2000년 결산 관련 중소기업이 과세표준 및 세액신고를 하는 경우에 적용받는 조세지원 내용 중 조세특례제한법의 내용을 중심으로 확인하기로 한다. 중소기업에 대한 조세지원은 일반기업에 대하여 적용되는 조세지원과 중소기업에 대하여 특별히 적용되는 조세지원으로 구분하여 확인할 수 있다. 이번 호에는 중소기업에 대하여 특별히 적용되는 조세지원내용을 중심으로 점검하고자 한다..…………………필자 註 I.중소기업에 대한 조세지원의 일반적인 내용 점검 중소기업에 대한 조세지원 내용을 다음과 같이 일정한 기준으로 분류할 수 있을 것이다. ① 중소기업에 대한 일반적인 조세 지원 ② 창업중소기업 및 창업벤처중소기업에 대한 조세지원 ③ 중소기업의 기업구조조정에 대한 조세지원 ④ 지방이전 중소기업에 대한 조세지원 이러한 내용 중에서 이 글은 중소기업이 결산 후 과세표준 및 세액신고과정에서 적용되는 사항에 중심을 두고 있으므로 ① 및 ②의 내용을 중점적으로 검토하기로 한다. 조세지원요건 및 사후관리에 대하여 전반적인 내용을 모두 확인하는 것은 법인결산신고실무를 참조하기 바라며, 여기에서는 당해 중소기업이 유의할 사항을 중심으로 서술하기로 한다. 1.중소기업의 판정기준 및 기업합리화 적립금 (1)중소기업판정 기준의 개정과 적용시기 중소기업판정기준이 개정되어 조세특례제한법 시행령 제2조 및 중소기업기본시행령 별표를 적용하는 경우에 조세특례제한법의 중소기업해당업종을 주된 사업으로 영위하면서,「종업원수·자본금·매출액」기준 중 하나 이상을 충족하고 「실질적인 독립성 기준」을 갖춘 경우에 중소기업에 해당하도록 하였지만, 개정된 내용은 조세특례제한법 시행령 부칙에서 2001년1월1일 후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용하도록 하고 있다[조특령 부칙 17034호 제15조]. (2)기업합리화 적립금의 개정과 적용시기 2000년말 개정 조세특례제한법에 의하면, 중소기업기본법의 중소기업 해당법인이 세액공제·세액감면·소득공제를 받은 경우에 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하는 의무를 지우지 않고 동 감면세액상당액을 거주자와 같은 방법으로 고정자산에 투자를 하거나, 장기차입금의 상환에 사용하도록 하고 있다. 동 개정규정은 2001년1월1일 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용한다[조특법 제6297호 부칙 제1조, 제2조]. 개정법률 시행당시 중소법인이 종전의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적용받던 감면세액에 대하여는 이 법 시행후 최초로 감면받은 것으로 본다[조특법 제6297호 부칙 제43조]. 따라서 2000년 12월 결산 관련 과세표준·세액신고에서는 종전규정을 적용한다. 2.중소제조업 등에 대한 조세지원 (1)개 요 중소제조업 등에 특별세액감면제도는 조세특례제한법 제7조의 내용으로 제조업 등 일정한 업종의 중소기업에 대하여 당해 사업에서 발생한 소득세?법인세의 20%에 상당하는 세액을 감면하는 제도이다. (2)개정내용과 적용시기 중소제조업 등에 대한 특별세액 감면규정도 2000년말 개정 조세특례제한법에서 중소기업에 대한 특별감면으로 개정되어 수도권안의 소기업에 대하여 20%[도매, 소매, 의료, 자동차정비 등의 현금수입업종의 경우에는 10%], 지방중소기업에 대하여 30%[현금수입업종의 경우에는 10%]의 차등 감면율을 적용하는 것으로 개정되었지만, 동 규정 역시 2001년1월1일 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용하므로 2000년 12월말 결산에서는 종전규정에 따라 [제조업 등]의 소득세?법인세에 대하여 20%의 감면을 적용한다. (3)감면규정 적용시 유의할 사항 ① 농어촌특별세비과세의 적용대상업종 「중소제조업에 대한 특별세액감면」은 농어촌특별세가 비과세인 것으로 규정되어 있지만(농특법 제4조 제3호), 「제조업 이외의 업종」으로 중소제조업 등에 대한 특별세액감면 규정을 적용받는 경우에는 농어촌특별세 비과세로 규정되어 있지 아니하다. 따라서 중소제조업 등에 대한 특별세액감면 중 중소제조업에 대한 감면분에 관하여서만 농어촌특별세가 비과세되는 것으로 해석하고 있다[법인46012-1726 1997.6.27.]. ② 감면소득의 계산 : [조특법 143, 조특령 136, 법법 113, 법령 156] 감면소득의 계산은 [법인세법 기본통칙 2-1-14-…8]에 의하여 계산하는데 영업외수익과 특별이익 중「수입배당금, 수입이자, 유가증권처분이익, 수입임대료, 가지급금 인정이자, 고정자산처분이익, 자산수증이익」은 개별익금으로 제조업 등의 소득을 구성하지 아니하고, 영업외비용과 특별손실 중에는「유가증권처분손실, 고정자산처분손실」이 개별손금으로 제조업 등의 손금으로 인정되지 아니한다. 한편, 공통익금 및 공통손금은 소득구분계산서 서식의 작성요령에 따라 작성한다. (4)중소제조업 등으로 분류되는 업종에 대한 예규 ① 물류산업 : 화물운송업을 주업으로 하고 콘테이너장치장과 냉장창고업을 겸영하는 경우 당해 사업에서 발생한 소득에 중소제조업 등에 대한 특별세액감면의 적용이 가능한 것으로 해석하고 있다[법인 46012-1793, 1997.7.2.]. ② 정보처리 및 컴퓨터 운용관련업 : 정보처리 및 컴퓨터운용관련업이라 함은 컴퓨터설비자문업, 소프트웨어의 자문·개발 및 공급업, 자료처리업 및 데이터베이스업을 말하는 것이므로, 기개발된 소프트웨어를 독점적으로 판매하면서 이와 관련한 유지보수 및 공급된 소프트웨어의 판매활동에 부수되는 자문을 하는 것은 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없는 것으로 해석하고 있다[법인46012-3216,1997.12.10.]. 3.중소기업의 투자에 대한 지원 (1)개 요 중소기업 투자에 대한 조세지원으로는 「중소기업투자 준비금의 손금산입(조특법 4)」과 「중소기업투자세액공제(조특법 5)」의 규정이 있다. 중소기업투자준비금의 손금산입은 사업연도종료일 사업용자산 등의 가액의 20%이내에 해당하는 금액을 손금에 산입하는 제도이고, 중소기업투자세액공제는 사업용자산에 투자하는 경우 투자금액의 3%를 세액공제하는 제도이다. (2)개정내용과 적용시기 2000년말 개정 조세특례제한법에서는 중소기업투자준비금 손금산입 대상에 종전의 기계장치 외에 「전자적 기업자원관리설비·전자상거래설비·판매시점 정보관리시스템 설비」 등을 추가하였고, 중소기업투자세액공제에 대하여도 「판매시점정보관리시스템 설비」를 추가하였지만, 개정내용은 모두 2001년1월1일이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용하며, 투자세액공제의 경우 개정법률 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용하므로 2000년12월말 결산법인은 종전규정을 적용받는다. (3)투자준비금 및 투자세액공제 규정적용시 유의할 사항 ① 사업용자산의 범위 : 「중소기업투자준비금」과 「중소기업투자세액공제」에 적용되는 사업용자산은 각각 해당사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 조세특례제한법 시행규칙 제3조 제1항의 규정에 의한 설비를 말한다. ② 금융리스로 취득한 자산 : 중소제조업을 영위하는 내국법인이 금융리스의 방법에 의하여 사업용 자산을 새로이 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)한 경우에는 중소기업투자세액공제를 적용받을 수 있는 것으로 해석하고 있다[:법인46012-1846, 1996.6.27.]. 4.임시투자세액공제 (1)개 요 임시투자세액공제는 경기조절을 위하여 필요하다고 인정되는 경우에 적용되는 투자세액공제제도로서 일정한 투자[조특령23①]금액에 대하여 일정율[조특령23②]을 적용하여 세액공제를 적용하는 제도이다. 이 제도는 중소기업이외의 내국인에게도 적용되지만, 개정내용을 감안하여 다음과 같이 설명한다. (2)개정내용과 적용시기 ① 적용시한 : 2000년말 개정전 임시투자세액공제제도는 2000년6월30일까지 적용되었다. 그런데 2000년말 조세특례제한법 시행령 제23조 규정에 의하면, 2001년1월1일부터 2001년6월30일까지 6월간 한시적으로 임시투자세액공제를 적용하는 것으로 규정하고 있고, 개정규정은 2001년1월1일이후 최초로 투자가 개시되는 분부터 적용하도록 하고 있다. 다만, 2001년1월1일 현재 투자가 진행중인 것으로서 2000년7월1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2001년 이후 투자분에 대하여도 개정규정을 적용한다[조특령 제17034호 부칙 제4조]. 따라서 2000년12월 결산은 종전 규정에 따라 임시투자세액공제를 적용하여야 한다. ② 세액공제율 : 개정규정에서는 10%이지만, 2000년 결산에서는 종전의 규정에 따라 7%를 적용하여야 한다[조특법 23②]. 5.기업의 어음제도 개선을 위한 세액공제 (1)개 요 내국인이 구매대금(중소기업이 아닌 기업을 영위하는 내국인은 중소기업에 지급하는 구매대금에 한함)을 환어음·판매대금 추심의뢰서를 결제하는 방식으로 대금을 지급하거나 기업어음구매전용카드를 사용하여 구매대금을 지급하는 경우에는 일정한 방식으로 세액공제를 적용하는 제도이다. 이는 어음거래의 부작용을 줄이기 위하여 2000년10월21일 공포되어 공포한 날부터 시행되고 있으며, 개정법률 시행 후 최초로 결제하거나 기업구매전용카드를 사용하는 분부터 적용하도록 하고 있다. (2)세액공제금액 및 한도액의 계산 1)세액공제금액

㉮ 구매대금을 지급하기 위하여 결제한 환어음의 금액·판매대금 추심의뢰서의 금액 및 기업어음구매전용카드의 사용금액의 합계액 ㉯ 구매대금을 지급하기 위하여 결제한 약속어음의 금액(개정법률 시행일[2000년10월21일] 이전에 발행한 분은 제외한다) 2)세액공제의 한도액 한도액 = 당해 사업연도의 법인세·소득세(사업소득세에 한함)· (3)지급이자 손금불산입 적용대상의 적용배제 법인세법의 업무무관자산 지급이자 손금불산입 규정을 적용함에 있어서 한국은행총재가 정한 규정에 따라 이루어진 기업구매자금대출에 의한 차입금은 지급이자 손금불산입 적용대상 차입금에서 제외하도록 개정하였고(법령 53 ④), 동 개정 규정은 2000년 12월29일이 속하는 사업연도에 차입하는 분부터 적용하도록 하고 있다[법령 제16810호 부칙 제6조]. 6.연구 및 인력개발에 대한 조세지원 (1)개 요 연구 및 인력개발을 위한 조세지원에 대하여는「연구 및 인력개발준비금의 손금산입(조특법9)」,「연구?인력개발비에 대한 세액공제(조특법10)」,「연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제(조특법11)」등 다수의 규정이 있다. 대체로 연구개발전담부서(기술개발촉진법 관련)가 있는 기업은 이러한 조세특례규정을 적용받게 된다. 여기에서는 「연구?인력개발비에 대한 세액공제(조특법10)」에 대한 내용만 확인하기로 한다. (2)개정내용과 적용시기 2000년말 개정 조세특례제한법에서는 종전의 「기술 및 인력개발비」를 「연구?인력개발비」로 개정하고 적용대상업종을 부동산업 및 소비성서비스업을 제외한 내국인으로 하여 업종을 확대하였으며, 중소기업이 아닌 경우에는 [증가기준]에 의한 세액공제만을 적용할 수 있도록 하였고[조특법10①], 연구?인력개발비의 금액계산기준을 종전에는 「지출」기준이었으나, 개정세법에서는 「발생」기준을 적용하고 있다. 동 규정은 2001년1월1일부터 시행한다. 다만, 개정법률 시행후 최초로 개시하는 과세연도 이전에 기술 및 인력개발비가 발생하였으나, 지출되지 아니한 금액은 개정법률 시행후 최초로 개시하는 과세연도에 발생된 것으로 보아 개정규정을 적용한다. 따라서 2000년12월말 결산 관련 법인세 과세표준신고는 종전규정을 적용한다. (3)기술·인력개발비의 범위 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 금액을 계산함에 있어서 중요한 업무는 기술 및 인력개발비 지출금액을 산출하는 것인데, 이는 당해 과세연도의 지출비용 중에서 조세특례제한법 시행령 [별표6]의 내용과 조세특례제한법 시행규칙 제7조의 내용에 해당하는 것을 집계하는 작업이다. 전산에 의해서 세부코드가 부여되어 별도로 집계되는 경우에는 전산장부로 확인이 가능하겠지만, 그렇지 않은 경우에는 시행령 [별표6]의 항목별로 금액을 집계하고 그 근거를 준비해 두어야 할 것이다. ① 기술인력개발비 세액공제에 적용되는 운용리스의 리스료 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 중 연구·시험용시설은 동법시행령 별표 6의 기술개발 가목 ③에서 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용시설의 임차에 소요된 비용에 적용하므로 동 시설을 직접 구입한 경우에는 동 세액공제를 적용받을 수 없으나, 운용리스계약을 체결하여 사용하고 지급하는 운용리스료는 임차비용에 해당되는 것으로 보아 세액공제를 적용하는 것으로 해석하고 있다[법인 46012-2604, 1997.10.10.]. ② 기술개발준비금 손금산입한도를 초과하여 지출된 기술개발비 중소기업이 아닌 법인이 손금산입한 기술개발준비금 중 당해 사업연도의 종료일 이후 3년간 지출한 기술개발비로서 기술인력개발비 세액공제를 적용받는 금액에 대하여는 그 3년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산시 이자상당액을 가산하여 익금에 산입[조특법 9①(1)]하는 것이며, 당해 손금산입된 준비금상당액을 초과하여 기술개발비로 지출된 금액에 대하여는 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것으로 해석하고 있다[법인46012-505, 1999.2.8.]. ③ 합병법인의 기술인력개발비 세액공제액의 계산 합병법인이 합병일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도에 "당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액"을 계산하는 경우에는 피합병법인이 승계한 사업과 관련된 기술?인력개발비를 합산하여 계산하는 것으로 해석하고 있다[법인46012-3883, 1999.11.3.]. ④ 위탁훈련비의 기술 및 인력개발비 세액공제 적용 조세특례제한법 제10조의 기술 및 인력개발비[현행 : 연구·인력개발비]에 대한 세액공제를 적용받는 비용 중 조세특례제한법 시행령 [별표 6]의 2 인력개발란 가목 ②[근로자고용훈련촉진법에 의한 직업훈련기관에 대한 위탁훈련비] , ③[근로자고용훈련촉진법에 의하여 노동부장관의 승인을 얻어 위탁훈련하는 경우의 위탁훈련비] 및 나목의 인력개발비는 근무부서에 제한 없이 조세특례제한법의 규정에 의하여 지출된 비용에 대하여 세액공제적용대상이 되는 것으로 해석하고 있다[법인46012-984, 2000.4.20.]. 7.코스닥 등록 중소기업 조세지원 (1)개 요 코스닥시장에 고수익·고위험을 가진 기업들이 있는 점을 감안하여 협회등록중소기업이 사업손실을 보전할 목적으로 사업손실준비금을 손금으로 계상한 경우에 당해 사업연도의 소득금액의 50%범위안에서 손금에 산입하는 것을 인정하는 제도이다[조특법 8조의2]. (2)개정내용과 적용시기 2000년말 개정 조세특례제한법에서는 2002년12월31일까지 주권상장하거나 협회등록하는 주권상장중소기업이나, 협회등록중소기업에 대하여 적용하며, 상장일·등록일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도부터 2년이내에 종료하는 과세연도까지 과세연도의 소득금액 30%범위 안에서 손금산입하는 것을 인정하는 것으로 개정되었다. 개정규정은 2001년1월1일이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용하며, 개정법률 시행당시에 증권거래소에 주식을 상장하거나, 증권업협회에 등록한 중소기업은 개정법률 시행일에 상장하거나 등록한 것으로 보아 동 규정을 적용한다[조특법 제6297호 부칙 제31조]. 따라서 2000년말 결산 관련 과세표준?세액신고에서는 개정전 규정을 적용한다. (3)손금산입한도 금액 손금산입 한도금액은「당해 사업연도 소득금액」의 50%이다. 「당해 사업연도 소득금액」은 [법인세과세표준 및 세액조정계산서]의 차가감소득금액에서 사업손실준비금을 손금에 산입하지 아니한 금액을 말한다[서식 작성요령1]. 따라서 기부금한도초과액을 포함하지 아니한다. 8.중소기업 수증설비에 대한 익금불산입 특례 (1)개 요 내국인이 2003년12월31일이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에 직접 사용하던 사무자동화기기 등 일정한 설비를 특수관계에 있지 않은 중소기업에 무상으로 기증하거나 저가로 양도하는 경우에, 기증하는 기업에게는 손금산입[시가에서 양도가액을 차감한 금액]을 인정하고, 기증받는 중소기업에게는 익금불산입을 인정하는 제도이다. (2)개정내용과 시행시기 개정 조세특례제한법 시행령 제7조에서는 기증대상설비의 범위에 대기오염방지시설 및 에너지절약시설 등을 추가하였으나, 동 규정은 2001년1월1일 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용한다[조특령 제17034호 부칙 제1조, 제2조]. II.창업중소기업 및 창업벤처기업에 대한 조세지원 현행 조세특례제한법은 창업중소기업과 창업벤처중소기업에 대하여 동등한 수준으로 감면규정을 적용하고 있다. 이하 소득세?법인세에 대한 감면의 요건과 감면내용을 간략하게 정리하기로 한다. 1.감면의 요건 (1)창업중소기업 「2003년 12월 31일 이전에 ① 수도권외의 지역에서 창업한 중소기업과 ② 중소기업창업지원법 제5조 제2항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정 받은 내국인」이 지원대상이다. (2)창업벤처중소기업 벤처기업육성에관한특별조치법에 의한 벤처기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법규정에 의하여 벤처기업으로 확인 받은 기업(창업벤처중소기업)에게 적용한다. 일반적인 창업중소기업과는 달리 「지역 등」의 제한을 두고 있지 아니하다. 2.감면의 내용 (1)소득세·법인세 감면 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2)지방세의 감면 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관하여는 취득세·등록세를 면제하고, 당해 사업용 재산에 대하여는 창업일부터 5년간은 재산세 및 종합토지세의 50%를 감면한다. 3.창업의 범위 관련 개정내용과 창업지원법의 내용 (1) 개정내용 및 시행시기 2000년말 개정 조세특례제한법에서는 내국인이 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하거나 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 인정하지 아니하는 규정을 신설하였고, 개정규정은 2000년12월29일이 속하는 과세연도부터 적용하도록 하고 있다[조특법 제6297호 부칙4]. (2)중소기업창업지원법의 창업의 범위[시행령 제2조] 중소기업창업지원법의 규정에 의한 창업은 다음 중 어느 하나에 해당하지 아니하는 것으로서 중소기업을 새로이 설립하여 사업을 개시하는 것을 말한다. 따라서 다음의 내용은 창업에 해당하지 아니한다. ① 동종사업의 승계 : 타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우 ② 개인기업의 법인전환 : 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우 ③ 폐업후 동종 사업개시 : 폐업 후 사업을 개시하여 폐업 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우 III.공제·감면세액의 승계 1.합병·분할의 경우의 공제감면세액의 승계 세액감면 또는 세액공제를 적용받던 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우에는 법인세법 시행령 제96조에 규정하는 방법에 의하여 세액감면 또는 세액공제를 승계받아 잔존감면기간내 또는 이월공제 잔존기간내에 적용받을 수 있도록 규정하고 있다. 이 경우에 합병법인 등이 당해 세액감면요건과 세액공제요건을 갖추어야 하고, 합병·분할도 법인세법의 합병·분할 관련 과세이연요건이 충족되는 경우에 적용한다. 2.개인기업 법인전환시의 공제감면세액의 승계 개인기업에서 전환되는 법인에 대하여 개인기업 당시의 감면?공제 등에 대하여 다음과 같은 방법으로 승계하여 공제받을 수 있도록 하고 있다[조특법 32]. ①「창업중소기업·창업벤처중소기업·농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면」 : 전환법인이 잔존감면기간에 대하여 법인세, 소득세, 재산세 및 종합토지세의 감면규정을 적용받을 수 있다. ②「사업전환중소기업, 수도권외지역 이전 중소기업, 농업회사법인」이 감면기간이 경과되기 전에 법인전환 하는 경우: 전환법인은 잔존감면기간에 대하여 법인세·소득세의 감면규정을 적용받을 수 있다. ③「세액공제액의 이월공제규정에 의한 미공제세액」이 있는 개인기업이 법인전환하는 경우 : 전환법인은 소멸되는 개인기업으로부터 승계받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 이월공제 잔여기간내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다. IV.중복적용시의 배제 및 감면규정 적용의 제한 조세특례제한법에 중복적용의 배제규정이 다수의 항목으로 존재하지만, 앞에서 설명한 감면규정을 중심으로 중복적용의 배제 및 감면규정의 적용제한 내용을 확인하기로 한다[조특법127]. 1.조세지원 중복적용의 배제 (1)감면규정 상호간의 중복적용의 배제 창업중소기업[창업벤처중소기업]에 감면과 중소제조업에 등에 대한 특별세액감면은 동일사업장 동일과세연도에 중복하여 적용받을 수 없으며, 동시에 적용대상이 되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. (2)동일한 투자자산에 대한 세액공제의 중복적용 배제 중소기업투자세액공제·임시투자세액공제·기술인력개발설비투자세액공제 등이 중복되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용한다. (3)일정한 감면을 적용받는 경우에 투자세액공제 적용배제 창업중소기업[창업벤처중소기업]에 대한 세액감면 또는 개인기업법인전환 관련 감면세액의 승계규정을 적용하는 경우에, 투자세액공제[중소기업투자세액공제?임시투자세액공제 등]를 적용하지 아니한다. 2.세액감면규정의 적용배제 조세특례제한법에서는 수도권안에서 창업을 하거나 사업용자산으로서 시설투자[증설]를 하는 경우에 중소기업투자세액공제 등 일정한 세액공제규정을 적용배제하는 규정을 두고 있다[조특법130]. 또한 업무와 관련없는 부동산을 양도하거나 미등기토지 등을 양도하는 경우에도 특별부가세·양도소득세 등의 감면규정을 적용하지 아니한다[조특법 129]. 따라서 당해 기업의 감면내용이 감면배제사항에 해당하지 않는지 검토해야할 것으로 본다.