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제 목 연구업을 주업으로 하는 연구기관의 사업자 등록
작성자 cpal** 등록일 2025.04.22
상담분야 지방세 > 취득세 > 신·증축
관련 키워드 사업자등록본원분원독립적
사업자등록 신청해야하는지 여부
답변
답변 : 제목, 답변일, 답변내용, 연관자료, 첨부파일 등
제 목 [답변] 연구업을 주업으로 하는 연구기관의 사업자 등록 문진수 상담위원 상담분야 기업회계
등록일 2025.04.22

부가가치세법 제6조 동법 시행령 제8조에 따른 사업장의 범위와 사업자등록 요건에 대해 다음과 같이 설명드립니다.
사업장의 정의 및 범위
부가가치세법상 사업장은 "사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소"로 정의되며, 이는 납세의무와 협력의무 이행의 기준이 됩니다. 특히, 연구기관 등에서의 사업장 판단은 다음 기준을 따릅니다.
  1. 독립적 운영 여부: 분원이 본원과 별도로 연구과제를 수임·수행하며, 인사·재무·계약 등 업무를 독자적으로 관리하는 경우 별도 사업장으로 인정됩니다
  2. 고정성: 분원이 일시적이 아닌 지속적으로 운영되는 장소인지 여부가 중요합니다
  3. 업무 총괄 여부: 시행령 제8조는 "사업에 관한 업무를 총괄하는 장소"를 사업장으로 규정하며, 연구기관의 경우 과제 수행의 주체성과 재정적 독립성이 판단 기준에 포함됩니다
분원의 사업자등록 필요성
질의하신 사례에서 분원이 다음과 같은 요건을 충족할 경우 별도 사업자등록이 필요합니다
  • 독립적 거래 수행: 분원이 단순히 본원의 보조 역할이 아닌, 자체적으로 연구과제를 수주·관리하며 재화/용역을 공급하는 경우
  • 고유한 시설과 인력: 100명 규모의 인력과 연구시설을 보유하고, 본원과 물리적으로 분리된 공간에서 운영되는 경우
  • 재정적 분리: 분원의 수입·지출이 본원과 별도로 관리되며, 독립적인 세금계산서 발행이 이루어지는 경우
예외 적용 가능성
다음과 같은 경우에는 본원과 동일 사업장으로 간주될 수 있습니다
  • 분원의 업무가 본원의 통합 관리 하에 수행되며(예: 인사·회계 본원 집중)
  • 분원이 임시적으로 설치된 장소로 "임시사업장"으로 신고된 경우
결론
분원이 실질적 독립성을 갖추고 영업활동을 하는 경우 부가가치세법 제8조에 따라 별도 사업자등록이 필수적입니다. 단, 본원과의 업무 연계성 및 관리체계에 따라 예외가 적용될 수 있으므로, 구체적 운영 현황을 세무서와 사전 협의하는 것이 권장됩니다

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