귀문의 경우 법인이라면 실제 투입된 지목변경 비용만과세되는 것으로 전 소유자의 비용을 토지 취득가액에 반영된 것이라면 귀사가 지출한 비용만 과세표준이 될 것입니다.

개인의 경우에는 공시지가 차이가 지목변경 취득세 과세표준이 되는 것입니다. 재산가치의 증가가 전혀 없는데 단지 공부상 “답”이었을 때의 공시지가와 지목을 “대지”로 변경하였을 때의 공시지가가 높아졌다는 이유만으로 이를 부동산의 새로운 취득이라 볼 수는 없을 뿐 아니라, 지목변경 이후의 공시지가보다 높은 가격을 기준으로 하여 이미 취득세를 납부한 납세자에게 단지 지목변경으로 공시지가가 증가하였다는 이유만으로 취득세를 납부하는 것은 실질과세의 원칙에도 반한다 할 것이므로, 토지를 취득할 당시 사실상 대지였는지 여부와 관계없이 부과처분은 모두 위법합니다(대법원 2009두4838, 2009.5.28.). 즉 지목변경 이후의 공시지가보다 높은 가격을 기준으로 하여 이미 취득세를 납부한 납세자에게 단지 지목변경으로 공시지가가 증가하였다는 이유로 취득세를 부과한 것은 부당합니다.

한편, 상기 대법원판례의 취지를 살펴보면 취득 시 취득세 과세표준이 착공 시점의 공시지가보다 높았다면 지목변경 후의 공시지가에서 취득 시의 과세표준을 차감한 잔액을 지목변경 과세표준으로 삼아야 한다라고 주장할 수 있습니다. 만약, 차감한 잔액이 마이너스 즉 지목변경 후의 공시지가가 취득 시의 취득가액보다 낮다면 당연히 지목변경에 따른 취득세를 부과하면 안된다는 것이라는 것으로 확대해석할 수 있다는 것입니다. 이에 대하여 명확한 해석이 없는 상태입니다.