Ⅰ. 시작하는 글 1. 과세표준 일반 2. 문제의 제기 Ⅱ. 1998.12.31. 이전에 공급한 재화·용역 1. 법 령 2. 관련예규 3. 관련판례 4. 적용상의 문제 Ⅲ. 1999년중에 공급한 재화·용역 1. 법령의 신설 2. 관련예규 3. 적용상의 문제 Ⅳ. 2000. 1. 1. 이후에 공급하는 재화·용역 1. 법령의 개정
李 錫 圭 / 세무사 목 차 Ⅰ. 시작하는 글 1. 과세표준 일반 2. 문제의 제기 Ⅱ. 1998.12.31. 이전에 공급한 재화·용역 1. 법령 2. 관련예규 3. 관련판례 4. 적용상의 문제 Ⅲ. 1999년중에 공급한 재화·용역 1. 법령의 신설 2. 관련예규 3. 적용상의 문제 Ⅳ. 2000. 1. 1. 이후에 공급한 재화·용역 1. 법령의 개정 2. 법령의 개정에 따른 적용 과세표준이라 함은 세법에 의하여 직접적으로 세액산출의 기초가 되는 과세물건의 수량 또는 금액을 말한다. 따라서 부가가치세의 과세물건은 부가가치이고 이에 세율을 곱한 것이 부가가치세이다. 부가가치세액의 계산방법은 가산법, 전단계거래액공제법, 전단계세액공제법이 있으며 각 방법마다 적용되는 과세표준의 개념이 약간씩 다르다. 우리나라의 부가가치세는 전단계세액공제법을 택하고 있으며 부가가치세액은 매출가액에 세율을 적용한 매출세액에서 전단계로부터의 매입시 부담한 매입세액을 공제하는 방법으로 산출하고 있으므로 부가가치세의 과세표준은 매출세액의 계산기준이 되는 매출총액을 의미한다. 거래형태가 다양하고 대금의 결제방법이 복잡한 오늘날의 경제상황에 있어서 부가가치세의 과세표준이 되는 매출총액의 측정은 쉽지 않은 반면에 매출총액의 크기에 따라 납부세액이 달라지므로 이의 측정은 매우 민감한 사안 중의 하나라 할 수 있다. 따라서 부가가치세의 과세표준은 ① 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 ② 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 ③ 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 ④ 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 ⑤ 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가의 합계액으로 하고, ① 에누리액 ② 환입된 재화의 가액 ③ 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손·훼손 또는 멸실된 재화의 가액 ④ 국고보조금과 공공보조금 ⑤ 계약 등에 의하여 확정된 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 연체이자는 과세표준에 포함하지 아니한다. 현행 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 포함하는 것으로 규정하고 있다. 위에서 살펴본 과세표준에 포함하지 아니하는 항목 중 재화·용역의 공급대가의 지연지급으로 인한 연체이자 또는 연체료상당액은 이를 어떻게 보느냐에 따라 부가가치세의 과세 여부에 커다란 영향을 미친다. 연체이자를 재화·용역의 공급에 수반하여 받는 대가로 보는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함하여야 하는 것이나, 계약의 위약에 대한 위약벌의 성격으로 개념지으면 과세표준에 포함하지 아니하는 것이 마땅하다. 이에 따라 이 글에서는 연체이자 또는 연체료상당액의 부가가치세 과세표준 포함 여부에 대한 부가가치세법 규정의 변천내용과 관련예규 및 판례 등을 검토하고 현행 세법상의 적용내용을 살펴보기로 한다. 부가가치세 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 포함하는 것으로 규정(附令 48 ①)하고 있으나, 대가의 지연지급으로 인한 연체이자의 과세표준 포함 여부에 대한 법령상의 명문규정은 없었다. 그러나 이의 과세표준 포함 여부에 대하여 부가가치세법기본통칙 5-1-2…13의 3호에서 "대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 또는 연체료상당액"은 과세표준에 포함하는 것으로 하고 다만, 미수금을 소비대차로 전환시킨 경우는 제외하는 것으로 해석하고 있었다. 또한 같은법기본통칙 5-1-13…13에서 "재화 또는 용역을 공급한 후 그 대가회수가 지연됨에 따라 지급받는 할증금은 재화 또는 용역의 공급에 수반하여 받는 대가이므로 과세표준에 포함한다"라고 규정하여 연체이자 또는 연체료상당액은 재화 또는 용역의 공급대가로 보고 있었다. 이 경우 연체이자 또는 연체료상당액의 공급시기는 동 연체이자 또는 연체료상당액의 지급이 확정되는 때이며 그 때를 거래시기로 하여 세금계산서를 교부하여야 한다. 미수금을 소비대차로 전환시킨 경우 그 연체이자 또는 연체료상당액은 재화·용역의 공급대가로 보지 아니하고 이자소득으로 보아 원천징수대상이 되며 세금계산서 또는 계산서의 교부대상이 되지 아니한다. 여기서 소비대차란 민법 제598조의 규정으로 "소비대차는 당사자 일방이 금전 기타 대체물의 소유권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방은 그와 같은 종류, 품질 및 수량으로 반환할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다"라고 규정하고 있다. (1) 사업자가 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 하여 세금계산서 또는 영수증을 교부하는 것이며, 당해 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서 또는 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 보는 것임(부가 46015-102, 1998. 1.17.). (2) 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 거래상대자로부터 받는 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 실질적 대가관계에 있는 모든 것은 부가가치세 과세표준에 포함되는 것으로, 귀 질의의 경우 대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 또는 연체료상당액은 부가가치세 과세표준에 포함되는 것임(부가 46015-2592, 1998.11.21.). (3) ① 부가가치세법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 동법시행령 제48조 제1항의 규정에 의해 거래상대자로부터 받는 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 실질적 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 포함하는 것이므로 장기할부판매 또는 할부판매의 경우 이자상당액 및 대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 또는 연체료상당액은 과세표준에 포함하는 것이나, 다만 미수금을 소비대차로 변경시킨 경우에는 과세표준에서 제외하는 것임. ② 또한, 이 경우 거래당사자가 관련거래의 공급대가를 확정한 후 대가상당액을 실질적인 소비대차로 전환하여 발생된 이자상당액에 대하여는 과세표준에서 제외하는 것이나, 실질적인 소비대차로 전환하여 발생된 이자상당액에 해당하는지 여부는 구체적인 관련거래사실에 따라 판단할 사항임(부가 46015-706, 1997. 4. 1.). (4) 사업자가 부가가치세법 제13조 제1항 및 동법시행령 제48조 제1항의 규정에 의하여 재화 또는 용역을 공급하고 대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 또는 연체료상당액을 과세표준에 포함시키는 경우 과세표준에 포함되는 금액은 부가가치세가 포함되지 아니한 공급가액에 근거한 연체이자 또는 연체료상당액이 되는 것임(부가 22601-1578, 1991.11.26.). (5) 건물관리업을 영위하는 사업자의 부가가치세 과세표준은 부가가치세법시행령 제48조 제1항의 규정에 의하여 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것이며, 또한 관리비 징수시 연체료를 포함하여 징수할 경우 지급지연으로 인하여 지급받는 연체료상당액도 과세표준에 포함하는 것임(부가 22601-1338, 1991.10.11.). (6) 대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 또는 연체료상당액이 용역의 대가관계로 지급받은 것은 과세표준에 포함되는 것이므로 세금계산서를 교부하는 것이며, 다만 미수금을 소비대차로 변경시킨 경우에는 과세표준에 포함되지 아니하는 것으로 실질적인 소비대차 전환 여부는 사실에 따라 판단할 사항임(부가 22601-1248, 1991. 9.24.). (7) 당해 대가의 지연지급으로 인해 지급받는 연체이자 또는 연체료상당액은 부가가치세법시행령 제48조 제1항의 규정에 의해 부가가치세 과세표준에 포함하는 것이며, 연체이자 또는 연체료상당액의 공급시기는 동 연체이자 또는 연체료상당액의 지급이 확정되는 때로 하는 것임(부가 46015-857, 1997. 4.18.). (8) 현금으로 받기로 한 공사미수대금을 그 받기로 한 날에 금전소비대차계약을 체결하여 금전소비대차로 변경시킨 경우에는 원천징수대상이 되는 이자소득에 해당되어 세금계산서 교부대상이 되지 아니하는 것임(부가 46015-366, 1997. 2.19.). (9) 주문:000세무서장이 1995. 9.16. 청구인에게 한 1994. 1기분 부가가치세 4,966,110원, 1994. 2기분 부가가치세 5,492,660원 및 1995. 1기분 부가가치세 19,055,940원과 1994년도분 법인원천세 2,237,930원, 1995년도분 법인원천세 45,434,970원에 대한 부과처분은 이를 취소한다. 심리및판단:... 중간 생략 ... 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구인이 청구외 법인으로부터 수취한 세금계산서는 물품대금과 관련하여 지급된 대금지연이자에 해당된다고 판단되며, 별도의 소비대차로 전환하였다는 약정을 맺은 사실이 확인되지 아니하므로 동 물품대금지연지급에 따른 이자상당액은 부가가치세 과세표준에 포함하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 그렇다면 처분청이 물품대금지연지급에 관련한 이자상당액을 법인의 이자소득으로 보아 동 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 청구인에게 부가가치세 및 법인원천세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 따라서 이건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다(국심 96서656, 1997. 3.17.). (1) 사건번호:대법원 97누15722 연월일:1997.12. 9. 요지:아파트분양업체가 아파트공급대금을 계약금, 중도금 및 잔금으로 나누어 수분양자들이 각 회의 중도금과 잔금을 각 약정기일에 지급하지 아니하는 경우 지체된 금액에 대하여 지체된 기간 동안 일정한 연체요율에 의한 연체료를 가산하여 지급받기로 약정하고 그 약정에 따라 아파트대금과 연체료를 받아왔다면, 이러한 연체료는 아파트의 공급과 대가관계에 있는 금전이라고 볼 수 없어서 부가가치세의 과세표준에 포함되지 않는다. 주문:상고를 기각한다. 상고비용은 피고의 부담으로 한다. 이유:상고이유를 본다. 원심은, 아파트업체인 주식회사 정리회사 한양은 건축중인 아파트를 수요자 등에게 분양하기 위하여 수요자들과 주택공급계약을 체결함에 있어서 아파트공급대금을 계약금, 중도금 및 잔금으로 나누어 계약금은 계약당일 지급받고 중도금은 건축공사의 진행에 맞추어 몇 차례에 걸쳐 나누어 지급받으며 잔금은 입주시에 지급받기로 하되 수분양자들이 각 회의 중도금과 잔금을 각 약정기일에 지급하지 아니하는 경우 지체된 금액에 대하여 지체된 기간 동안 일정한 연체요율에 의한 연체료를 가산하여 지급받기로 약정하고 그 약정에 따라 아파트대금과 연체료를 받아온 사실을 인정한 후, 이러한 연체료는 아파트의 공급과 대가관계에 있는 금전이라고 볼 수 없어서 부가가치세의 과세표준에 포함하지 않는다고 판단하였는바, 원심의 위 판단은 당원의 판례(당원 1984. 3.13. 선고, 81누 412 판결, 1989.10.10. 선고, 88누 1417 판결 등 참조)에 따른 것으로서 정당하고 원심 판결에 논하는 바와 같은 법리오해 위법이 있다고 볼 수 없다. 논지는 모두 이유가 없다. ... 이하 생략 ... (2) 사건번호:대법원 제1부 88누1417 연월일:1989.10.10. 요지:가. 신고된 법인세 수입금액에 터 잡아 부가가치세를 과세하였다고 하여 이것만 가지고 부가가치세의 과세처분이 취소될 수 없는 것은 아니라 할 것이며, 나. 부가가치세법 제13조 제1항 제1호에 의하여 재화 또는 용역의 공급에 관하여 금전으로 그 대가를 받는 경우에는 그 대가가 부가가치세의 과세표준이 되고(동법시행령 제48조 제1항에 의하여 그 대가에는 거래상대방으로부터 받은 요금), 수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것이나 관리비의 지급을 제때에 하지 아니한 데 대한 사적 제재로서 위약벌의 성격을 가지는 연체료는 상가 점포의 관리라는 용역의 공급과 대가관계에 있는 금전이라고 할 수는 없으므로 부가가치세의 과세표준에는 포함되지 않는다고 봄이 타당하다. 주문:상고를 기각한다. ... 이하 생략 ... 이유:상고이유를 본다. 제1점에 대하여, 원심판결이유에 의하면, 원심은 그가 들고 있는 증거에 의하여 1980. 1.18 원고가 관리하는 상가의 입주상인 총회에서 상가의 관리비를 점포 건평 1평당 1일 금 37원으로 정한 사실과 원고의 관리업무를 시장개설허가를 받지 않은 4개 블록은 같은 해 10월 31일까지, 허가를 받은 9개 블록은 1981. 8.31.까지 계속된 사실을 인정한 다음 그 관리비의 실제 수령 여부와 관계없이 위 사실을 기초로 하여 원고의 이 사건 관리비의 수입금액과 부가가치세액을 결정한 것이고 기록에 비추어 보면 소론의 민사판결이나 화해조서는 정당한 관리비에 관한 분쟁을 해결한 것이므로 거기에 소론과 같은 부가가치세법 제9조 제2항이나 동법시행령 제22조의 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없고 부가가치세를 신고된 법인세 수입금액에 터 잡아 과세하였다고 하여 이것만 가지고 부가가치세의 과세처분이 취소될 수 없는 것은 아니라고 할 것이므로 논지는 이유가 없다. 제2점에 대하여, 원심은 이 사건 관리비의 연체료는 관리비의 지급을 제때에 하지 아니한 데 대한 징벌의 성격을 가지고 있으므로 부가가치세의 과세대상이 되지 아니한다고 판단하였다. 원심이 확정한 사실에 의하면, 이 사건 상가의 관리비는 점포 1평당 1일 금 37원으로 정하였다는 것이고 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증의 1, 3, 5, 7, 9(판결, 화해조서)의 기재에 의하면, 위 관리비의 납부를 지체한 경우에는 10분의 1의 연체료를 가산징수하기로 하였다는 것으로서 이는 원심이 설시한 바와 같이 관리비의 지급을 제때에 하지 아니한 데 대한 사적 제재로서의 성격을 가지는 위약벌로 보여지는바, 부가가치세법 제13조 제1항 제1호에 의하여 재화 또는 용역의 공급에 관하여 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가가 부가가치세의 과세표준이 되는 것이고 동법시행령 제48조 제1항에 의하여 그 대가에는 거래상대방으로부터 받은 요금, 수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것이나 위와 같은 위약벌의 성격을 가지는 연체료는 상가점포의 관리라는 용역의 공급과 대가관계에 있는 금전이라고 할 수는 없다고 할 것이므로 이와 같은 위약벌은 부가가치세의 과세표준에는 포함되지 아니한다고 보아야 할 것이다. 따라서 이와 같은 취지의 원심판단은 정당하고, 반대의 입장에서 원심판결을 비난하는 논지는 이유 없다.... 이하 생략 ... (1) 연체이자 또는 연체료상당액에 대한 인식에 있어서 대법원판례와 과세관청간에 견해를 달리하고 있다. 대법원의 판례는 연체이자를 위약벌적인 것으로 보아 재화·용역의 공급대가에 포함하지 아니하는 것으로 판시하고 있는 반면에 과세관청에서는 재화·용역의 공급에 수반하여 받는 대가로 하여 과세표준에 포함하는 것으로 일관되게 해석하고 있다. (2) 그러나 소비대차로 전환되었는지의 여부를 판단하기가 어렵다. 소비대차로의 전환 여부는 서류에 의하여 확인되는 경우뿐만 아니라 거래관계, 계약내용 등 관련사실을 종합하여 판단하여야 하는 것으로 해석하고 있으므로 과세관청과 납세자가 해석을 달리하는 경우 상호불신과 마찰이 생길 소지가 많다. (3) 따라서 1998.12.31. 이전에 재화·용역을 공급한 경우 이에 따른 연체이자 또는 연체료상당액에 대한 부가가치세 경정시 위에서 살펴 본 대법원의 판례를 존중하여 과세권 행사에 신중을 기하여야 할 것으로 보인다. 1998.12.28. 부가가치세법 제13조 제2항 제5호를 신설하여 "공급대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 중 대통령령이 정하는 금액"에 대하여는 과세표준에 포함하지 아니하는 것으로 하였다. 이에 따라 1998.12.31. 부가가치세법시행령 제48조 제9항을 신설하여 "공급가액(간이과세자 또는 과세특례자의 경우에는 공급대가)×10,000분의 5×지연지급일수"의 산식에 의한 금액 이내의 것에 대하여는 과세표준에 포함하지 아니하는 것으로 하였다. 이에 의하면 연체이자 중에서 일부는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 이자소득으로 보아 원천징수하고 일부는 과세표준에 포함하는 금액으로 하여 연체이자의 지급이 확정되는 때에 세금계산서를 교부하여야 한다. (1) 부가가치세법 제13조 제2항 제5호 및 동법시행령 제48조 제9항의 개정규정은 1999. 1. 1. 이후에 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용되는 것이며, 동 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함되는 연체이자의 공급시기는 동 연체이자가 확정되어 받기로 한 때인 것임(부가 46015-4244,1999.10.20.). (2) 사업자가 재화나 용역을 공급하고 거래상대방이 대가를 지연지급함에 따라 당해 사업자가 지급받는 연체료는 부가가치세 과세표준의 해당 여부에 불구하고 소득세법시행령 제51조 제3항 제5호의 규정에 의하여 당해 사업의 총수입금액에 산입하는 것임. 또한 부가가치세법 제13조 제2항 제5호의 규정을 적용받는 연체료는 재화 또는 용역의 공급대가에 해당하지 아니하는 것이므로 소득세법 제163조의 규정에 따른 계산서의 작성·교부는 하지 아니하는 것임(재경부 소득 46073-71, 1999. 5. 3.). (3) ① 재화 또는 용역에 대한 대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 중 공급가액(간이과세자 또는 과세특례자의 경우에는 공급대가)에 지연지급일수와 10,000분의 5를 곱한 금액에 상당하는 금액을 이자소득으로 보아 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니함. ② 다만, 1998.12.31. 이전에 재화 또는 용역의 공급분에 대한 대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 또는 연체료상당액은 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임. ③ 미수금을 소비대차로 전환시킨 경우에는 원천징수대상 이자소득에 해당하는 것임(법인 46013-289, 1999. 1.23.). (4) 사업자가 1999. 1. 1. 이후 재화 또는 용역을 공급하고 공급받는 자의 공급대가 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 중 부가가치세법시행령 제48조 제9항에 규정된 산식에 의하여 계산한 금액 이내의 것은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 지급받는 연체이자가 동 산식에 의하여 계산한 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임(부가 46015-299, 1999. 2. 3.). (5) 사업자가 1999. 1. 1. 이후 재화 또는 용역을 공급하고 공급받는 자의 공급대가지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 및 하도급거래공정화에관한법률 제13조의 규정에 의하여 지급받는 어음할인료상당액 중 부가가치세법시행령 제48조 제9항에 규정된 산식에 의하여 계산한 금액 이내의 것은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 연체이자 및 어음할인료상당액이 동 산식에 의하여 계산한 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임(부가 46430-211, 1999. 1.23.). (6) ① 공급대가의 지연지급으로 인하여 지급하는 연체이자에 대하여 1998.12.31. 이전 공급분에 대하여는 연체이자 전액에 대하여 부가가치세를 과세하였으나 1999. 1. 1. 이후 공급분에 대하여는 부가가치세법 제13조 제2항 제5호 및 동법시행령 제48조 제9항의 규정에 의거 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이내의 연체이자는 부가가치세가 과세되지 아니하고 동 금액을 초과하는 연체이자에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것임. 공급가액(간이과세자 또는 과세특례자의 경우에는 공급대가)×1만분의 5×지연지급일수 ② 부가가치세 과세대상이 되지 아니하는 연체이자에 대하여 부가가치세를 거래징수당한 경우 거래상대방으로부터 당해 부가가치세상당액을 환급받을 수 있는 방법에 대하여는 부가가치세법에 별도로 규정하고 있지 않으며 거래당사자간에 결정할 사항임(부가 46015-2082, 1999. 7.20.). (7) 사업자가 사료관리법에 의한 사료를 축산농가에 공급한 경우에 있어 공급대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자 중 부가가치세법시행령 제48조 제9항에 규정된 산식에 의하여 계산된 금액 이내의 것은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 연체이자가 동 산식에 의하여 계산한 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 부가가치세 과세표준에 포함하며 조세특례제한법 제105조 제5호의 규정에 의한 영의 세율이 적용되는 것임. 이 경우 연체이자가 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 분에 대하여는 소득세법 제163조의 규정에 따른 계산서의 작성·교부는 하지 아니하는 것임(부가 46015-1840, 1999. 6.28.). (8) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 거래상대방이 대가를 지연지급함에 따라 당해 사업자가 지급받는 연체료는 부가가치세법 제13조 제2항 제5호 및 동법시행령 제48조 제9항에 규정한 연체이자 해당액을 제외한 금액을 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임. 이 경우 부가가치세 과세표준의 해당 여부에 불구하고 소득세법시행령 제51조 제3항 제5호의 규정에 의하여 동 연체료를 당해 사업의 총수입금액에 산입하는 것임(부가 46015-4491, 1999.11. 8.). (9) 사업자가 무선호출용역을 가입자에게 계속적으로 공급하고 대가의 각 부분을 받기로 한 때(이용요금납입기한)에 그 대가를 받지 못하여 당해 미납요금에 대한 연체료를 당해 익월 또는 익익월 이용요금에 합산하여 청구하는 경우 부가가치세법 제13조 제2항 제5호 및 동법시행령 제48조 제9항의 규정에 의하여 과세표준에 포함하지 아니하는 연체이자의 계산시 지연지급일수는 거래당사자간에 공급대가의 지연지급으로 인하여 지급받기로 한 연체이자의 적용대상이 되는 지연지급일수로 하는 것임(부가 46015-1335, 1999. 5.10.). (10) 사업자가 재화나 용역을 공급하고 거래상대방이 대가를 지연지급함에 따라 당해 사업자가 지급받는 연체료는 부가가치세의 과세표준의 해당 여부를 불구하고 소득세법시행령 제51조 제3항 제5호의 규정에 의하여 당해 사업의 총수입금액에 산입하는 것임. 또한 부가가치세법 제13조 제2항 제5호의 규정을 적용받는 연체료는 재화 또는 용역의 공급대가에 해당하지 아니하는 것이므로 소득세법 제163조의 규정에 따른 계산서의 작성·교부는 하지 아니하는 것임(재경부 소득 46073-71, 1999. 5. 3.). (1) 연체이자 중 일부는 이자소득으로, 일부는 재화·용역의 공급에 대한 대가로 보고 있으므로 앞에서 살펴본 대법원판례를 일부 수용한 것으로 보이나 이로써 연체이자의 개념이 더욱 모호하게 되었다. (2) 소비대차로 전환되었는지의 판단에 대한 주관성이 개입될 여지는 없어졌으나 연체이자 중 일부는 과세표준에 포함하고 일부는 제외함으로 인하여 거래징수세액의 계산, 거래시기의 판단, 세금계산서의 교부 등에 대한 불편은 오히려 가중된 것으로 생각된다. (3) 특히, 전산으로 발행하는 전기·통신요금고지서(세금계산서로 보는 영수증) 등과 같이 발행시 납기 후 연체이자를 함께 표시하는 경우 연체이자의 과세표준 계산에 대한 어려움이 더욱 커지게 되고 공급받는 자는 연체이자분에 대한 매입세액공제액 계산에 곤란을 겪게 된다. (4) 따라서 필자의 생각으로는 1998년 이전의 규정에 비하여 납세자 및 과세당국의 부가가치세 집행에 있어서 어려움이 더 커진 것으로 생각된다. 그러나 이 규정은 대법원 판례 이후에 신설된 규정이므로 적용상의 어려움이나 불편이 다소 있다 하더라도 법령의 규정대로 집행함이 마땅하다고 생각된다. 1998.12.28. 신설된 부가가치세법 제13조 제2항 제5호를 1999.12.28. 개정하여 "공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자"는 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것으로 하였고 이에 따라 1999.12.31. 부가가치세법시행령 제48조 제9항을 개정하여 "계약 등에 의하여 확정된 대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 연체이자를 말한다"라고 규정하였다. 2. 법령의 개정에 따른 적용 (1) 이는 연체이자를 위약벌적 성격의 것으로 판단한 대법원의 판례를 수용하고 납세자와 과세관청간의 논란의 소지를 차단함과 동시에 납세자의 납세협력비용을 줄이게 되었음은 물론 과세당국의 세무행정능률을 제고하게 되었다는 점에서 매우 바람직한 방향으로의 개정이었다고 생각된다. (2) 재화 또는 용역의 공급 후 대가를 약정기일 전에 회수함으로 인하여 매출액의 일부를 감액하여 주는 매출할인에 대하여는 부가가치세 과세표준에서 공제하지 아니한 반면에, 대가의 지급지연으로 인한 연체이자에 대하여는 과세표준에 포함하도록 하여 국고주의적인 요소가 있었다. 이에 따라 연체이자의 과세표준 제외규정을 둠으로써 이러한 문제는 많이 개선되었다고 할 수 있다.