부당행위계산부인의 규정은 반드시 특수관계자와의 직접거래에만 적용하는 것이 아니고 특수관계자 외의 자를 통하여(경유하여) 이루어진 거래도 포함한다.  

   특수관계자인지의 여부는 그 행위당시를 기준으로 하는 것이므로 거래 후에 특수관계가 소멸된 경우라도 그 행위는 명세서제출대상에 당연히 해당한다.

   타인명의로 부동산을 취득하는 경우 그 거래가 법인에게 귀속되는 것이면 명세서제출대상에 포함하며(귀속의 실질), 유가증권의 양도거래가 소위 자전거래에 해당하게 되어 손금불산입하는 경우에는, 그 양도거래를 양도거래로 보지 아니하고 평가거래로 보는 것이므로 이 거래는 명세서의 제출대상에 포함되지 아니한다고 할 것이다(거래의 실질). Ⅰ. 규정 요약1. 부당행위계산부인규정의 열거특수관계자간 거래에 대하여 부당행위계산부인의 규정을 적용하는 국세법의 규정을 보면 아래와 같다.(1) 법인세법의 경우① 내국법인의 각사업연도소득금액 계산시의 부당행위계산부인 규정(法法 52)② 외국법인의 국내원천소득금액 계산시의 부당행위계산부인 규정(法法 92)③ 법인의 청산소득금액 계산시의 부당행위계산부인 규정(法法 79 ⑥, 80 ③)④ 법인의 토지 등의 양도에 대한 특별부가세 과세표준계산시의 부당행위계산부인 규정(法法 99 ⑩)(2) 소득세법의 경우① 거주자의 부동산임대소득·사업소득·일시재산소득·기타소득 또는 산림소득금액 계산시의 부당행위계산 부인 규정(所法 41)② 거주자의 양도소득금액 계산시의 부당행위계산부인 규정(所法 101)③ 비거주자의 국내원천소득 종합과세시의 부당행위계산부인 규정(所法 122)(3) 부가가치세법의 경우① 부가가치세과세표준 계산시의 부당행위계산부인 규정(附法 13, 附令 50 ①)2. 거래명세서 제출의 규정위의 부당행위계산부인에 관한 열거규정에 불구하고 특수관계자간의 거래명세서를 제출하도록 하고 있는 규정은 법인세법에만 정하여져 있다. 소득세법의 적용을 받는 거주자 등은 종합소득금액 등에 대하여 특수관계자간 거래명세서를 제출하지 아니하는 것이며 부가가치세의 경우에도 별도로 정하지 아니하고 법인세법상의 부당행위계산부인규정을 적용하다보면 당연히 부가가치세법상의 부당행위계산부인도 하게되는 것이다.요약하면 명세서의 제출은 법인세법의 정함에 의하여 다음의 경우에 제출의무가 발생한다.① 내국법인의 각사업연도소득금액 계산시의 부당행위계산부인 규정(法法 52)② 외국법인의 국내원천소득금액 계산시의 부당행위계산부인 규정(法法 92)③ 법인의 청산소득금액 계산시의 부당행위계산부인 규정(法法 79 ⑥, 80 ③)위 ②와 ③은 소득금액계산시 ①의 규정을 준용하여 계산하도록 하고 있으므로 부당행위계산부인과 관련한 거래명세서를 제출하는 것이다.Ⅱ. 특수관계자의 범위특수관계자의 범위는 법인세법시행령 제87조의 규정에 의한 것이다. 1. 범위규정(A와 B는 특수관계자임)① 법인(A)의 임원의 임면권행사, 사업방침의 결정 등 경영에 영향을 행사하는 자(B)와 그 친족(B)② 법인(A)의 주주 등(소액주주 제외)(B)과 그 친족(B)③ 법인(A)의 임원의 사용인(B), 법인(A)의 사용인의 사용인(B), 법인(A)의 주주인 영리법인의 임원(B), 법인(A)의 주주인 비영리법인의 이사(B)와 설립자(B)④ ①∼③에 해당하는 자(B)가 발행주식총수의 30% 이상을 출자하고 있는 다른 법인(B)⑤ ④의 (B)가 발행주식총수의 50% 이상을 출자하고 있는 다른 법인(B)⑥ 당해 법인(A)이 대규모기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업 집단에 소속한 다른 계열사(B)⑦ 기타(法令 87 5호 및 7호)2. 쌍방관계위의 관계에 의하여 특수관계가 있게 되는 경우에는 그 쌍방에 대하여 부당행위계산부인규정이 적용되는 것이므로 특수관계자가 상호 법인이라면 그 법인 양방이 모두 특수관계자간 거래내용을 명세제출하여야 한다.예를 들면 갑법인이 을법인의 주주이고 갑법인이 을법인에게 매출을 한 경우 갑법인은 매출명세서를 제출하고 을법인은 매입명세서를 제출하게 되는 것이다.3. 3자 경유시의 특수관계자부당행위계산부인의 규정은 반드시 특수관계자와의 직접거래에만 적용하는 것이 아니고 특수관계자 외의 자를 통하여(경유하여) 이루어진 거래도 포함하는 것이므로 이 경우에는 그 경유를 통한 특수관계자가 대상이 된다.4. 판정의 기준시점특수관계자인지의 여부는 그 행위당시를 기준으로 하는 것이므로 거래 후에 특수관계가 소멸된 경우라도 그 행위는 명세서제출대상에 당연히 해당한다. 다만, 특수관계자인 법인간의 합병에 대한 부당행위계산부인규정 적용시에는 특수관계 있는 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도개시일(개시일이 서로 다른 법인간의 합병의 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.size=4>Ⅲ. 명세서제출대상 거래의 범위명세서제출대상인 거래란 부당행위계산부인대상인 거래의 모두를 의미하는 것이다. 이를 구분하면 다음과 같이 매출거래 등, 매입거래 등, 그리고 자본거래로 나뉜다.1. 대상거래(1) 매출거래 등매출거래는 유형자산(재고자산, 기타자산)의 매출거래, 무형자산의 매출거래, 용역공급거래, 금전대부거래, 기타의 매출거래를 의미한다.당좌자산, 기타유동자산, 투자자산, 유형자산, 무형자산의 매출거래와 임대용역 등 용역거래, 가지급금의 대여 등 금전대부거래 등이 망라된다.금전대부 중에는 무주택종업원에 대한 주택구입자금 등의 대여 등과 같이 부당행위계산부인의 적용대상에서 제외되는 거래도 있으나 이를 명세서에서 제외하도록 하는 별도의 규정은 없으므로 역시 제출하여야 한다.거래금액이 영(0)인 경우에도 부당행위계산부인의 대상이므로 그 거래금액을 기재하여야 할 것이다.특수관계자와의 거래금액총액을 기재하는 것이나 금전대부의 경우에는 당해 사업연도종료일 현재 금전채권·채무의 잔액을 기재하는 것으로 되어 있다(法則 제52호 서식 작성요령 2호 참조).(2) 매입거래 등매입거래의 경우에도 그 대상은 위의 매출거래처럼 유형자산(재고자산, 기타자산), 무형자산, 용역, 금전대부, 기타의 매입거래로 하는 것이나 개념상 이연자산은 매출거래가 부자연스러움에 반하여 취득거래는 발생가능한 것이므로 그 이연자산의 취득거래도 기타의 매입거래에 포함하여야 할 것이다.당연히 매입거래 등도 특수관계자와의 거래금액총액을 기재하는 것이나 금전대부의 경우에는 당해 사업연도종료일 현재 금전채무의 잔액을 기재하는 것이다.(3) 자본거래증자, 감자 합병 분할합병거래를 명세서에 기재하여야 하는 바, 이 또한 부당행위계산부인의 규정적용을 위한 것이므로 증감자거래란 명세서제출의무자인 당해법인이 출자한 상황의 변동내용을 기재하는 것이다. 합병 또는 분할합병거래의 경우에는 합병 등에 의한 존속법인 또는 합병 등에 의한 소멸법인이 모두 합병등거래에 대하여 명세서를 제출하여야 한다(法則 제52호 서식 작성요령 참조).2. 실질과세와 대상거래위의 명세서제출대상 거래여부는 기업회계기준에 의한 거래구분에 의하지 아니하고 법인세법의 거래구분에 의하는 것이며 또한 국세기본법 제14조의 규정에 의한 실질과세원칙에 의한 것이어야 한다. 귀속의 실질과 거래의 실질에 관한 규정을 적용할 것이다.이를테면 타인명의로 부동산을 취득하는 경우 그 거래가 법인에게 귀속되는 것이면 명세서제출대상에 포함하며(귀속의 실질), 유가증권의 양도거래가 소위 자전거래에 해당하게 되어 손금불산입하는 경우에는, 그 양도거래를 양도거래로 보지 아니하고 평가거래로 보는 것이므로 이 거래는 명세서의 제출대상에 포함되지 아니한다고 할 것이다(거래의 실질).3. 명세서제출제외대상거래다음 각호의 거래의 내역은 명세서제출을 하지 아니할 수 있다. ① 결합재무제표작성회사－결합재무제표작성회사가 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하는 명세서 즉 내부거래상계명세서, 계열회사간 거래내역명세서 등에 포함된 거래② 국제거래－국제조세조정에관한법률 제11조의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장에게 그 내역을 제출한 국제거래Ⅳ. 제출기한과 미제출시의 제재 등특수관계자간 거래명세서의 제출은 법인세의 과세표준신고와 함께 하여야 한다. 한편 미제출시 또는 누락제출시 별도의 가산세 등의 제재는 정하여져있지 아니하다.Ⅴ. 명세서 작성요령 (법인세법시행규칙 제82조 제1항 제50호, 별지 제52호 서식)