 현재 각 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 한 가액의 평균액으로 합니다.

┃직접 공익목적사업에 사용

직접 공익목적사업에 사용한 것은 당해 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용하여야 하며, 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인 등에게 출연하는 것을 포함합니다. 그러나 법인세법시행령 제56조 제11항(과다인건비)에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액은 제외합니다.

이 경우 직접 공익목적사업에 사용함에 있어 사업연도별로 많이 지출하거나 적게 지출할 수 있으므로 해당 공익목적사업 개시후 5년이 지난 경우에는 사용실적 및 기준금액은 해당 사업연도와 직전 4개 사업연도와의 5년간 평균금액을 기준으로 계산할 수 있습니다. 즉, 해당 사업연도의 사용실적이 기준금액에 미달하더라도 해당 사업연도와 직전 4개 사업연도와의 5년간 평균금액 기준으로 계산한 사용실적이 기준금액에 미달하지 않으면 적정하게 사용한 것으로 보는 것입니다.

┃미사용시 가산세

기준금액에서 직접 공익목적사업에 사용한 금액을 차감한 금액의 10%를 가산세로 부과하나, 2024년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 분부터 주식 5% 등 초과보유 공익법인은 200%를 가산세로 부과합니다. 다만, 다음의 공익법인은 상속세 및 증여세법상 가산세가 부과되지 않습니다.
① 상속세및증여세법시행령 제12조 제1호의 사업을 영위하는 공익법인(종교법인) ② 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 자산총액의 합계액이 5억원 미만이면서 당해 사업연도 수입금액과 그 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 미만인 공익법인 ③ 법인세법시행령 제39조 제1항 1호 바목에 따른 공익법인 중 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조에 따른 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관 하지만 위 ① ~ ③에 해당하는 경우에도 당해 사업연도에 내국법인의 발행주식총수 5%, 계열주식 총재산가액의 30%(50%) 초과 보유 공익법인의 경우에는 미사용시 가산세가 부과됩니다.