田 東 欣/행정 자치부 지방세정담당관실 행정사무관 ▶목 차 Ⅰ. 개요 Ⅱ. 창업중소기업의 감면 요건 1. 창업의 범위 2. 창업중소기업의 종류 3. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업에 대한 지방세 감면 4. 창업중소기업에 대한 재산세·종합토지세 및 농어촌특별세 감면 5. 벤처집적시설과 지방세 감면 6. 창업중소기업의 감면추징 Ⅲ. 감면신청과 신고납부 1. 감면신청 2. 중복감면의 배제 3. 신고납부 【사례】벤처기업집적시설의 감면 범위 지방세법 부칙(2001.12.29. 법률 제6312호) 제10조에서 이법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다라고 규정하고 있는바 벤처기업집적시설에 대한 지방세 감면은 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호 개정 이전의 것) 제276조 제4항의 규정에 의하여 처리함(행자부세정 13407－196, 2001. 8. 8). －벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에는 소급효가 있으나 개정지방세법에서는 취소된 경우 추징규정이 있으나 종전규정에는 없으므로 추징대상에서 제외되는 것임 【사례】벤처기업집적시설의 감면 범위 구 지방세법(법률 제6312호, 2000.12.29. 개정되기 전의 것) 제276조 제4항의 규정에 의거 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고 재산세와 종합토지세의 100분의 50을 경감하며, 다만 취득일로부터 3년 이내에 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있으므로 벤처기업집적시설의 사업시행자가 부동산을 취득하여 벤처기업집적시설로 지정받은 후 일부는 벤처기업에게 임대하고 일부는 벤처기업인 벤처기업집적시설 조성자가 직접사용하는 경우라도 벤처기업집적시설 전체에 대하여 취득세 등이 감면되는 것임(행자부세정 13407－610, 2001.11.30). 【사례】벤처기업집적시설의 취득세 감면 지방세법 제276조 제4항 규정에 의하여 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발 조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 감면하는 것이므로 벤처기업집적시설의 사업시행자가 기존 소유하고 있는 건축물을 벤처기업집적시설로 개발 조성하여 분양 또는 임대할 경우 취득세와 등록세는 면제되지 아니하나 재산세와 종합토지세는 벤처기업에게 분양 또는 임대되는 부분에 대하여 감면되며, 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설로 지정된 건축물을 분양 또는 임대할 목적으로 취득하여 벤처기업에게 분양 또는 임대되는 부분에 대하여는 취득세 등록세 재산세 종합토지세를 감면받을 수 있음(행자부세정 13407－869, 2000. 7. 7). 【사례】벤처기업집적시설에 대한 감면 지방세법 제276조 제4항의 규정에 의하여 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정받은 후 벤처기업집적시설로 지정된 기존 건축물을 분양 또는 임대할 목적으로 취득하여 벤처기업에게 분양 또는 임대하는 경우 동 벤처기업집적시설에 대하여는 취득세 등을 감면받을 수 있음(행자부세정 13407－1177, 2000.10. 6). 【사례】벤처집적시설에 대한 감면 재산세와 종합토지세에 대하여도 귀시 의견과 같이 정설(벤처기업집적시설로 인정되어 벤처기업 집적시설로 직접 공여되는 부분에 대하여 50% 감면대상임)이 타당함(행자부세정 13430－806, 2000. 6.23). 【사례】벤처기업집적시설에 대한 감면 지방세법 제276조 제4항의 규정에 의하여 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정받은 후 벤처기업집적시설로 지정된 기존 건축물을 분양 또는 임대할 목적으로 취득하여 벤처기업에게 분양 또는 임대하는 경우 동 벤처기업집적시설에 대하여는 취득세 등을 감면받을 수 있음(행자부세정 13407－1177, 2000.10. 6). 【사례】벤처집적시설의 지방세 면제 범위 당해 건축물의 일부가 벤처기업직접시설로 지정되지 않은 부분을 증여받은 후 벤처기업집적시설로 지정 받은 경우 그 증여받은 부동산에 대한 취득세와 등록세는 면제대상에 해당되지 아니하나, 재산세와 종합토지세는 과세기준일 현재 벤처기업집적시설로 지정되어 있는 경우라면 재산세와 종합토지세가 100분의 50 경감되는 것이나, 이에 해당여부는 과세권자가 사실조사 후 판단할 사항이며, 벤처기업집적시설에 대한 감면시기 적용은 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정 이전의 것) 제276조 제4항에 의거 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설로 지정받은 이후부터임(행자부세정 13407－525, 2001. 5.16). 【사례】벤처집적시설과 개수관련 감면 판단 벤처집적시설에 대하여 대수선을 한 경우 건축의 범위에는 대수선이 없더라도 취득의 범위에는 일체의 취득이기 때문에 취득세 납세의무가 있는 것이며, 벤처집적시설을 취득한 이후에 대수선하는 경우에는 이미 분양이나 임대가 완료된 후에 대수선한 결과가 되는 것이므로 과세대상에 해당함(행자부세정 13407－11, 2001. 7. 2). 【사례】벤처기업집적시설의 감면 범위 지방세법 부칙(2001.12.29. 법률 제6312호) 제10조에서 이법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다라고 규정하고 있는바 벤처기업집적시설에 대한 지방세 감면은 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호 개정 이전의 것) 제276조 제4항의 규정에 의하여 처리함(행자부세정 13407－196, 2001. 8. 8). －벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에는 소급효가 있으나 개정지방세법에서는 취소된 경우 추징규정이 있으나 종전규정에는 없으므로 추징대상에서 제외되는 것임 【사례】벤처집적시설에 대한 감면추징 지방세법 제276조 제3항의 단서 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다는 규정은 동법 부칙(2000.12.29. 법률 제6312호) 제10조의 규정에 의거 2001. 1. 1. 이후 취득 부동산부터 적용됨(행자부세정 13407－609, 2001. 6. 4). 6. 창업중소기업의 감면추징 창업중소기업이라고 하더라도 감면을 받은 이후에는 유예기간 내에 당해 사업에 직접 사용하여야 하나 사용하지 아니하는 경우에는 기 감면한 세액에 대하여 추징하는 것이며 그 추징요건이 법인의 비업무용토지가 되는 등 중과세 요건을 구비한 경우에는 중과추징이 되는 것이다. 취득세 추징의 경우 취득세를 감면받은 이후에 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 감면받은 세액을 추징하게 되는 것이며, 여기서「정당한 사유」라 함은 원칙적으로 법령에 의한 금지, 제한, 천재지변 등 그 법인의 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 말하고 법인내부의 사정으로는 당해 법인이 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 구체적으로 개별사안에 따라 종합검토할 사항이다. 예를 들어 법인이 토지를 취득한 후 그 대지와 건물의 전임차인들에 대하여 즉시 건물 명도소송을 제시하지 않는 등 최선의 노력을 다하지 않고 1년이 경과할 때까지 법인이 그 토지를 고유의 목적에 직접 사용하지 못한 경우에는 정당한 사유에 해당되지 않으며, 환경영향평가의 사전협의절차 등의 소요기간으로 1년 이내에 그 토지를 고유업무에 직접 사용하지 못한 경우에는 정당한 사유가 아닌 것이다. 또한 당해 사업에「직접」사용하여야 하는 것이므로 제3자에게 임대를 하거나 제3자로 하여금 사용케 한 경우에는 직접 사용이 아니기 때문에 감면대상에서 제외되는 것이다. 그리고 추징요건이 감면받은 이후에 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 감면받은 세액을 추징하게 되는 것이므로 취득 후 2년 이내에 직접 사용한 실적이 있는 경우에는 그 사용기간의 장단에 불구하고 감면대상에 해당하는 것이다. 따라서 사용유예기간 내에 사용개시를 한 경우라면 추징요건에 해당되지 아니하며 사용개시를 하지 아니한 경우에는 추징되는 것이다. 이때, 사용개시는 당해 창업중소기업이 목적사업에 직접사용 하여야 하는 것이므로 단순히 공사에 착공한 것은 정당한 사유에 해당되는 것일 뿐 직접 사용이라고는 할 수가 없는 것이다. 【사례】창업중소기업에 대한 감면 범위 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 취득세·등록세가 면제되는 창업중소기업이라 함은 중소기업창업지원법시행령 제2조에서 규정한 창업의 범위에 해당되고 같은법시행령 제4조 각호에서 규정한 업종을 제외한 업종을 뜻한다. 따라서 법원으로부터 경락에 의하여 채권·채무는 인수하지 않고 부동산만을 취득한 자가 경매 전 사업자와 동종의 사업을 최초로 영위하는 경우라면 이는 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 면제되는 창업중소기업에 해당됨(행자부세정 13407－195, 2001. 2.20). 【사례】 감면세액의 추징여부 판단 구조세특례제한법(2000.12.29. 개정 이전의 것) 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의거 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말함)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여 취득세와 등록세를 감면하나, 취득일로부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접사용하지 아니한 경우에는 면제받은 세액이 추징되는 것이다. 귀문의 경우 취득일로부터 1년 6개월 이상 당해 사업에 직접사용하다가 기업경영악화로 동 부동산을 매각하여 그 매각대금 전액을 금융부채상환에 사용한 경우라면 기 감면받은 세액은 추징대상에 해당되지 아니함(행자부심사 2001－126 및 대판 92누11664참조)(행자부세정 13407－134, 2001. 7.25). 【사례】창업중소기업의 감면 및 추징여부 판단 창업중소기업의 사업용부동산 및 산업단지 내 공장용건축물을 증축하여 공장용 부동산으로 직접 사용하다가 IMF영향 등으로 회사의 부도로 인하여 주거래 채권은행에서 귀사의 채권을 자산관리공사로 이전하고 자산관리공사에서는 기업회생지원업무규정에 의거 그 가동 중인 공장용 부동산을 자산, 부채, 종업원 등 포괄양수도 방법으로 타사에 양도시켜 금융부채를 상환한 경우라면 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항 단서규정과 지방세법 제276조 단서 및 동법시행령 제84조의4 제1항 제2호 규정의 정당한 사유에 해당되어 기 경감된 취득세 등록세가 추징되지 아니하고 비업무용토지에도 해당되지 아니함(행자부세정 13407－875, 2000. 7. 8). 【사례】조세특례제한법상의 감면 조세특례제한법 제119조 제3항과 동법 제120조 제3항의 단서규정에 의하여 취득일(등기일)부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하는 것이므로 귀문의 경우 천재지변 등이나 법령에 의하여 당해 법인으로서는 어쩔 수 없는 불가피한 사유 등 객관적으로 보아 법인 외부의 불가항력인 사정으로 부동산을 양도한 것이 아니라면 부동산을 취득일(등기일)로부터 2년 이내에 타 법인에게 양수·도하는 경우에는 기 면제된 취득세와 등록세가 추징됨(행자부세정13407－364, 2000. 3. 9). 【사례】창업중소기업의 추징사유 판단 조세특례제한법 제119조 제3항과 동법 제120조 제3항의 단서규정에 의하여 취득일(등기일)부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 취득세와 등록세가 추징되는 것이므로, 천재지변 등이나 법령에 의하여 당해 법인으로서는 어쩔 수 없는 불가피한 사유 등 객관적으로 보아 법인 외부의 불가항력적인 사정으로 부동산을 양도한 것이 아니고 단순히 경영상의 이유로 부동산을 취득일(등기일)로부터 2년 이내에 타 법인에게 매각하는 경우에는 기 면제된 취득세와 등록세가 추징됨(행자부세정 13407－196, 2001. 2.20). 【사례】창업벤처중소기업의 감면 판단 창업벤처중소기업으로 확인받은 날로부터 2년 이내에 당해 사업용으로 취득·등기한 부동산을 정당한 사유없이 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 임대하는 경우에는 기 감면된 취득세 등이 추징됨(행자부세정 13407－334, 2001. 9.14). 【사례】창업중소기업과 법인전환시 추징여부 판단 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항에 의거 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세 등을 면제하는 것이나 중소기업창업지원법시행령 제2조 제1항 제2호의 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우에 해당된 경우에는 창업이 아니므로 취득세 등을 감면받을 수 없음(행자부세정 13407－279, 2001. 5. 2). 【사례】창업중소기업에 대한 취득세 감면 구 조세감면규제법(1998.12.31. 이전) 제113조 제2항 및 제114조 제2항 규정에 의하여 창업중소기업이 사업용부동산을 취득한 후 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면받은 세액을 추징하는 것이나 귀문의 경우 자금사정으로 인하여 당해 기업이 부도처리됨으로써 주거래은행인 채권은행에서 임의경매로 인하여 타인에게 매각되었다면 2년 이상 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되어 감면받은 세액을 추징받지 않음(행자부세정 13407－294, 1999. 3.10). 【사례】창업중소기업에 대한 취득세 등 감면 구 조세감면규제법(1996.12.31. 이전) 제113조 제2항 및 제114조 제2항 규정에 의하여 창업중소기업이 당해사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산(부동산)에 대하여는 등록세 및 취득세를 50%를 감면하는 것이므로, 귀문의 경우 동법 제6조 규정에 의한 창업중소기업에 해당되는 기업으로서 1994. 3.12. 법인을 설립(창업일)하고, 1994. 9. 동사업용 부동산을 취득하여 취득세·등록세를 감면받았다면 추후 창업 사업계획승인을 받지 않아 사업용으로 사용하지 않았다하여 감면 전 취득세·등록세가 추징되는 것은 아니지만 구 지방세법시행령(1998. 6.30. 이전) 제84조의4 제1항 규정에 의한 법인의 비업무용토지에 해당되어 취득세가 중과세됨(행자부세정 13407－227, 1999. 2.23). 【사례】창업중소기업에 대한 취득세 등 감면 구 조세감면규제법(1998.12.31. 이전) 제113조 제2항 및 제114조 제2항 단서규정에 의하여 창업중소기업이 부동산취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면받은 세액을 추징하는 것이므로, 창업중소기업이 부동산 취득으로 인하여 감면을 받은 후 동 부동산 취득일부터 2년 이내에 합병으로 인하여 존속법인 명의로 소유권이이전되는 경우라면 정당한 사유에 해당되어 감면된 세액이 추징되지 않음(행자부세정 13407－149, 1999. 2. 2). 【사례】창업중소기업에 대한 취득세·등록세 감면 조세특례제한법 제119조 제3항 단서 및 제120조 제3항 단서규정에 의하여 창업중소기업이 사업용 부동산을 취득한 후 취득일(등기일)부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면받은 세액을 추징하는 것이므로 토지취득일부터 2년 이내 착공하여 공사를 진행중이라면 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는 것이나, 건축공사를 2년이 경과하기 직전에 착공한 후 1개월 정도 공사를 진행하다가 11개월이 경과하도록 공사를 중단한 상태라면 그 중단에 따른 정당한 사유가 없는 한 감면세액이 추징됨(행자부세정 13407－507, 1999. 4.29). Ⅲ. 감면신청과 신고납부 1. 감면신청 지방세법이나 시·도세 감면조례에서는 감면을 신청하도록 별도의 규정이 있어 감면신청서를 작성하여 취득세, 등록세를 감면신청하는 것이나 조세특례제한법시행령 제116조 제7항에서 감면신청을 하도록 규정하고 있으나 세부 감면신청규정이나 절차가 없기 때문에 지방세법 제292조의 규정을 준용하여 신청하여야 할 것이다. 다만, 시장, 군수가 감면대상임을 알 수 있을 경우에는 이를 직권으로 감면할 수가 있는 것이다. 이때 지방세감면을 신청하고자 하는 자는 「취득세는 취득일로부터 30일 이내에, 등록세는 등기· 등록 신청시」에 지방세법시행규칙 [별지 제51호]의 서식에 의거 신청하면 시장, 군수는 감면여부에 대한 통지를 [별지 제52호]의 서식에 의거 통지하여야 한다.

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│ ○ 취득세 감면신청 : 취득일로부터 30일 이내│
│ ○ 등록세 감면신청 : 등기·등록일 이전      │
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그러나 감면대상임에도 취득세·등록세 감면신청을 하지 아니하고 과오납부한 경우에는 다시 환부받을 수 있을 것인가? 지방세법 제25조의2의 규정에 의거 지방자치단체의 장은 지방세의 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 즉시 그 처분을 취소하거나 변경하여야 한다라고 규정되어 있어 과오납의 대상자는 환부대상에 해당하는 것이다. 그러나 환급을 하지 아니하는 경우에는 이의신청 등 구제절차를 취하여야 할 것이며, 감면대상임에도 감면신청을 반대하는 통지를 하는 경우에도 지방세법 제72조의 규정에 의거 이의신청 등의 청구대상으로 하고 있다. 2. 중복감면의 배제 창업중소기업이 산업단지 내에서 공장용 부동산을 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 경우에 지방세법 제276조의 규정에 의거 취득세, 등록세가 전액 면제되나 조세특례제한법 제119조, 제120조에서도 전액 감면받을 수 있다. 이 경우 창업중소기업은 선택적으로 감면을 받을 수 있고, 다만 중복적으로는 감면을 받을 수가 없는 것이다. 그러나 감면규정에 따라 취득세, 등록세 감면범위도 상이하지만 이에 따른 농어촌특별세의 과세범위도 차이가 있다.

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│○ 지방세법 제276조에 의거 감면 : 농어촌특별세 과세(감면세액의 20%) │
│○ 조세특례제한법에 의거 감면 : 농어촌특별세 비과세                 │
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【예시】 ○○지방산업단지 내에서 창업중소기업이 공장용부동산을「2억」원에 산업단지관리공단으로부터 취득·등기시의 취득세의 감면범위? <세액 산출> ① 지방세법 제276조에 의한 감면신청시 － 2억원 × 2% = 400만원 [ 취득세 : 전액면제(400만원) ] － 400만원 × 20% = 80만원(농어촌특별세 납부세액) － 총납부세액 : 80만원 ② 조세특례제한법 제120조에 의거 감면신청시 － 2억원 × 2% = 400만원 [ 취득세 : 전액면제(400만원) ] － 400만원 × 20% = 80만원(농어촌특별세 : 비과세) － 총납부세액 : 0만원 3. 신고납부 취득세는 지방세법 제120조의 규정에 의거 취득세 과세대상물건을 취득한 날부터 30일 이내에 신고함과 동시에 납부를 하여야 하며 30일 이내에 신고납부를 하지 아니한 경우에는 납부할 세액의 20%인 가산세가 부과된다. 또한, 지방세법 제120조 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

┌─────────────────────────────┐
│  창업일              30일                  2년           │
│   -+---------------+-------------------------+---------- │
│                   ↑                        ↑           │
│                   취득              신고납부 (가산세 20%)│
└─────────────────────────────┘

【예시】부동산을 2억원에 창업중소기업자가 취득하였으나 목적사업에 사용하지 아니하여 추징된 경우 취득세의 추징세액(미신고 납부시) <산출> － 2억원 × 2% = 400만원 － 400만원 × 20% = 80만원(가산세) － 총부과세액 : 480만원 또한 창업중소기업자가 유예기간인 2년 이내에 당해 목적사업에 사용하지 아니하여 추징할 경우에는 당해 감면세액을 추징하는 것인데 이 경우에도 추징사유가 발생한 날로부터 30일 이내에 신고납부 하여야 하나 신고납부를 하지 아니한 경우에는 가산세가 20% 부과된다. 그리고 창업중소기업이 법인인 경우 당해 사업용토지를 3년 이내에 정당한 사유없이 사용하지 아니하고 매각한 경우에는 법인의 비업무용토지로서 중과세되는 것이며 이때에도 기 납부한 세액을 공제하고 나머지 부분에 대한 세액을 추징하는 것이다.