李 錫 圭 세무사 <목차> Ⅰ. 시작하는 글 Ⅱ. "동일과세기간 내의 매입세액공제" 조항의 신설배경 Ⅲ. 위 조항 신설 전의 사례분석      1. 국세청의 입장      2. 심사·심판 사례 분석      3. 판례 분석 Ⅳ. 위 조항 신설 후의 영향 및 고려할 점 Ⅴ. 끝맺는 글 Ⅰ. 시작하는 글 Ⅱ. "동일과세기간 내의 매입세액공제"조항의 신설배경 Ⅲ. 위 조항 신설 전의 사례분석 1. 국세청의 입장 2. 심사·심판 사례분석 3. 판례분석 Ⅳ. 이 조항 신설로 인한 영향과 고려하여야 할 점 Ⅴ. 끝맺는 글 <공매도> 주식이나 채권이 없는 상황에서 매도주문을 내는 주문방식이다. 주식을 판뒤 3일안에만 주식 또는 채권으로 결제를 하면 되기 때문에 주식매수나 매도시 증거금을 요구하지만 않는다면 얼마든지 사용할 수 있다. 공매도는 주가가 하락할 것으로 판단될 때 주식을 높은 값에 팔고 싼 값에 매수함으로써 시세차익을 확보하는데 주로 사용된다. 터무니없는 주가급등을 차단하는 가격발견기능과 유통물량을 늘리는 유동성증대 등의 순기능을 인정받고 있다. 우리나라의 부가가치세제도는 전단계세액공제법을 택하고 있으므로 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제하여 계산한다. 매출세액에서 공제하는 매입세액은 납부세액의 크기에 직접적인 영향을 미치며, 원칙적으로 부가가치세법제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 발행되고 교부된 세금계산서에 의한다. 매출세액에서 공제받을 수 없는 매입세액은 부가가치세법제17조 제2항에서 규정하고 있으며 이 조항 중 제1호의2에서 "교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항(法 16 ①)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우"의 매입세액은 공제하지 아니하도록 하고 있다. 따라서 지금까지는 부가가치세법상 공급시기 이후의 일자로 세금계산서가 교부된 경우 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 및 임의적 기재사항으로 보아 그 거래사실이 확인되는 경우(令 60 ②)에도 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 것으로 보아 매입세액을 공제하지 아니하였다. 이러한 법 제16조의 엄격한 적용은 우리의 상관행 및 사회통념과는 다르게 경직된 법률의 적용만을 요구하고 있어 현실적인 조세회피목적이 없는 선의의 납세자가 세법규정과 상관행의 틈에서 많은 어려움을 겪고 있었다. 이는 앞으로 살펴보게 될 세금계산서제도의 문제점에 기인한 것으로, 납세자의 애로사항을 해결하기 위하여 1999.12.31. 대통령령 제16661호에서 부가가치세법시행령제60조 제2항 제3호를 신설하여 "재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우"(이 글의 편의상 "동일과세기간 내의 매입세액공제"라 칭하기로 한다)는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하도록 하여 매입세액을 공제할 수 있도록 하였다. 이에 따라 이 글에서는 "동일과세기간 내의 매입세액공제"조항의 신설배경과 지금까지의 국세청의 입장, 심사·심판사례, 대법원의 판례 등을 분석하고 앞으로 이 조항의 적용으로 인한 영향 및 고려하여야 할 점을 검토하기로 한다. 부가가치세법상 세금계산서의 교부는 법 제9조 제1항 및 제2항의 거래시기에 의하도록 매우 경직적으로 규정하고 있으며, 예외적으로 고정거래처에 대하여는 영 제54조의 규정에 의하여 교부할 수 있도록 하고 있으나 이는 우리나라의 상관행이나 사회통념상의 문제들이 고려되지 않아 다음과 같은 문제점이 있었다. ① 현실적인 상관행상 세금계산서의 교부를 위에서 규정하는 거래시기에 교부할 수 없는 경우가 많다. 예를 들어 원거리에 있는 사업자에게 타인의 운송수단을 이용하여 재화를 공급하는 경우 재화의 인도시점에서 세금계산서를 교부하는 것이 사실상 곤란하고, 용역제공의 경우도 역무의 대체적 특성상 역무제공의 완료시점에서 세금계산서를 교부하는 것이 현실적으로 어렵다. 이밖에도 재화 및 용역의 공급시기의 규정에서 계약금에 대한 공급시기의 불확실성, 중간지급조건부거래의 공급시기의 유동성, 상거래관행상 또는 거래상대방의 사정 등에 의하여 세금계산서가 공급시기에 발행되지 못하고 있는 실정이다. ② 세금계산서의 지연교부의 원천적인 귀책사유는 공급자에게 있다. 그럼에도 불구하고 공급자에게는 세금계산서불성실가산세만 부과하는 반면에 세금계산서를 교부받은 사업자는 매입세액을 불공제함으로써 피동적인 위치에 있는 세금계산서 수취자가 더 큰 불이익을 받는 모순이 발생한다. 이 문제에 대하여는 대법원의 부가가치세의 본질에 입각한 판례입장과 세금계산서 수수질서의 확립과 법조문의 문리적 표현을 중시하는 과세관청의 태도가 달라서 많은 다툼이 있었던 부분으로 개선의 요구가 많았다. ③ 위와 같은 문제점에 대한 개선방안으로 세금계산서 교부시기의 합리적 조정과 피동적인 위치에 있는 매입자에게 매입세액을 불공제하는 모순을 제거하기 위하여 납세자의 편의차원에서 "동일과세기간 내의 매입세액공제"조항을 신설하게 되었다. 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 1999년 12월 31일 개정 전의 부가가치세법제17조 제2항 제1호의2의 규정에 의하여 "교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(필요적 기재사항)이 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액"으로 하여 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 해석하고 있다. 또한, 부가가치세법기본통칙 17－0－4에서도 "공급시기 후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급하지 아니한다"라고 해석하고 있으며, 이는 국세청의 최근까지의 일관된 입장이다. (1) 1995년 이전 사례 <사례 1> 사건번호：국심94전2738 년/월/일：1994. 7.28. 요지：청구인이 용역의 공급시기인 1993. 7.16. 세금계산서를 교부받지 아니하고 공급시기일 이후인 1993. 8.13. 교부받았음이 명백한 공급가액 1억원에 대하여는 단지 거래사실이 확인된다는 이유만으로 매입세액이 공제되는 세금계산서로 볼 수 없다 할 것인바, 매입세액을 불공제한 처분청의 처분은 정당하다고 판단됨. .... 중간 생략 ... 심리및판단： ... 중간 생략 ... 한편 납부세액에 관한 사항을 규정한 부가가치세법제17조는 제1항에서 매출세액에서 공제되는 매입세액에 관한 사항을 규정하면서 제2항에서는 매입세액이 공제되지 아니하는 사항을 제1호에서 제5호에 걸쳐서 정하고 있는데 동조 제2항 제1호는 "제16조 제1항및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액"은 매출세액에서 공제되지 아니하도록 규정하고 있다. 이상과 같이 부가가치세법 제규정이 과세대상인 재화 또는 용역의 공급시기에 세금계산서를 교부하도록 하면서 세금계산서의 작성연월일을 세금계산서의 필요적 기재사항으로 하고 있으므로 원칙적으로 재화 또는 용역의 공급시기와 다른 시기에 작성되어 교부된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 부가가치세법제17조 제2항 제1호 본문에 의하여 매입세액이 공제되지 아니한다 하겠다. 한편 부가가치세법시행령제60조 제2항에서 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부하였거나 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다라고 규정하고 있는바, 이에 의하면 착오기재 되었더라도 매입세액이 공제되는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서임을 전제로 하고 있으므로 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실이 확인된다 할지라도 법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서인 재화 또는 용역의 공급시기에 교부받은 세금계산서가 아니라면 원칙적으로 그 매입세액을 공제하지 아니한다 할 것이다. ... 중간 생략 ... 위와 같이 청구인이 용역의 공급시기인 1993. 7.16. 세금계산서를교부받지 아니하고 공급시기일 이후인 1993. 8.31. 교부받았음이 명백한 공급가액 1억원에 대하여는 단지 거래사실이 확인된다는 이유만으로 매입세액이 공제되는 세금계산서로 볼 수 없다 할 것인바, 매입세액을 불공제한 처분청의 처분은 정당하다고 판단된다. <사례 2> 사건번호：국심93중3021 년/월/일：1994. 2.21. 요지：부가가치세법제17조 제2항에서 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있고, 필요적 기재사항으로는 동법제 16조 제1항부터 제5항까지 열거하고 있는바, 교부일이 실제 거래시기와 일치하지 아니한 경우로서 위 규정에 의한 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서이고 부가가치세는 사업자가 창출한 부가가치를 과세원천으로 하는 조세이며, 교부받은 세금계산서가 사실과 다른 때에는 그에 해당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하므로, 관련 매입세액을 공제하지 아니한 당초의 처분은 정당함. 심리 및 판단：위의 사례 1과 유사한 내용임. <사례 3> 사건번호：국심93중2252 년/월/일：1994. 1.11. 요지：부가가치세는 다른 국세의 선행세로서 재화 및 용역의 거래단계마다 세금계산서의 수수가 전제되어야만 부가가치세뿐만 아니라, 다른 국세행정은 원활하게 집행할 수 있기 때문에 교부받은 세금계산서의 매입세액공제요건을 엄격히 규정하고 있다고 보여지므로 처분청이 부가가치세법제17조 제2항의 규정에 의하여 이 건 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초의 처분은 정당하다고 판단됨. 심리 및 판단：위의 사례 1과 유사한 내용임. <사례 4> 사건번호：국심93서2354 년/월/일：1994. 1. 4. ... 중간 생략 ... 심리 및 판단：... 중간 생략 ... 이 건 매입세금계산서의 공급시기 및 대가 지급시기와 세금계산서의 교부일자 등을 보면 청구법인은 xx종합건설주식회사와 1992. 5. 8. 공사도급계약을 체결하고 1992. 5.11. 계약금 450,000,000원을 지급한 후 1992. 7. 1. 해당 매입세금계산서를 교부받았고 1992. 7.20. 1회 기성고를 확정하고 1992. 7.23. 당해 기성고에 대한 대금 200,000,000원을 지급한 후 1992. 8. 1. 매입세금계산서를 교부받았으며 1992. 8.18. 2회 기성고를 확정하고 1992. 8.28. 당해 기성고에 대한 대금 105,000,000원을 지급하고 1992. 9.24. 매입세금계산서를 교부받은 사실이 처분청의 이 건 과세사실에 대한 조사서 및 위 세금계산서 등에 의하여 확인된다. ... 중간 생략 ... 이 건 세금계산서는 앞에서 살펴본 바와 같이 그 교부일(작성연월일)이 공급시기와 일치하지 아니한 경우로서 위 규정에 의한 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서이고, ... 중간 생략 ... 위에 열거한 법령과 사실 등을 종합하여 보면, 처분청이 부가가치세법제17조 제2항의 규정에 의하여 이 건 관련매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초의 처분은 정당하다고 판단된다. <사례 5> 위와 같은 요지의 사례 국심93서471, 1993. 5.18. 국심91서1302, 1991. 9.14. 국심90서2614, 1991. 3.29 국심94부2544, 1994. 7. 5. 외 다수 있음. (2) 1995년 이후 사례 <사례 1> 사건번호：심사부가97－8029 년/월/일：1997.10.24. 요지：세금계산서의 공급시기가 경과한 후에 작성되어 다소 불일치하더라도, 그 공급시기가 속한 과세기간에 작성되어 교부받은 세금계산서로서 거래사실이 확인되면 당해 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당함. 심리 및 판단： ... 중간 생략 ... 쟁점 건물의 준공일은 1995. 6.26.이고 쟁점 세금계산서의 교부일은 1995. 6.30.로서 거래시기와 세금계산서 교부일이 다소 다르나 같은 과세기간에 속하고 있으므로 부가가치세법제17조 제2항 제1호에서 규정하는 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액 전부를 매출세액에서 불공제하기는 어렵다고 판단된다. ... 이하 생략 ... <사례 2> 사건번호：감심99－118 년/월/일：1999. 3. 2. 요지：사업자가 교부받은 세금계산서에 작성연월일 등 필요적 기재사항 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하나 실제 거래사실이 확인되는 경우는 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우 등에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있도록 되어 있어, 실제 거래일 이후 발행되었다고 하더라도 세금계산서상 기재사항에 따른 실제 거래사실이 확인될 뿐만 아니라 물품들의 거래시기가 세금계산서 작성일자와 동일한 과세기간에 속하는 경우 관련매입세액은 당연히 매출세액에서 공제됨이 타당함. 심리 및 판단 : ... 중간 생략 ... 살피건대 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행, 교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그것이 실제거래일 이후에 작성, 교부되었더라도 세금계산서 작성일자가 속하는 과세기간이 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간과 동일하고 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인된다면 그 세금계산서에 기재된 매입세액은 공제되어야 할 것이다. 그런데 위 인정사실에 의하면 이 사건 세금계산서는 위 물품들의 거래시기인 1998. 1.24.이 지난 뒤인 같은 해 4.21.에 작성교부된 사실이 인정되나 이 사건 세금계산서의 기재사항에 따른 거래사실이 확인될 뿐 아니라 위 물품들의 거래시기와 이 사건 세금계산서의 작성일자가 동일한 과세기간에 속하고 있으므로 위 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 할 것이고 ... 이하 생략 ... <사례 3> 사건번호：심사부가98－716 년/월/일：1998.12. 4. 요지：당초의 분양계약을 파기하고 정식계약을 작성하였다는 사실을 인정하기 어려운 이 건은 당초의 계약에 의거 공급시기를 판단하는것이 타당하다 할 것으로 ... 중간 생략 ... 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기가 되는 것으로 당해 공급시기를 경과하여 계약금 및 중도금에 대하여 세금계산서를 교부받았으므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당함. 심리 및 판단： ... 중간 생략 ... 위와 같이 살펴본 바, 청구인은 위 표와 같은 쟁점 건물의 당초 분양계약에 의하여 계약금 및 1차중도금(계약금：1997. 9.24. 1차중도금：1997.12.31.)에 부가가치세법제16조 제1항의 규정에 의거 각각 세금계산서를 교부받아야 함에도 공급시기를 경과하여 1998. 1.30.자로 계약금 및 1차중도금에 대하여 세금계산서를 교부받았으므로, 처분청이 앞의 관련 법령에 따라 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다. *** 이 건의 경우는 공급시기가 속하는 과세기간의 다음과세기간에 세금계산서를 교부받은 경우임. <사례 4> 사건번호：심사부가98－349 년/월/일：1998. 7.24. 요지：세금계산서의 필요적 기재사항이 미비하거나 사실과 다른 경우에만 매입세액을 불공제하도록 규정하고 있으므로 당초 계약한 공사내용과 달리 설계변경으로 공사금액과 공사기간에 대하여 변경계약을 체결하고 신축건물에 대한 추가공사를 실시한 사실이 확인되는 경우 추가공사일 이후에 세금계산서가 교부된 때에도 추가공사완료일과 같은 과세기간에 속하는 것이라면 공급받는 자의 경우에 한하여 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니함. 심리 및 판단：... 중간 생략 ... 그 공급시기가 같은 과세기간에 속하는 것이라면 공급받는 자의 경우에 한하여 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 것이므로 이 건의 경우 청구인이 당초 계약한 공사내용에 설계가 변경되어 공사금액과 공사기간에 대하여 변경계약을 체결하고 신축건물에 대한 추가공사를 실시한 사실이 확인되므로 주문과 같이 결정함. <사례 5> 위와 같은 요지의 사례들 심사부가97－8193, 1998. 1.23. 심사부가97－8178, 1998. 1.23. 심사부가97－8029, 1997.10.24. 심사서울97－965, 1997. 9. 5. 국심96구206, 1996. 5.29. 심사부산95－197, 1995. 4.21. 외에도 다수 있음. (3) 분 석 심사·심판의 사례에서는 대체로 1995년을 기준으로 하여 그 이전에는 공급시기와 세금계산서의 교부시기가 다른 경우 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 것으로 판단하여 매입세액을 불공제 하였으나, 1995년 이후부터 최근의 사례에서는 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 것이지만 부가가치세법시행령제60조 제2항 제2호의 규정에 의하여 "교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우"로 보아 공급시기와 세금계산서의 교부시기가 동일한 과세기간인 때에는 공제할 수 있는 매입세액으로 판단하고 있다. 이는 앞으로 살펴보게 될 반복패소사례를 수용한 것으로 보인다. (1) 관련판례 <판례 1> 사건번호：서울지법96가합17738 년/월/일：1998.6.12. 요지：세금계산서는 거래당사자들에 대한 과세자료가 되는 한편 공급받는 사업자로 하여금 매입세액을 공제받을 수 있게 하여 부가가치세를 중복과세없이 최종소비자에게 전가시키는 것이므로, 공급자는 공급받는 자로 하여금 매입세액을 공제받는데 지장이 없도록 적법한 세금계산서를 발급하여 줄 의무가 있다 할 것이므로, 공급자인 건물신축공사의 수급인이 공급받는 자인 도급인에게 세금계산서를 그 공급시기인 준공 후 인도완료시와 다른 날짜를 작성일로 기재하여 공급시기가 속한 과세기간만료일이 경과한 후에야 발급해 준 결과, 도급인으로 하여금 공사대금에 포함된 부가가치세상당액 중에서 그에 대응하는 만큼의 매입세액의 공제를 받지 못하고 나아가 가산세까지 물게 하는 손해를 입게 하였다면 수급인은 도급인에게 이를 배상할 책임이 있다. ... 이하 생략 ... <판례 2> 사건번호：대법원97누13634 년/월/일：1997.12.23. 요지：세금계산서상의 공급가액 중 세금계산서작성 전에 실제 지급된 금액부분에 대하여는 세금계산서작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 다르다는 이유로 매입세액공제를 배제한 반면에, 세금계산서작성 후에 실제 지급된 금액부분에 대하여는 거래시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우 그 교부하는 때를 당해 용역의 공급시기로 보므로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다는 판단은 정당함. ... 이하 생략 ... <판례 3> 사건번호：대법원96다42550 년/월/일：1993. 8.24. 요지：세금계산서의 작성일이 사실상의 거래시기와 다르게 기재되어 있는 경우에도 세금계산서의 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간 등 동일한 이상 그 매입세액은 마땅히 공제되어야 함. ... 이하 생략 ... <판례 4> 사건번호：대법원92누18993 년/월/일：1993. 8.24. 요지：동일한 과세기간 내에 실제거래가 이루어진 것이 아닌 데도 동일한 과세기간 내에 용역 등의 공급이 이루어진 것으로 세금계산서가 사실과 다르게 작성된 경우 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없음. ... 이하 생략 ... <판례 5> 사건번호：대법원92누4574 년/월/일：1993. 2. 9. 요지：세금계산서의 작성일이 사실상의 거래시기와 다르게 되어 있을 뿐 거래사실은 세금계산서 기재대로 확인된다면 거래사실에 관한 매입세액은 공제되어야 하는 것이지만, 이는 세금계산서작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다. ... 이하 생략 ... <판례 6> 위와 같은 내용의 판례 대법원89누7528, 1990. 2.27. 대법원90누9933, 1991. 4.26. 대법원91누6610, 1991.10. 8. 대법원85누75, 1986. 9.23. 대법원90누431, 1990. 6.26. 대법원90누9933, 1991. 4.26. 대법원89누6068, 1990. 4.27. 대법원89누7528, 1990. 2.27. 외에도 다수 있음. (2) 분 석 판례의 경우에는 공급시기와 세금계산서의 교부시기가 동일한 과세기간인 경우 부가가치세법시행령제60조 제2항 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 공제할 수 있는 것으로 판결하고 있으며, 이는 부가가치세의 본질을 중요시하는 판례의 일관된 입장이다. 1999년까지는 공급시기 이후에 세금계산서를 교부할 수 있는 경우는 부가가치세법시행령제54조의 규정에 의하여 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 교부할 수 있었으나, (1) 2000. 1. 1. 이후 공급하는 분부터는 동법 동령 제60조 제2항 제3호 규정의 신설로 인하여 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서가 교부되는 경우 적법한 것으로 인정되므로 매입세액을 공제받을 수 있게 되어 사업자가 세금계산서를 교부함에 있어서 상관행이나 사회통념적인 면으로 보아 종전에 비하여 훨씬 더 납세자의 편의를 고려할 수 있게 되었다. (2) 아울러 2000. 7. 1.부터 과세특례제도가 폐지되며 간이과세자의 범위는 7. 1. 이전의 과세특례자의 범위로 축소된다. 이에 따라 종전의 간이과세자가 일반과세자로 흡수됨으로 인하여 지금까지는 세금계산서교부의무가 없었던 간이과세자 27만1천명이 일반과세자로 과세유형이 변경되어 세금계산서의 교부의무가 생기게 됨에 따라 세금계산서의 발행요인이 대폭 증가한다. 그러나 간이과세자에서 일반과세자로 변경된 사업자는 세금계산서의 교부경험이 없었기 때문에 부가가치세법제9조에서 획일적으로 규정한 공급시기에 세금계산서를 교부할 수 없는 사례가 더욱 더 많이 발생할 것으로 예측되며, 이들로부터 공급시기와 세금계산서의 교부시기가 서로 다른 세금계산서를 교부받은 사업자에게 세금계산서 교부제도의 경직성 때문에 획일적으로 매입세액을 불공제하는 경우 부가가치세의 본질을 왜곡시키는 결과를 가져올 수 있다. 따라서 이 조항의 신설로 이와 같은 문제를 상당부분 해소할 수 있을 것으로 기대된다. (3) 또한 종전까지는 판례와 과세관청의 입장이 서로 달라서 과세관청과 사업자 모두 업무집행과 부가가치세의 신고납부에 혼란을 초래하여 공무원은 세법규정에 의하여 매입세액을 공제하지 아니하는 결정을 하게 되고 사업자는 일일이 판결에 의존하게 되어 행정의 경우 비능률과 낭비의 요인이 되는 반면에 사업자의 경우 시간적 경제적 부담이 되어 왔으나, 이 조항의 신설로 인하여 앞으로는 이러한 낭비요소를 제거할 수 있게 되었다. (4) 이 조항의 신설과 관련하여 고려하여야 할 점은 사업자가 사업자등록신청일 이전에 재화 또는 용역을 매입하고 사업자등록을 한 후 동일과세기간에 세금계산서를 교부받는 경우 매입세액의 공제여부에 관하여는 등록 전 매입세액으로 하여 부가가치세법제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액으로 할 것인지 아니면 동일한 과세기간 내의 매입세액으로 보아 이 규정에 의하여 공제되는 매입세액으로 할 것인지에 대하여 명확한 해석이 있어야 할 것으로 생각된다. 이 경우 필자의 사견으로는 등록 전 매입세액으로 보아야 할 것으로 보인다. 왜냐하면 공제할 수 있는 매입세액으로 해석하게 되면 등록 전 매입세액 불공제규정은 사문화 될 것이기 때문이다. 이론적으로는 부가가치세법상 공급시기와 세금계산서의 교부시기가 일치하는 것이 마땅하겠으나 대중세인 부가가치세의 집행에 있어서 세금계산서의 교부제도에는 법과 현실의 괴리가 있었음이 사실이다. 이번에 "동일과세기간 내의 매입세액공제" 조항의 도입으로 위와 같은 문제점은 많이 개선될 것으로 판단된다. 또한 이를 전면적으로 허용할 경우 세금계산서의 수수질서가 문란해질 우려가 있으므로 매입세액은 공제하여 주되 가산세를 부과하는 장치를 둔 것은 세금계산서의 교부를 지연한 공급자에게도 가산세를 부과하고 있는 것과 함께 세법상 공급시기에 세금계산서를 교부하도록 유도하는 장치로서 바람직한 것으로 여겨진다.