부가가치세법 제37조의 납부세액 등의 계산에서는 매출세액은 과세표준에 부가가치세율을 적용하여 계산한 금액으로 하고, 납부세액은 매출세액(대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 공제하는 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다고 규정하고 있다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다. 이에 사업자가 최종 납부하거나 환급받을 세액은 다음 계산식에 따라 계산한다.

이 계산식에서 매입세액의 계산은 크게 세금계산서 수취분 매입세액(+ 예정신고누락분 + 매입자발행 세금계산서)과 세금계산서 수취분이 아닌 매입세액(신용카드매출전표 등 수령명세서 매입세액 + 의제매입세액 등)으로 구분할 수 있다. 그런데 세금계산서 수취분 매입세액은 공제받지 못할 매입세액까지 포함하여 신고하기 때문에 공제받지 못할 매입세액과 공통매입세액 중 면세사업분을 차감해서 공제하는 산식 구조를 띤다.

• 정찰대 “지난 시간부터 납부세액 등 강의를 시작했습니다. 이 강의는 주로 매출세액에서 차감하는 매입세액을 판단해 보는 시간입니다. 매입세금계산서를 수취했다고 모두 공제하는 것은 아니고 다음의 사업관련성이 있어야 공제대상 매입세액인 것입니다.”

• 유대리 “사업자가 매입세금계산서를 수취하는 것은 그 자체가 사업자 간 거래일 텐데 당연히 자기의 사업을 위해서 사용하였거나 사용할 목적의 매입세액이 아닐까요?”
• 정찰대 “훌륭한 지적이십니다. 그래서 실무적인 판단은 공제받지 못할 매입세액을 가지고 매입세액 공제 여부를 판단합니다.”
• 수강생 “공제받지 못할 매입세액은 어떤 것이 있나요?”
• 정찰대 “책에 나온 표로 정리해 볼까요?”

• 나실무 “크게 협력의무 불이행 매입세액불공제와 부가가치 미창출 매입세액불공제로 나누었네요.”
• 정찰대 “네, 일단 협력의무 불이행과 관련해서 매입처별 세금계산서합계표의 미제출ㆍ부실기재분 매입세액, 세금계산서의 미수취ㆍ부실기재분 매입세액, 등록을 하기 전의 매입세액이 있는데 이는 모두 거래사실이 확인되는 등 사유가 있으면 매입세액이 공제되는 구제기능이 있죠.”

• 유대리 “매입처별 세금계산서 관련 불공제의 구제사유는 어떻게 되나요?”
• 정찰대 “발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표를 당초 제출하지 못했지만 수정신고, 경정청구, 기한후 신고, 심지어 세무조사 시 경정과정에서 세금계산서 실물을 제출해도 구제가 됩니다. 또한 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에도 구제되니 구제의 폭이 매우 넓죠.”

• 유대리 “세금계산서 관련 불공제의 구제사유는요?”
• 정찰대 “이건 좀 구체적으로 살펴볼까요. 사실 세금계산서를 발급받아서 공제받아야 하는데 제때 발급받지 못하거나 했을 때 구제되는 것이 매우 중요해서요.”
• 유대리 “네~”

• 정찰대 “부가가치세법 시행령 제75조에 규정되어 있는 세금계산서 관련 매입세액 불공제와 관련해서 구제방법을 하나씩 살펴볼게요.”
• 수강생 “네~”
• 정찰대 “먼저 사업자등록을 신청한 사업자가 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우에는 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “사업자등록 전이니 등록번호 대신 주민등록번호를 적는 식이죠.”
• 정찰대 “네, 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에도 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “거래사실이 명확히 확인된다면 필요적 기재사항이 일부 오기도 구제대상이고요.”
• 정찰대 “네, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우에도 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “그렇다면 제때 못 받은 세금계산서를 그 과세기간의 부가가치세 확정신고기한에 발견하여 사후발급받으면 공제되는 것이네요.”
• 정찰대 “네, 그렇습니다. 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우에도 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “전자세금계산서 발급 ASP업자를 통해 발급사실만 확인되면 미전송 전자세금계산서 분도 공제되는군요.”
• 정찰대 “네, 맞습니다. 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우라면 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “전자세금계산서 의무발급자가 종이로 발급한 세금계산서도 공제대상이네요.”
• 정찰대 “네, 그렇습니다. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 주사업장에서 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우에도 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “주사업장총괄납부 또는 사업자 단위 과세사업자는 나중에 설명해 주실 거죠?”
• 정찰대 “네, 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고 수정신고, 경정청구, 결정 또는 경정할 때 세금계산서를 함께 제출하면 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “이것은 파격적입니다. 세금계산서를 최장 1년 가까이 늦게 받아도 공제가 된다는 의미네요.”
• 정찰대 “네, 재화 또는 용역의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받았더라도 재화 또는 용역의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 30일 이내에 도래하고 해당 거래사실이 확인되어 납세지 관할 세무서장 등이 결정 또는 경정하는 경우에도 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “공급시기 전에 발급한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서인데도 불구하고 공제되는 것이네요.”
• 정찰대 “네, 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우에도 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “일전에 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매의 판단이 애매한 측면이 많아서 사실과 다른 세금계산서로 보는 경우가 있다고 했는데 이것도 구제되네요.”
• 정찰대 “네, 반대도 마찬가지입니다. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우에도 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “아까와 반대의 경우군요.”
• 정찰대 “네, 부가가치세를 납부해야 하는 수탁자가 위탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우에도 매입세액으로 공제합니다.”
• 나실무 “이 말은 도대체 뭐죠?”
• 정찰대 “2020년 말에 부가가치세 납세의무자 규정에 신탁재산에 관련한 납세의무자 규정이 신설되었습니다. 원칙적으로 신탁재산에 관련된 재화 또는 용역의 공급 시 납세의무자는 수탁자라고 규정하면서 예외적으로 위탁자가 납세의무자가 되는 경우를 규정했는데 만일 이러한 납세의무자 규정을 착오하는 경우에도 매입세액으로 공제한다는 의미죠.”

• 나실무 “반대의 경우에도 마찬가지겠군요.”
• 정찰대 “네, 부가가치세를 납부해야 하는 위탁자가 수탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우에도 매입세액으로 공제합니다.”
• 유대리 “결국 거래사실이 있고 사후라도 세금계산서로 확인되거나, 일부 착오가 있다손 치더라도 매입세액은 공제될 수 있는 거군요.”
• 정찰대 “네, 맞습니다. 다만 가산세가 있는 것이죠.”
• 유대리 “그럼 가산세까지 한꺼번에 설명해 주실 건가요?”
• 정찰대 “부가가치세법은 사실상 절차가 매우 중요한 세법이라 절차 위반에 따른 가산세가 엄청 많아요. 그래서 추후에 따로 정리해 보죠.”
• 유대리 “네”
• 나실무 “매입세액 불공제 중 협력의무 불이행 매입세액불공제 외 부가가치 미창출 매입세액불공제는 어떤가요?”
• 정찰대 “부가가치 미창출 매입세액으로 정리한 것은 업무무관 매입세액, 비영업용 소형승용차 관련 매입세액, 접대비 관련 매입세액, 면세사업 및 토지 관련 매입세액이고 이것은 구제기능이 없는 것이죠.”

• 수강생 “그럼 업무무관 매입세액은 어떻게 판단하죠?”
• 정찰대 “부가가치세법 시행령 제77조에서 소득세법령에 따른 업무와 관련 없는 지출이나, 법인세법령에 따른 공동경비의 손금불산입, 업무와 관련 없는 자산, 업무와 관련 없는 지출로 판단한다고 규정하고 있습니다.”
• 수강생 “그럼 접대비 관련 매입세액은 어떻게 판단하나요?”
• 정찰대 “이것도 마찬가지로 부가가치세법 시행령 제79조에서 소득세법령, 법인세법령에 따른 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출을 말한다고 규정하고 있습니다.”
• 수강생 “토지 관련 매입세액이라면 토지를 매입할 때 부담한 매입세액인가요?”
• 정찰대 “아닙니다. 토지는 면세대상입니다. 따라서 부가가치세가 없죠. 다만 토지 관련 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액으로 법령을 살펴보면 다음과 같습니다."