비상장법인이 특수관계인인 개인으로부터 자기주식을 액면가액으로 매입하고 자기주식을 매입가액으로 회계처리하고 아무런 세무조정을 하지 않았다. 자기주식의 취득 당시 시가가 액면가액을 초과하였다.

법인이 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 「법인세법」 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 익금으로 본다(법법 §15② 1호). 국세청 감사관실에서는 특수관계인인 개인으로부터 자기주식의 시가보다 낮은 가액으로 매입한 경우 자기주식도 유가증권이므로 시가와 매입가액의 차액에 대하여 익금산입을 하여야 하는데, 이에 대한 검토 소홀로 법인세를 부족징수하였다고 지적하였다.

법인이 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 매입한 경우에는 다음 사항을 검토해야 한다. 비상장주식은 매매사례가액를 시가로 보나 매매사례가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제63조를 준용하여 평가한 가액을 시가로 본다. 매매사례가액은 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다(법령 §89 ①).

법인이 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식에서 발생한 수입배당금액과 「법인세법」 제51조의 2【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】를 적용받은 법인으로부터 받은 수입배당금액에 대해 수입배당금액 익금불산입을 적용하여 법인세를 신고하였다.

국세청 감사관실에서는 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식과 유동화전문회사 등에 대한 소득공제를 적용받은 법인으로부터 받은 수입배당금액은 수입배당금액 익금불산입을 적용할 수 없는데 이를 적용한 것을 검토소홀로 적발하지 못하여 법인세가 부족징수되었다고 지적하면서 수입배당금액 익금불산입 대상 여부를 철저히 검토하라고 권고하였다.

주주인 내국법인이 다른 내국법인으로부터 배당금을 받은 경우 그 피투자법인이 법인세를 납부하고 남은 세후이익을 주주인 법인에게 배당한 것이므로 주주법인에게 다시 법인세를 과세하면 이중과세된다고 보아 수입배당금액 익금불산입을 하고 있다. 현행수입배당금액 익금불산입규정은 「법인세법」 제18조의 2【내국법인 수입배당금액의 익금불산입】와 제18조의 3【지주회사 수입배당금액의 익금불산입 특례】의 두 가지가 있다. 하나의 배당금이 이 두 가지 규정에 모두 해당하면 특례규정인 제18조의 3을 적용하고 일반규정인 제18조의 2는 적용하지 않아야 한다. 그런데 다음 중 어느 하나에 해당하는 수입배당금액에는 수입배당금액 익금불산입규정을 적용하지 아니한다. ① 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식등을 보유함으로써 발생하는 수입배당금액 ② 「법인세법」 제51조의 2 또는 「조세특례제한법」 제104조의 31에 따라 지급한 배당에 대하여 소득공제를 적용받는 법인으로부터 받은 수입배당금액 ③ 「법인세법」 제75조의 14에 따라 지급한 배당에 대하여 소득공제를 적용받는 법인과세 신탁재산으로부터 받은 수입배당금액 ④ 「조세특례제한법」 제63조의 2, 제121조의 8 및 제121조의 9를 적용받는 법인(감면율이 100분의 100인 사업연도에 한정한다) ⑤ 「조세특례제한법」 제100조의 15 제1항의 동업기업과세특례를 적용받는 법인 위의 ①은 수입배당금액 익금불산입 혜택을 받기 위해 단기투자하는 것을 규제하기 위해 둔 규정이고, ②~⑤는 피투자법인에서 법인세가 과세되지 않아 이중과세의 문제가 없기 때문에 둔 규정이다. 법인세 세무조정 시 수입배당금액 익금불산입을 하는 경우 위의 배제대상에 해당하는지를 반드시 검토해야 한다.

「조세특례제한법」 제32조에는 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업 양도ㆍ양수 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 양도하는 거주자에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하도록 하는 ‘이월과세’ 제도를 두고 있다. 거주자 A가 사업용고정자산을 현물출자하여 B법인으로 전환하고 그 사업용고정자산인 토지에 대해서 양도소득세 이월과세를 적용받았으나 B법인이 현물출자일부터 5년이 지난 후 토지를 양도하고 이월과세액을 추가 신고 납부하지 않았다.

국세청 감사관실에서는 법인전환 시 양도소득세 이월과세를 적용받은 후 현물출자일부터 5년이 지난 후 토지를 양도한 경우 이월과세액을 법인세로 추가 징수하여야 함에도 감면사후관리 업무소홀로 법인세를 부족징수하였다고 지적하였다.

개인기업을 현물출자나 사업양수도에 따라 법인으로 전환하고 사업용 고정자산에 대하여 양도소득세 이월과세를 적용받은 경우 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산을 양도하는 경우 그 법인이 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액을 법인세로 납부해야 한다. 다만, 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 중 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 이월과세를 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다(조특법 §32 ⑤). ① 법인이 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 ② 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 50% 이상을 처분하는 경우 개인기업의 법인전환으로 이월과세를 적용받은 경우 그 법인에 대하여 세무조정을 하는 경우 다음 내용을 확인해야 한다.

법인세 신고 시 대손요건을 충족하지 못한 임원에 대한 대여금을 포기하고 이를 대손처리하였다. 법인은 세무조정 시 대손금을 손금불산입하여 기타사외유출로 소득처분하였다.

국세청 감사관실에서는 임원에 대한 대여금포기액은 손금불산입하여 상여로 소득처분해야 함에도 기타사외유출로 소득처분하여 소득세를 부족징수하였다는 것을 지적하고, 대여금 계정 및 대손상각비 계상 내역을 확인하여 법인이 가지급금 등을 부당하게 손금으로 계상하거나 소득처분을 잘못하여 법인세나 소득세를 과소신고하였는지 철저히 검토할 것을 권고하였다.

익금산입 및 손금불산입으로 발생한 소득이 사내에 있으면서 자산 또는 부채를 변동시켰으면 유보로 소득처분하고, 소득이 사외로 유출되어 특정인에게 귀속된 경우 귀속자에 따라 다음과 같이 소득처분한다. 세무조정사항이 배당ㆍ상여ㆍ기타사외유출 중에서 둘 이상의 소득처분에 동시에 해당하는 경우에는 위의 표의 뒤에 기재된 소득처분을 한다. 배당과 상여가 중복되면 상여로, 배당ㆍ상여와 기타사외유출이 중복되면 기타사외유출로 소득처분한다. 예를 들어, 출자임원에게 귀속된 소득은 배당과 상여가 중복되므로 상여로 소득처분하고, 모회사인 내국법인에 귀속된 소득은 배당과 기타사외유출이 중복되므로 기타사외유출로 소득처분한다. 사외유출 소득처분을 잘못하는 경우 소득세가 세법상 금액보다 과소 또는 과다납부될 수 있으므로 세무조정사항에 대한 소득처분을 적법하게 하였는지를 반드시 확인해야 한다.

중소기업인 법인이 동일한 사업연도에 발생한 중소기업에 대한 특별세액감면(조특법 §7)과 에너지절약시설에 대한 투자세액공제(조특법 §25의 2로 현재는 조특볍 §24의 통합투자세액공제로 통합됨)를 동시에 적용하여 법인세를 신고하였다.

국세청 감사관실에서는 동일한 사업연도에 중소기업에 대한 특별세액감면과 에너지절약시설에 대한 투자세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 적용받아야 하는데, 이를 중복적용 배제한 것을 검토소홀로 발견하지 못해 법인세를 과소징수하였다고 지적하였다.

내국법인이 동일한 사업연도에 다음 “1)”의 세액감면과 “2)”의 세액공제를 받을 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 다만, 창업중소기업 등에 대한 세액감면 중 고용증가 시 추가세액감면규정(조특법 §6 ⑥)에 따라 법인세를 감면받는 경우에는 「조세특례제한법」 제29조의 7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】를 동시에 적용하지 아니한다(조특법 §127 ④).

1. 창업중소기업 등에 대한 세액감면(조특법 §6) 2. 중소기업에 대한 특별 세액감면(조특법 §7) 3. 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업에 대한 세액감면(조특법 §12의 2) 4. 창업중소기업 및 창업벤처기업이 「조세특례제한법」 제6조에 따라 세액감면기간 중 농공단지 입주기업 등이 세액감면 중 중소기업통합으로 감면 잔여기간의 세액감면(조특법 §31 ④) 5. 수도권과밀억제권역 밖으로 중소기업 또는 농업회사법인이 감면기간이 지나기 전에 중소기업통합으로 감면 잔여기간의 세액감면(조특법 §31 ⑤) 6. 법인전환에 따라 양도소득세의 이월과세를 받은 법인의 위 “⑤”에 따른 세액감면(조특법 §32 ④) 7. 공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 감면(조특법 §62 ④) 8. 수도권과밀억제권역 밖 지역이전 중소기업에 대한 세액감면(조특법 §63 ①) 9. 법인의 공장 및 본사의 수도권 밖 지역이전에 대한 임시특별세액감면(조특법 §63의 2 ①) 10. 농공단지입주기업에 대한 세액감면(조특법 §64) 11. 영농조합법인 등에 대한 법인세 면제(조특법 §66) 12. 영어조합법인 등에 대한 법인세 면제(조특법 §67) 13. 농업회사법인에 대한 법인세의 감면(조특법 §68) 14. 사회적 기업 및 장애인 표준사업장에 대한 세액감면(조특법 §85의 6 ①ㆍ②) 15. 위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면(조특법 §99의 9 ②) 2022년 신설 (2022.1.1. 이후 투자분부터 적용) 16. 감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세 등의 감면(조특법 §99의 11) 17. 해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면(조특법 §104의 24 ①) 18. 제주첨단과학기술단지입주기업에 대한 세액감면(조특법 §121의 8) 19. 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역입주기업에 대한 세액감면(조특법 §121의 9 ②) 20. 기업도시개발구역입주기업 등에 대한 세액감면(조특법 §121의 17 ②) 21. 아시아문화중심도시 투자진흥지구 안 입주기업 등에 대한 세액감면(조특법 §121의 20 ②) 22. 금융중심지 창업기업 등에 대한 세액감면(조특법 §121의 21 ②) 23. 첨단의료 복합단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(조특법 §121의 22 ②)

1. 대중소기업 상생협력을 위한 기금출연에 대한 세액공제(조특법 §8의 3) 2. 내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 세액공제(조특법 §13의 2) 3. 통합투자세액공제(조특법 §24) ※ 조특법 부칙 제36조 제1항에 따라 통합투자세액공제 대신 종전의 중소기업투자세액공제(조특법 §5), 특정시설 투자 등에 대한 세액공제(조특법 §25), 의약품 품질관리개선투자세액공제(조특법 §25의 4), 신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제(조특법 §25의 5), 초연결 네트워크 구축을 위한 시설투자에 대한 세액공제(조특법 §25의 7)를 적용받는 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전 규정에 따름(2020.12.29. 조특법 개정부칙 §36 ②). 4. 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제(조특법 §25의 6) 5. 고용창출투자세액공제(조특법 §26) 6. 중소기업 사회보험료 세액공제(조특법 §30의 4)(중소기업에 대한 특별세액감면과 동시에 적용되는 경우는 제외한다) 7. 제3자물류비용에 대한 세액공제(조특법 §104의 14) 8. 해외자원개발투자세액공제(조특법 §104의 15) 9. 기업의 운동경기부 설치 운영비에 대한 세액공제(조특법 §104의 22) 10. 석유제품 전자상거래에 대한 세액공제(조특법 §104의 25) 11. 금 및 구리스크랩사업수입금액증가에 대한 세액공제(조특법 §122의 4 ①) 12. 금현물시장에서 거래되는 금지금에 대한 세액공제(조특법 §126의 7 ⑧)

1. 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다(조특법 §127 ⑩). 2. 결손 또는 최저한세 적용으로 과거로부터 이월된 세액공제가 있는 경우 동 세액공제와 해당 사업연도에 적용되는 세액감면은 동일한 사업연도에 발생한 것이 아니므로 중복적용 가능하다(서면2팀-295, 2006.2.6.; 서면2팀-1512, 2005.9.21.). 3. 중소기업에 대한 특별세액감면(조특법 §7)과 중소기업 사회보험료 세액공제(조특법 §30의 4)는 중복적용이 가능하다(조특법 §127 ④). 4. 중복적용배제에 열거되지 않은 세액공제는 세액감면과 중복적용이 가능하다. 「조세특례제한법」상 세액공제 중 세액감면과 중복이 가능한 것은 다음과 같다. - 상생결제 지급금액에 대한 세액공제(조특법 §7의 4) - 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제(조특법 §10) - 기술이전 및 기술취득 등에 대한 과세특례(조특법 §12) - 기술혁신형 합병에 대한 세액공제(조특법 §12의 3) - 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(조특법 §12의 4) - 내국법인의 소재ㆍ부품ㆍ장비전문기업에의 출자ㆍ인수에 대한 과세특례(조특법 §13의 3) - 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 등(조특법 §19 ①) - 산업수요맞춤형고등학교 등 졸업자를 병역 이행 후 복직시킨 기업에 대한 세액공제(조특법 §29의 2) - 경력단절 여성 고용 기업에 대한 세액공제(조특법 §29의 3) - 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(조특법 §29의 4) - 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(조특법 §29의 7) - 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제(조특법 §30의 2) - 고용유지중소기업 등에 대한 과세특례(조특법 §30의 3) - 전자신고 등에 대한 세액공제(조특법 §104의 8) - 우수 선화주기업 인증을 받은 화주 기업에 대한 세액공제(조특법 §104의 30)

법인세 신고 시 「조세특례제한법」에 따른 세액감면과 세액공제를 동시에 적용받는 경우에는 중복적용이 가능한지 여부를 반드시 검토하여야 한다.

법인이 주택과 비사업용 토지를 양도하고 양도차익이 발생하였으나 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고 납부하지 않았다.

국세청 감사관실에서는 법인이 주택과 비사업용 토지를 양도하고 양도차익이 발생한 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가 신고 납부하여야 하나 이를 누락하여 법인세 과소징수하였다고 지적하였다.

내국법인이 주택, 별장, 비사업용 토지, 주택을 취득하기 위한 권리로서 조합원입주권 및 분양권을 양도한 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 각 사업연도 소득에 대한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 하나의 자산이 둘 이상에 해당할 때에는 그중 가장 높은 세액을 적용한다(법법 §55의 2 ①). 주택, 별장, 비사업용 토지, 조합원입주권과 분양권의 양도소득에 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 토지 등 양도소득세를 이중으로 과세하는 것은 부동산투기를 억제하기 위함이다. 다만, 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 위의 규정을 적용하지 아니하며(법법 부칙 §4, 법률 제9673호, 2009.5.21.), 주택을 신축하여 판매하는 경우, 사택제공기간이 10년 이상 주택 등 일정한 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다. 법인이 주택이나 비사업용 토지 등을 양도한 경우에는 반드시 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상인지 검토해야 한다.

중소기업인 법인이 고정자산처분이익, 자산수증이익을 감면소득에 포함하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 법인세를 신고하였다.

국세청 감사관실에서는 고정자산처분이익과 자산수증이익은 과세대상소득이므로 이를 감면소득에 포함하여 부당하게 감면을 적용받았음에도 이에 대한 검토를 소홀히 하여 법인세를 부족징수하였다고 지적하였다.

법인세법 기본통칙 113-156…6에서는 감면소득과 과세소득을 다음과 같이 구분하고 있다. 중소기업에 대한 특별세액감면(조특법 §7 ①) 규정에는 중소기업 중 일정한 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 해당 사업장에서 발생한 소득에 대하여 감면한다고 규정하고 있다. 법인세법 기본통칙 113-156…6은 수입배당금, 수입이자, 유가증권처분익, 수입임대료, 가지급금인정이자, 고정자산처분익, 자산수증익을 과세사업의 익금으로 구분하고 있다. 또한 조세특례제한법 기본통칙 6-0…2에서도 이자수익, 유가증권처분이익, 유가증권처분손실을 감면대상 소득 계산에 포함하지 않도록 하고 있다. 따라서 감면사업과 과세사업을 하는 경우 구분경리를 해서 감면소득을 구분해야 하며, 감면사업만을 영위하는 경우에도 수입배당금, 수입이자, 유가증권처분이익 등의 과세소득이 감면소득에 포함되지 않도록 검토해야 할 것이다(조심 2010중0167, 2010.3.9.).