법인의 부동산 투기 억제 및 부동산 가격 안정을 위해 법인이 양도하는 비사업용 토지, 주택, 조합원입주권 및 분양권에 대해서는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 뿐만 아니라 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 신고·납부하여야 합니다.

이하에서는 「법인세법」 제55조의2에 따른 『토지등 양도소득에 대한 과세특례(추가과세)』를 주택, 조합원입주권 및 분양권의 양도를 중심으로 살펴보겠습니다.

1. 개요

법인은 사업연도마다 법인에 귀속되는 소득에 대하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세가 과세되며, 비사업용 토지, 주택(부수토지 포함)·별장용 건축물, 주택을 취득하기 위한 권리로서 조합원입주권 및 분양권(이하 "토지등"이라 합니다)을 양도하는 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 납부하여야 합니다.


즉, 법인이 다음의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함), 주택을 취득하기 위한 권리로서 조합원입주권 및 분양권을 양도한 경우에는 해당 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액에 세율을 적용하여 계산한 세액을 납부하여야 합니다. 이 경우 하나의 자산이 과세대상 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용합니다.

2. 법령 체계

[과세대상 및 세율]
[그 밖의 사항]

3. 과세대상 범위

국내에 소재하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물인 별장을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 20%(미등기 토지등에 대하여는 40%)를 곱하여 산출한 세액을 각 사업연도 소득에 대한 법인세액에 추가하여 납부하여야 합니다. 다만, 읍 또는 면에 있으면서 「법인세법 시행령」 제92조의10에서 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함)은 중과대상에서 제외합니다. 또한, 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 20%를 곱하여 산출한 세액을 각 사업연도 소득에 대한 법인세액에 추가하여 납부하여야 합니다.

4. 과세대상 범위에서 제외하는 주택

「법인세법 시행령」 제92조의2 제2항의 각 호에서 규정하는 임대주택(제1호~제1호의4, 제1호의12~제1호의14), 미분양주택(제1호의5~제1호의11), 사택(제2호), 대물변제 주택(제3호), 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 기획재정부령으로 정하는 주택(제4호)은 과세대상 주택의 범위에서 제외합니다.

(1) 임대주택

「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 일정 기간 이상 임대를 목적으로 하는 주택으로서 일정 요건(규모, 가액, 임대기간, 지역, 주택 수 등)을 충족한 임대주택

(제1호) 민간매입/공공매입임대주택

해당 법인이 임대하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 또는 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택. 단, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 법 제111조에 따른 사업자등록을 한 주택으로 한정 ① 5년 이상 임대 ② 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하거나 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 가목에 따른 공공임대주택으로 건설 또는 매입되어 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하

(제1호의2) 민간건설/공공건설임대주택

해당 법인이 임대하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택으로서 2호 이상인 경우 그 주택. 단, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정 ① 대지면적 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적이 149제곱미터 이하
② 5년 이상 임대 ③ 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하거나 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 가목에 따른 공공임대주택으로 건설 또는 매입되어 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원 이하

(제1호의3) 부동산투자회사 등의 민간매입/공공매입임대주택

「부동산투자회사법」 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사 또는 「간접투자자산 운용업법」 제27조 제3호에 따른 부동산간접투자기구가 2008년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지 취득 및 임대하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 또는 「공공주택 특별법」에 따른 공공매입임대주택으로서 5호 이상인 경우 그 주택 ① 대지면적 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적이 149제곱미터 이하
② 10년 이상 임대
③ 수도권 밖의 지역에 소재

(제1호의4) 미분양 민간매입/공공매입임대주택

「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 또는 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택[미분양주택으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정]으로서 다음 요건을 모두 갖춘 주택 ① 대지면적 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적이 149제곱미터 이하
② 5년 이상 임대
③ 수도권 밖의 지역에 소재
③ 가목부터 다목까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택이 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)·군에서 5호 이상 임대
④ 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택이 아닐 것
⑤ 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택이 아닐 것

(제1호의12) 공공지원/장기일반민간매입임대주택

「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 중 같은 조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 "장기일반민간임대주택등")으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 단, 장기일반민간임대주택의 경우 2020년 6월 17일 이전에 사업자등록등을 신청한 주택으로 한정 ① 10년 이상 임대 ② 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 해당 주택의 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하 ③ 단, 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택은 제외

(제1호의13) 장기일반 민간건설임대주택

「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택 ① 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적이 149제곱미터 이하
② 10년 이상 임대
③ 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 해당 주택의 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 9억원 이하 ④ 직전 임대차계약 대비 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 100분의 5를 초과하는 임대차계약을 체결하지 않았을 것
⑤ 임대차계약을 체결한 후 또는 약정에 따라 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에 증액하는 임대차계약을 체결하지 않았을 것
⑥ 단, 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택은 제외

(제1호의14) 임대의무기간 내 등록 말소 주택

제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에 해당하는 임대주택으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조 제1항 제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정)에는 해당 등록 말소 이후 1년 이내 양도하는 주택

(2) 미분양주택

(3) 사택

주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간이 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택을 말합니다.

(4) 대물변제 주택

저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택을 말합니다.

5. 농어촌주택

「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 다음의 요건을 모두 갖춘 농어촌주택(그 부속토지를 포함)은 중과대상에서 제외합니다. 즉, 토지등 양도소득에 대한 추가과세가 적용되지 않는 농어촌주택이 되려면 면적과 가액 요건을 충족하고, 제외 지역(수도권 대부분, 도시지역 대부분, 조정대상지역, 토지거래허가구역, 관광단지 등)이 아닌, 지방 읍·면 지역 또는 일부 예외 지역에 위치해야 합니다.

6. 과세 제외

다음 중 어느 하나에 해당하는 토지 등 양도소득에 대해서는 추가과세를 적용하지 않습니다. 다만, 미등기 토지등에 해당하는 경우에는 무조건 추가과세(40%)를 적용합니다. ① 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 ② 법인이 직접 경작하던 농지로서 농지의 교환 또는 분할·통합으로 인하여 발생하는 소득 ③ 「도시 및 주거환경정비법」 등에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득 ④ 토지 이용상 불합리한 지상 경계를 합리적으로 바꾸기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지를 분할(분할된 토지의 전체 면적이 분할 전 토지의 전체 면적의 20%를 초과하지 아니할 것)하여 교환함으로써 발생하는 소득 ⑤ 적격분할·적격합병ㆍ적격물적분할ㆍ적격현물출자ㆍ조직변경 및 교환으로 인하여 발생하는 소득 ⑥ 한국토지주택공사가 개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득
⑦ 주택을 신축하여 판매하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득
⑧ 임대사업자로서 장기일반민간임대주택등을 300호(세대) 이상 취득하였거나 취득하려는 자에게 토지를 양도하여 발생하는 소득
⑨ 공공매입임대주택을 건설할 자에게 2027년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도하여 발생하는 소득
⑩ 그밖에 공공목적을 위한 양도 등 기획재정부령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득

7. 미등기 토지등

과세 제외 규정이 적용되지 않고, 무조건 40%의 추가과세 대상이 되는 미등기 토지등이란 토지등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지등을 말합니다. 다만, 다음의 토지등은 제외합니다. ① 장기할부 조건으로 취득한 토지등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지등의 취득등기가 불가능한 토지등 ② 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 취득에 관한 등기가 불가능한 토지 등
③ 법인이 직접 경작하던 농지로서 농지의 교환 또는 분할·통합으로 인하여 발생하는 소득

8. 양도시기 및 취득시기, 손익귀속사업연도

토지등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여는 「법인세법」 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도)를 준용합니다. 따라서, 일반적인 경우 토지등의 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기는 「법인세법」 제68조 제1항 제3호(상품 등 외의 자산의 양도)에 따라 "빠른 날(대금청산일, 소유권이전등기일, 인도일 또는 사용수익일)"로 합니다. 다만, 장기할부조건에 의한 토지등의 양도의 경우에는 「법인세법」 제68조 제2항(회수기일도래기준)에도 불구하고 제68조 제1항 제3호에 따라 소유권이전등기일, 인도일, 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도에 손익을 인식합니다. 또한, 예약매출에 의하여 토지 등을 양도하는 경우에는 그 "계약일"에 토지 등이 양도된 것으로 봅니다.

9. 토지등 양도소득에 대한 법인세 계산

(1) 양도소득

(2) 세율

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12월 결산법인이 2024년에 「법인세법」 제55조의2에 따른 『토지 등 양도소득에 대한 과세특례』 대상 주택 등을 양도한 경우에 해당한다면, 2025년 3월 말까지 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 납부하여야 합니다. 앞서 살펴본 내용을 참고하여 실무에 도움이 되시길 바랍니다.