정부의 2001년도 세제 개편안은 넓은 세원, 낮은 세율의 기본원칙에 따라 증가하는 재정수요 충족을 위한 세입기반 확대와 소득세율 인하를 통한 국민 세부담의 감소에 역점을 두었다는 점에서 대체로 바람직하다고 평가할 수 있다. 그러나, 2003년 균형재정의 달성이라는 중장기 목표에 얽매여 법인세율 인하를 제시하지 못함으로써 경기부양 및 기업의 경쟁력 강화라는 당면과제에 대한 정책의지가 미흡해 보인다. 정부는 금년도 세제개편의 5가지 기본방향 중의 하나인 기업하기 좋은 환경 조성의 일환으로 다양한 부문에서 기업과세제도를 개선하였다. 특히 ▷법인특별부가세 및 적정유보초과 소득과세 폐지, ▷상시구조조정지원세제 정비, ▷임시투자세액공제 대상 확대, ▷대규모기업집단 관련 세제상 차별규제 폐지, ▷가산세제도 정비, ▷기업회계와 세무회계의 축소 등은 법인세 과세체계의 단순화와 기업의 투자활성화를 위한 세제개편의 첫 걸음으로서 상당히 긍정적으로 평가될 수 있다. 그러나 이번 개편안에 포함된 조치 가운데 몇 가지 문제점을 지적하지 않을 수 없다. 우선적으로, 특별부가세와 적정유보초과소득과세의 폐지는 어느 정도 기업 세부담의 완화와 과세 합리화를 위해 바람직하지만 기업에 대해서는 큰 실익이 없다고 할 수 있다. 즉, 특별부가세의 경우 99년 결정세액의 규모가 2,435억원(법인세액 대비 비중 3.2%)에 불과하다. 또한 적정유보초과소득과세의 경우 법인이 유보소득을 기업발전적립금으로 적립하면 과세가 되지 않는 등 제도의 실효성이 지적되어 왔음을 감안할 때 동 제도들의 폐지는 법인세 체계의 단순화에 주로 기여한다고 평가할 수 있다. 둘째, 가산세 제도 부문의 추가적인 개선이 요구된다. 정부는 증빙불비가산세율 인하(10%→2%)와 대차대조표 공고불이행 가산세 폐지 등을 통해 관련 업계의 애로를 일부 해소하였다. 그러나, 계산서 미발행 가산세 및 법인세 납부지연 가산세 등 가산세 제도에 있어서 업계의 많은 애로사항이 접수되고 있는 점을 감안할 때 종합적인 재검토가 필요하다고 본다. 예컨대, 계산서 미발행 가산세제도의 경우 공급가액의 1% 만큼을 가산세로 부과하고 있지만, 과세관청에서 납세자의 협조 없이도 세원자료의 수집이 가능한 거액의 토지·건물 등 거래에 대해서는 예외적으로 가산세 부과대상에서 제외하는 방안이 고려되어야 한다고 생각한다. 아직도 국내 조세제도에는 기업의 구조조정 촉진과 투자 활성화를 제약하고 있는 불합리한 기업과세 관련제도가 상당부분 상존하고 있다. 또한 이러한 제도들은 국내기업이 외국의 선진기업들과 국내외에서 경쟁할 때 경쟁력을 심각하게 저하시킬 수 있기 때문에 기업과세제도의 합리화 및 선진화 차원에서 조속히 개선되어야 할 것이다. 향후 개선되어야 할 과제 중 주요한 사항들은 다음과 같다. 최근 세계적인 장기침체 속에서 주요 선진국들은 자국기업의 경쟁력 강화와 경기부양을 위해 법인세를 경쟁적으로 대폭 인하하고 있다. 허지만, 정부는 법인세율의 국가간 단순 비교를 통해 국내 법인세제가 아직도 경쟁력이 있는 것으로 판단하고 있다. 그러나 우리나라의 복잡한 조세체계와 정확히 측정 불가능한 기업의 막중한 준조세 부담, 향후 주요 선진국의 세율수준 등 제반상황을 고려할 때 재정 건전화를 해치지 않는 범위내에서 경쟁력 확보를 위해 법인세율의 하향조정 방안을 검토할 필요가 있다. 현행 국내 조세제도는 15개 국세(교육세, 교통세, 농특세 등 목적세 3개, 세수의 19%)와 17개 지방세(목적세 5개, 세수의 8%) 등 32개의 세목으로 구성되어 있다. 복잡한 조세체계는 납세의무자인 국민 개개인이 부담하는 세금을 예측하기 어렵게 함으로써 불공평 과세의 의혹을 유발시키는 소지를 제공한다. 또한 8개나 되는 목적세는 매년 확보되는 재원을 특정 부문에만 무절제하게 집행됨으로써 재정운용의 경직성을 초래한다는 비판을 받고 있다. 따라서, 대체로 특정세목에 부가세로 과세되고 있는 목적세 등을 본세로 통합함으로써 폐지하고, 국세와 지방세의 재정비를 통하여 납세의무자인 국민과 기업이 공평하게 납부할 수 있도록 조세제도를 합리화시키는 것이 중요한 과제이다. 정부는 대기업집단의 구조조정을 촉진하기 위해 99년 지주회사의 설립을 허용하였으나 지주회사의 중요한 인프라라고 할 수 있는 연결납세제도를 도입하지 않고 있다. OECD회원국 중 미국, 영국, 프랑스 등 20여 개국이 이미 연결납세제도를 도입 시행하고 있으며, 97년 지주회사제도를 도입한 일본 또한 2002년 이 제도의 도입을 준비하고 있다. 사업부문의 분할을 통해 지주회사체제로 전환된 기업들은 분할 후에 적자사업과 흑자사업의 상계 불가능과 관련세제의 미비로 인해 과세부담이 증대될 전망이다. 지주회사형 기업집단을 경제적 동일체인 단일 과세단위로 간주하는 연결납세제도의 도입을 지연함으로써 선진국형 지주회사제도가 제대로 활성화되지 못하고 있다는 우려가 제기되고 있다. 따라서, 기업의 경쟁력 강화 및 원활한 구조조정 촉진을 위해 연결납세제도의 도입을 조속히 추진해야 한다. 기업의 배당금지급액이 손금산입될 경우 배당소득의 중복과세 문제가 일어나지 않는다. 그러나, 현재와 같이 잉여금처분으로 간주되어 손금불산입되는 제도하에서는 개인주주 또는 법인주주가 이미 법인세가 과세된 배당금소득에 대해 다시 소득세 또는 법인세를 부담하는 중복과세문제가 발생하게된다. 따라서 대부분의 OECD국가들은 법인세로 인한 중복과세 문제를 해소하기 위해 법인소득에 대해 다양한 조치를 취하고 있는 형편이다. 우리나라의 경우 94년에 저세율(18%) 합산방식으로 전환함으로써 배당세액공제의 확대를 통해 중복과세 문제를 부분적으로 해결하였고, 다시 99년에 법인세부담률 합산방식을 적용함으로써 중복과세 문제를 완전히 해결하였다. 그러나 2001년 다시 저세율(16%) 합산방식으로 복귀함으로써 배당세액공제가 축소되어 해소를 위한 노력이 후퇴된 것으로 평가되고 있다. 따라서 정부는 법인주주의 배당소득에 대해 익금불산입 또는 배당세액공제의 확대를 통해 중복과세 문제 해결을 위한 노력을 지속적으로 추진해야 한다. 국내 기업들은 현재 당해 연도 결손금을 단지 5년 동안만 차기의 과세소득금액에서 공제할 수 있으며, 결손에 대해 전기의 납세액을 환급해 주는 소급공제는 중소기업에만 국한하여 1년간 허용하고 있다. 그러나 선진국의 경우 독일, 영국은 결손금 이월공제가 무제한 인정되며 미국(20년), 일본(7년) 등 결손금 공제제도가 잘 되어있고, 소급공제 또한 미국 일본 등은 기업규모에 차등을 두지 않고 공평하게 허용하고 있다. 따라서, 기업세제의 합리화를 위해서는 결손금 소급공제를 모든 기업으로 확대하고, 이월공제를 선진국 수준으로 확대 조정하는 것이 바람직하다. 비업무용부동산의 취득 및 보유 관련 세제상 불이익 조치는 고도성장기에 기업의 부동산 투기를 억제하기 위해 도입되었으나, 최근 부동산 경기가 침체되면서 입법 취지를 상실했으며 기업의 세부담만 가중시키고 있다. 특히 자유로운 토지거래 억제로 인해 기업은 장기적인 관점에서 부동산을 전략적으로 활용하지 못하고 있는 실정이다. 더욱이 지방세법상 비업무용부동산 중과세제도는 폐지되었으나, 법인세법에서만 상존함으로써 세법상 일관성을 결여하고 있다는 지적을 받고 있다. 따라서, 부동산의 효율적인 활용을 저해하고 있는 법인세법상 비업무용부동산 중과세제도는 폐지하는 것이 바람직하다.
