공제받지 아니하는 매입세액을 손금불산입하는 경우 (손금산입대상 매입세액의 규정에 열거되지않았기 때문) ①세금계산서를 교부받지 않은 매입세액의 경우 ②세금계산서 합계표 미제출의 경우 ③사실과 다른 세금계산서의 경우 ④업무무관지출의 매입세액 ⑤등록전매입세액 ⑥토지관련매입세액 ⑦부당행위계산부인의 경우 1.개요 부가가치세의 매입세액은 원칙상 법인의 손금에 해당하지 않는다. 사업자인 법인이 납부하는 부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 차감하여 납부세액을 계산하는 것이므로 부가가치세 매입세액을 법인의 손금에 산입할 여지가 없는 것이다. 그러나 예외적으로 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 법인의 손금에 산입하는 경우와 매출세액에서 공제하지 않을 뿐 아니라 손금에 불산입하는 경우가 있는 바 부가가치세 매입세액의 처리방법을 요약하면 다음과 같다. ①매입세액불공제.손금불산입의 경우 ②매입세액불공제.손금산입의 경우 ③매입세액공제의 경우 2.매입세액불공제·손금불산입의 경우 다음 각호의 매입세액은 부가가치세 매출세액에서 공제하지 않을 뿐 아니라 법인의 손금에 불산입하는 대상이다. 매출세액에서 공제 하지아니하는 매입세액중에서 법인의 손금으로 산입하는 항목에 대하여는 별도의 규정을 두어 제한적으로 열거하고 있으므로 열거된 항목외의 불공제매입세액은 법인의 손금으로도 인정하지 아니하는 것이고 그 해당사항은 다음과 같다.(부가법17②) (1)세금계산서 미교부의 경우 사업자로부터 재화.용역을 공급받는 경우에 세금계산서를 교부 받아야 하며 재화의 輸入의 경우에 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받아야 한다. 이 경우에 세금계산서를 교부받지 않으면 당해 매입부가가치세액을 매출세액에서 공제하지 아니한다. 세금계산서를 교부받지 않은 매입세액은 매출세액에서 불공제하는데 그치지 않고 법인의 손금에 불산입하는 바, 이는 매입세액의 손금산입에 대한 규정에 열거되지 않았기때문이다. 세금게산서를 교부받는 것이 부가가치세법상으로 매입세액의 공제를 하는데 필수적인 요건으로 인식되는 것은 이해할 수있으나 법인의 손금에도 불산입하는 것은 타당하지 않다고 본다. 실질과세에 관한 규정에 의하면 법인의 거래에 대하여 객관적인 자료에 의하여 이를 당해법인에게 귀속시키는 것이 정당함을 입증하면 법인의 손금으로 인식되는 것이기때문이다. 공급시기후에 교부받은 세금계산서의 매입세액도 매출세액에서 공제하지 않는바(부통5-3-3의2...17),이 경우의 매입세액도 법인의 손금에 해당하지 않을 것이다. [예 시1 공급가액 1,000,000 부가가치세 100,000의 비품을 매입하고 이에 대한 세금계산서를 교부받지 않은 경우의 처리 차)비 품 1,100,000            대)현 금 1,100,000 익금불산입)세금계산서미교부받은 매입세액을 비품가액에 가산하였으므로 익금불산입함 100,000(-유보) 손금불산입)세금계산서 미교부받은 부가가치세액을 손금불산입함 100,000(기타사외유출) [예 시2 공급가액 1,000,000의 소모품을 부가가치세를 (계약상으로) 부담하지 아니하고 매입함. 차)소모품비 1,000,000             대)현 금 1,000,000 손금불산입)세금계산서미교부받은 매입세액을 손금불산입함 90,909(기타사외유출) (2)세금계산서 합계표 미제출의 경우 부가가치세의 매입세액을 매출세액에서 공제받기위해서는 당해 매입세금계산서합계표를 제출하여야 하나 이를 제출하지 않은 경우 매입세액을 불공제한다. 또한 불공제하는 당해 매입세액은 법인의 손금산입대상에 관한 규정에 열거되지 아니하였으므로 법인의 손금에 불산입한다. 법인에의 귀속이 객관적으로 확인되는 경우라도 세금계산서합계표를 미제출한 탓으로 법인의손금에 불산입하는 것은 위 세금 계산서 미교부의 경우처럼 타당성이 없다고 본다. (3)사실과 다른 세금계산서의 경우 부가가치세과세표준신고시 제출한 매입세금계산서의 필요적 기재사항중 일부 또는 전부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않으며 또한 동 매입세액은 법인의 손금산입대상 매입세액도 아니다. 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 지개사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.(부령60③) 1)필요적 기재사항 ①공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 ②공급받는 자의 등록번호 ③공급가액과 부가가치세액 ④작성연월일 2)임의적 기재사항 ①공급하는 자의 주소 ②공급받는 자의 상호.성명.주소 ③공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목 ④공급품목 ⑤인도연월일 ⑥단가와 수량 ⑦거래의 종류 사실과 다른 세금계산서에 의한 매입의 경우 공급가액에 대하여는 실질의 귀속에 따라 법인의 손금으로 인정하지만 당해 공급의 매입세액에 대하여는 법인의 손금으로 인정하지 않는 것은 실질과세의 입장에서 보아 타당성이 없다고 본다. 예를 들어 공급가액과 부가가치세액을 구분기재하지 아니한 매입의 경우 당해 매입세액은 법인의 손금으로 인정하지 아니하나 영수증 교부의 대상인 공급의 경우에는 그 매입세액 상당액이 공급대가에 포함되어 전액 법인의 손금으로 인정된다. [예 시 1. 공급가액 1,000,000 부가가치세 100,000의 기계를 세금계산서에 의하여 매입하고 부가가치세와 공급가액을 구분기재하지 아니한 경우의 처리 차)기 계 1,100,000            대)현 금 1,100,000 익금불산입)불공제매입세액을 기계취득가액에 가산하였으므로익금불산입함 100,000(-유보) 손금불산입)부가가치세 불공제매입세액을 손금불산입함 100,000(기타사외유출) 2.공급가액 1,000,000와 부가가치세 100,000의 소모품을 영수증에 의하여 매입한 경우의 처리 차)소모품비 1,100,000             대)현 금 1,100,000 3. 위 1.과 2의 경우를 비교하면 1.의 경우 기계의 취득가액은 장부상 1,100,000원이나 세무조정에 의하여 100,000원이 감액되므로 추후의 감가상각이나 처분에 의하여 손금인정되는 금액은 세무상의 취득가액인 1,000,000에 불과하고 2.의 경우에는 취득가액 전액인 1,100,000원이 손금인정되는 바 100,000의 손금차액은 세금계산서 제도와 영수증 제도의 불공평에 기인하는 것이다. 영수증 제도는 궁극적으로 세금계산서제도의 징세효과를 감소시키는 제도로서 세금계산서제도에 비하여 유리한 규정의 적용을 할 이유가 없는 것이다. (4)업무무관지출의 매입세액 1)업무관자산관련 지출 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.  또한 동 불공제 매입세액은 법인세법상 손금인정되는 대상으로 열거되어 있지 아니하므로 손금불산입대상이다. 손금산입대상항목에 열거되지 아니한 사실외에도 법인세법 27조의 규정에 의항 업무무관 지출은 본래 손금불산입의 대상이므로 관련 매입세액도 당연히 손금불산입하는 것이 타당하다. 한편 업무무관자산(비업무용부동산)의 감가상각비는 업무무관지출로 보아 손금불산입하는 대상으로 구분한다. 그러나 예를 들어 취득시에는 업무용자산이었다가 그 후에 업무무관자산으로 전환하게 되는 경우라면 취득시의 매입세액은 부가가치세 매출세액에서 공제를 받을 대상이 되는 것이고 그 후 업무무관자산이 된 후의 감가상각비를 손금불산입하는 과정에서는 이미 공제받은 매입세액상당액에 대하여는 감가상각비에 포함하지 아니하므로 매입세액분 감가상각비의 손금불산입을 할 수 없는 결과가 나온다. 매입세액공제의 여부는 공급을 받은 날이 속하는 과세기간에 결정되고 감가상각비의 업무무관지출여부는 공급받은 후 감가상각기간을 통하여 결정되는 것이므로 그 기간에 불일치가 있고 사실상 비업무용부동산 매입세액중 업무무관지출에 해당하는 매입세액을 계산하는 것은 어려운 문제이다. 2)타인이 주로 사용하는 자산 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람이 주로 사용하는 장소.건물.물건등의 유지비.관리비.사용료와 이에 관련되는 지출금의 매입세액은 손금에 불산입한다. 3)임원용사택등 법인의 출자자나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비.관리비 및 사용료와 이에 관련되는 지출금의 매입세액은 손금불산입한다. (5)등록전매입세액 신규로 사업장을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일로부터 20일내에 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하여야 하며 사업자등록을 신청하기전역산하여 20일이전에 재화를 공급받음으로 인하여 부담한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않고 또한 법인의 손금산입대상에도 포함되지 아니하므로 손금에 산입하지 않는다. (6)토지관련매입세액 부가가치세 과세사업자가 부담한 매입세액이라도 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않으며 또한 동 매입세액은 법인의 손금에 산입하지 않는다. [예 시 토지의 자본적 지출 1,000,000과 동 매입세액을 법인이 토지의 취득원가에 가산한 경우의 처리 1.매입세액을 제세공과에 처리한 경우 차)제세공과금 100,000             대)현 금 1,100,000            토 지1,000,000 손금불산입)토지자본적지출관련 매입세액을 손금불산입함 100,000(기타사외유출) 2.매입세액을 토지취득원가에 가산한 경우 차)토지 1,100,000            대)현 금 1,100,000 익금불산입) 자본적지출관련 매입세액을 토지가액에 계상하였으므로 익금불산입함 100,000(-유보) 손금불산입) 토지의 자본적지출관련 매입세액을 손금불산입함 100,000(기타사외유출) 토지관련매입세액이라도 수익적지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이므로 이 규정의 적용을 받지 않는다. (7)부당행위계산부인의 경우 법인이 특수관계자와의 거래에 있어서 시가를 초과하여 매입함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 부당행위 계산으로 보아 부인을 한다. 고가매입하는 거래에 대한 매입부가가치세의 경우 그 매입세액이 매출세액에서 공제되는 대상인 경우에는 당해 매입부가가치세가 법인세부담(당해 법인의 소득에 대한 조세의 부담)을 감소시키는 것이 아니므로 법인세법상 부당행위 계산부인의 규정을 매입세액에 대하여 적용하지 않을 것이다. 고가매입에 대한 매입세액이 매출세액에서 공제하는 대상이 아니고 법인의 손금에 산입하는 대상인 경우에는 그 매입세액에 대하여 법인세법상의 부당행위 게산부인의 규정을 적용하여야 한다.따라서 이 경우는 매입세액불공제. 손금불산입하는 매입부가가치세에 해당한다. 예를들어 비영업용 소형승용차를 매입하는 경우의 매입세액은 그 승용차의 취득원가에 가산하하여 손금인정하는 것이나 특수관계자로부터 고가로 매입함으로써 부당행위 계산부인의 대상이 되는 경우 그 매입세액은 법인의 손금계산상 취득원가에 가산하지 않는 가액이 발생한다.