◈	연구 및 인력개발준비금은 부동산업과 소비성서비스업을 제외한 모든 법인이 수입금액의 3% (5%) 범위 내에서 손금산입할 수 있다.
◈	연구 및 인력개발준비금을 손금에 산입한 사업연도종료일로부터 3년간 목적사용하여야 하며, 미사용시에는 미사용금액을 익금산입함과 동시에 이자상당액을 납부하여야 한다.
◈	중소기업의 경우에는 연구 및 인력개발비 세액공제받은 금액도 연구 및 인력개발준비금의 사용기준에도 해당되지만 중소기업이 아닌 경우에는 동 준비금의 사용기준에 해당되지 아니하므로 익금산입과 이자상당액을 납부하여야 한다.

1. 연구 및 인력개발준비금의 내용 (1) 설정대상법인 내국법인으로서 다음의 사업을 영위하는 법인을 제외한 모든 법인은 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 2003.12.31. 이전에 종료하는 사업연도까지 연구 및 인력개발준비금을 설정할 수 있다(租特法 9). ① 부동산업(租特令 130 ①) ② 소비성서비스업(租特令 130 ②) (2) 준비금의 손금산입한도액 당해 사업연도의 수입금액의 100분의 3(조세특례제한법시행령 〔별표 3〕에서 규정하는 자본재산업과 조세특례제한법시행령 〔별표 4〕에서 규정하는 기술집약적인 산업에 있어서는 100분의 5)에 상당하는 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입한다(租特法 9 ①). 【산식】

연구 및 인력개발준비금 설정한도액＝수입금액×3/100 자본재산업과 기술집약적인 산업에 속하는 경우에는5/100)

(3) 준비금의 사용 연구 및 인력개발준비금은 준비금을 설정한 당해 사업연도종료일부터 3년 동안 조세특례제한법 시행령〔별표 5〕 및 조세특례제한법시행규칙 제6조에 규정하는 지출에 사용한다. 한편, 중소기업이 아닌 법인의 경우에는 1998. 1. 1 이후 최초로 개시하는 사업연도의 손금에 산입하는 연구 및 인력개발준비금부터 조세특례제한법 제10조 제1항의 규정에 의하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받은 경우 당해 비용은 연구 및 인력개발준비금의 사용대상에서 제외한다(租特法 9 ② 1호, 부칙 3, 1998. 4.10. 법률 제5534호) (4) 준비금의 환입 1) 사용기간(3년) 경과 후 환입 연구 및 인력개발준비금을 손금에 산입한 법인은 다음에 따라 환입한다. ① 분할환입 연구 및 인력개발준비금을 손금에 산입한 사업연도종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사용기준에 해당하는 비용 및 자산취득에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해사업연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. ② 미사용분 일시환입 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금을 기술개발비 사용기준에 해당하는 비용 및 자산취득에 사용하지 아니한 경우에는 그 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 3년이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 아울러 동 금액에 대하여 이자상당가산액을 납부하여야 한다(租特法 9 ② 2호 본문). 참고로 연구 및 인력개발준비금의 환입방법을 그림으로 표시하면 다음과 같다. 2) 사용기간(3년) 경과 전의 환입 ① 임의환입의 경우 연구 및 인력개발준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구 및 인력개발 용도에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 사업연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다(租特法 9 ② 2호 단서). ② 일시환입의 경우 연구 및 인력개발준비금을 설정한 법인이 다음에 해당하는 사유가 발생하는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입하지 아니한 연구 및 인력개발준비금계정의 잔액을 익금에 산입하며, 이 경우에도 이자상당가산액을 납부하여야한다(租特法 9 ③). 가. 당해 사업을 폐지한 때 나. 해산한 때 다만, 합병분할 또는 분할합병으로 인하여 해산하는 경우로서 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립되는 법인, 분할신설법인 및 분할합병의 상대방 법인이 당해 연구 및 인력개발준비금계정의 금액을 승계한 때에는 그러하지 아니하다. (5) 이자상당가산액의 납부 연구 및 인력개발준비금을 설정한 법인이 당해 준비금을 설정한 사업연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도종료일까지 세법의 규정에 따라 사용하지 아니함으로 인하여 연구 및 인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우와 사용기간 중에 임의환입하는 경우 및 당해 사업을 폐업·해산 등으로 인하여 연구 및 인력개발준비금의 설정잔액 전액을 익금에 산입하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 이자상당액을 법인세에 가산하여 납부하여야 한다(租特法 9 ④). 【산식】

익금에 산입되는 연구 및 인력개발준비금을 당초 사업연도의 손금에 산입함으로 인한 법인세의 차액주) × 연구 및 인력개발준비금을 손금에 산입한 사업연도종료일의 다음 날부터 연구 및 인력개발준비금을 익금에 산입한 사업연도 종료일 까지의 기간 × 4/10,000

※ 주) 법인세의 차액이란 당해 준비금을 손금에 산입한 사업연도에 동 연구 및 인력개발준비금을 손금에 산입하지 아니한 것으로 하여 계산된 법인세액에서 손금에 산입하여 계산된 법인세를 차감하여 계산한 금액을 말한다(租 特通 4－3…1). 2. 연구 및 인력개발준비금 사용액과 연구 및 인력개발비 세액공제와의 관계 연구 및 인력개발준비금 설정대상이 되는 법인이 조세특례제한법시행령 〔별표 6〕에 규정한 연구 및 인력개발비 를 사용한 때에는 당해 지출금액에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용한다(租特法 11 ①). 연구 및 인력개발비 의 대부분은 연구 및 인력개발준비금의 사용기준 〔별표 5〕 에 규정한 비용에도 해당된다. 이와 같이 「연구 및 인력개발」에 대하여는 준비금설정시 미리 손금으로 인정한 후 지출시에는 세액공제도 적용되는 것으로서 상당한 세제지원을 받고 있다고 볼 수 있다. 다만, 앞에서 설명한 바와 같이 중소기업을 제외한 법인은 1998. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 설정한 연구 및 인력개발준비금부터는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용은 연구 및 인력개발준비금의 사용기준에서는 제외된다. 따라서 중소기업이 아닌 법인이 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 경우에는 전술한 〔별표 5〕연구 및 인력개발준비금의 사용기준에 해당하는 비용 중 〔별표 6〕연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용을 제외하고 사용 여부를 판정하기 때문에 이를 제외하고도 기한 내에 연구 및 인력개발준비금을 적법하게 사용한 경우에는 문제가 없으나 이를 제외함으로써 기한 내에 사용하지 못한 금액이 있는 경우에는 3년이 되는 날이 속하는 사업연도에 전액 환입한다(租特法 9 ② 2호). 【사례】 다음 자료에 의하여 (주)갑의 당기(2001. 1. 1∼12.31)의 연구 및 인력개발준비금과 연구·인력개발비세액공제에 대한 세무의사결정을 하라. 1. 당 법인은 신고조정에 의하여 연구 및 인력개발준비금을 설정하고 있으며 준비금의 설정과 사용내역은 다음과 같다. 준비금 설정액은 세법상 한도 내의 금액이다.

사업연도	준비금설정액	연구 및 인력개발비 사용액(주)	자산취득사용액
1998	210,000,000	－	－
1999	250,000,000	30,000,000	35,000,000
2000	300,000,000	40,000,000	45,000,000
2001	450,000,000	60,000,000	40,000,000
계	1,210,000,000	130,000,000	120,000,000

※(주) 연구 및 인력개발비 사용액은 연구 및 인력개발준비금의 사용기준에도 적합하며, 1999사업연도와 2000사업연도에 세액공제를 적용 받았다. 2. 직전 4년간 연구 및 인력개발비 평균발생액은 44,000,000원이며, 당기 발생액은 위 사용액 60,000,000원이다. 【해설】 1. 당 법인이 중소기업인 경우 중소기업인 경우에는 연구 및 인력개발비 발생액은 연구 및 인력개발준비금의 사용금액에 해당되며 아울러 연구 및 인력개발비 세액공제도 받을 수 있다. (1) 연구 및 인력개발비 세액공제 ① 당기발생액 기준공제액 60,000,000원×15/100 ＝9,000,000원 ② 증가발생액 기준 공제액 (60,000,000원－44,000,000원)×50/100 ＝8,000,000원 ③ 세액공제액 ① 과 ② 중 많은 금액인 9,000,000원이다. (2) 연구 및 인력개발준비금에 대한 세무조정 ① 당기 설정액에 대한 세무조정 <손금산입>      연구 및 인력개발준비금            450,000,000(△유보) ② 당기 환입액에 대한 세무조정 1998 사업연도의 설정액 210,000,000원은 1999. 1. 1.부터 2001.12.31.까지 전부 목적에 사용하였으므로 당기부터 36월간 균등환입한다. 당기환입액＝210,000,000원 ×12/36 ＝70,000,000원 <익금산입>      연구 및 인력개발준비금 환입      70,000,000(유보) 2. 당법인이 중소기업이 아닌 경우 (1) 연구 및 인력개발비 세액공제를 받는 경우 1) 연구 및 인력개발비 세액공제액 (60,000,000원－44,000,000원) ×50/100 ＝8,000,000원 2) 연구 및 인력개발준비금 ① 당기 설정액에 대한 세무조정 <손금산입>      연구 및 인력개발준비금            450,000,000(△유보) ② 당기 환입액에 대한 세무조정 연구 및 인력개발비 세액공제받은 금액은 연구 및 인력개발준비금의 사용액으로 보지 아니하므로 자산취득사용액만 준비금의 사용액으로 본다. 가. 목적사용액 120,000,000원(자산취득분)×12/36 ＝40,000,000원 나. 미사용액 210,000,000원－120,000,000원＝90,000,000원 다. 합계 40,000,000원＋90,000,000원＝130,000,000원 <익금산입>      연구 및 인력개발준비금 환입      130,000,000(유보) 아울러 미사용액 90,000,000원에 대하여는 이자상당가산액을 납부하여야 한다. (2) 연구 및 인력개발비 세액공제를 받지 아니한 경우 1) 연구 및 인력개발비 세액공제 세액공제액은 없다. 2) 연구 및 인력개발준비금 ① 당기 설정액에 대한 세무조정 <손금산입>      연구 및 인력개발준비금            450,000,000(유보) ② 당기 환입액에 대한 세무조정 1998년 설정액 210,000,000원을 1999. 1. 1.부터 2001.12.31.까지 전부 목적에 사용하였으므로 당기부터 36월간 균등환입한다. 당기 환입액＝210,000,000원×12/36 ＝70,000,000원 <익금산입>      연구 및 인력개발준비금 환입      70,000,000(유보) (3) 세무의사결정 중소기업이 아닌 법인의 연구 및 인력개발비를 A라고 하는 경우 세액공제받는 경우의 조세효과와 준비금의 미사용분에 대한 이자상당가산액의 납부효과는 다음과 같다. 1) 연구 및 인력개발비 세액공제를 받는 경우 (A－직전 4년간 평균발생액)×50%×1.1(주민세 포함)＝(A－직전 4년간 평균발생액)×0.55 2) 세액공제액 해당액을 준비금미사용액으로 보는 경우에 따른 조세효과 A×28%×1.1(법인세 등)＋A×28%×1.1×1.096(이자가산기간：3년)×4/10,000(이자상당액) ＝A×0.4430272 3) 세무의사결정 위 1) 과 2) 를 일치시키는 직전 4년간 평균발생액은 A의 19.45%이다. (A－직전 4년간 평균발생액)×0.55＝A×0.4430272 →직전 4년간 평균발생액＝A×19.45% 따라서 직전 4년간 연구 및 인력개발비 평균발생액이 연구 및 인력개발비 당기 발생액의 19.45% 미만인 경우에는 연구 및 인력개발비 세액공제를 받는 것이 유리하나 19.45% 이상인 경우에는 세액공제보다 연구 및 인력개발준비금 사용액으로 세무조정하는 것이 조세부담을 유리하게할 수 있다. 일반적으로는 중소기업이 아닌 법인의 경우 직전 4년간 연구 및 인력개발비 평균 발생액이 19.45% 이상인 경우가 대부분이므로 연구 및 인력개발준비금 사용액으로 세무조정하는 것이 조세부담을 최소화할 수 있을 것으로 판단된다.