【질의】 <사실관계> 법인이 관할세무서로부터 부가가치세 경정조사를 받아 1과세기간내에 착오납부한 세액 1억원(매출세액)과 매입불공제세액(이하, 추징세액이라 함) 3천만원이 동시에 발생되어 차액 7천만원이 다른 국세에 충당되었음. 관할세무서는 경정조사로 인한 환급세액은 경정결정일로부터 30일이 경과하는때부터 기산한다하여 국세환급가산금을 미지급함 당해 법인은 이에 불복하여 심사청구에서 위 환급건은 착오납부의 경우로써 각 과세기간별로 부가세를 신고납부한 다음날부터 이 결정에 의하여 청구법인에게 환급을 통보하는 날까지 국세환급가산금을 가산하여 환급하도록 결정됨 <질의내용> 1과세기간내에 착오납부로 인한 환급세액과 추징세액이 동시에 발생한 경우 국세환급가산금 계산방법에 양설이 있음 〈갑설〉 환급세액과 추징세액이 한 과세기간에 동시에 발생되었지만 착오납부로 확정된 환급세액은 추징세액과 별도로 총환급세액 1억원에 대하여 국세환급금가산금을 계산하는 것이고, 또한 추징세액 3천만원은 관계법률에 의한 가산세를 포함하여 계산하는 것임. 〈을설〉 착오납부한 환급세액과 추징세액이 동시에 발생되었으므로 별개로 보는 것이 아니므로 차감한 세액(7천만원)에 대하여 국세환급금가산금 계산하는 것임. 【회신】 귀 질의의 경우에는 〈을설〉이 타당한 것임. (징세 46101-1525, 2000. 10. 27) 【관련규정】 국세기본법 제52조(국세환급가산금) 【검토내용】 ｏ 부가세 경정조사를 통하여 같은 과세기간내에 세법을 잘못 적용하여 세액이 착오로 과다납부한 것이 발견되고, 동시에 매입세액을 불공제할 사항이 적출되어 결과적으로 감액경정결정될 경우 추징관련세액은 추징에 따른 가산세를 적용하고, 감액관련세액에 대하여는 환급가산금을 따로이 적용할 수 없는 것이고 추징하는 사항과 감액되는 사항이 동시에 발생한 경우 서로의 적출금액을 차가감하여 고지가 되는 사항이면 추징에 따른 가산세를 적용하는 것이고, 환급세액이 나오면 환급가산금을 적용하는 것임. 즉, 위 질의의 경우에는 “을설”이 타당한 것임. 자료원 : 국세청 징세과(국세 12월호)