투자조합과 관련된 과세문제

韓 泳 惠 공인회계사

Ⅰ. 머리말

최근 벤처기업에 대한 투자의 활성화로 투자조합의 결성이 빈번해졌으나 우리나라 세법상 "조합"에 관하여 명확하게 과세상 권리, 의무관계가 규정되어 있지 아니하여 세법의 운용에 있어서 논란의 여지가 있다. 본고에서는 현행 세법이나 기본통칙, 예규, 판례 등에 근거하여 투자조합에 적용될 수 있는 과세관계를 밝혀 보고자 하며 아울러 이에 관련된 문제점들을 지적하고자 한다.

Ⅱ. 투자조합의 법적지위

투자조합을 민법상 "조합"으로 보아야 하는지 또는 권리능력 없는 사단으로 볼 수도 있는지에 대해서 명확한 규정이 없다. 그러나 창업투자조합같은 경우 중소기업창업지원법에서 조합으로 규정을 하였고 법에 규정한 것을 제외하고는 민법상 조합에 관한 규정을 적용하도록 하고 있으므로 다른 투자조합의 경우에도 달리 적용할 특별한 이유는 없다고 본다. 따라서 여기에서는 투자조합을 민법상 "조합"으로 보고 논의를 전개하고자 한다. 민법 제703조에 의하면 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 발생하는 일종의 계약관계이다. 또한 민법 제704조에서는 조합원의 출자 기타 조합재산은 조합원의 합유로 한다라고 하여 조합 자체를 별도로 재산을 소유할 수 있는 독립된 entity로 보지 않았다.

민법상 조합과 유사한 계약관계로 상법상의 익명조합을 들 수 있다. 익명조합이란 당사자의 일방(익명조합원)이 상대방의 영업을 위하여 출자하고 상대방(영업자)은 그 영업으로 인한 이익을 분배할 것을 약정함으로써 효력이 생긴다. 그러나 민법상 조합과 상법상 익명조합은 대내, 대외적인 관계에서 차이점을 보이는데, 가령 민법상 조합이 출자된 재산을 조합원의 합유로 보는 것과는 달리 익명조합원이 출자한 금전 기타 재산은 영업자의 재산으로 보고 있으며 민법상 조합의 조합원이 조합의 업무를 집행할 수 있는 것과는 달리 익명조합원은 영업자의 행위에 관해서는 제3자에 대한 권리나 의무가 없다. 따라서 익명조합은 제3자가 인식할 때는 조합이 아니라 개인사업자로 인식할 가능성이 크다.

Ⅲ. 투자조합의 설립과 구성원

민법 제31조는 "법인은 법률의 규정에 의하지 않으면 성립하지 못한다"라고 규정하고 있으나 일반적인 조합의 설립에 있어서는 어떤 제한도 없고 따로 주무관청에 등록해야 하는 절차도 필요하지 않다. 다만, 중소기업창업지원법에 의한 창업투자조합은 중소기업청장에게 등록하여야 하며 벤처기업육성에관한특별조치법에 의한 벤처투자조합은 결성시 미리 중소기업청장의 의견을 듣도록 하고 있으며, 동법에 의한 개인투자조합은 소득세 등을 감면받고자 하는 경우 제반서류를 중소기업청장에게 제출하여야 한다. 또한 산업발전법에 의한 기업구조조정조합은 금융감독위원회에 등록하도록 하고 있다.

민법상 조합의 조합원이 되기 위해서는 특별한 자격조건이 요구되지는 않으며 상법상 회사가 조합원이 될 수 있는가에 대하여 상법 제173조에 의하면 회사는 다른 회사의 무한책임사원이 되지 못하도록 되어 있으나 이는 원문 그대로 제한적으로 적용되어야 할 사항이고 확대해석하여 조합에까지 적용할 수는 없을 듯하며 따라서 법인도 조합의 조합원이 될 수 있다고 본다. 외국인 또는 외국법인 등이 민법상 조합의 조합원이 될 수 있는지에 대해서는 민법상 별도의 제한이 없으므로 외국환거래법이나 외국인투자촉진법의 관련규정에 따라 해석이 이루어져야 하는바, 외국환거래규정에 의하면 조합의 지분을 취득하는 것은 한국은행총재의 허가사항으로 하고 있다. 일반적으로 외국인투자촉진법에 의해 지원되는 외국인투자라 함은 대한민국법인 또는 대한민국국민이 영위하는 기업에 대한 투자로 한정하고 있으므로 조합에 대해서는 관련규정이 없어 해당되지 않는 것으로 보고 있으나 다만, 벤처기업육성에관한특별조치법에서 외국인이 행하는 중소기업창업투자조합 또는 한국벤처투자조합에 대한 출자는 외국인투자촉진법 규정에 의한 외국인투자로 본다고 하였고 산업발전법상의 기업구조조정조합에 대한 출자도 같은 내용을 언급하고 있으므로 이 경우에는 거래 외국환은행에 신고만으로 설립이 가능하다고 본다.

Ⅳ. 투자조합의 일반적 과세관계

1. 소득세법상 조합의 과세관계

조합은 현행 소득세법상 거주자로 분류되는 공동사업장에 관한 규정이 적용되며 소득세법 제43조의 공동소유 등의 경우의 소득분배와 제87조의 공동사업장에 대한 소득금액계산 등의 특례조항의 적용을 받는다. 즉, 조합은 독립적인 법인이 아니지만 독립된 사업자로 보아 장부를 비치·관리하여야 하며 대표공동사업자가 사업장 관할세무서에 동 공동사업장을 개인사업자로 사업자등록을 하고 사업자등록증과 등록번호를 발급받는다.

그러나 조합자체가 소득세법상 납세의무를 지지는 않는데 이는 소득금액계산에 있어서는 당해 공동사업장을 하나의 거주자로 보아 그 공동사업장 전체의 소득금액을 계산한 다음 그 전체소득에 대한 공동사업자 각자의 지분비율에 따른 금액을 공동사업자 각자의 소득으로 계산하도록 소득세법이 규정하고 있기 때문이다. 따라서 대표공동사업자는 당해 공동사업장에서 발생한 소득금액과 가산세액 및 원천징수된 세액의 각 공동사업자(조합원)별 명세서를 제출하여야 하고 각 공동사업자는 과세표준확정신고를 하는 때에 과세표준확정신고서와 함께 당해 공동사업장에서 발생한 소득과 그외의 소득을 구분한 계산서를 제출하여야 한다. 즉, 사업자가 자산을 공유 또는 합유하거나 공동으로 사업을 경영하는 경우에는 그 지분 또는 손익분배비율에 따라 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 거주자별로 소득금액을 계산하며 각 거주자(공동사업자)별로 납세의무를 진다. 국세기본법에서는 공동사업자의 연대납세의무에 대하여 공동사업 또는 당해 공동사업에 속하는 재산에 관계되는 국세, 가산금과 체납처분비는 그 공동사업자가 연대하여 납부할 의무를 진다고 하고 있으나, 연대납세의무규정에 대해서는 개별 세법이 국세기본법에 우선하므로 공동사업에 관한 소득금액계산을 하는 경우에는 국세기본법에 따라 연대하여 납세의무를 지는 것이 아니고 소득세법이 우선하여 각 공동사업자별로 납세의무를 지는 것이다.

한편, 공동사업자가 개인인 경우에는 어차피 소득세를 내게 되므로 소득세법을 적용하는 데에 문제가 없으나 공동사업자가 법인일 경우 소득세법에 따라 공동사업장에 대한 소득계산에 관한 규정을 준용할 수 있는지에 대해서 법인세법상 명확한 관련규정이 없으므로 논란의 여지가 있다. 이에 대해 과세당국에서는 예규를 통하여나마 법인에 대해 현행 소득세법상의 공동사업장에 관한 규정을 준용할 수 있음을 예시하고 있다. 즉, 개인과 공동사업을 영위하는 법인은 공동사업장에서 발생한 자산, 부채 및 수입, 지출의 거래금액 중 각 구성원의 지분에 해당하는 금액에 대하여 법인구성원에 대해서는 법인세법을 적용하여 계산한 수익과 손비를 당해 법인의 경리의 일부로 보아 각사업연도소득 또는 토지 등 양도차익에 대하여 법인세를 과세하고 개인구성원에 대해서는 종합소득세 또는 양도소득세를 과세한다(법인 46012－300, 1998. 2. 5.). 법인간에 공동사업을 영위함에 있어서 당해 공동사업체를 개인사업자로 사업자등록을 한 경우에 당해 공동사업체에서 발생하는 수익과 손비는 동업계약에 의한 지분비율로 안분하여 이를 각 법인의 수익과 손비로 계상하게 된다(법인 46012－3131, 1998.10.23.).

한편, 손익의 귀속사업연도에 관한 법인세법기본통칙에서는 조합으로부터의 이익분배에 대하여 언급하고 있는데, 법인의 배당으로 보지 아니하는 조합사업체 등으로부터의 분배이익금은 당해 조합 등의 결산기간이 종료하는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다고 하여(통칙 2－1－42…17) 수익과 손비를 netting한 순개념을 택하고 있어 위의 예규에서 각 법인의 수익과 손비로 각각 계상하는 것이라는 gross개념과 차이를 보이고 있다.

2. 공동사업소득계산의 예외

상기의 소득세법상 공동사업소득계산의 예외로서 거주자 1인과 그와 특수관계에 있는 자(거주자 1인과 생계를 같이 하는 동거가족으로서 배우자, 직계존속과 직계비속 및 배우자, 또는 형제자매와 배우자의 관계에 해당하는 자)가 부동산임대소득, 사업소득, 산림소득을 공동으로 경영하는 자에 포함되어 있는 경우 당해 특수관계자의 소득금액은 그 지분 또는 손익분배의 비율이 큰 공동사업자(주된 공동사업자)의 소득금액으로 본다. 이 경우 합산과세되는 소득금액에 대해서는 주된 공동사업자 외의 특수관계자는 그의 지분 또는 손익분배되는 비율에 해당하는 소득금액을 한도로 주된 공동사업자와 연대하여 납세의무를 진다.

또한 실질과세원칙에 의거 A, B 공동사업자가 공동으로 발주자와 도급계약을 체결하였다 할지라도 당해 거래의 귀속이 B사업자는 명의일 뿐이고 A사업자에게 사실상 귀속되는 때에는 A사업자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 하고 있고(부가 46015－109, 1995. 1.13.), 반대로 2인 이상이 공동으로 사업을 경영하여 그 이익을 분배하기로 약정한 경우에는 편의상 외부적으로는 그 중 1인의 이름으로 활동을 하더라도 실질과세원칙과 소득세법 제43조 제2항에 따라 그 공동사업으로 인한 소득은 각자의 지분 또는 손익분배비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 그 소득금액을 계산한다(대법원 94누8884, 1995.11.10.).

상법상 익명조합의 경우에는 민법상 조합과는 달리 익명조합원에 대한 이익배분시 과세관계에 대하여 세법에서 명백히 규정하고 있지 아니하여 ① 영업자의 사업소득에 대하여 소득세를 과세한 후 나머지 세후소득을 익명조합원에게 분배하고 이에 대하여 소득세를 부담하여 이중과세문제가 되는지 아니면, ② 익명조합원에게 분배한 이익금을 영업자의 손금으로 산입할 수 있는지에 대하여 논란의 여지가 있다. 그러나 과세당국의 예규에 의하면 A와 B가 익명조합계약을 체결하고 B로부터 출자받은 금액에 대하여 A가 그 영업으로 인한 이익을 분배함에 있어서 동 출자금액을 부채로 계상하고 동 이익분배금을 손금산입하는 경우에 당해 이익분배금은 "이자소득"에 해당한다고 하여(국총 46017－204, 1999. 3.26.) 실질적으로 이익금의 분배임에도 손금산입할 수 있다고 보고 있다.

3. 원천징수 관계

원천징수의 경우 당해 공동사업장에서 발생된 원천징수된 세액의 각 공동사업자별 명세서를 제출하는 것으로 보아 공동사업장에 대하여 원천징수하는 것으로 이해될 수도 있으나, 국세청 예규에 의하면 금융기관이 조합의 대표자명의로 된 예금 등의 이자지급시 조합으로부터 제출받은 조합원별 손익분배비율에 의해 조합원별로 소득세 또는 법인세를 원천징수하도록 하고 있으며, 조합원이 금융보험업을 영위하는 법인인 경우는 법인세법시행령 제111조의 규정에 의거 원천징수하지 아니하도록 하고 있다(법인 46013－2672, 1998. 9.19.). 한편 창업투자조합에 지급하는 이자소득의 원천징수방법도 금융기관 등은 투자조합에 지급한 이자소득에 대해서 조합원의 세법상 구분에 따라 조합원별로 소득세 또는 법인세 등을 원천징수하여야 하는 것으로 보았으나(법인 22601－2381, 1991.12.16.), 그 후 조세특례제한법에서 원천징수특례규정을 두어 당해 창업투자조합과 신기술금융조합 또는 기업구조조정조합은 그 조합에 귀속되는 이자소득 또는 배당소득에 대하여 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수하도록 하고 있다.

4. 일부 공동사업자에게 지급하는 근로의 대가

일부 공동사업자에게 근로의 대가(예를 들면 강사수당지급)로 지급한 소득금액은 당해 공동사업장의 필요경비에 산입하지 않고 이를 지급받은 공동사업자에 대한 소득분배로 보고 당해 공동사업자의 분배소득으로 가산한다고 과세당국에서는 예시하고 있다(소득 46011－3317, 1996.11.28.). 이 예규는 왜 "필요경비에 산입"하지 않도록 하였는지에 대해 의문을 갖게 하는데 이를 해석하면 결과적으로 일부 공동사업자에게 강사수당을 지급함으로 인해 전체 공동사업자에게 분배할 금액이 줄어들었고 그 줄어든 금액을 바탕으로 각 공동사업자에게 다시 분배하는 경우에는 강사수당을 지급받지 않는 공동사업자는 원래 분배받을 수 있는 금액에서 강사수당에 각자의 손익분배율을 곱한 만큼 감소하였으므로 추가로 필요경비로 산입하여 분배금액을 줄여줄 필요가 없다는 뜻이다. 반면, 정산방법에 있어서 강사수당의 지급이 없을 경우 원래 분배하기로 했던 금액으로 각 공동사업자에게 분배하는 방법을 택할 경우에는 실질적으로는 원래 분배하기로 했던 금액에서 강사수당에 각자의 지분만큼 줄어든 금액이 분배되므로 이 경우에는 강사수당만큼 공동사업장의 필요경비로 인정하여야 한다. 어떤 정산방법을 택하든지 결과는 동일하다.

5. 조합지분의 양도

민법상 조합원은 사망, 파산, 금치산, 제명에 의하여 탈퇴할 수 있으며 조합의 존속기간을 정한 경우에는 부득이한 사유가 있을 경우, 그렇지 않은 경우에는 언제든지 탈퇴할 수 있다. 또한 탈퇴한 조합원의 지분계산은 탈퇴당시의 조합재산상태에 따라 행하며 탈퇴한 조합원의 지분은 금전으로 반환할 수 있다고 하고 있다.

조합지분의 양도에 관하여 명시하고 있는 세법규정은 없다. 소득세법상 양도소득의 범위에 조합지분의 양도는 포함되어 있지 않고 그렇다고 일시재산소득이나 기타소득으로도 열거되어 있지도 않다(물론 법인세법상으로는 순자산증가설에 입각하여 법인이 조합지분의 양도로 인한 양도차익이 있을 경우에는 소득의 종류에 관계없이 법인세로 과세되어야 할 것이다).

다만, 조합에 관한 각종 예규와 판례를 종합하여 볼 때, 과세당국은 조합지분의 양도를 독립된 지분양도로 인식하여 과세하겠다는 것이 아니고 간접적으로 조합지분의 대상이 되는 조합자산(underlying asset)이 양도소득세 과세대상자산에 해당할 경우 조합지분의 양도를 해당 자산의 양도로 보아 각각 해당되는 소득에 대하여 과세하겠다는 입장을 취하고 있다. 즉, 공동사업자 중 1인이 타인에게 자기지분을 양도함으로써 공동소유한 토지 또는 건물의 지분이 사실상 유상으로 양도되는 경우 소득세법 제4조 제3항에 규정되어 있는 자산의 양도에 해당하므로 동 자산의 지분양도로 인하여 발생하는 양도소득에 대하여도 소득세를 부과하겠다는 것이고(직세 1234－4067, 1977.11. 7.), 조합원이 조합재산에 속하는 임차권에 대한 자기지분을 조합을 탈퇴하면서 타 조합원에게 인도하고 그 대가를 받는 경우 임차인으로서의 지위를 양도하는 것으로 보아 양도소득세의 과세대상이 된다고 판시하였다(대법원 89누3175, 1989.10.24.).

투자조합의 경우에 조합자산은 부동산 등이 아니고 대부분이 비상장주식과 현금, 예금 또는 기타 유가증권으로 구성되어 있을 것이며 상기 사례에 비추어 볼 때, 비상장주식에 해당하는 부분의 양도에 대해서는 양도소득세과세대상이 되나 현금, 예금 또는 기타 유가증권에 해당하는 부분의 양도에 대해서는 양도소득세가 과세될 수 없다고 해석이 된다.

조합지분의 양도차익을 계산하는 데 있어서 오피스텔 신축분양사업의 공동사업지분을 양도하는 경우 취득하는 금전 기타 재산의 가액 중 출자금을 초과하는 가액을 과세소득으로 보고 있으나(대법원94누8884, 1995.11.10.), 투자조합의 경우에는 분배가 소득의 인식과 별개로 이루어지는 경우가 많으므로 단순히 양도대가에서 출자금을 초과하는 가액에 대해 양도소득으로 볼 수 없고 추가적인 조정이 필요한데, 즉 조합원의 소득으로 보아 이미 과세당한 소득 중 실제로 분배되지 않은 소득이 있는 경우 양도대가 중 해당되는 금액만큼은 이미 과세된 소득의 분배에 불과하므로 이에 대해서는 그만큼 양도대가를 차감하여 계산하여야 할 것이고 소득을 초과하여 분배된 부분에 대하여는 양도대가에 가산하여 그만큼 과세되는 양도소득을 가산하여 조정계산하여야 할 것이다.

한편, 조합탈퇴시 조합원이 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 당해 조합의 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액은 소득세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하여 의제배당소득으로 본다는 예규(법인 46013－2435, 1997. 9.19.)가 있어 해석상 의문을 불러일으킨다. 즉 상기 예규에서 질의의 대상은 법인인 조합으로 한정되어 있는데 회신내용을 일반적으로 해석하여 법인인 조합의 지분(출자증권)의 양도뿐만 아니라 민법상 조합의 지분양도시에도 양도차익에 대하여 의제배당으로 과세해야 한다는 것인지 의문이 생기는바, 결론적으로 상기 예규를 민법상 조합의 지분양도에까지 적용할 수는 없다고 판단된다.

소득세법 제17조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 의제배당이란 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전 기타 재산의 가액 또는 퇴사, 탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 주주, 사원이나 출자자가 당해 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액을 말하며, 실지배당은 아니나 이를 당해 주주, 사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 보는 취지는 자본거래에서 발생된 소득으로 실질적으로 배당한 것과 같은 경제적 이익을 얻게 되는 데 비해 법인의 출자자 등의 경우 실제로 배당이 이루어질 때까지 소득으로 인식하지 않아 적절히 과세되지 않았기 때문에 이를 보완하기 위해 만들어진 규정이라고 할 수 있다.

그러나 민법상 조합의 조합원은 법인의 출자자 등과 과세관계가 다르므로, 이 의제배당규정에서 언급하고 있는 "출자자"를 조합의 조합원도 포함하는 것으로 해석하여 조합원의 지분양도에 대해 의제배당을 적용하는 것은 문제가 있다고 판단된다. 즉, 법인형태를 취하지 않고 민법상 조합의 형태를 취하는 가장 큰 목적은 법인단계에서 소득에 대해 과세되고 또다시 출자자단계에서 배당소득으로 과세되는 이중과세를 피하겠다는 것인데 조합원의 경우 조합의 손익에 대하여 실제로 조합원에게 분배되지 않더라도 매년 계산된 조합의 소득에 각각의 손익분배율을 곱하여 소득으로 신고, 납부하도록 하고 있으므로 이미 과세된 소득에 대하여 추가로 배당소득(의제배당)을 과세한다는 것은 법 취지상 맞지 않는 해석이라고 본다.

6. 부가가치세 관계

조합은 소득세법상 공동사업장별로 따로 사업자등록을 행하도록 하고 있고(부가가치세법상 사업자등록을 한 경우에는 소득세법상 사업자등록을 한 것으로 인정함) 부가가치세의 납세의무자로 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 개인, 법인, 법인격없는 사단, 재단 기타 단체를 들고 있으므로 조합 자체가 부가가치세법상 납세의무자가 된다고 볼 수 있다.

다만, 투자조합의 경우 사업의 종류가 한국표준산업분류에 의하면 주식, 채권, 어음 등의 유가증권에 대한 투자와 유가증권매매 기타 금융자산에 의한 기금운용활동 등 자기계정에 의한 자산권의 선택매매 및 기타 자산보존활동이 포함되는 "달리 분류되지 않는 금융업"으로 볼 수 있으며 이러한 금융용역을 자가공급하는 것으로 볼 수 있고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 것이 아니므로 부가가치세법상 과세사업자가 될 수 없다. 따라서 투자조합은 사업자등록증을 교부받을 수는 없고 단지 이에 준하는 고유번호증을 발급받게 된다. 이 경우 투자조합이 부담하는 매입부가가치세는 공제받을 수 없게 된다. 일반적으로 투자조합이 부담하게 되는 매입부가가치세 중 가장 큰 것은 투자조합을 운영하는 자산운용회사에 지급하는 운용수수료에 대한 부가가치세인데 자산운용회사가 신기술금융회사나 증권거래법에 의한 투자자문회사인 경우에는 부가가치세법상 면세이므로 투자조합이 운용수수료의 지급과 관련하여 부담하는 부가가치세는 없으나 자산운용회사가 창업투자회사나 증권거래법에 의해 허가받지 않은 투자자문회사인 경우 투자조합이 운용수수료지급시 매입부가가치세도 부담하여야 하고 동 금액은 매출부가가치세에서 공제되지 않으므로 그만큼 조합원의 부담이 될 수 있다.

Ⅴ. 투자조합에 적용되는 조세특례

특별법에 의하여 설립된 투자조합들에 대해서 조세특례제한법상으로 부여된 과세특례사항들은 다음과 같다.

1. 양도소득세의 비과세

중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분, 여신전문금융업법에 의한 신기술사업투자조합이 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분, 벤처기업육성에관한특별조치법상의 개인투자조합에 출자하여 창업 후 3년 이내인 특수관계없는 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 특수관계없는 벤처기업에 출자한지 5년이 경과된 주식 또는 출자지분, 그리고 산업발전법에 의한 기업구조조정조합이 구조조정대상기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우에는 소득세법상 양도소득세를 부과하지 아니한다. 다만, 타인의 주식이나 출자지분을 양수하는 방법으로 출자하여 양도하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

법인의 경우, 금융기관 등의 기관투자자가 중소기업창업투자조합 또는 신기술사업투자조합에 직접 출자함으로써 취득한 창업자, 신기술사업자, 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

2. 원천징수의 특례

중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에게 출자함으로 인하여 발생하는 배당소득, 신기술사업투자조합이 신기술사업자 또는 벤처기업에게 출자함으로 인하여 발생하는 배당소득, 기업구조조정조합이 구조조정대상기업에 출자함으로 인하여 발생하는 배당소득에 대하여는 당해 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세를 원천징수하며 종합소득과세표준의 계산에 있어서 합산하지 않는다. 또한 상기 투자조합 등에 귀속되는 이자소득과 내국법인으로부터 받는 증권투자신탁(공채 및 사채 외의 투자신탁)수익의 분배금에 대해서도 당해 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때에 소득세 또는 법인세를 원천징수하며 원천징수대상금액은 총수입금액이 아니고 총수입금액에서 동 조합이 지출한 비용을 차감한 금액으로 한다. 이 특례는 2003년 12월 31일까지 발생하는 소득에 한하여 적용한다.

3. 소득공제의 적용

거주자가 2000년 12월 31일까지 중소기업창업투자조합, 신기술사업투자조합 또는 기업구조조정조합에 출자한 금액에 대해서는 100분의 30에 상당하는 금액을 그 출자일이 속하는 과세연도부터 출자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 거주자가 선택하는 1과세연도의 종합소득금액에서 공제한다. 한편, 벤처기업육성에관한특별조치법의 규정에 의한 개인투자조합에 출자한 금액을 동 조합이 당해 출자일이 속하는 과세연도의 다음과세연도의 종료일까지 벤처기업에 투자하는 경우로 2000년 12월 31일까지 투자한 금액에 대해서는, 거주자가 개인투자조합에 출자한 금액에 동조합의 출자총액 중 동 조합이 벤처기업에 투자한 금액의 비율을 곱한 금액을 한도로 그 금액의 100분의 30을 상기와 같은 방법으로 소득공제하며 모든 소득공제의 경우 당해 과세연도의 종합소득금액의 100분의 70에 상당하는 금액을 한도로 한다. 물론 타인의 출자지분을 양수하는 방법으로 출자하는 경우는 소득공제를 배제하며 상기 소득공제는 출자일 또는 투자일로부터 5년이 경과하기 전에 출자지분 또는 투자지분을 회수하는 경우에는 추징된다.

4. 증권거래세의 면제

중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우, 신기술사업투자조합이 신기술사업자에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우, 기업구조조정조합이 구조조정대상기업에 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우, 그리고 벤처기업육성에관한특별조치법에 의한 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 증권거래세가 면제된다.

5. 지급이자손금불산입의 예외 인정

차입금이 자기자본의 2배(소비성서비스업의 경우 자기자본상당액, 여신전문금융회사의 경우 자기자본의 15배)를 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인은 각사업연도의 차입금에 대한 지급이자 중 다른 법인의 주식 또는 지분을 취득한 부분에 대해서는 손금에 산입할 수 없도록 하고 있으나 중소기업창업투자조합 및 신기술투자조합에 직접 출자하여 취득하는 주식 및 지분과 특별법에 의해 설립된 조합 또는 협회에 직접 출자하여 취득하는 주식 및 지분에 대해서는 예외를 인정하고 있다.