李 靑 龍 /재정경제부 법인세제과Ⅰ. 들어가기 전에 Ⅱ. 합병에 대한 지원세제   5. 피합병법인의 청산소득과세문제    6. 피합병법인의 특별부가세과세문제    7. 피합병법인 주주의 의제배당과세문제    8. 불공정합병관련 부당행위계산부인 및 증여의제문제    9. 합병법인의 취득세·등록세 및 농어촌특별세 비과세    10. 기 타 Ⅲ. 분할에 대한 지원세제 5. 피합병법인의 청산소득과세문제청산소득금액＝(합병신주·교부금 등 합병대가의 총합계액)－(피합병법인의 자기자본의 총액) (1) 기본요건(法法 44 ①) (2) 합병대가의 총합계액① 법인세법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액② 법인세법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액③ 합병법인이 납부한 다음 금액의 합계액 (3) 자기자본의 총액의 계산 (4) 조세특례제한법상 청산소득비과세 (5) 조세특례제한법상 포합주식계산의 특례6. 피합병법인의 특별부가세과세문제 (1) 이월과세요건(法法 44 ①) (2) 조세특례제한법상 승계사업영위의 특례7. 피합병법인 주주의 의제배당과세문제의제배당소득＝(합병신주·교부금 등 합병대가)－(피합병법인의 주식 등의 취득가액)   (1) 기본요건(法法 44 ①) (2) 합병대가의 범위(3) 피합병법인의 주식 등의 취득가액① 의제배당에 해당하는 잉여금의 자본전입에 따른 무상주② 의제배당에 해당하지 아니하는 잉여금의 자본전입에 따른 무상주 1주당 장부가액＝구주식 1주당 장부가액/(1＋구주식 1주당 신주식의 배정수)1주당 장부가액＝소각 후 장부가액 합계액/소각 후 주식총수 ③ 액면가액을 초과하여 발행한 경우④ 액면가액에 미달하게 발행한 경우⑤ 결손금보전을 위한 무상감자시(4) 배당의제의 시기 등(5) 조세특례제한법상 의제배당소득의 과세특례8. 불공정합병관련 부당행위계산부인 및 증여의제문제(1) 개인대주주에 대한 증여의제과세1) 특수관계에 있는 법인의 판정2) 대주주의 판정3) 증여받은 것으로 보는 이익의 계산(相贈令 28 ③·④)4) 합병법인의 1주당 평가가액의 계산(相贈令 28 ⑤)① 합병법인이 주권상장법인 또는 협회등록법인인 경우 ② 비상장법인인 경우5) 증여받은 것으로 보는 이익계산의 특례① 요건② "ⅴ."의 대주주가 5년 내 자기지분 처분시의 증여의제액증여의제액＝대주주의 이익×합병당시 대주주의 보유주식 중 처분한 주식수÷합병당시 대주주의 보유    주식수    (2) 부당행위계산부인1) 부당행위계산부인요건2) 특수관계자인 법인의 판정3) 불공정한 합병의 판정4) 합병당사법인의 주주간의 특수관계판정5) 이익을 분여한 것으로 보는 금액의 계산주주별 이익분여액＝(①－②)×특수관계주주의 합병 후 주식수×이익을 분여한 당해 법인의 합병 전    지분율6) 부당행위계산부인금액의 처분 등9. 합병법인의 취득세·등록세 및 농어촌특별세 비과세  (1) 취득세 비과세    (2) 등록세면제① 금융기관의 합병② 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 법인간의 합병 (3) 농어촌특별세 비과세① 취득세의 비과세에 대한 농어촌특별세② 등록세의 면제에 대한 농어촌특별세10. 기 타 (1) 영업권(2) 합병시 자산·부채의 승계 ① 승계가능② 승계배제 <목차>    내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득의 금액은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 하는바(法法 80 ①), 이를 산식으로 표시하면 다음과 같다.       청산소득금액을 계산함에 있어서 기본요건을 충족한 합병의 경우에는 합병신주의 가액을 액면가액으로 계산하여 과세하나(法令 14 ① 1호 가목), 기본요건을 충족하지 못한 합병의 경우에는 합병신주의 가액을 시가로 계산하여 과세한다(法令 14 ① 1호 다목).    합병신주의 가액을 액면가액으로 계산하여 과세한다는 의미는 주식가치가 높은 법인이 주식가치가 낮은 법인을 흡수합병하는 것이 일반적이고 정상적인 합병임을 감안할 때, 피합병법인의 경우 피합병법인의 주식 1주당 합병법인의 신주 1주 이상을 교부받을 수는 없을 것이므로 일반적으로 청산소득 및 의제배당소득에 대한 과세문제가 발생하지 않는다는 것이다. 반면, 합병신주의 가액을 시가로 계산하여 과세한다는 의미는 정상적인 공정비율에 의한 합병의 경우에는 피합병법인의 주식가치에 상당하는 합병법인의 신주를 교부받게 될 것이므로 피합병법인의 주식가치의 시가만큼 양도차익 내지 평가차익이 실현된 것으로 보아 청산소득에 대한 법인세를 과세하고 주주에게 시가로 분배된 것으로 보아 의제배당소득을 계산하여 익금산입한다는 것이다.    일반적으로 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 청산소득에 대한 과세문제는 발생하지 않으나, 주식가치가 낮은 법인이 주식가치가 높은 법인을 흡수합병하는 경우에는 장부가액으로 자산을 승계하더라도 교부한 주식의 액면가액합계액이 피합병법인의 자기자본총액을 초과하는 경우가 있을 수 있다. 이 경우에는 장부가액으로 승계한 합병법인이 향후 당해 자산을 처분할 때 다시 과세되는 문제가 있으므로 이때에는 시가로 승계하여야만 이와 같은 문제를 해소할 수 있다.    한편, 피합병법인의 자산이전에 따른 양도차익 내지 평가차익에 대한 피합병법인의 청산소득과 합병법인의 합병차익에 대한 과세문제는 서로 불가분의 관계에 있다. 즉 합병법인이 자산을 평가하여 승계하는 한 청산소득으로든, 합병평가차익으로든 과세가 이루어진다.       첫째, 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병이어야 한다(제1호). 둘째, 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 95% 이상이어야 한다(제2호).       피합병법인의 청산소득금액을 계산함에 있어서 합병대가의 총합계액은 다음의 금액을 합한 금액으로 한다(法令 122 ①). 이 경우 불공정합병으로 인하여 합병당사법인의 주주간에 소득의 이전이 이루어진 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용한 금액은 피합병법인이 기본요건 미충족으로 인하여 신주의 가액을 시가로 평가하는 경우에 한하여 합병대가계산시 동 금액을 차감한다(法令 14 ① 1호 다목).    이는 합병법인이 피합병법인의 주주 등에게 교부한 합병법인의 주식가액과 금전 기타 재산 등으로 교부한 합병교부금의 합계액을 말한다. 이 경우 피합병법인의 주주 등이 합병의 대가로 합병법인으로부터 교부받는 합병교부주식의 가액은 액면가액에 의하고, 합병교부금을 금전 외의 자산으로 지급하는 경우에는 합병등기일 현재의 시가에 의하여 계산한다.    법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 합병법인의 주식이 합병으로 인하여 자기주식이 되는 경우 이를 자기주식이라 하고, 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식이 합병으로 인하여 자기주식이 되는 경우 이를 포합주식이라 하는바, 포합주식에 대한 과세는 법인이 합병하는 경우에 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세부담의 회피를 방지하기 위한 것이다. 즉 합병등기일 전 2년 이내에 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식 등이 있는 경우 청산소득에 가산하는 포합주식의 가액은 포합주식에 대하여 합병법인의 주식 등의 교부 여부에 따라 달라진다(法法 80 ②). 즉,    ⅰ. 합병법인의 주식을 교부하지 아니한 경우    포합주식에 대하여 합병법인의 주식을 교부하지 아니한 경우에는 당해 포합주식 등의 취득가액을 가산한다.    ⅱ. 합병법인의 주식을 교부한 경우    포합주식에 대하여 합병법인의 주식을 교부한 경우에는 당해 포합주식 등의 취득가액에서 교부한 주식 등의 가액을 공제한 금액을 가산한다. 이 경우 "피합병법인의 주식 등"의 범위는 2개의 법인이 흡수합병함에 따라 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식뿐만 아니라 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식 등을 포함한다(法法 80 ②).    ⅰ. 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세    ⅱ. 지방세법에 의하여 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세에 부과되는 주민세    법인이 합병으로 인하여 소멸한 경우 합병법인은 피합병법인이 납부하지 아니한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 또는 청산소득에 대한 법인세를 납부할 책임이 있는바(法令 127 ②), 합병법인이 납부한 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 청산소득에 대한 법인세에 대한 주민세는 합병법인이 부담할 세금이 아니기 때문에 피합병법인의 주주 등에게 지급한 합병교부금에 포함시켜 청산소득금액을 계산한다.    한편, 전년도 법인세법시행령 개정시에는 조세특례제한법에 의해 피합병법인이 청산소득을 감면받는 경우 합병법인이 납부하는 농어촌특별세 등도 합병대가에 포함하도록 하면서 개정규정은 동시행령 부칙에서 2000. 1. 1. 이후 신고하는 분부터 적용하도록 하였다.       합병에 따른 청산소득금액을 계산함에 있어서 자기자본의 총액은 합병등기일 현재의 납입자본금과 잉여금의 합계액으로 한다(法法 79 ①). 또한 자기자본에는 국세기본법에 의하여 환급되는 법인세액은 가산하며, 합병등기일 현재 피합병법인에 법인세법제18조 제8호에 의한 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 그 날 현재의 그 법인의 자기자본의 총액에서 상계하되, 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액 중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며, 초과하는 이월결손금이 있는 경우에는 이를 없는 것으로 본다(法法 80 ③). 이 경우 "법인세법제18조 제8호에 의한 이월결손금"은 세법상의 이월결손금으로서 과세표준에서 공제하지 아니한 금액으로 하되 5년이 경과한 이월결손금을 포함한다.       "금융산업의구조개선에관한법률"에 의한 금융기관이 동법에 따라 1999.12.31. 이전에 합병하거나 영업을 전부 양도하는 경우 합병 또는 영업의 전부 양도로 인하여 소멸하는 금융기관에 대하여는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다(租特法 49).          합병을 통한 구조조정을 지원하기 위하여 1999.12.31.까지 주채권금융기관이 승인하는 구조개선계획에 따라 합병하는 경우에는 포합주식의 취득가액을 합병대가에 가산하지 않도록 전년도 임시국회에서 조세특례제한법을 개정하여 1999. 8.31. 공포하였다(租特法 47의2 ②). 또한 개정규정은 공포일이 속하는 과세연도에 합병하는 분부터 적용하도록 하여 사업연도가 12월말인 법인의 경우 1999. 1. 1.부터 1999.12.31.까지 합병하는 경우에 한하여 적용된다(租特法 부칙 6 ①, 법률 제5996호).    특별부가세란 법인이 국내외에 소유하고 있는 세법이 정하는 토지·건축물·부동산에 관한 관리 및 주식 또는 출자지분을 유상으로 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 과세하는 세금을 말한다.    법인세법상 합병평가차익의 손금산입특례가 허용되는 기본요건을 충족한 합병의 경우에는 피합병법인으로부터 합병법인으로의 자산이전시 특별부가세를 과세하지 아니하고 추후 합병법인이 당해 자산을 매각하는 시점에서 피합병법인의 당초 취득가액을 기준으로 특별부가세를 과세하는 이월과세제도를 도입하였다(法法 99 ⑪). 한편, 전년도 임시국회에서 개정되어 1999. 8.31. 공포된 조세특례제한법에서는 승계사업의 영위와 관련하여 특별부가세 이월과세의 예외를 인정하는 일부조문의 개정이 있었고, 이와 관련 전년도 정기국회에서는 개정조문의 적용시한을 1년 연장하였다.       첫째, 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병이어야 한다(제1호). 둘째, 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 95% 이상이어야 한다(제2호).    셋째, 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속하여 영위하여야 한다(제3호).    이 경우 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계받은 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 승계받은 사업을 계속 영위하는 것으로 보지 아니한다. "승계한 고정자산가액"은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계하여 장부에 계상한 가액, 즉 취득가액을 말하며, "승계받은 사업"은 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 판정하되, 2 이상의 사업을 승계한 경우에는 각 사업별로 사업의 계속성 여부를 판정한다(法令 80 ③). 따라서 상기의 요건을 충족하지 못한 합병의 경우에는 피합병법인에게 특별부가세가 과세된다.       합병을 통한 재무구조개선과 원활한 구조조정을 촉진하기 위하여 피합병법인이 1997. 6.30. 이전에 취득한 사업용부동산으로서 합병법인이 승계받은 부동산을 재무구조개선계획에 따라 1999.12.31.까지 양도하고 그 양도대금을 금융기관의 부채상환에 사용하는 경우에는 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계사업을 영위하지 아니하는 경우에도 특별부가세를 면제하는 조세특례제한법을 전년도 임시국회에서 개정하여 1999. 8.31. 공포하였으며(租特法 37 ⑤), 전년도 정기국회에서는 동법의 적용시한을 1년간 연장하여 2000.12.31.까지 양도하는 경우에도 적용받을 수 있도록 하였다(租特法 37 ①).      법인이 합병하는 경우 피합병법인의 주주 등이 합병으로 인하여 취득하는 주식 등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액이 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액은 합병법인으로부터 배당받은 것으로 보아 익금에 산입하는바(法法 16 ① 5호),    이를 산식으로 표시하면 다음과 같다.       피합병법인의 주주에 대한 의제배당소득에 대한 과세문제는 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하든, 평가하여 승계하든, 자산의 승계가액과는 무관하다. 즉 의제배당과세는 피합병법인의 주주가 합병으로 인하여 받는 합병대가와 피합병법인의 주식 등의 취득가액과의 차액에 대해 과세하므로 합병법인의 자산의 승계가액과는 무관하기 때문이다.    법인세법상 기본요건을 충족한 합병의 경우에는 의제배당소득을 계산함에 있어서 합병신주의 가액을 액면가로 평가하여 과세하나(法令 14 ① 1호 가목), 기본요건을 충족하지 못한 합병의 경우에는 합병신주의 가액을 시가로 계산하여 과세한다(法令 14 ① 1호 다목).    합병신주의 가액을 액면가액으로 계산하여 과세한다는 의미는 주식가치가 높은 법인이 주식가치가 낮은 법인을 흡수합병하는 것이 일반적이고 정상적인 합병임을 감안할 때, 소멸법인의 경우 소멸법인의 주식 1주당 합병법인의 신주 1주 이상을 교부받을 수는 없을 것이므로 일반적으로 의제배당소득에 대한 과세문제가 발생하지 않는다. 반대로 주식가치가 낮은 법인이 주식가치가 높은 법인을 흡수합병하는 경우에는 교부한 주식의 액면가액이 피합병법인 주주의 취득가액을 초과하게 되어 과세문제가 발생할 수 있다. 이 경우 의제배당으로 과세된 금액은 합병신주의 취득가액에 가산한다(法令 72 ① 4호).    반면, 합병신주의 가액을 시가로 계산하여 과세한다는 의미는 정상적인 공정비율에 의한 합병의 경우에는 피합병법인의 주식가치에 상당하는 합병법인의 신주를 교부받게 될 것이므로 피합병법인의 주식가치의 시가만큼 양도차익 내지 평가차익이 실현된 것으로 보아 청산소득에 대한 법인세를 과세하고 주주에게 시가로 분배된 것으로 보아 의제배당소득을 계산하여 익금산입한다는 것이다.    첫째, 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병이어야 한다(제1호).    둘째, 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 95% 이상이어야 한다(제2호).       합병대가라 함은 합병으로 인하여 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 주식 등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액을 말한다(法法 16 ① 5호). 의제배당소득을 계산함에 있어서의 합병대가는 주주 등이 직접 교부받은 주식 등의 재산가액을 말하며, 청산소득금액을 계산하는 경우의 합병대가 즉 합병법인의 포합주식 취득가액이나 청산소득에 대한 법인세대납액 등은 제외된다. 또한 합병대가의 총합계액은 합병등기일 현재의 시가에 의하여 계산하며, 주식 및 출자지분의 가액도 합병등기일 현재의 시가에 의하여 계산한다. 또한, 불공정합병으로 인하여 합병당사법인의 주주간에 소득의 이전이 이루어진 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용한 금액은 피합병법인이 기본요건 미충족으로 인하여 신주의 가액을 시가로 평가하는 경우에 한하여 합병대가계산시 동 금액을 차감한다(法令 14 ① 1호 다목).       피합병법인의 주식 등의 취득가액은 당해 주식 등을 취득하기 위하여 실제로 지출된 가액과 매입수수료 등을 합한 금액으로 하며, 주식 등의 취득형태별로 취득가액은 다음과 같다.    법인이 재평가세가 1%로 과세된 재평가적립금 등 의제배당에 해당하는 잉여금을 자본에 전입함에 따라 주주가 무상주를 취득하는 경우 당해 무상주의 취득가액은 액면가액으로 한다. 또한 주식배당의 경우에는 취득가액을 발행가액으로 한다.    법인이 자본준비금 및 재평가세가 3%로 과세된 재평가적립금 등 의제배당에 해당하지 아니하는 잉   여금을 자본에 전입함에 따라 주주가 무상주를 취득하는 경우 당해 무상주의 취득가액은 "0"으로 하며, 신·구주식 1주당 장부가액은 다음과 같이 계산하고, 주식수만 증가시킨다(法令 14 ②).       결과적으로 주식의 단가는 낮아지고 주식수는 증가하며 주식의 취득가액은 무상주를 받기 전과 동일하다. 그러나, 1999. 1. 1. 이후 주식 등을 소각하는 분부터는 주식 등의 소각 전 2년 이내에 의제배당에 해당하지 아니하는 무상주를 분배받은 경우에는 그 무상주를 먼저 소각한 것으로 보며, 당해 무상주의 취득가액은 "0"으로 본다(法令 14 ③). 이 경우 소각 전 2년 이내의 기간중에 주식의 일부를 처분한 경우에는 무상주와 다른 주식을 그 주식수에 비례하여 처분한 것으로 보며, 이때 소각 후 1주당 가액은 다음과 같이 계산한다(法令 14 ③).       법인이 주식을 발행함에 있어 액면가액을 초과하여 발행하는 경우에는 당해 주식의 액면가액과 주식발행초과금을 합한 총불입금액을 취득가액으로 한다.    법인이 주식을 발행함에 있어 액면가액에 미달하여 발행하는 경우에는 당해 주식의 액면가액에서 주식할인발행차금을 차감한 금액을 취득가액으로 한다.    법인이 주식을 취득한 후 당해 주식의 발행법인이 결손금의 보전을 위하여 일부 주식에 대하여 무상감자를 한 경우 감자법인에 출자하고 있는 법인은 소유주식가액을 감액처리하지 아니하고 소유주식수만 감소시킨 후 당해 주식처분일이 속하는 사업연도에 손금에 산입한다(법인 46012－749, 1995. 3.17., 法通 2－3－54…9).       합병으로 인하여 발생하는 의제배당소득은 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하며(法令 13 3호), 익금에 산입한 금액은 합병신주의 취득가액에 가산된다(法令 72 ① 4호). 한편, 피합병법인의 주주가 합병법인으로부터 교부받은 주식의 가액이 피합병법인의 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액에 미달하는 경우의 차액은 합병법인으로부터 새로 교부받은 주식의 처분일이 속하는 사업연도에 손금에 산입한다(법인 46012－14, 1995. 1. 5.).       "금융산업의구조개선에관한법률"에 의한 금융기관이 동법에 따라 1999.12.31.까지 합병하거나 영업을 전부 양도하는 경우 합병 또는 영업의 전부 양도로 인하여 소멸하는 금융기관의 주주·사원 또는 출자자가 지급받는 의제배당소득에 대하여는 비과세한다(租特法 49).    특수관계에 있는 법인간에 불공정하게 합병을 하는 경우로서 합병당사법인의 주식가치를 부적절하게 평가하여 합병하는 경우에는 기본요건 충족여부에 관계없이 청산소득에 대한 과세문제, 합병차익에 대한 과세문제 및 의제배당소득에 대한 과세문제와는 별도로 주주간의 소득이전에 따른 과세문제가 발생한다. 즉 법인간 합병에 있어 일정한 요건을 충족하는 경우 합병단계에서의 세부담이 발생하지 않도록 하여 기업의 원활한 구조조정을 지원하는 것과는 별도로 특수관계에 있는 법인간에 주식가치를 부적절하게 평가하여 합병하는 경우 주주간에 이전된 소득에 대해서는 과세한다는 취지다.    불공정한 합병과 관련한 주주간의 소득이전에 대한 과세문제는 상속세및증여세법(相贈法 38)과 법인세법시행령(法令 88 ① 8호 가목)에서 규정하고 있다.      특수관계에 있는 법인간의 합병으로 인하여 합병법인 또는 피합병법인의 대주주가 합병으로 인하여 이   익을 받은 경우에는 합병등기일에 그 합병당사법인의 주주로부터 그 이익을 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세한다(相贈法 38 ①). 즉 주가가 과대평가된 법인의 대주주(수증자)가 상대적으로 주가가 과소평가된 법인의 주주(증여자)로부터 이익을 분여받은 것으로 의제하여 증여세를 과세한다는 것으로 이익을 분여받은 자는 반드시 대주주이어야 하나, 이익을 분여한 자는 대주주가 아니어도 된다.    "합병당사법인"이라 함은 합병으로 인하여 소멸·흡수되는 법인 또는 신설·존속하는 법인을 말하는 것으로, 이에는 합병법인 및 피합병법인이 해당된다.    "특수관계에 있는 법인"이라 함은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도개시일부터 합병등기일까지의 기간중 다음의 1에 해당하는 법인을 말한다(相贈令 28 ①). ① 법인세법시행령제87조 제1항에 규정된 특수관계에 있는 법인 ② 독점규제및공정거래에관한법률상 기업집단소속의 다른 기업 ③ 동일인이 임원의 임면권의 행사 또는 사업방침의 결정 등을 통하여 합병당사법인의 경영에 대하여 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 관계에 있는 법인    "대주주"라 함은 당해 주주 등의 지분 및 그와 특수관계(相贈令 19 ②)에 있는 자의 지분을 포함하여 발행주식총수 등의 1% 이상을 소유하고 있거나 소유하고 있는 주식 등의 액면가액이 3억원 이상인 주주 등을 말한다(相贈令 28 ②). 이 경우 비록 단독으로는 1% 미만의 소액주주 등이나 특수관계주주 등과의 주식 등을 합한 지분이 1% 이상 또는 3억원 이상이면 당해 소액주주 등도 대주주가 된다. ① (㉠－㉡) / ㉠ ≥ 30%이거나 ② (㉠－㉡)×A의 대주주의 합병 후 주식수 ≥ 3억원 또는 ③ 합병당사법인의 1주당 평가가액이 액면가액에 미달하는 경우로서 그 평가가액을 초과하여 합병대가를 주식 등 외의 재산으로 지급시：(액면가액－평가가액)×합병당사법인의 대주주의 주식수 ≥ 3억원인 경우에는 차이 전액을 증여받은 것으로 의제하여 과세한다.    한편, 전년도 상속세및증여세법시행령 개정시에는 ②의 금액을 1억원에서 3억원으로 상향조정하고, ③을 신설하면서 2000. 1. 1. 이후 합병등기하는 분부터 적용하도록 하였으며, 이익을 증여한 자가 소액주주로서 2 이상인 경우에는 주주 1인이 당해 이익을 증여한 것으로 보도록 하였다.    ⅰ. 합병법인의 1주당 평가가액    ⅱ. 주가가 과대평가된 합병당사법인(A)의 1주당 평가가액×(A의 합병 전 주식수÷A의 합병 후 주식수)    합병법인의 1주당 평가가액은 당해 법인의 주권상장 여부에 따라 다음과 같이 구분된다.    ⅰ. 주권상장법인인 경우    평가기준일 이전·이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문)의 평균액. 다만, 평균액계산에 있어서 평가기준일 이전·이후 각 2월의 기간중에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 증자·합병 등이 있는 날의 다음날부터 평가기준일 이후 2월이 되는 날까지의 기간의 평균액에 의한다.    ⅱ. 협회등록법인인 경우    평가기준일이 속하는 월과 그 직전 월중 증권거래법에 의한 대용증권으로 1회 이상 지정된 사실이 있는 주식은 주권상장법인의 평가방법과 같이 평가기준일 이전·이후 각 2월간에 공표된 매일의 증권업협회 기준가액(거래실적의 유무를 불문)의 평균액에 의하나, 평가기준일 전후 6월(증여세가 부과되는 주식의 경우 3월) 이내에 주식의 장외거래에 관하여 한국증권업협회가 정하는 기준에 의하여 매매거래가 정지되거나 투자유의종목으로 지정·고시된 경우에는 비상장주식의 평가방법에 의한다. 다만, 매매거래가 정지되거나 투자유의종목으로 지정된 사유가 보고의무위반 등인 경우에는 비상장주식의 평가방법을 적용하지 아니한다.    합병법인이 비상장법인인 경우 1주당 평가가액은 다음과 같다. (주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병직전 주식가액＋주가가 과소평가된 합병당사법인의 합병직전 주식가액)÷합병법인의 주식수    "합병직전 주식가액"은 상속세및증여세법제63조(유가증권 등의 평가)의 규정에 의하여 평가한 가액으로 하되, 합병으로 인하여 합병당사법인의 대주주가 얻은 이익을 계산함에 있어서 주권상장법인 또는 협회등록법인의 경우도 비상장주식의 평가방법에 의하는 것이 평가가액의 차액이 적게되는 때에는 비상장주식의 평가방법(최근 3년간 순손익가치 또는 순자산가치)을 적용할 수 있다(相贈令 28 ⑥ 및 52 ①·②).    한편, 전년도 상속세및증여세법과 동법시행령 개정시에서는 상장·협회등록주식 및 비상장주식의 평가방법이 개정되었다. 즉 상장 및 협회등록주식의 경우 평가기준일 이전 3개월간 종가평균액에 의하던 것을 평가기준일 이전·이후 각 2월(총 4월)의 종가평균액으로, 비상장주식의 경우 1주당 순자산가치와 순손익가치의 산술평균액에 의하던 것을 순손익가치를 원칙으로 하되 순손익가치가 순자산가치에 미치지 못할 경우 순자산가치로 평가한 가액에 의하도록 하여 2000. 1. 1. 이후 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용하도록 하였다.    합병으로 인하여 합병당사법인의 대주주가 얻은 경제적 이익은 증권거래법과는 별도로 상속세및증여세법에 의하여 계산함에 따라 증권거래법상 적정한 합병비율 및 합병대가에 의해 합병하는 경우에도 세법상 이익이 발생하는 경우 증여세가 과세됨에 따라 기업의 구조조정에 걸림돌로 작용될 소지가 있어 일정요건에 해당하는 합병의 경우 2000.12.31.까지 적용시한을 두어 증권거래법상 합병비율 및 합병가액을 인정하여 구조조정을 지원하였다(相贈令 28 ⑦).    한편, 전년도 상속세및증여세법시행령 개정시에서는 동 적용시한을 1999.12.31.에서 2000.12.31.로 1년간 연장하였다.    ⅰ. 증권거래법상 합병기준에 적합할 것    ⅱ. 부동산업 및 소비성서비스업 외의 사업을 3년 이상 계속 영위한 법인간의 합병일 것    ⅲ. 통계청장이 고시한 한국표준산업분류상의 중분류를 기준으로 동일한 업종을 영위하는 법인간의 합병일 것    ⅳ. 독점규제및공정거래에관한법률제7조 제1항의 규정에 의한 기업결합의 제한을 받지 아니하는 합병일 것    ⅴ. 합병법인의 대주주가 5년 이내에 자기지분을 처분하지 아니할 것    이 경우 "ⅲ."의 업종을 종전에는 한국표준산업분류상의 소분류를 기준으로 하던 것을 전년도 상속세및증여세법시행령 개정시에는 중분류를 기준으로 하되, 공포일(1999.12.31.)부터 적용하도록 하여 1999.12.31. 이후 합병등기하는 분부터 적용된다.    5년 내 자기지분을 처분한 경우 증여의제액은 다음과 같다.       특수관계자인 법인간의 합병에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병하는 경우 주식 등이 과소평가된 법인의 법인주주 등이 주식가치가 과대평가된 법인의 특수관계있는 개인주주 또는 법인주주에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용한다(法令 88 ① 8호 가목).    이는 상속세및증여세법에서는 특수관계에 있는 법인간에 불공정한 합병으로 인하여 개인대주주가 이익을 얻은 경우에는 증여세를 부과하는 규정이 있었으나, 법인세법에서는 이익을 분여한 법인주주 또는 그 이익을 분여받은 법인주주에 대한 적용 여부 및 분여이익의 계산 규정이 없어 양 세법간 불형평 및 일관성 등과 관련한 논란도 없지 않았다. 이와 관련 1998.12. 법인세법시행령 개정시에는 자본거래에 대한 부당행위계산부인의 적용방법 및 상속세및증여세법과의 관계를 명확히 하여 논란의 소지를 제거하였으며 1999. 1. 1. 이후 거래하는 분부터 적용하도록 하였다.    또한, 개정 규정은 상속세및증여세법상의 증여의제규정을 준용하여 양세법간 과세체계를 일치시키되, 수증자가 얻은 경제적 이익에 대하여 과세하는 증여세와는 달리 이익을 분여한 법인의 부당한 행위 및 계산을 부인하는 부당행위계산부인의 특수성을 감안하였으며, 분할합병의 경우를 추가하였다. ① 특수관계자인 법인간의 합병이어야 한다. ② 불공정한 합병에 해당되어야 한다. ③ 합병당사법인의 주주간에 특수관계가 있어야 한다.    "특수관계자인 법인"의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일부터 합병등기일까지의 기간에 의하되, 직전 사업연도의 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날부터 합병등기일까지의 기간에 의하여 판정한다(法令 88 ② 단서).    (①－②) / ① ≥ 30%인 경우에는 불공정한 비율에 의한 합병에 해당한다(相贈令 28 ③ 내지 ⑦). 다만, 상속세및증여세법과는 달리 주식평가차익이 30% 미만 차이가 있는 경우 및 합병당사법인의 1주당 평가가액이 액면가액에 미달하는 경우로서 그 평가가액을 초과하여 합병대가를 주식 등 외의 재산으로 지급하여 대주주가 얻는 이익이 3억원 이상인 경우에도 부당행위계산부인규정을 적용하지 아니한다(法令 89 ⑥).    한편, 전년도 상속세및증여세법시행령 개정시에는 동 금액을 3억원으로 상향조정함에 따라 법인세법시행령에서도 동 금액을 3억원으로 상향하였다. ① 합병법인의 1주당 평가가액 ② 주가가 과대평가된 합병당사법인(A)의 1주당 평가가액×(A의 합병 전 주식수÷A의 합병 후 주식수) 이 경우 합병법인의 1주당 평가가액은 합병당사법인 각각의 합병 직전 주식가액을 합한 금액을 합병법인의 주식수로 나눈 금액을 말한다.    상속세및증여세법에서는 합병당사법인간 특수관계가 있는 경우에는 주주간의 특수관계 여부를 요건으로 하지 않으나, 법인세법에서는 합병당사법인간의 특수관계뿐만 아니라 주주간에도 특수관계가 있어야 부당행위계산부인규정을 적용할 수 있다. 다만, 상속세및증여세법이 개인대주주가 받은 이익에 대해서만 과세하는데 반해, 법인세법에서는 개인주주, 법인주주 구별없이 모든 특수관계주주가 대상이 된다. 이 경우에도 주권상장법인 및 협회등록법인의 소액주주는 제외한다.    특수관계는 합병등기일 현재 법인세법시행령제87조의 규정에 의하여 판정한다.    부당행위계산부인대상금액은 30% 이상 주식가치가 증가한 상대방법인의 모든 특수관계 주주에게 분여한 이익의 총합계액이 된다. 특수관계있는 각 주주에게 분여한 이익의 계산은 다음 산식에 의하며, 각 주주별 이익분여액을 모두 합한 금액이 당해 법인의 부당행위계산부인액이다.    ① 합병법인의 1주당 평가가액 ② 주가가 과대평가된 합병당사법인(A)의 1주당 평가가액×(A의 합병 전 주식수÷A의 합병 후 주식수) ① 이익을 분여한 법인주주에 대하여는 분여한 이익액을 합병등기일이 속하는 사업연도에 익금에 산입한다.    ⅰ. 이익을 분여한 주주가 피합병법인의 법인 주주인 경우 이 경우 신주의 취득가액은 변동이 없다. 즉 합병신주의 취득가액은 종전 피합병법인 주식의 장부가액과 같다(法令 72 ① 4호).    ⅱ. 이익을 분여한 주주가 합병법인의 법인주주인 경우    이 경우 보유주식의 취득가액에는 변동이 없다(法令 72 ④ 3호).    부당행위계산부인액은 당해 법인주주의 주식가치 하락액으로 볼 수 있는바, 그 금액은 향후 당해 법인주주가 주식을 양도하는 시점에서 양도차익을 감소시키게 된다. 따라서 합병시점에서 이익분여액만큼 미리 익금에 산입하는 것이다. ② 이익을 분여받은 법인주주에 대하여는 분여받은 이익을 익금산입하고, 개인주주에 대하여는 증여세가 과세된다.    ⅰ. 이익을 분여받은 주주가 피합병법인의 법인주주인 경우    이 경우 취득가액을 증액시킨다. 즉 합병신주의 취득가액은 종전 장부가액에서 분여받은 이익만큼 증액시킨 가액이 된다(法令 72 ① 4호).    ⅱ. 이익을 분여받은 주주가 합병법인의 법인주주인 경우    이 경우 취득가액을 증액시킨다. 즉 보유주식의 취득가액을 분여받은 이익만큼 증액시킨다(法令 72 ④ 3호). 따라서 향후 당해 주식을 양도할 때 그 만큼 양도차익이 줄어들게 되므로 미리 익금산입하여 과세하는 선과세의 효과가 있다.    법인이 합병하는 경우에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 자산에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세함에 있어 특례를 인정한다. 즉 취득세는 지방세법에 의하여 비과세하며 등록세는 조세특례제한법에 의하여 면제한다.    한편, 취득세의 비과세, 등록세의 면제와 관련하여 농어촌특별세의 과세여부가 문제되는바, 종전에는 취득세의 비과세분에 대해서만 농어촌특별세도 비과세하여 등록세의 면제분에 대해서는 농어촌특별세를 과세하였으나, 전년도 농어촌특별세법시행령 개정시 등록세의 면제분에 대해서도 농어촌특별세를 비과세하여 요건을 충족하는 합병의 경우에는 취득세, 등록세 및 농어촌특별세의 부담이 없도록 하였다.      법인의 합병으로 인한 재산의 취득은 형식적인 소유권의 취득으로 보아 취득세를 비과세한다(地法 110 4호). 다만, 합병법인이 취득한 토지나 건축물이 합병 후 지방세법상의 별장·골프장·고급주택 또는 고급오락장이 되거나 본점 또는 주사무소의 사업용부동산 등이 되는 경우 및 비업무용토지가 되는 경우에는 비과세한 취득세를 10%로 중과한다(地法 112의2·112의3). 또한, 합병으로 인하여 과점주주가 된 경우에도 취득세를 비과세한다(地法 105 ⑥).    법인의 합병과 관련한 등록세는 다음의 경우에 한하여 면제한다(租特法 119 ① 2호 및 租特令 116 ①).    "금융산업의구조개선에관한법률"에 의한 금융기관이 동법에 따라 1999.12.31.까지 합병하는 경우 등록세를 면제한다. 이 경우 영업을 전부 양도하는 경우에도 등록세는 면제한다(租特法 119 ① 2호).    합병일 현재 부동산업과 소비성서비스업을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인간에 합병하는 경우에 등록세를 면제한다.    이 경우 부동산업 등과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우의 사업의 판정은 합병일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 수입금액을 기준으로 하여 사업별 수입금액이 큰 사업을 영위하는 것으로 보며, 부동산업 등을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 부동산업 등을 영위하지 아니하는 경우에는 등록세를 면제한다(租特令 116 ①).       법인이 합병하는 경우에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 자산에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세함에 있어 특례를 인정하여 취득세는 지방세법에 의하여 비과세하며 등록세는 조세특례제한법에 의하여 면제하였다.    한편, 취득세의 비과세, 등록세의 면제와 관련하여 농어촌특별세의 과세여부가 문제되는바, 종전에는 취득세의 비과세분에 대해서만 농어촌특별세도 비과세하여 등록세의 면제분에 대해서는 농어촌특별세를 과세하였으나, 전년도 농어촌특별세법시행령 개정시 등록세의 면제분에 대해서도 농어촌특별세를 비과세하여 요건을 충족하는 합병의 경우에는 취득세, 등록세 및 농어촌특별세의 부담이 없도록 하였다.    취득세의 비과세에 대한 농어촌특별세는 비과세한다(農特令 4 ③).    등록세의 면제에 대한 농어촌특별세는 1999.12.30. 이전에 등기 또는 등록하는 분은 농어촌특별세가 과세되나, 1999.12.31. 이후에 등기 또는 등록하는 경우로서 법인세법상 요건을 갖춘 합병의 경우에는 비과세한다(農特令 4 ⑥ 1호). 즉 종전에는 합병과 관련하여 등록세가 면제되는 경우에도 등록세 면제분에 대한 농어촌특별세의 납부의무가 있었으나, 전년도에 농어촌특별세법시행령의 개정으로 인하여 법인세법상 요건을 충족하는 합병의 경우로서 1999.12.31. 이후 등록세를 면제받는 분에 대해서는 농어촌특별세도 비과세하도록 하였기 때문이다.       법인이 합병을 하는 경우 합병법인이 승계한 자산가액이 피합병법인의 주주에게 교부한 합병대가에 미달하는 경우의 그 미달금액을 합병차손이라 하는바, 기업회계기준에서는 합병차손은 영업권으로 계상 후 20년 이내의 기간에 매기 균등액을 상각하도록 하고 있으나, 세법에서는 합병차손에 대한 규정은 없으며, 단지 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 영업권으로 인정하여 5년간 균등액을 상각하도록 하고 있다(法令 24 ① 2호·④).    참고로 감가상각대상인 영업권에는 다음의 금액이 포함된다(法則 12 ①).    ① 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액    ② 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금·입회금 등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등      법인이 합병하는 경우 합병법인은 피합병법인의 자산과 부채는 물론 권리와 의무까지도 포괄적으로 승계한다. 그러나 피합병법인의 세무조정사항 등의 승계 여부와 관련하여 종전에는 해석에 의하여 집행되어 오던 것을 법령에 규정을 신설하여 명확화하였다. 즉 법인이 합병하는 경우에 법인세법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니하는 금액은 다음에 의하도록 하여(法令 85 ①), 합병법인으로의 승계 여부를 명확히 하였다.    ⅰ. 피합병법인이 계상한 압축기장충당금 또는 일시상각충당금    피합병법인이 계상한 압축기장충당금 또는 일시상각충당금은 합병법인으로의 승계가 가능하다.    ⅱ. 손익의 귀속시기 미도래로 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액    손익의 귀속사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인으로의 승계가 가능하다. 즉 장기할부조건으로 자산을 양도한 경우와 장기도급계약에 의하여 건설 또는 제조하는 경우 및 수입이자 등에 대한 익금과 손금의 귀속시기가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금과 손금에 산입하지 아니한 금액이 합병 후에 도래할 경우에는 합병법인의 손금과 익금에 산입한다.    ⅲ. 피합병법인의 이연자산 미상각액 등 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우로서 피합병법인이 손금에 산입하지 아니한 이연자산 미상각액 및 한도초과액은 합병법인으로의 승계가 가능하다(法則 42).    ⅳ. 특수관계자 외의 법인간 장부가액으로 합병하는 경우로서 일정한 요건("4. (1) 승계요건")을 갖춘 경우의 피합병법인의 이월결손금    ⅴ. 기간세액감면의 잔여기간분    피합병법인이 각사업연도의 소득에 대하여 세액감면 또는 세액면제(일정기간에 걸쳐 감면되는 것에 한한다)를 받은 경우 요건을 충족한 합병으로서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각사업연도분까지는 그 감면을 계속하여 적용한다(法法 59 ③, 法令 96 ② 1호·④).    한편, 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 기간세액감면의 잔여기간분을 감면받을 수 없다(法令 96 ③).    ⅵ. 이월공제가 인정되는 세액공제액 중 미공제세액    당해 사업연도에 납부할 세액이 없거나 조세특례제한법에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 세액공제액은 당해 사업연도의 다음사업연도개시일부터 4년(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액은 7년) 이내에 종료하는 각사업연도에 이월하여 그 이월된 각사업연도의 법인세에서 공제받을 수 있으나(租特法 144 ①), 피합병법인에게 이월공제가 인정되는 세액공제액(외국납부세액공제를 포함한다)으로서 합병법인에게 승계한 미공제세액이 있는 경우 합병법인이 승계받은 자산등에 대한 미공제세액의 범위 안에서 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각사업연도분까지 공제할 수 있다(法令 96 ② 2호). 즉 이월공제가 인정되는 세액공제액 중 미공제세액은 합병법인으로의 승계가 가능하다. 이 경우에도 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 이월공제세액의 잔여기간분을 감면받을 수 없다(法令 96 ③).    참고로 분할의 경우 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로의 이월세액공제액의 승계는 허용되지 않는다.    감가상각, 법인세법제42조의 규정에 의한 평가 기타 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니한다(法令 85 ① 3호). 즉 감가상각비의 한도초과액, 재고자산평가차손익의 손금부인액, 대손충당금의 한도초과액 및 퇴직급여충당금의 한도초과액 등은 승계되지 아니한다.