장학재단법인 등 공익법인은 법인세뿐만 아니라 증여세와도 관련되어 있으므로 법인세법에서의 과세표준신고 등의 특례와 공익법인 출연재산 사후관리를 함께 검토하여야 한다.   기업실무에서 내국영리법인의 결산과 법인세 과세표준신고는 대부분 익숙해 있으므로 매년 일정한 방법으로 업무를 진행하지만, 장학재단, 새마을금고 등 비영리법인의 업무를 담당하게 될 때 다소 생소한 느낌을 받을 때가 있다. 특히, 장학재단 등은 공익법인으로서 증여세와도 관련되어 있으므로 주의를 요한다. 이번 호에는 비영리내국법인의 법인세 납세의무이행의 특례를 중심으로 서술하기로 한다.…………………필자 註 I. 비영리내국법인과 납세의무범위 1. 비영리내국법인의 범위 비영리법인이란 비영리를 목적으로 하는 법인으로서 수익사업에서 발생하는 소득을 구성원에게 분배하지 않고 고유목적사업에 사용하는 법인을 의미하는데, 현행 법인세법에서의 비영리내국법인의 범위는 다음 중 어느 하나에 해당하는 것으로 하고 있다.  ① 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인 민법 제32조는 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있도록 하고 있다.  ② 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조와 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인. 협동조합법인 및 그 중앙회와 새마을 금고와 그 연합회, 염업조합도 비영리내국법인의 범위에 포함된다.  ③ 법인격이 없는 사단·재단 기타단체 중에서 국세기본법에 의해 법인으로 보는 단체 일부의 기업체 중에서 관리하고 있는 장학재단법인은 [공익법인의설립.운영에관한법률]에 의하여 설립되고 적용을 받으며, 비영리내국법인에 속하므로 비영리내국법인의 법인세 납세의무 특례를 적용받는다. 2. 비영리내국법인의 법인세 납세의무 현행 법인세법에서 비영리내국법인의 납세의무는 특별부가세 납세의무와 각 사업연도 소득에 대한 법인세 납세의무를 부담한다. 각 사업연도 소득에 대한 법인세 납세의무는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 법인세법이 규정하는 일정한 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 법인세 납세의무를 진다. 법인세법에서 열거한 수익사업의 범위는 법인세법 제3조 제2항에 열거되어 있다. 3. 비영리내국법인의 부가가치세 납세의무 부가가치세는 영리목적 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자에게 부가가치세 납세의무를 부여하고 있다(附價法2). 따라서 부가가치세 과세대상 재화 또는 용역을 사업상 독립적으로 공급하는 경우에는 비영리법인도 일반 법인과 동등하게 부가가치세 납세의무를 부담한다. 다만, 부가가치세법에서는 일정한 재화 또는 용역에 대하여 면세규정을 적용하도록 하고 있는데, 부가가치세법 제12조[면세] 제1항 제16호에서 [종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 시행령이 정하는 것]을 면세하도록 하고 있다. 따라서 면세로 열거된 재화 또는 용역의 공급에만 면세가 적용되는 것이다. II. 비영리내국법인의 법인세 과세의 특례 이 글은 비영리내국법인의 법인세 과세표준신고에 있어서 영리내국법인과의 차이 및 특례를 설명하는데 주요 목적이 있으므로 그 특례를 확인하면 다음과 같다. 1. 이자소득만 있는 비영리내국법인의 경우 (1) 이자소득 분리과세 선택가능 비영리내국법인은 이자소득에 대하여 법인세 과세표준에 산입하지 아니하고, 사업연도 중에 원천징수된 것을 완납적 원천징수로 하여 납세의무를 종결할 수 있다. 따라서 이자소득만 있는 비영리내국법인은 법인세 과세표준신고를 하지 않아도 되며, 다른 소득이 있는 경우에는 이자소득부분은 과세표준신고시에 제외하고 신고할 수 있는 것이다. 이 경우 이자소득의 범위에는 비영업대금의 이익은 제외하고 증권투자신탁수익의 분배금은 포함한다. 따라서 비영업대금의 이익이 있는 경우에는 분리과세를 선택할 수 없다. (2) 이자소득만 있는 법인의 종합과세 신고납부 이자소득만 있는 비영리내국법인이 분리과세를 선택하지 아니하고 종합과세 신고납부방법을 선택하는 경우에는 법인세 과세표준신고를 간이서식으로 하도록 하고 있다. 즉, [별지1호] 서식인 [법인세 과세표준 및 세액신고서]를 사용하는 것이 아니라, [별지제56호] 서식인 [법인세 농어촌특별세 과세표준(조정계산) 및 세액신고서]를 사용하도록 하고 있고, 원천납부세액명세서, 고유목적사업준비금 조정명세서 등 부속서류를 첨부하도록 하고 있다. 물론 이 경우에는 대차대조표, 손익계산서, 이익잉여금처분계산서 등을 첨부하지 아니하여도 신고의 효력이 인정된다. 2. 고유목적사업준비금의 손금산입 비영리내국법인의 경우에 고유목적사업준비금 전입액을 비용으로 장부에 계상하는 경우에 손금으로 인정받으므로 세제상의 혜택을 적용받을 수 있다. 따라서 이자소득만 있는 비영리법인이 분리과세를 선택하는 경우에는 원천징수세액을 부담하게 되지만, 고유목적사업준비금을 장부에 계상하여 신고하는 경우에는 당해 연도의 법인세 부담이 발생하지 않을 수 있고, 원천징수된 세액을 환급받을 수 있는 것이다. 고유목적사업준비금 계상으로 원천징수세액을 환급받기 위해서는 반드시 법인세 과세표준신고를 하여야 하며, 신고기한 이후에는 경정청구 등으로 환급받을 수 없다[법인46012-136, 1998.1.16.] (1) 비영리내국법인의 고유목적사업준비금 손금산입금액 비영리내국법인의 고유목적사업준비금은 법인세법 시행규칙 [별지 27호]서식에 의하여 조정명세서를 작성한다. 고유목적사업준비금을 계상할 수 있는 법인의 범위는 법인세법 시행령 제56조에 규정하고 있으며, 고유목적사업준비금(전입액)으로 손금에 계상할 수 있는 금액 및 환입방법 등을 간략하게 설명하면 다음과 같다. 1) 손금산입금액 비영리내국법인은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상할 수 있으며, 다음의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 즉, 이자소득금액 전액과 기타의 수익사업소득금액의 50%를 합한 금액을 고유목적사업사업준비금으로 계상할 수 있도록 하고 있다.  ① 이자소득금액 전액   ㉠ 소득세법상 이자소득금액. 다만, 비영업대금이익은 제외한다.   ㉡ 소득세법상 증권투자신탁수익의 분배금   ㉢ 특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액  ② 기타의 수익사업 소득금액의 50% 기타의 수익사업[㉠∼㉢외의 수익사업]에서 발생한 소득에 50%을 곱하여 산출한 금액을 합산하는데 [기타의 수익사업에서 발생한 소득]이란 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법정기부금을 손금산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 위의 이자소득금액 및 법인세법상의 이월결손금(5년 공제시한 내의 것을 말함)과 법정기부금 손금용인액을 차감한 금액을 말한다.

 ③ 사례확인 D장학재단법인의 고유목적사업준비금 손금계상시 한도초과여부  ① 결산자료 : (단위 : 원)   ㉠ 수익사업의 수익금액 : 300,000,000 [이자소득금액 : 50,000,000 포함]   ㉡ 수익사업 관련 비용(인건비 등) : 40,000,000   ㉢ 법정기부금 지출액 : 20,000,000  ② 장학금지급액 : 150,000,000 [전액 준비금에서 상계처리]  ③ 고유목적사업준비금은 5년 내 목적사업에 모두 사용가능  ④ 고유목적사업준비금 외 세무조정에 의한 익금산입, 손금산입할 금액은 없음.  ⑤ 당기에 고유목적사업준비금으로 250,000,000을 계상하는 경우 한도초과여부? [한도금액 계산]  ① 고유목적사업준비금 계상금액 = 250,000,000  ② 이자소득금액 기준한도 = 50,000,000×100% = 50,000,000  ③ 기타의 수익사업소득 기준한도 :   ㉠ 기타의 수익사업소득 = (300,000,000-40,000,000)+250,000,000 +20,000,000                                       - 50,000,000 - 20,000,000                                       = 460,000,000   ㉡ 기타의 수익사업소득기준 한도 = 460,000,000×50%  ④ 고유목적사업준비금 계상 한도금액 = 50,000,000+230,000,000 = 280,000,000 한도초과금액이 발생하지 아니함. 2) 고유목적사업준비금 관련 회계처리 등 고유목적사업준비금은 결산조정사항이므로 장부에 회계처리를 하여야 한다.  ① 고유목적사업준비금을 계상하는 경우 [차변] 고유목적사업준비금전입액     [대변] 고유목적사업준비금  ② 장학금, 지정기부금 지급 등으로 고유목적사업준비금을 사용하는 경우 [차변] 고유목적사업준비금               [대변] 현금및현금등가물 고유목적사업준비금 계상으로 납부할 세액이 감소되거나 납부할 세액이 없는 경우에도, 고유목적사업준비금이 최저한세의 적용대상이 아니므로 최저한세를 검토할 필요는 없다. 3) 고유목적사업준비금 환입방법 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금으로서 그 후의 사업연도에 당해 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용한 금액은 고유목적사업준비금을 먼저 사용한 것으로 보며, 손금에 산입한 고유목적사업준비금으로서 그 사업종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하고 남은 잔액은 그 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다. 물론, 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 해산하거나, 고유목적사업을 폐지하는 경우에는 고유목적사업준비금의 잔액을 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 일시에 익금에 산입한다. 고유목적사업준비금을 5년내에 사용하지 못하고 환입하는 경우에는 1일1만분의4 에 해당하는 이자상당액을 가산하여 납부하도록 하고 있으므로 5년내 사용가능성을 검토하여 설정하여야 할 것이다. (2) 조세특례제한법에 의한 고유목적사업준비금계상 법인 조세특례제한법 제74조에는 고유목적사업준비금 계상에 대하여 다음과 같은 특례를 두고 있다.  ① 소득금액 전액을 손금으로 계상할 수 있는 법인 사회복지법인·사립학교법인·국립대학교병원 등 일정한 공익법인에 해당하는 법인에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법의 고유목적사업준비금 손금산입규정을 적용함에 있어서 당해 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다(租特法 74).  ② 소득금액의 80%를 손금으로 계상할 수 있는 법인 농·수산업 협동조합중앙회의 경우 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 고유목적사업준비금 손금산입규정을 적용함에 있어서 당해 법인의 수익사업에서 발생한 소득금액에서 이월결손금을 차감한 금액의 80%에 상당하는 금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다(租特法 74). 3. 부동산 등 양도소득에 대한 특례 (1) 부동산 등 양도소득 특례적용 취지 비영리내국법인의 경우 인원이나 조직관리에서 영리법인에 비하여 취약할 수 있고, 한국표준산업분류에 의한 사업을 영위할 정도의 규모가 되지 못하는 경우에는 일반 법인과 동일한 방법으로 납세의무를 이행하기 어렵기 때문에 부동산 등 양도소득에 대한 납세의무 이행방법에 대하여 특례를 두고 있다. (2) 특례의 내용 비영리내국법인(법인세법 제3조 제2항 제1호의 수익사업[한국표준산업분류 기준]을 영위하는 비영리내국법인은 제외)이 주식 및 부동산 등을 양도하는 경우 양도차익에 대한 과세방법은 다음 두 가지 중 비영리법인의 선택에 의하여 신고할 수 있도록 하고 있다(法法103).  ① 법인세법의 일반적인 납세의무 이행 : 수익사업소득에 대한 각 사업연도 소득의 법인세와 법인세 특별부가세를 납부하는 방법  ② 특례방법의 적용 : 소득세법상 양도소득세에 관한 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 소득세법상 양도소득세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하는 방법 (3) 양도소득세 과세방식의 특례 적용방법 1) 양도소득세 납세의무이행 방법 준용 비영리내국법인이 토지 등을 양도한 후 양도소득세 과세방법을 선택한 경우에는 소득세법을 준용하여 과세표준과 세액을 산출한다. 즉, 양도가액에서 필요경비와 장기보유특별공제, 양도소득기본공제를 공제하여 양도소득과세표준을 계산하고 양도소득세율을 적용하여 세액을 산출한다. 비영리법인은 토지 등을 양도한 달의 말일부터 2월이 되는 날까지 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 하며, 자산양도차익 예정신고를 한 경우에는 특별부가세신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우에 법인세법 시행규칙 [별지 제60호]서식을 이용한다. 2) 특례방법 적용시의 특별부가세 과세대상 비영리내국법인이 토지 등을 양도한 후 양도소득세 과세방법의 특례방식을 선택하는 경우 특별부가세 과세대상은 다음과 같다. 이 경우 부동산·주식 등은 국내자산과 국외자산을 모두 포함한다.  ① 토지·건물 양도: [고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입]  ② 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도소득   ㉠ 상장주식 대주주 거래분[비영리내국법인 특례 적용시, 특별부가세 과세대상]   ㉡ 비상장법인 주식[비영리내국법인 특례 적용시, 특별부가세 과세대상]   ㉢ 외국법인 발행주식[비영리내국법인 특례 적용시, 특별부가세 과세대상]   ㉣ 기타자산 해당주식(所法94 ①(4)) 3) 특례적용시 특별부가세 과세대상 관련 유의할 사항 양도소득세 과세방식의 특례를 적용하는 경우에 특별부가세 과세대상과 관련하여 다음과 같은 점에서 유의할 필요가 있다.  ① 부동산에 관한 권리의 양도 [부동산에 관한 권리의 양도]는 특별부가세 과세대상이지만 특례방법의 적용대상이 아니다. 따라서 비영리내국법이라도 부동산에 관한 권리를 양도한 경우에는 법인세법의 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 특별부가세의 신고납부를 모두 이행하여야 한다.  ② 기타자산이외의 주식·출자지분의 양도 원칙적으로 법인세법의 특별부가세 과세대상 주식의 양도소득은 소득세법의 [기타자산 해당주식]의 양도로 발생한 소득이다. 따라서 [기타자산 해당주식]이외의 주식을 양도한 경우에는 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 신고 납부하여야 한다. 그런데 비영리내국법인의 경우에 부동산 등 양도소득에 대한 특례를 적용하면서 [기타자산 해당주식]이외의 주식의 양도에 대하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 신고 납부하도록 한다면, 특례규정을 두는 의미가 없게 된다. 따라서 특례방식을 적용하는 경우에는 [기타자산 해당주식이외의 주식]도 특별부가세 과세대상자산으로 규정하고 있는 것이다. III. 공익법인 등의 경우 점검할 사항 비영리법인 중에서도 장학재단법인 등의 경우에는 공익법인에 해당하므로 법인세법상의 납세의무이행 관련 특례이외에도 상속세및증여세법상 공익법인출연재산 사후관리규정을 적용받게 되고 [공익법인설립.운영에 관한법률] 등의 규정도 적용받는다. 이하 중요한 사항 몇 가지를 확인하기로 한다. 1. 공익법인 등의 범위 공익법인 등이라 함은 상속세및증여세법 시행령[제12조]에서 열거하고 있는데, 다음의 사업을 영위하는 법인을 말한다.  ① 초.증등교육법 및 고등교육법의 규정에 의한 교육기관을 운영하는 사업  ② 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업  ③ 사회복지사업법에 의한 사회복지법인이 운용하는 사업  ④ 공익법인의설립.운영에관한법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업  ⑤ 기타 이와 유사한 공익목적사업 2. 출연재산 운용소득의 공익목적사업 사용 (1) 공익법인 출연재산의 사후관리 상속세및증여세법은 출연자가 공익법인을 이용하여 조세를 회피하는 것을 방지하고, 공익법인을 이용하여 계열회사를 지배하는 것을 억제하며, 공익법인에 출연된 재산이 공익목적사업에 적합하게 사용하도록 하기 위하여 다양한 방법으로 출연재산 사후관리 규정을 두고 있다. 이러한 사후관리 규정은 상속세및증여세법 제16조와 제48조에 규정되어 있다. 그 중에서 공익법인이 매년 관리해야 하는 내용이 출연재산 운용소득의 직접 공익목적사업 사용실적이다. (2) 공익법인 출연재산 운용소득 미사용에 대한 제재  ① 출연재산운용소득을 직접 공익목적사업 外에 사용하는 경우 공익법인이 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용한 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업外에 사용한 경우, 공익목적사업 外에 사용한 금액에 대하여 증여세를 부과한다.  ② 운용소득의 기준금액 미달 사용시의 가산세 공익법인이 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용한 경우로서 그 운용소득을 기준금액에 미달하게 사용하는 경우에는 미달사용금액의 10%에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 운용소득 사용기준금액은 다음   ㉠에 의하여 계산한 금액에서   ㉡에 의한 금액을 차감한 금액의 70%에 상당하는 금액("사용기준금액")을 말한다. 기준금액 미달 사용여부에 대한 판정은 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있도록 하고 있다(相贈令38⑥).   ㉠ 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액   ㉡ 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금 3. 사용계획 및 진도에 관한 보고서의 제출 공익법인 등의 경우에는 법인세법의 과세표준신고서류 이외에 상속세및증여세법에 의한 출연재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 제출해야 하고, 이를 제출하지 않은 경우에는 제출하지 아니한 금액에 상당하는 증여세액의 1%에 상당하는 금액의 가산세를 징수하므로 유의해야 한다. 계획 및 진도관련 보고서로서 제출해야하는 서류는 다음과 같으며, 사업연도 종료일부터 3월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다(相贈令41).  ① 출연받은 재산의 명세  ② 출연재산(출연재산의 운용소득을 포함한다)의 사용계획 및 진도현황  ③ 출연재산을 매각한 경우에는 매각재산 및 그 사용명세  ④ 운용소득의 직접 공익목적사업 사용명세  ⑤ 기타 재정경제부령이 정하는 필요한 서류