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제 목 흡수합병으로 인한 세무적 조치 질의
작성자 diaa 등록일 2025.06.24
상담분야 지방세 > 취득세 > 신·증축
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흡수합병 예정인 기업이 부가세 측면에서 조치해야 할 사항 질의
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제 목 [답변] 흡수합병으로 인한 세무적 조치 질의 문진수 상담위원 상담분야 기업회계
등록일 2025.06.24

1. 피합병법인의 납세의무 소멸 및 사업자등록 정리

피합병법인은 2025년 8월 1일자로 모법인에 흡수합병되므로, 그 시점을 기준으로 납세의무가 소멸됩니다. 이에 따라 피합병법인은 합병일 이후 즉시 관할 세무서에 폐업신고서를 제출하고 사업자등록 말소를 신청해야 합니다. 또한 피합병법인이 모법인의 총괄납부체계에 포함되어 있던 하위사업장이었다면, 해당 사업장은 총괄납부 대상에서 제외되어야 하며, 이에 대한 변경신고도 함께 이루어져야 합니다.
참고로 합병에 따른 사업양도는 「부가가치세법」 제10조 제3항에 따라 재화의 공급으로 보지 않으므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않습니다 단, 이는 합병 이후에도 동일한 사업이 계속적으로 수행된다는 전제가 충족될 때 적용됩니다.

2. 합병일 전까지의 부가가치세 확정신고

피합병법인은 합병 전날까지의 과세기간(2025년 7월 1일부터 7월 31일 또는 8월 1일 직전까지의 실무 기준)에 대해 부가가치세 확정신고를 해야 합니다. 일반적으로 합병일이 속하는 달의 말일부터 25일 이내가 신고기한이므로, 2025년 8월 1일 합병의 경우 8월 25일까지 부가가치세 신고 및 납부가 필요합니다. 이 기간 동안 발생한 공급가액 및 매입세액 등을 기준으로 신고가 이루어져야 하며, 세금계산서의 발행일이 8월 1일이라 하더라도 그 귀속시점이 중요합니다. 공급시기가 합병 전이라면 피합병법인의 매출로, 그 이후라면 모법인의 매출로 귀속되어야 합니다.

3. 세금계산서 관련 조치

합병일 이후에는 피합병법인의 사업자등록이 말소되므로, 해당 명의로 세금계산서를 발행하는 것은 불가합니다. 이에 따라 거래처에는 사전에 안내하여 공급일자를 기준으로 올바른 명의로 세금계산서가 발행되도록 유의해야 합니다. 또한 합병 전까지의 매입세액은 피합병법인에서 공제 및 신고하며, 합병 이후에 발생하는 매입세액은 모법인에서 공제 대상이 됩니다. 만약 공통매입세액이 존재하는 경우에는 합병 전과 후 기간에 따라 안분하여 각각의 사업자가 적정하게 공제하도록 조치해야 합니다.

4. 재고자산 이월 관련

합병일 현재 피합병법인이 보유하고 있는 재고자산은 모법인으로 승계되지만, 이 과정은 「부가가치세법」상 사업양도에 해당하므로 재화의 공급으로 보지 않습니다. 따라서 재고자산에 대해 이월매입세액 공제를 별도로 받을 필요는 없으며, 이와 관련하여 이중공제의 문제도 발생하지 않습니다. 다만, 사업의 계속성 요건 충족을 입증하기 위해 합병계약서, 재고자산 명세서, 영업활동 지속 여부 확인서 등 관련 자료는 보관할 필요가 있습니다.

5. 총괄납부제도 적용 사업장 변경 신고

합병으로 인해 피합병법인의 사업장이 모법인에 귀속되는 경우, 해당 사업장은 이제부터 모법인의 산하 사업장으로 편입되어 총괄납부체계에 반영되어야 합니다. 따라서 국세청에 ‘부가가치세 총괄납부사업자 변경신고서’를 제출하여 사업장 현황을 수정해야 하며, 이 신고는 가급적 합병일 직후 신속하게 이루어져야 합니다. 이후 모법인은 합병된 사업장을 포함하여 10월 예정신고(7월~9월 과세기간)부터 일괄하여 부가가치세를 신고·납부하게 됩니다.

6. 기타 실무상 유의사항

만일 피합병법인에게 환급 예정의 부가가치세가 있다면, 합병 전까지 환급을 신청하거나 모법인이 이를 승계할 수 있는지 여부를 관할 세무서와 협의해야 합니다. 또한 전자세금계산서 발행시스템, ERP 등 실무 시스템 내에 등록된 피합병법인 명의의 계정 및 데이터는 합병일 이후 정리되어야 하며, 폐업 법인 명의로 세금계산서가 발행되지 않도록 시스템상 차단 조치가 필요합니다.

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