검색
음성으로 듣기
문의 : 제목, 작성자, 등록일, 상담분야, 관련 키워드, 질문내용
제 목 수익사업을 운영하는 비영리법인의 법인세 신고
작성자 lhi5** 등록일 2025.02.24
상담분야 지방세 > 취득세 > 신·증축
관련 키워드
2024년 11월에 상속인이 아버지로부터 상속받은 부동산을 출연받은 교회(비영리 법인)입니다
이 부동산은 피상속인인 아버지가 부동산 임대업을 하던 부동산으로 교회에 출연한 가액은 11억원이고 임대료 수입은 3천만원입니다
이 부동산을 출연받은 교회는 수익사업을 운영하는 비영리법인으로 이번 3월에 법인세 신고를 할려고 합니다
이에 관하여 아래와 같이 상담을 드립니다

1. 수익사업에 관한 법인세 신고는 일반 영리법인과 같은 방법으로 신고하면 되는가요? 즉 일반기업회계기준을 적용하여 법인세 신고하면 되는가요?
2. 출연재산의 운용과 공익 사업운용 내역을 변호사, 공인회계사, 세무사와 같은 외부전문가로부터 확인을 받아 4월말까지 제출해야 하는가요?
3.  공익목적사업과 관련하여 수입과 지출이 있는 경우에 공익목적사업용 전용계좌를 개설 사용하여야 하는가요? 
답변
답변 : 제목, 답변일, 답변내용, 연관자료, 첨부파일 등
제 목 [답변수정] 수익사업을 운영하는 비영리법인의 법인세 신고 한성욱 상담위원 상담분야 연말정산
등록일 2025.02.24
1.
법인세법상 비영리법인에 해당되므로 공익법인이 법인세법 제4조같은법 시행령 제3조에 열거하는 수익사업을 영위하는 경우에는 당해 수익사업에서 생긴 소득에 대해 법인세를 신고, 납부할 의무가 있는 것이며,
 
법인세법 제60조에서는 납세의무가 있는 내국법인은 법인세 과세표준을 신고할 때 기업회계기준에 따른 재무제표를 제출하도록 하고 있으므로 기업회계기준을 적용하여 법인세 신고를 하는 것입니다.
 
 
[ 관련법령 ]
 
법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】
 
① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
 
② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
 
1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)
3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류
 

 
2.
상속세및증여세법 시행령 제12조 제1호의 규정에 의하여 “종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업”을 운영하는 종교단체는 공익법인 등에 해당하는 것입니다.
 
재산을 출연받은 공익법인은 상속세및증여세법 제48조 5항 같은법시행령 제41조에 의하여 납세지 관할세무서장에게 결산에 관한 서류 및 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 제출하여야 하는 것입니다. 단 헌금(부동산, 주식 제외) 만 있는 종교단체는 제출 제외됩니다.
 
종교시설의 경우 헌금을 출연재산으로 보는 것이나, 종교사업에 불특정다수인이 출연하여 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 헌금(부동산, 주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)의 경우에는 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 단서같은법 시행령 제38로 제1항의 규정에 의하여 사후관리대상 출연재산에서 제외하는 것입니다. 이 경우 "헌금"이란 기설립된 종교단체 및 신설하는 종교단체가 각각 교인들로부터 직접 출연받은 금전을 말하는 것입니다.
 

[ 관련법령 ]
 
상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인 등의 범위】
 
법 제16조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.
 
1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

 
상속세 및 증여세법 제48조【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】
 
⑤ 제1항 및 제16조 제1항에 따라 공익법인 등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
 
 
상속세 및 증여세법 시행령 제41조【출연재산명세의 보고 등】
 
① 법 제48조 제5항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등은 결산에 관한 서류[「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」및 그밖의 법령에 따라 공익법인 등이 주무관청에 제출하는 재무상태표 및 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함한다)로 한정한다] 및 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호에 규정하는 사항에 관한 서류를 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 납세지관할세무서장에게 제출해야 한다.
 
1. 출연받은 재산의 명세
2. 출연재산(출연재산의 운용소득을 포함한다)의 사용계획 및 진도현황
3. 법 제48조 제2항 제4호 및 같은 항 제5호(제38조 제7항에 해당하는 경우에 한정한다)에 해당하는 경우에는 매각재산 및 그 사용명세
4. 운용소득의 직접공익목적사업 사용명세
5. 그밖에 기획재정부령으로 정하는 필요한 서류
 
 
 
3.
해당 공익법인 (종교단체 제외, 주식초과보유 종교단체는 포함) 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 직접 공익목적사업용 전용계좌를 사용하여야 합니다. 공익법인에 해당하게 된 날 부터 3개월 이내 관할세무서에 신고해야 하묘, 변경·추가 시 1개월 이내 신고(지점계좌 포함)해야 합니다. 

 
[ 관련예규 ]
 
상증, 재산세과-349, 2012.09.27.
 
[ 제 목 ]
전용계좌 개설 사용 및 외부전문가 세무확인
 
[ 회 신 ]
1.「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각호에 해당하는 사업을 영위하는 공익법인 등(종교단체 등은 제외)은 같은 법 제50조의2제1항의 규정에 의하여 직접 공익목적사업과 관련하여 지급받거나 지급하는 수입과 지출로서 동항 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 직접 공익목적사업용 전용계좌를 사용하여야 하는 것이며,
2.「상속세 및 증여세법」제50조 같은 법 시행령 제43조 규정에 따라 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 대차대조표 상 총자산가액이 10억원 이상이거나 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 5억원 이상인 공익법인 등은 과세기간별 또는 사업연도별로 출연받은 재산의 공익목적사업 사용여부 등에 대하여 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 것입니다.
 
 
[ 관련법령 ]
 
상속세 및 증여세법 제50조의 2【공익법인 등의 전용계좌 개설ㆍ사용 의무】
 
① 공익법인 등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)를 사용하여야 한다.
 
1. 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 대통령령으로 정하는 금융회사등을 통하여 결제하거나 결제받는 경우
2. 기부금, 출연금 또는 회비를 받는 경우. 다만, 현금을 직접 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
3. 인건비, 임차료를 지급하는 경우
4. 기부금, 장학금, 연구비 등 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우. 다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정한다.
5. 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우만 해당한다)하는 경우
 
 
 상속세 및 증여세법 시행령 제50조의 2【공익법인 등의 전용계좌 개설ㆍ사용 의무】
 
① 공익법인 등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)를 사용하여야 한다.
 
1. 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 대통령령으로 정하는 금융회사등을 통하여 결제하거나 결제받는 경우
 
2. 기부금, 출연금 또는 회비를 받는 경우. 다만, 현금을 직접 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
 
3. 인건비, 임차료를 지급하는 경우
 
4. 기부금, 장학금, 연구비 등 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우. 다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정한다.
 
5. 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우만 해당한다)하는 경우
 
② 공익법인 등은 직접 공익목적사업과 관련하여 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 경우에는 명세서를 별도로 작성ㆍ보관하여야 한다. 다만,「소득세법」제160조의 2 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 증명서류를 갖춘 경우 등 대통령령으로 정하는 수입과 지출의 경우에는 그러하지 아니하다.
 
③ 공익법인 등은 최초로 공익법인 등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 해당 공익법인 등의 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 2016년 1월 1일, 2017년 1월 1일 또는 2018년 1월 1일이 속하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액(해당 공익사업과 관련된「소득세법」에 따른 수입금액 또는「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말한다)과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 5억원 미만인 공익법인등으로서 본문에 따라 개설 신고를 하지 아니한 경우에는 2019년 6월 30일까지 전용계좌의 개설 신고를 할 수 있다. (2018.12.31. 단서신설)
 
④ 공익법인 등은 전용계좌를 변경하거나 추가로 개설하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하여야 한다.
 

※ 상담에 대한 답변은 상담위원의 개인적인 견해로서 ㈜조세통람(택스넷)의 공식적인 의견과는 무관하며 권한 있는 기관(법원, 과세관청 등)의 유권해석과도 차이가 있을 수 있으니 참고자료로만 활용하시기 바랍니다. 따라서, 의사결정 등 실제적용에 있어서는 권한 있는 기관이나 해당 분야 전문가의 조언을 얻어 충분히 검토하시기 바라며, ㈜조세통람(택스넷)은 본 상담의 답변을 활용함으로 인해 발생되는 결과에 법적책임 등이 없음을 주지하시기 바랍니다.

※ 본 상담의 답변 게시물은 ㈜조세통람(택스넷)의 저작물이므로 무단 복제 및 배포를 금하며, 무단 복제 및 배포가 의심되는 경우에는 답변이 제한될 수 있음을 양지하여 주시기 바랍니다.

전체 :

95,717

온라인 상담 목록 미리보기 : 상담분야, 제목, 작성자, 등록일, 상담위원, 답변
상담분야 제목 작성자 등록일 상담위원 답변
법인세 97702 제목 새글 제목 te**** 2025.08.04 답변대기
부가가치세 97652 test 새글 test so**** 2025.07.29 답변대기
법인세 97602 123 새글 11 ad**** 2025.07.27
이우리

상담위원

답변완료
부가가치세 945 공통매입세액 명세서 작성 관련 가산세 문의 새글 공통매입세액 명세서 작성 관련 가산세 문의 null**** 2025.07.24
경지현

상담위원

답변완료
법인세 950 안녕하세요. 특수관계자간의 대여금 상환관련 질문입니다. 새글 특수관계자에게 특수목적대여금(사업을 위한 토지매입자금의 일부) 및 운영자금에 대한 대여금 등 여러 차례에 걸쳐서 금전대여 거래가 발생하였습니다.대여금약정서에는 해당 대여금의 상환순서나 이자와 원금의 상환순서는 존재하지 않습니다.특수목적대여금(사업을 위한 토지매입자금의 일부)과 관련하여 해당 사업지의 매각으로 들어온 대금으로 차입금을 상환하고자 할때 차입금의 상환순서가 있는지가 궁금합니다.선입선출 형태로 상환을 처리하는 건인지, 해당 목적차입금과 관련된 자금으로 상환하는 건이니 해당 특수목적차입금 상환을 우선으로 해야하는건인지?그리고 해당 특수목적차입금을 상환하고 그외에 여분의 자금이 남아서 상환을 할 경우에는 차입금을 선차입한 차입금 상환을 하는건인지? 아니면 뒤에 차입한 차입금이 상환이 가능한지 여부를 알고 싶습니다. (이자는 가중평균차입금이자율을 적용하기 때문에 최근의 금리상승으로 후에 대여한 대여금의 이자율이 높습니다.) ks**** 2025.07.24 답변완료