동일한 자산에 대하여 투자세액공제의 중복적용이 배제된다. 일정한 세액감면은 감면상호간에 중복적용이 배제되며, 투자세액공제와도 중복적용이 배제된다. 외국인투자기업 세액감면을 받는 경우에는 다른 세액감면과 중복적용이 배제되고, 투자세액공제의 경우 내국인의 지분율에 해당하는 금액만 적용한다.
조세감면의 중복적용배제에 대한 내용을 점검하기로 한다.◈ 필자 註 ◈
I. 조세감면 중복적용배제 확인의 필요성
법인세 과세표준신고 또는 개인사업자의 종합소득과세표준 확정신고에서 납세자가 적용받을 수 있는 조세감면사항은 반드시 적용하여 조세부담을 줄일 수 있도록 하여야 할 것이다. 그러나 조세특례제한법은 조세감면의 중복적용을 배제하는 규정을 두고 있으므로 이를 사전에 확인하여야 할 것으로 생각된다. 중복적용배제 규정은 여러 차례 개정되고 있으므로 매번 개정내용을 확인하여야 하겠지만, 여기에서는 2001년 과세연도를 중심으로 조세감면의 중복적용이 배제되는 내용을 검토하기로 한다.
II. 투자세액공제 상호간의 중복적용의 배제
1. 동일한 투자자산에 대한 투자세액공제 중복적용배제에 대한 내용
내국인이 투자한 사업용 자산에 대하여 조세특례제한법에 의한 다음의 여러 가지 투자세액공제 규정이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 그 적용을 받을 수 있다[租特法 127②].
① 중소기업투자세액공제[租特法 5]
② 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제[租特法 11]
③ 생산성향상시설투자에 대한 세액공제[租特法 24]
④ 특정설비투자에 대한 세액공제[租特法 25]
⑤ 에너지절약시설투자에 대한 세액공제[租特法 25의2]
⑥ 임시투자세액공제[租特法 26]
⑦ 대도시 공장의 지방이전에 대한 설비투자 세액공제[租特法 62 ①]
⑧ 법인 본점·주사무소의 지방이전에 대한 투자세액공제[租特法 62 ②]
⑨ 근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제[租特法 94]
⑩ 조세감면규제법 제4666호 부칙 제14조의 규정에 의한 세액공제의 경과조치
⑪ 법률 제5584호 조세특례제한법 부칙 제12조 제2항의 투자세액공제의 경과조치
2. 투자세액공제와 중복적용이 가능한 세액공제
중복적용이 배제되는 것은 투자세액공제규정이 동시에 적용되는 경우에 배제되는 것이므로 다음의 세액공제는『투자세액공제와 중복적용』이 가능하다.
① 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제[租特法 10]
② 기업의 어음제도개선을 위한 세액공제[租特法 7의2]
③ 수입금액 증가에 대한 세액공제[租特法 122 ①]
④ 신용카드거래·판매시점정보관리시스템거래·전자상거래 등에 의한 수입금액에 대한 세액공제[租特法 122 ②]
⑤ 금융기관 수납수입금액에 대한 세액공제(학원운영사업자)[租特法 122 ④]
⑥ 성실신고 소규모 사업자에 대한 소득세 납부세액공제[租特法 123]
위의 세액공제 중에서 ③,④,⑤,⑥는 법인에게는 적용되지 아니하며, 부동산임대소득·사업소득이 있는 거주자(“사업자”)에게 적용되는 세액공제이다. 그 중에서「수입금액 증가에 대한 세액공제[租特法 122 ①]는 2001년12월29일 삭제되었으므로 2001년 과세연도의 소득에서는 세액공제를 적용받을 수 있는 반면, 2002년1월1일 이후 발생하는 소득분부터는 당해 세액공제를 적용받을 수 없다.
3. 임시투자세액공제 적용기간 외의 투자세액공제 중복적용
조세특례제한법상 투자자산에 대한 세액공제를 적용함에 있어서 당해 투자자산이 임시투자세액공제와 조세특례제한법의 다른 투자세액공제 적용대상자산에 해당하는 경우, 임시투자세액공제제도의 적용기간 외에 투자되는 금액에 대하여는 임시투자세액공제 외의 다른 투자세액공제를 적용받을 수 있다[법인46012-582, 2001.3.22].
III. 일정한 세액감면을 받는 경우의 투자세액공제 적용배제
1. 세액감면과 투자세액공제 중복적용배제의 개요
다음에 열거하는 일정한 세액감면 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 투자세액공제규정은 이를 적용하지 아니한다[租特法 127 ④].
2. 투자세액공제와 중복적용이 배제되는 세액감면규정
투자세액공제와 중복적용이 배제되는 세액감면은 다음과 같다.
1) 중소기업에 대한 특별세액감면[租特法7]
중소기업에 대한 특별세액감면은 2000년12월29일 개정에 의하여, 2001년1월1일[사업연도 기준]부터 투자세액공제와 중복적용이 배제된다.
2) 일정한 기간에만 적용되는 세액감면 : [기간감면]
① 창업중소기업 등에 대한 세액감면[租特法 6]
② 창업중소기업·창업벤처중소기업·농공단지 입주기업 등의 통합시 잔존세액감면의 승계[租特法 31 ④]
③ 사업전환중소기업·수도권외 지역이전 중소기업·농업회사법인 등의 통합시 세액감면의 승계[租特法 31 ⑤]
④ 법인전환기업의 세액감면의 승계[租特法 32 ④]
⑤ 사업전환중소기업에 대한 세액감면[租特法 34]
⑥ 수도권외 지역 이전중소기업에 대한 세액감면[租特法 63]
⑦ 법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면[租特法 63의2 ②]
⑧ 농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면[租特法 64]
⑨ 농업회사법인에 대한 세액감면[租特法 68]
⑩ 조세감면규제법 제4666호 부칙 제13조의 규정에 의한 세액감면의 경과조치
⑪ 법률 제5584호 조세특례제한법 부칙 제12조 제4항의 세액감면의 경과조치
3) 감면기간의 제한이 적용되지 아니하는 감면
① 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제[租特法 66]
② 영어조합법인 등에 대한 법인세의 면제[租特法 67]
영농조합 법인과 영어조합법인의 감면은 적용시한에는 제한규정[2003년12월31일]을 두고 있지만, 감면을 계속 적용하는 기간에 대한 제한규정을 두고 있지는 않다.
3. 일정한 세액감면과 동시적용이 배제되는 투자세액공제
세액감면과 중복적용이 배제되는 투자세액공제의 내용은 [투자세액 상호간의 중복적용배제]에 적용되는 투자세액공제와 동일한 내용이다. 구체적으로 확인하기 위하여 이를 열거하면 다음과 같다.
① 중소기업투자세액공제[租特法 5]
② 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제[租特法 11]
③ 생산성향상시설투자에 대한 세액공제[租特法 24]
④ 특정설비투자에 대한 세액공제[租特法 25]
⑤ 에너지절약시설투자에 대한 세액공제[租特法 25의2]
⑥ 임시투자세액공제[租特法 26]
⑦ 대도시 공장의 지방이전에 의한 설비투자 세액공제[租特法 62 ①]
⑧ 법인 본점·주사무소의 지방이전에 의한 투자세액공제[租特法 62 ②]
⑨ 근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제[租特法 94]
⑩ 조세감면규제법 제4666호 부칙 제14조의 규정에 의한 세액공제의 경과조치
⑪ 법률 제5584호 조세특례제한법 부칙 제12조 제2항의 투자세액공제의 경과조치
IV. 세액감면 상호간의 중복적용배제
1. 세액감면상호간의 중복적용배제의 내용
동일사업장 동일과세연도에 다음 조세특례제한법상의 감면 중 둘 이상의 규정이 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다[租特法127⑤].
1) 중소기업에 대한 특별세액감면[租特法 7]
2) 일정한 기간에만 적용되는 세액감면 : [기간감면]
① 창업중소기업 등에 대한 세액감면[租特法 6]
② 창업중소기업·창업벤처중소기업·농공단지 입주기업 등의 통합시 잔존세액감면의 승계[租特法 31 ④]
③ 사업전환중소기업·수도권외 지역이전 중소기업·농업회사법인 등의 통합시 세액감면의 승계[租特法 31 ⑤]
④ 법인전환기업의 세액감면의 승계[租特法 32 ④]
⑤ 사업전환중소기업에 대한 세액감면[租特法 34]
⑥ 수도권외 지역 이전중소기업에 대한 세액감면[租特法 63]
⑦ 법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면[租特法 63의2 ②]
⑧ 농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면[租特法 64]
⑨ 조세감면규제법 제4666호 부칙 제13조의 규정에 의한 세액감면의 경과조치
⑩ 법률 제5584호 조세특례제한법 부칙 제12조 제4항의 세액감면의 경과조치
3) 외국인 투자 등에 대한 법인세 등의 감면
① 외국인 투자 등에 대한 세액감면[租特法 121의2]
② 외국인 투자의 증자에 대한 세액감면[租特法 121조의4]
2. 세액감면 중복적용의 배제에 대한 해석사례
(1) 과세연도를 달리하여 서로 다른 세액감면을 적용하는 경우
구조세감면규제법상 지방이전중소기업 세액감면과 중소제조업 특별세액감면규정은 과세연도를 달리하여 선택적용이 가능한 것으로 해석하고 있다[법인46012-776, 2000.3.24.].
(2) 창업중소기업이 기존의 공장을 취득한 경우
창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받는 법인이 다른 농어촌지역에 소재한 기존공장을 추가로 취득하여 기존사업자가 영위하던 업종을 계속 영위하는 경우, 기존공장에 대하여는 조세특례제한법 제6조의 [창업중소기업 등에 대한 세액감면규정]을 적용 받을 수 없는 것이나, 중소기업의 요건을 충족하는 경우 조세특례제한법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면은 적용받을 수 있다[법인46012-619, 2000.3.6.]. 또한, [창업중소기업 등에 대한 세액감면]을 적용받는 법인은 조세특례제한법 제127조 제4항의 규정에 의하여 임시투자세액공제를 적용받지 아니한다.
(3) 중소기업 통합 후 다른 세액감면을 적용한 경우
조세특례제한법 제6조의 [창업중소기업 등에 대한 세액감면]규정을 적용받던 중소기업이 조세특례제한법 제31조의 [중소기업간 통합에 대한 지원규정]에 의하여 중소기업간 통합을 하는 경우에는 잔존감면기간에 대하여는 승계규정을 적용받을 수 있는 것이나, 중소기업통합 후의 사업연도에 [창업중소기업 등에 대한 세액감면]규정을 적용하지 아니하고, 중소제조업 등 특별세액감면[租特法7] 및 임시투자세액공제[租特法 26]의 규정을 적용하였을 경우에는 그 후의 사업연도에 『창업중소기업 등에 대한 세액감면[租特法 6]』의 규정을 새로이 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있다[법인46012-411, 2000.2.14].
(4) 외국인투자기업의 감면과 중소기업특별세액감면의 중복적용배제
동일한 사업장에 대한 동일한 사업연도에 [중소기업에 대한 특별세액 감면(租特法 7)]의 규정과 [외국인투자에 대한 법인세 등의 감면(租特法 121의2 ②)]의 규정이 동시에 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용한다[제도46017-10441, 2001.4.4]
V. 수입금액 증가 등에 대한 세액공제 관련 중복적용의 배제
조세특례제한법 제127조[중복지원의 배제]규정 이외에도 다음과 같이 개인사업자(“사업자”)에게 적용되는 수입금액 증가 등에 대한 세액공제[租特法 122]에서도 중복적용의 배제에 대한 규정을 두고 있다.
1. 신용카드거래·POS거래·전자상거래 등 수입금액에 대한 세액공제
신용카드거래·POS거래·전자상거래 등 수입금액에 대한 세액공제규정을 적용함에 있어서 동일한 사업장에서 신용카드에 의한 수입금액, 판매시점정보관리시스템설비[POS]에 의한 수입금액 및 전자상거래에 의한 수입금액 중 둘 이상의 수입금액이 있는 경우에는 그 중 사업자가 선택한 하나의 수입금액에 대하여만 세액공제규정을 적용한다[租特法 122 ③].
2. 금융기관 수납수입금액에 대한 세액공제와의 중복적용배제
금융기관 수납수입금액에 대한 세액공제[租特法122④]는 학원의 설립·운영 및 과외교습에 관한 법률에 의한 학원을 운영하는 사업자로서 일정한 요건을 갖춘 자에게 적용되는 것인데, 사업자가 동일한 사업장의 사업소득 등에 대하여 [금융기관 수납수입금액에 대한 세액공제]를 적용받는 경우에는 [신용카드거래·POS·전자상거래 등 수입금액에 대한 세액공제]를 적용받을 수 없다[租特法 122 ⑥].
3. 성실신고 소규모 사업자의 소득세 세액공제와의 중복적용배제
사업자가 [성실신고 소규모 사업자에 대한 소득세 납부세액공제]와 조세특례제한법 제122조의 규정에 의한 세액공제[㉠ 수입금액 증가에 대한 세액공제, ㉡신용카드거래·POS·전자상거래 등 수입금액에 대한 세액공제, ㉢ 금융기관 수납수입금액에 대한 세액공제]를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 당해 사업자가 선택한 하나의 세액공제만을 적용한다[租特法 123 ⑥].
4. 신용카드거래 등 수입금액 세액공제와 중소기업 특별세액감면
사업자가 동일한 사업장의 사업소득 등에 대하여 [신용카드거래·POS·전자상거래 등 수입금액에 대한 세액공제]를 적용받는 경우에는 [중소기업에 대한 특별세액감면(租特法7)]을 적용받을 수 없다[租特法 122 ⑦].
VI. 투자세액공제와 외국인투자기업 세액감면의 중복적용배제
1. 외국인투자기업의 투자세액공제의 적용
내국인이 조세특례제한법에 의하여 투자한 자산에 대하여 다음의 투자세액공제규정을 적용함에 있어서 [외국인 투자기업에 대한 세액감면(租特法 121의2)] 또는 [외국인 투자의 증자에 대한 세액감면(租特法 121조의4)]의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 당해 규정에 의하여 공제할 세액에 당해 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 다음과 같이 계산한 금액을 공제한다[租特法 127 ③].
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투자세액공제 × 내국인투자자의 지분비율 / 총지분비율 |
2. 외국인투자기업에 대하여 중복적용이 배제되는 세액공제
외국인투자기업에 대한 세액감면을 적용하는 경우에 중복적용을 배제하기 위하여 지분비율을 적용하는 투자세액공제의 내용은 [투자세액공제 상호간의 중복적용의 배제]에 적용된 사항과 동일한 것으로, 다음과 같이 구체적인 범위를 확인할 수 있다[租特法 127 ③]
① 중소기업투자세액공제[租特法 5]
② 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제[租特法 11]
③ 생산성향상시설투자에 대한 세액공제[租特法 24]
④ 특정설비투자에 대한 세액공제[租特法 25]
⑤ 에너지절약시설투자에 대한 세액공제[租特法 25의2]
⑥ 임시투자세액공제[租特法 26]
⑦ 대도시 공장의 지방이전에 의한 설비투자 세액공제[租特法 62 ①]
⑧ 법인 본점·주사무소의 지방이전에 의한 투자세액공제[租特法 62 ②]
⑨ 근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제[租特法 94]
⑩ 조세감면규제법 제4666호 부칙 제14조의 규정에 의한 세액공제의 경과조치
⑪ 법률 제5584호 조세특례제한법 부칙 제12조 제2항의 투자세액공제의 경과조치
3. 외국인투자기업의 세액감면과 중복적용배제에 대한 해석사례
(1) 중소기업 특별세액감면과의 중복적용배제
1994년1월1일 이후 개시하는 사업연도부터 동일 공장에 대해 동일 과세연도에 중소제조업 등에 대한 특별세액감면과 외국인투자기업에 대한 법인세 등의 감면을 중복적용 받을 수 없다[국일46017-396, 1998.6.24]. 이 해석은 사실상 [세액감면 상호간의 중복적용 배제]에 해당하는 내용이다.
(2) 외국인투자기업의 세액감면 선택적용 가능여부
구외자도입법 제14조의 법인세 등의 감면대상에 해당하여 재정경제부장관의 감면결정을 통지 받은 법인이 실제 당해 외자도입법 제14조에서 규정하는 조세감면을 받지 아니한 경우에는 구조세감면규제법 제117조[중복지원의 배제] 제5항[외국인투자기업 세액감면 중복적용의 배제]에서 규정에 해당하지 아니하므로, 구조세감면규제법 제25조[생산성향상시설 투자세액공제]의 세액공제를 전액받을 수 있는 것으로 해석하였다[재국조46017-66, 1996.4.17]. 이것은 외국인투자기업이 동일한 사항에 대하여 [외국인투자기업에 대한 세액감면]과 [조세특례제한법상의 다른 세액감면]을 동시에 적용받을 수 있는 경우에, 납세자가 유리한 것을 선택하여 적용 받을 수 있도록 하기 위한 해석이다.
VII. 투자준비금 상호간의 중복적용의 배제
1. 중복적용이 배제되는 투자준비금
내국인이 조세특례제한법에 의하여 투자준비금을 각 과세연도의 손금으로 계상함에 있어서 동일한 사업용자산에 대하여 다음의 규정이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 그 적용을 받을 수 있다[租特法 127 ①].
① 중소기업투자 준비금[租特法 4]
② 사회간접자본 투자준비금[租特法 28]
2. 중복적용에 대해서 제한을 받지 아니하는 준비금
준비금에 대한 중복적용이 배제되는 것은 위의 두 가지에 한정하여 규정하고 있으므로 투자융자손실준비금·투자손실준비금 등의 손실준비금은 투자준비금과 중복적용이 배제되지 아니하며, 투자준비금에 해당하는 [연구 및 인력개발준비금]도 다른 투자준비금과 중복적용이 가능하다.
VIII. 양도소득세 등 감면규정의 중복적용의 배제
내국인이 토지 등을 양도하여 2 이상의 양도소득세 또는 특별부가세[2001년 과세연도까지 적용]의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 당해 내국인이 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 잔여부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다[租特法 127 ⑦].
IX. 지방세 감면규정 중복적용의 베제
내국인의 동일사업장 동일과세연도에 다음의 취득세·재산세·종합토지세 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용 받을 수 있다[租特法 127 ⑥]. 이것은 취득세 신고납부 또는 재산세·종합토지세 납부시에 적용되는 내용이다.
① 조세특례제한법상의 창업중소기업·창업벤처중소기업에 대한 취득세 감면규정 및 재산세·종합토지세 감면규정[租特法 120 ③, 121]
② 조세특례제한법 외국인 투자 등[증자 포함]에 대한 취득세·재산세·종합토지세 감면규정[租特法 121의2, 121의4]