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제 목 연구인력개발비 세액공제 금액 계산
작성자 shgj**** 등록일 2025.06.16
상담분야 지방세 > 취득세 > 신·증축
관련 키워드
정부보조금 차감 계산 방법
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제 목 [답변] 연구인력개발비 세액공제 금액 계산 문진수 상담위원 상담분야 기업회계
등록일 2025.06.16

연구인력개발비 세액공제 계산 시 정부보조금 사용분 차감 여부는 보조금의 목적과 사용처에 따라 결정됩니다. 검토 결과 다음과 같이 답변드립니다.

1. 차감 대상 비용의 판단 기준

연구목적 보조금 사용분
국가로부터 연구개발 또는 인력개발 목적으로 지급받은 보조금을 해당 용도로 지출한 경우, 해당 금액은 세액공제 대상에서 제외됩니다.

비연구목적 보조금 사용분
연구·인력개발이 아닌 목적의 보조금을 연구비로 지출한 경우, 차감 대상에서 제외되지 않습니다.

2. 사례별 적용 방안

(1) 인건비 보조 14백만원
차감 필수
인력개발 목적의 보조금으로 지출된 인건비 14백만원은 세액공제 대상에서 제외됩니다.
→ 500백만원 인건비 중 14백만원 차감 후 486백만원 적용.

(2) 자산 취득 150백만원
투자세액공제 미적용 시
자산 취득비용이 연구개발용 자산(예: 실험장비)에 사용된 경우, 해당 금액은 연구인력개발비에서 제외됩니다.
→ 단, 연구용 자산이 아닌 일반 자산인 경우 제외 대상 아님.

(3) 기타 비용 40백만원
연구활동과의 직접적 연관성 판단

연구용 소모품비/시험비 등: 보조금 사용분 차감 필요.

일반 경비(식비 등): 연구와 무관한 경우 차감 불필요.
→ 사용 내역에 따라 구체적 판단 필요.

3. 안분 기준 미존재 시 처리 원칙
보조금 전체를 연구비에 할당
별도 안분 기준이 없는 경우, 보조금 204백만원 전액을 연구비 사용분으로 간주하여 차감해야 합니다.
→ 인건비 14백만원 + 기타 연구비 40백만원 = 총 54백만원 추가 차감 가능성.

4. 최종 계산 예시
구분    금액 (백만원)    비고
원래 인건비    500    
인건비 보조 차감    -14    
기타 연구비 차감    -40    연구활동 연관성 확인 필요 
세액공제 대상액    446    

5. 추가 고려사항
보조금 사용 내역 증빙
연구비 사용 내역을 명확히 입증할 수 있는 서류(연구계획서, 지출내역서 등)를 확보해야 합니다.

사전심사 제도 활용
국세청의 연구인력개발비 세액공제 사전심사를 통해 사전에 적정성 확인이 가능합니다.

이와 같이 기타 비용 40백만원은 연구활동과의 직접적 연관성이 입증될 경우 차감 대상에 포함됩니다. 증빙 자료를 기반으로 한 구체적 판단이 필요하며, 불확실한 경우 사전심사 제도를 적극 활용하는 것이 권장됩니다

※ 상담에 대한 답변은 상담위원의 개인적인 견해로서 ㈜조세통람(택스넷)의 공식적인 의견과는 무관하며 권한 있는 기관(법원, 과세관청 등)의 유권해석과도 차이가 있을 수 있으니 참고자료로만 활용하시기 바랍니다. 따라서, 의사결정 등 실제적용에 있어서는 권한 있는 기관이나 해당 분야 전문가의 조언을 얻어 충분히 검토하시기 바라며, ㈜조세통람(택스넷)은 본 상담의 답변을 활용함으로 인해 발생되는 결과에 법적책임 등이 없음을 주지하시기 바랍니다.

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추가상담

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제 목 관련 조문등
작성자 shgj**** 등록일 2025.06.16
상담분야 지방세 > 취득세 > 신·증축
2) 자산취득
3) 비용차감

-> 혹시 관련 법령이나 예규등 확인 가능할까요?
답변
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제 목 [답변] 관련 조문등 문진수 상담위원 상담분야 기업회계
등록일 2025.06.16

주요 관련 법규는 다음과 같습니다.

조세특례제한법 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)
연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 기본 근거 규정입니다. 내국인이 연구개발 및 인력개발을 위해 지출한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(연구·인력개발비)에 대해 소득세 또는 법인세에서 공제할 수 있도록 규정하고 있습니다.

조세특례제한법 시행령 제9조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)
조세특례제한법 제10조의 위임에 따라, 세액공제 대상이 되는 연구·인력개발비의 범위와 보조금 등으로 지원받은 금액의 차감 등 구체적 세부사항을 규정하고 있습니다.

조세특례제한법 시행령 [별표 6]
세액공제 적용이 가능한 연구·인력개발비의 구체적 항목(예: 인건비, 위탁훈련비 등)을 명시하고 있습니다.

조세특례제한법 제10조의2(연구개발 관련 출연금 등의 과세특례)
연구개발 관련 출연금(국고보조금 등)의 과세특례, 즉 익금불산입 요건 및 처리 방법을 규정하고 있습니다.



조세특례제한법 시행령 제9조 및 별표6 각주에 따라 국가, 지방자치단체, 공공기관 등으로부터 받은 출연금·보조금 등으로 지출한 금액은 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외됩니다. 이 규정의 핵심 내용은 다음과 같습니다.

1. 법적 근거 및 적용 범위
조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 제2호:
연구·인력개발비 세액공제 계산 시, **"연구개발 또는 인력개발을 목적으로 국가 등으로부터 받은 출연금·보조금 등으로 지출한 금액"**을 공제 대상에서 제외하도록 명시합니다.
→ 예시: 정부 R&D 보조금으로 지출한 연구원 인건비, 장비 구입비 등.

별표6 각주:
세액공제 대상이 되는 연구·인력개발비 범위에서 **"국가 등으로부터 받은 출연금 등으로 지출한 금액"**을 제외함을 재확인합니다.

2. 제외 대상의 구체적 조건
구분                                   적용 요건                                                                                                                         예외 사항
제외 대상    ① 국가·지방자치단체·공공기관 등이 연구개발 또는 인력개발 목적으로 지급한 보조금
                       ② 해당 보조금을 연구·인력개발비로 사용한 경우                                                                                      X
예외 적용    ① 비연구목적 보조금(예: 고용창출 지원금)을 연구비로 사용한 경우
                 ② 민간 출연금 또는 자체 부담금으로 지출한 연구비                                                         해당 보조금의 목적이 연구·인력개발이 아닐 경우 세액공제 가능

3. 실무적 판단 기준
보조금의 목적 확인:
보조금 지급 근거 법령(예: 연구개발특구법, 기초연구진흥법 등)에서 명시된 용도가 연구·인력개발인지 여부가 핵심입니다.

사용 내역 증빙:
보조금이 연구비로 사용된 사실을 연구계획서, 지출내역서, 계좌이체 내역 등으로 입증해야 합니다.

이중 공제 방지:
연구개발출연금을 익금불산입한 경우, 해당 금액으로 지출한 연구비는 반드시 세액공제에서 제외됩니다.

4. 적용 사례
사례                                                                                                세액공제 가능 여부    근거
정부 R&D 보조금으로 지출한 인건비 14백만원                                 불가(제외 대상)    시행령 제9조
고용노동부 고용장려금으로 지출한 연구원 교육비 30백만원                         가능       비연구목적 보조금
민간기업 출연금으로 구입한 실험장비 50백만원                                          가능       민간 출연금

5. 주의사항
안분계산 불요:
보조금 전체를 연구비에 사용한 것으로 간주할 경우(별도 안분 기준 없음), 전액을 차감해야 합니다.
→ 예시: 204백만원 보조금 중 150백만원을 자산 취득에 사용하더라도, 연구비 총액에서 전액 차감 필요.

사전 심사 권장:
보조금 사용 목적과 세액공제 적용 여부가 불분명한 경우, 국세청 사전심사를 통해 해석을 확정하는 것이 안전합니다.

 

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