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제 목 비상장기업 지분매각관련
작성자 em02** 등록일 2025.05.16
상담분야 지방세 > 취득세 > 신·증축
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안녕하세요.
평소업무에 감사드립니다.

제조 비상장주식회사 대규모기업집단회사 입니다.
조인트벤처 합작회사로 지분율구성이  모사 60% 지분법대상 회사에 40%  합작회사 입니다.

40%대분을 모사60%회사에 지분매각을 하려고 합니다.
지분매각시 자본금에 대한 평가방법이 있을까요?
지분매각시 매각 프로세스관련하여 질문드립니다.

첫번째 매각시 지분평가방법 상증법상 비상장주식평가후 매각이 되어야하나요?
두번째 평가시 차이에 대한부분에 법인세 및 상속증여세법에 해당하는부분이 있을까요?
세번째 과세관청(법인세, 부가세 신고 대상건), 공정위(공시)유무, 기타 관련기관에 신고 필요건이 어떤게 있을까요?
 
답변
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제 목 [답변] 비상장기업 지분매각관련 문진수 상담위원 상담분야 기업회계
등록일 2025.05.16

비상장 제조업체의 지분 매각 관련 평가 방법, 세금 문제, 신고 절차 등을 설명드리겠습니다. 검토 결과를 바탕으로 주요 내용을 정리했습니다.

1. 지분 평가 방법

비상장주식 평가는 상속세 및 증여세법 제63조에 따른 보충적 평가 방법이 적용됩니다. 구체적인 평가 절차는 다음과 같습니다:

평가 공식

주당가액 = MAX[(순손익가치×3 + 순자산가치×2)/5, 순자산가치×80%]

순손익가치: 최근 3개년 순손익액 가중평균(최근년도×3, 차년×2, 전년×1) ÷ 10%

순자산가치: (자산총액 - 부채총액) ÷ 발행주식수

※ 토지 등 자산은 시가로 평가

특수관계인 간 거래 시 매매사례가액이 없는 경우 반드시 이 방법을 적용해야 하며, 평가기준일 전후 6개월 내 실제 거래가 있는 경우 해당 가격을 우선 사용할 수 있습니다.

2. 세금 영향 분석

(1) 법인세 문제

저가/고가 매각 시: 시가와 거래가 차액이 3억원 이상 또는 시가의 5% 이상인 경우 부당행위계산부인 규정 적용

차액 전액을 법인소득으로 산입(법인세율 25%)

예시: 100억원 시가 주식을 90억원에 매각 → 10억원 차익 과세

(2) 증여세 위험

특수관계인 간 거래에서 시가 대비 30% 이상 차이나는 경우:

Min(차액 - 3억원, 시가×30%) 금액에 증여세(10-50%) 부과

※ 특수관계인 범위: 국세기본법 제2조(직계혈족, 4촌 이내 친족 등)

3. 신고 의무 사항

(1) 공정거래위원회

기업결합 신고: 모회사가 발행주식 20% 초과 취득 시 30일 내 신고

※ 상장사 15%, 비상장사 20% 기준

대규모기업집단 해당 시 추가 공시:

계열사 현황(연간 공시)

임원겸임 사항(지체 없이 보고)

(2) 세무 신고

법인세: 매각차익 발생 시 해당 사업연도 소득신고(3개월 이내)

부가가치세: 자산양도 시 일반과세 대상 아님(주식은 비과세)

양도소득세: 개인 주주일 경우 10-30% 세율 적용

(3) 기타 기관

금융감독원: 외부감사법인 지정 회사일 경우 감사보고서 제출

지방세청: 과점주주 발생 시 간주취득세 신고(취득일 60일 내)

종합 권고 사항

공인회계사 평가: 독립적인 제3자 평가기관을 통해 객관성 확보

계약서 보완:

평가 방법 명시

세금 부담 조항 포함

사전 상담: 관할 세무서와 사전협의(제출서류: 평가서, 재무제표 등)

비상장주식 거래는 복잡한 세무 리스크가 존재하므로, 반드시 전문가(세무사/변호사)와 협의를 진행하시기를 권장합니다. 특히 특수관계인 간 거래일 경우 추가 서류 준비가 필요합니다

※ 상담에 대한 답변은 상담위원의 개인적인 견해로서 ㈜조세통람(택스넷)의 공식적인 의견과는 무관하며 권한 있는 기관(법원, 과세관청 등)의 유권해석과도 차이가 있을 수 있으니 참고자료로만 활용하시기 바랍니다. 따라서, 의사결정 등 실제적용에 있어서는 권한 있는 기관이나 해당 분야 전문가의 조언을 얻어 충분히 검토하시기 바라며, ㈜조세통람(택스넷)은 본 상담의 답변을 활용함으로 인해 발생되는 결과에 법적책임 등이 없음을 주지하시기 바랍니다.

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부가가치세 945 공통매입세액 명세서 작성 관련 가산세 문의 새글 공통매입세액 명세서 작성 관련 가산세 문의 null**** 2025.07.24
경지현

상담위원

답변완료
법인세 950 안녕하세요. 특수관계자간의 대여금 상환관련 질문입니다. 새글 특수관계자에게 특수목적대여금(사업을 위한 토지매입자금의 일부) 및 운영자금에 대한 대여금 등 여러 차례에 걸쳐서 금전대여 거래가 발생하였습니다.대여금약정서에는 해당 대여금의 상환순서나 이자와 원금의 상환순서는 존재하지 않습니다.특수목적대여금(사업을 위한 토지매입자금의 일부)과 관련하여 해당 사업지의 매각으로 들어온 대금으로 차입금을 상환하고자 할때 차입금의 상환순서가 있는지가 궁금합니다.선입선출 형태로 상환을 처리하는 건인지, 해당 목적차입금과 관련된 자금으로 상환하는 건이니 해당 특수목적차입금 상환을 우선으로 해야하는건인지?그리고 해당 특수목적차입금을 상환하고 그외에 여분의 자금이 남아서 상환을 할 경우에는 차입금을 선차입한 차입금 상환을 하는건인지? 아니면 뒤에 차입한 차입금이 상환이 가능한지 여부를 알고 싶습니다. (이자는 가중평균차입금이자율을 적용하기 때문에 최근의 금리상승으로 후에 대여한 대여금의 이자율이 높습니다.) ks**** 2025.07.24 답변완료