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제 목 흡수합병으로 인한 세무적 조치 질의
작성자 diaa 등록일 2025.06.24
상담분야 지방세 > 취득세 > 신·증축
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모기업으로 흡수합병 하는 경우 법인세 확인 사항
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제 목 [답변] 흡수합병으로 인한 세무적 조치 질의 문진수 상담위원 상담분야 기업회계
등록일 2025.06.24

흡수합병 시 피합병법인 입장에서 법인세 측면에서 검토해야 할 조치사항은 아래와 같이 크게 네 가지 범주로 나눌 수 있습니다.

1. 합병법인의 법인세 신고 의무

① 해산법인으로 간주되는 피합병법인은 해산신고 의무

합병일(8월 1일)을 기준으로 그 직전일까지를 사업연도로 보아 중간 결산 및 법인세 신고가 필요

법인세법 제70조 제1항에 따라 합병등기일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고·납부

귀사 기준: 2025년 11월 30일까지 법인세 신고

② 결산조정 항목 반영

감가상각비, 퇴직급여충당금, 대손충당금 등 결산조정을 통해 손금 산입이 필요한 항목은 중간결산에 반영

일시적 차이와 이연법인세 회계처리도 고려 필요

2. 이월결손금 및 일시적 차이의 처리

① 피합병법인의 이월결손금은 소멸

일반적으로 피합병법인의 이월결손금은 합병으로 소멸

다만, 조세특례제한법 제44조에 따른 중소기업 간 합병 또는 동일사업의 계속요건 충족 시 일부 승계 가능

귀사 사례에 적용되는지는 별도 요건 검토 필요

② 일시적 차이 관련 이연법인세 자산은 환입 필요

피합병법인의 이연법인세자산 중 실현 불가능한 자산은 해산 전 환입하여 손금산입 불가 처리

예: 미실현된 매출채권 대손충당금, 퇴직급여충당금 등

3. 자산·부채의 양도 및 양수 관련 세무조정

① 자산양도차익 과세

합병은 포괄양도(시가)가 아닌 적격합병 요건 충족 시 자산양도차익에 대한 법인세 이연

비적격합병일 경우, 자산을 시가로 양도한 것으로 간주되어 자산양도차익에 대해 과세

② 합병차익 및 합병차손 인식

장부가합병 방식인 경우, 자산과 부채를 장부가로 승계하므로 합병차익/차손 없음

시가합병인 경우, 합병차익이 발생하면 별도 과세 필요 없으나 회계상 손익조정은 반영해야 함

4. 기타 고려사항

① 퇴직급여충당금 및 퇴직소득세

퇴직급여 충당금의 일부는 손금산입된 상태이므로, 해산 시 실제 퇴직이 없다면 손금산입액의 환입 필요

실제 퇴직이 있는 경우 퇴직소득세 원천징수 및 납부 필요

② 미사용 세액공제의 소멸 여부

R&D 세액공제 등 사용하지 못한 세액공제 항목은 승계되지 않으며 소멸

③ 세무조사 리스크 관리

해산법인은 일반적으로 세무조사 대상이 될 가능성이 있으며, 합병 직전 과거 사업연도에 대한 세무 위험이 존재


추가적으로 확인이 필요한 사항

귀사의 합병이 적격합병 요건을 충족하는지 여부 (법인세법 제44조, 조특법 제38조 등)

합병비율, 합병차익/차손, 피합병법인의 자산·부채 구성 등 구체 자료

이연법인세자산 구성 내역, 충당금 손금산입 여부
특히 부당행위계산 부인, 특수관계자 거래 등에 대한 확인 필요

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