목    차    Ⅰ. 개 요    Ⅱ. 법인등기세율    Ⅲ. 과밀억제권역 내 법인등록세 중과세       3. 중과세 과밀억제권역 내 법인 중과세 유형          (4) 법인합병          (5) 1984년 이전 설치 사무소의 이전    Ⅳ. 중과세분 등록세 신고납부 등       1. 납세의무성립       2. 등록세납세의무의 확정 (4) 법인합병 1) 일반적 합병 법인의 합병형태에는 흡수합병과 신설합병이 있다. 법인이 흡수합병을 하였을 경우에는 존속법인을 기준으로 당해 법인이 5년이 되지 아니하였다면 합병으로 취득·등기하는 부동산은 중과세대상이 되고 5년이 경과한 법인이라면 중과세대상이 되지 아니한다. 아울러 자본금의 증자등기에 대하여도 동일하게 중과세 여부를 판단하여야 할 것이다. 그러나 합병 후 합병으로 취득한 부동산에 새로운 지점을 설치하거나 대도시 이외의 지역에 본점이 있는 법인이 대도시 내의 법인과 합병하여 존속법인의 본점을 대도시 내로 이전하는 경우에는 중과세대상이 된다. 또한 흡수합병 후에 새로이 사업장을 설치하고 그에 따른 부동산을 취득·등기하였다면 등록세가 중과세된다. 다만, 소멸법인의 명의로 되어 있던 사업자등록증상의 명의변경을 하고 동사업장의 건축물 등을 증축하거나 연접 토지를 취득하여 사업장을 확장하는 경우에도 중과세가 될 수 없다고 본다. 그리고 신설합병의 경우에는 새로운 법인이 설립되는 것이므로 신설법인의 법인설립에 따른 모든 부동산이 중과세대상이 된다. 2) 법인분할 및 분할합병 법인의 구조조정을 촉진하기 위하여 법인을 사업부문별로 분할하여 새로이 1개 이상의 법인을 설립하는 것을 회사의 분할이라 하며, 분할하여 기존의 다른 법인과 합병하는 것을 분할합병이라 한다(商法 530의2). 그리고 물적분할은 분할하면서 법인의 주식이 기존법인의 주주들에게 교부되는 것이 아니라 분할되는 회사가 총수를 취득하는 차이가 있다(商法 530의12). 이러한 법인분할, 분할합병, 물적분할 등으로 취득하는 재산에 대하여는 조세특례제한법 제119조 및 제120조의 규정에 의하여 취득세와 등록세가 면제된다. 이 경우 등록세 및 취득세의 면제에 대하여는 농어촌특별세가 과세되는데, 중과세에 해당이 되는 경우에는 중과세율을 적용하여 산출한 등록세의 20%를 농어촌특별세로 과세해야 한다. 그러나 법인설립등기나 자본금 증자에 대하여는 등록세가 면제되지 아니하므로 분할·물적분할의 경우에는 자본금의 1.2%에 해당하는 등록세가 부과되며, 분할합병의 경우에는 합병법인이 5년 경과되었을 경우에는 일반과세되나 5년 미만 법인일 경우에는 1.2%가 적용된다. [사례] 1. 합병 후 소멸법인의 본점을 존속법인의 본점으로 전환(내무부 세정 13407－710, 1996. 7. 1.) 【질의】１. 당 법인은 서울시 내에 본점을 두고 있는 법인으로서(설립 후 5년 경과함) 금년중 대구광역시 내에 본점을 두고 있는(설립 후 5년 경과함) A법인과 합병을 할 계획이며, 당 법인은 합병과 동시에 소멸되고 A법인은 존속법인으로 남기로 하고 합병과 동시에 존속법인의 본점을 대구에서 이전하여 소멸법인의 본점에 본점등기하기로 하고 소멸법인의 본점은 소멸등기하고, 합병 전 A법인의 대구본점은 합병 후 존속법인의 지점으로 등기할 계획이며, 본점 주소지를 등기부상 이전만 할 뿐이며 모든 인적 물적자원은 종전과 같음. ２. 이와 같이 인적 물적자원의 이동이 전혀 없는 상태에서 법인등기부등본상 합병 후 소멸법인의 본점이 합병 후 존속법인의 본점으로 바뀌는 경우 등록세율은? [갑설] 지방세법 제137조 제1항 제4호에 의해 75,000원임. (이유) 회사 직원이나 사업용 자산의 이동이 전혀 없이 합병으로 인한 등기부등본상 단순한 본점 주소지 변경에 불과하며, 합병과 동시에 소멸법인 본점이 존속법인의 본점이 된다고 하여 지방세법 제138조 제1항 제2호의 규정을 적용하여 자본금의 4/1,000 세율에 5배 중과는 이 법의 입법취지가 대도시 내에 인구집중을 방지하기 위한 것인데, 이 경우 인구이동은 전혀 없기에 중과는 이 법의 입법취지에 부응하지 않아 75,000원임. [을설] 지방세법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의해 4/1,000의 세율에 5배 중과임. (이유) 대도시 외의 법인이 대도시 내로 본점을 이전하는 것은 인적 물적자원이 서울시 내로 이전이 되었든 아니되었든 불구하고 법조문대로 자본금의 4/1,000 세율에 5배를 한 중과세율임. 【회신】귀문의 경우 "을설(4/1,000×5배)"이 타당함. 2. 흡수합병시 대도시 내의 지점에 대한 중과 여부(내무부 세정 13407－638, 1994. 9. 6.) 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 동법시행령 제110조 제2항의 규정에 의거 대도시 내 법인의 지점 등이 설치 이후 5년 이내에 취득하는 업무용 비업무용 또는 사업용 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여 등록세를 5배 중과세하는 것이나, 종전에 없던 새로운 사무소를 설치한 것이 아니라 종전부터 존재하고 있던 지점 사무실을 흡수합병하여 당해 법인의 지점으로 바꾸어 유지 존속시킨 경우로서 대도시 내 지점설치 후 5년 이후에 지점용 부동산을 취득하여 이전하는 경우에는 그러하지 아니함. 다만, 종전 사무소를 폐쇄하고 사실상 지점 등을 별도로 설치한 경우라면 등록세가 중과세되는 것이나, 이에 해당 여부는 과세권자가 사실조사 후 판단할 사항임. 3. 대도시 내의 법인을 흡수합병 후 지점등기하는 경우(내무부 세정 13407－21, 1997. 1. 9.) 【질의】다음과 같은 경우 지방세법 제138조 제1항 제3호에 의한 등록세 중과세대상인지? [갑법인] 본점：경기도 안산시 반월공업단지 내(대도시 이외의 지역) 설립일자：1967.12.19. 업종：동력기계제품(산업용 버너) 제조업 [을법인] 본점：경기도 성남시(대도시지역) 설립일자：1970.11.30. 업종：양말기계 제조업 상기 갑법인이 을법인을 흡수합병하고 을법인의 본점을 갑법인의 지점으로 변경하고, 종전 업종을 계속 영위하였을 때 부동산등기에 대한 등록세 중과 여부 【회신】귀문의 경우 경기도 성남시 소재 "을법인"의 본점에 "갑법인"의 지점을 설치하는 경우로서 지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정에 의거 중과대상에 해당됨. 4. 대도시 내 지점설치 후 다른 법인을 합병하여 지점설치등기(내심 96－73, 1996. 2.29.) 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점설치에 따른 부동산의 취득과 지점설치 이후 5년 이내 취득하는 업무용 비업무용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하므로 대도시 내에서 지점설치 후 5개 법인을 합병하여 상호를 합병법인의 명의로 변경하여 신규로 지점설치에 따른 사업자등록을 한 경우 피합병법인의 사업장을 포괄승계하여 사업장의 명칭 또는 소속만 바꾼 형태와는 달리 종전 사무소를 폐쇄하고 지점을 별도로 설치한 것에 해당하므로 등록세를 중과세한 처분은 적법함. 5. 흡수합병 후 새로이 사업용 토지를 취득하는 경우(내무부 도세 22670－2355, 1990. 7.16.) 【질의】당업체는 1990. 6. 1. 개업한 법인으로서 (A) 설립한지 5년이 된 법인 (B)를 흡수합병하여 (B)법인은(설립부터 현재까지 무실적이며 최근 2년 동안 휴업상태임) 사업용 토지를 매입할 경우 등록세가 중과세되는지에 대하여 의문이 있어 질의한다. 1. A법인과 B법인이 합병하여 B법인이 존속법인이 되어 사업용 토지를 구입할 경우 중과 여부? 2. A법인과 B법인이 합병하여 A법인이 존속법인이 되어 사업용 토지를 구입할 경우 중과 여부? 【회신】귀문 중 "1" 의 경우 B법인이 설립한지 5년이 경과된 경우이면 중과세대상이 아니며, "2"의 경우 중과세대상이다. 6. 흡수합병 후 새로이 주유소 건물을 증축한 경우(행심 99－366, 1999. 5.26.) 청구인의 경우 1994.10.31. (주)○○석유를 흡수합병하면서, (주)○○석유가 1988.10.31.부터 사업자등록을 하고 주유소로 사용하고 있던 이건 부동산을 취득하였다. 그후 같은해 11. 1. 청구인명의로 사업자등록을 하고, 같은해 12. 9. 소유권이전등기를 하여 주유소를 운영하다가, 1996. 8.14. 건축물에 대한 증축허가를 받고, 같은해 11.25. 처분청으로부터 사용검사를 받고서 소유권보존등기를 한 사실을 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 청구인은 처분청이 합병을 원인으로 소멸법인의 기존지점을 승계한 것은 등록세 중과세대상에 해당되지 않는다고 보아 제외하고서도, 그후 5년 이내에 기존건축물을 증축하였다고 하여 증축건축물에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분이 부당하다고 주장하고 있다. 그러나 청구인과 같이 합병으로 인하여 소멸법인의 지점용부동산을 취득·등기한 경우 이는 그 부동산등기만이 대도시 내에 새로운 지점의 설치를 위하여 취득등기한 부동산으로 볼 수 없기 때문에 등록세 중과세대상에서 제외된 것일 뿐으로, 존속법인의 입장에서는 법률상 새로운 지점을 설치한 것이 되고, 그러한 지점설치 후 5년 이내에 부동산을 추가로 취득등기하였다면 등록세 중과세대상에 해당된다고 보아야 할 것이고, 이렇게 보는 것이 대도시 내로의 인구 및 산업집중을 억제하기 위한 등록세 중과세의 입법취지에 비추어 볼 때에도 타당하다 하겠으므로, 처분청이 증축건축물에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분은 적법하다 하겠다. (5) 1984년 이전 설치 사무소의 이전 등록세의 중과세에 있어서 중요한 판단기준이 되는 지방세법시행규칙 제55조의2의 사업장의 개념은 1984년 5월 12일에 신설되었다. 그 이전에는 지방세법시행령 제102조 제2항에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 직접 그 업무에 사용하기 위하여 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 등기를 말하며 ……"로 되어 있었다. 즉, 지점 등이라 함은 지점과 분사무소를 통틀어 "지점 등"으로 부른 것이다. 따라서 지방세법 제138조 제1항과 동법시행령 제102조 제2항의 규정을 종합하면 법인등기부에 등재된 지점과 분사무소만을 지칭한다 할 것이다. 따라서 1984년 5월 12일 이전에 설치한 사무소로서 현행 지방세법시행규칙 제55조의2의 규정에 의한 요건을 갖추지 아니한 지점이나 분사무소를 대도시 내에서 이전하는 경우에는 설사 새로이 사업자등록을 하였더라도 새로운 사무소의 설치로 볼 수 없을 것이다. 그런데 1984년 5월 12일 이전에 사업자등록 없이 지점등기만 된 지점을 1984년 5월 13일 이후에 다른 장소로 사업자등록 없이 이전하였다가 다시 건축물을 취득·등기하여 기존지점을 이전하면서 사업자등록을 한 경우에도 기존지점의 이전으로 보아야 하는 지가 문제다. 이 경우 비록 사업자등록을 지점 등의 요건으로 두고 있는 1984년 5월 12일 이후에 지점을 이전하면서 사업자등록을 하지 아니하고 다시 그 지점을 이전하였다 하더라도 종전에 사업자등록을 요건으로 두지 아니한 시기에 설치한 지점의 계속된 이전으로 보아야 할 것이다. 그리고 1984년 5월 12일 이전에 설치한 기존의 지점 등을 이전하면서 새로이 취득한 부동산 소재지에 임대사업자등록을 신규 또는 추가하고 사업을 영위하는 것에 대하여는 ① 본점을 이전하면서 임대사업을 추가한 경우에는 중과세대상이 아니나 ② 기존의 지점 등을 이전하면서 임대사업자등록을 신규 또는 추가한 경우에는 지점의 신설로 보고 있다(내무부 세정 13407－1331, 1996.11.19. 및 13407－199, 1997. 3.24.). [사례] 1. 5년 이상된 종전 지점을 이전하면서 임대사업 추가시(내무부 세정 13407－199, 1997. 8.24.) 【질의】1. 1993년 8월에 광명시 내의 일정토지를 구입하여 1996년 8월에 완공하였다. 1986년 8월에 성남시 내에 지점등기된 도·소매업장의 지점을 본 신축빌딩으로 이전하여 임대업종을 추가한 후 일정부분을 임대하는 경우 대도시 내에서의 지점 이전으로 보는지? 【회신】취득·등기한 부동산 소재지에 지방세법시행규칙 제55조의2의 규정에 의한 사업장을 설치하였다면 동 부동산은 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되어 등록세가 중과세된다. 2. 5년 이상된 본점을 이전하면서 임대사업 추가시(내무부 세정 13407－1331, 1996.11.19.) 【질의】1. 본점을 신축빌딩으로 이전하여 임대업종을 추가한 후 일정부분을 임대하는 경우 대도시 내에서의 지점설치로 보는지? 1983. 5.30.：서울시에 회사설립 1993. 6.15.：안양시 ××동에 지점설치(임차) 1994. 5. 3.：안양시 ○○동 소재 토지 취득 1995. 5.20.：본점을 안양시 ××동으로 이전 1995.12.12.：안양시 ○○동 건물신축 본점 재이전 1996. 1.25.：안양시 ○○건물소재지에 부동산임대업 추가 【회신】본점사옥에 1993년 6월 15일 설치한 지점을 이전하지 않고, 본점용으로만 사용한다면 법인설립 후 5년이 경과되었으므로 등록세 중과세에서 제외됨. Ⅳ. 중과세분 등록세 신고납부 등 1. 납세의무성립 (1) 일반과세 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·소멸 등에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우 그 등기·등록을 받는 자에게 부과하는 세금이기 때문에 납세의무는 등기·등록하는 때에 성립한다(地法 29 2호). 그런데 등록세의 납세의무는 등기·등록을 하는 때에 성립하지만, 납세의무의 확정은 신고납부하는 때이므로(地法 30 1호), 등록세는 결국 납세의무가 성립되기 전에 이미 확정되는 것이다. 왜냐하면 등록세는 등기 등록의 신청서를 접수하기 전까지 등록세를 신고납부하여야 하기 때문이다(地法 150의2 ). 조세는 조세법률이 유보하고 있는 요건을 충족함으로써 추상적으로 납세의무가 성립되고 이를 납세의무자나 정부가 구체적으로 확정하게 되는 것이다. 이러한 조세이론에 비추어 볼 때 등록세의 납세의무성립과 납세의무확정은 그 순서가 뒤바뀌어 있는 것이다. (2) 중과세 및 비과세·감면 배제 등록세 중 중과세분에 대한 납세의무성립은 등기 또는 등록을 하는 때가 아니라 법인설립 부동산등기·지점설치 등의 중과세 해당 요건을 충족하는 때에 성립한다. 왜냐하면 중과세분은 일반과세의 과세요건 이외에 별도의 요건을 추가하고 있기 때문에 이들 요건을 모두 갖추어야만 납세의무가 성립하기 때문이다. 또한 비과세나 감면이 된 등록세에 대하여 일정한 요건을 갖추지 아니한 경우에는 수익사업에 사용한 날 또는 사용유예기간이 만료한 날 등 비과세·감면배제사유가 발생한 날에 납세의무가 성립된다. 왜냐하면 이들은 수시부과사유에 해당하는 것이므로 중과세 또는 비과세·감면배제사유가 발생하는 때에는 납세의무가 성립하게 되는 것이다(地法 29 4호). (3) 신설법인의 등록세 법인을 설립하고자 할 경우에는 등록세를 미리 납부하고 그 영수증을 등기신청서에 첨부하여야 한다. 그런데 등록세 납부는 아직 법인격을 갖추지 아니한 법인명의로 납부해야 하는 문제가 발생한다. 이는 앞에서도 설명한 등록세 납세의무가 등기·등록시점에 성립되도록 하고 있으면서 등록세는 등기·등록을 하기 전에 미리 납부하도록 함으로써 발생하는 것이다. 나아가 등록세를 납부한 후에 법인설립을 추진하다가 이를 취소한 경우에 등록세의 환급을 누구에게 해야하는지의 또다른 문제가 발생한다. 따라서 등록세도 인지세처럼 등기·등록하는 시점에 동시에 납세의무성립과 확정이 되도록 하고 가능하다면 세금납부도 증지로 납부할 수 있도록 개편하는 방안도 검토해 볼 필요가 있다. 그러하지 아니하다면 법인신설의 경우에는 납세의무자를 신설할 법인명과 함께 발기인이나 그 대표자를 공동으로 하도록 하는 보완책이 있어야 하겠다. 또한 대도시 내 신설법인의 등록세 중과세에 있어서 중과세업종과 중과제외업종을 등기부에 목적사업으로 함께 등재하는 경우에 대한 판단기준도 없다. 다만, 부동산등기의 경우에는 겸용하는 경우 중과세를 하도록 하고 있다(地令 102 ②). 따라서 법인등기에 대하여도 이러한 기준이 있어야 할 것으로 보며, 현재는 별다른 규정이 없으므로 일부 중과업종이 있는 경우에는 중과세를 해야 할 것이다. 2. 등록세 납세의무의 확정 (1) 신고납부 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 그 등기·등록의 신청서를 등기·등록관청에 접수하기 전까지 등록세를 신고함과 동시에 당해 신고과세표준액에 세율을 적용하여 산출한 세액을 납부하여야 한다(地法 150의2 ). 등록세는 취득세와 마찬가지로 납세의무의 확정원칙이 자기부과방식인 "신고납부제도"이고, 신고납부를 하지 않거나 부족하게 신고납부한 경우에는 과세권자가 정부부과방식인 보통징수방법에 의하여 부과징수한다. 그리고 신고납부라 함은 납세의무자가 그 납부할 지방세의 과세표준액과 세액을 신고하고 동시에 신고한 세금을 납부하는 것을 말한다(地法 1 1호). 납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세에 있어서는 이를 신고납부하는 때에 확정된다(地法 30 1호). 따라서 신고납부방식인 등록세는 그 과세표준액과 세액을 신고하고 동시에 납부해야만 확정이 되는 것이다. 이것은 국세가 과세표준과 세액을 신고하는 때에 확정되는 것(基令 10의2 1호)과 차이가 있다. 즉, 등록세의 경우 취득세와 마찬가지로 신고만 하고 세액을 납부하지 않으면 확정되지 않는 것이다. 등록세에는 교육세가 20% 부과되기 때문에 실제납부세액은 산출된 등록세의 120%가 된다. 그리고 등록세가 비과세·감면되는 경우에는 등록세는 납부하지 아니하거나 감면받더라도 농어촌특별세는 20%가 부과된다. 물론 농어촌특별세가 비과세되는 경우에는 등록세만 납부하고, 등록세가 비과세·감면되는 경우에는 납부할 세액이 전혀 없게 된다.

[등록세와 교육세·농어촌특별세 과세 요약]
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│구  분  │등록세 과세 │등록세 비과세·감면         │
│        ├──────┼──────┬───────┤
│        │교육세      │농특세 과세 │농특세 비과세 │
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│ 등록세 │1,000,000원 │0           │0             │
├────┼──────┼──────┼───────┤
│ 교육세 │200,000원   │0           │0             │
├────┼──────┼──────┼───────┤
│ 농특세 │0           │200,000원   │0             │
├────┼──────┼──────┼───────┤
│ 계     │120,000원   │200,000원   │0             │
└────┴──────┴──────┴───────┘