지방세 중복 감면 및 농어촌특별세 과세범위에 관한 쟁점분석

의의
지방세 납세의무의 성립 여부에 대하여는 사실관계와 관계법률이 정한 바에 따라서 판단하여야 할 것이므로 과세요건을 구성하는 사실요건이 「지방세법」에서 정한 대로 요건을 구성한 것인가를 판단한다. 따라서 「지방세기본법」 제34조에 따라 납세의무 성립시점에서 지방세 비과세, 감면, 면세점 및 소액부징수 해당 여부에 대하여도 관련법령의 규정에 따라 비과세 등인지를 적용하여야 한다. 여기서 지방세 비과세는 과세권자가 과세요건이 성립하였음에도 특정한 법적 요건에 기하여 과세권을 행사하지 아니하거나 금지함으로써 납세자에게 과세를 하지 아니하는 것이다. 이에 반하여 지방세 특례의 범위는 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함) 등을 말한다. 따라서 지방세 특례의 유형은 세액의 감면만이 아니라 세율의 경감, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함) 등 세부담을 경감하는 모든 수단을 의미하는 것이다. 그런데 지방세 감면은 납세자에게 세부담을 하지 아니한다는 측면에서 비과세와 동일한 효과가 있으나 감면은 비과세와는 달리 납세의무의 전부 또는 일부 면제하는 것으로서 납세자 측면에서 특정한 사유로 인하여 과세권의 행사를 유보하는 경우도 이에 해당하는 것이기 때문에 차이점이 있다. 사전적 의미의 ‘감면’이라고 하는 것도 ‘매겨야 할 부담 따위를 덜어주거나 면제함’을 뜻하는 것이므로 세부담을 경감하는 의미로 해석되는 것이다. 지방세 감면을 적용하는 경우 다양한 수단이 적용될 수가 있고 세율의 경감, 세액공제, 과세표준 공제, 중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환 등이 이에 해당한다. 그런데 다양한 감면수단이 중복 적용되는 경우가 발생하므로 「지방세특례제한법」 제180조에서 동일과세대상에 대해 두 개 이상의 감면 규정을 중복 적용할 수 없도록 규정하고 있다. 중복 감면 배제의 입법취지는 1개의 과세요건사실에 대하여 두 개 이상의 감면 규정이 모두 적용될 경우 발생할 수 있는 조세부담의 불공평성을 방지하면서 과다한 조세지원을 조절하여 세수를 확보하고 조세감면의 체계적인 관리를 유지하기 위한 것이다(대법원 96누1337, 1996.10.11., 판결 참조). 이와 같이 「지방세특례제한법」상 지방세 중복 감면을 배제함에 따라 중복 감면의 대상이 되는 감면의 범위에 대하여 지방세특례가 모두 적용되는 것인지, 또한 「지방세특례제한법」과 지방자치단체 감면조례의 규정에 적용받는 감면부분만 한정한 것인지 여부가 쟁점이다. 이에 여기서는 지방세 중복 감면의 적용요건과 범위에 대하여 분석하고 나아가 지방세 특례와 감면과의 관계에 따른 농어촌특별세 과세범위를 살펴보고자 한다.
지방세 중복 감면의 적용범위
「지방세특례제한법」 제180조에서는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있다. 다만, 「지방세특례제한법」 제73조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면), 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면), 제92조(천재지변 등으로 인한 대체취득에 대한 감면) 및 제92조의 2(자동이체 등 납부에 대한 세액공제)의 규정과 다른 감면 규정은 두 개의 감면 규정을 모두 적용할 수 있도록 중복 감면 배제 예외 규정을 두고 있다. 이는 연혁적으로 보면 지방세 비과세 규정이 감면으로 이관되면서 규정된 것으로 비과세와 감면이 중복될 경우에는 중복하여 감면과 비과세를 동시에 적용토록 한 것이다(행자부, 세정 13407-자312, 1998.5.15. 참조).
사례 지방세 감면과 비과세 중복 시 감면방법(행자부, 세정 13407-자312, 1998.5.15.) 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하도록 규정되어 있으나 비과세요건과 감면요건 모두 해당될 경우에는 비과세규정과 감면 규정을 각각 적용하는 것이므로 지방세법시행령 제79조의 3 규정의 보상가액범위 내에서는 취득세ㆍ등록면허세를 비과세하고, 나머지 차액에 대하여는 50% 경감함.
그런데 ‘감면’의 구체적인 의미와 범위에 대하여 「지방세특례제한법」에서 직접 규정한 바는 없다. 다만, 감면과 관련되는 규정들을 살펴보면, ① 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제6호에서 “지방세 특례”의 정의를 ‘세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분 전환을 포함한다) 등을 말한다’고 규정하고 있으며, ② 「지방세특례제한법」 제4조 제1항에서 조례에 따른 지방세 감면에 대하여 규정하면서 ‘지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제’를 “지방세 감면”(이 조 및 제182조 적용에 한함)이라고 규정하고 있다. 그리고 「지방세특례제한법」 제4조 제2항에서 지방자치단체는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지방세 감면을 할 수 없다고 규정하면서 제1호에서 「지방세법」 제13조 및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면을 명시하고 있다. 또한, ③ 「농어촌특별세법」 제2조 제1항에서 이 법에서 “감면”이란 「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다고 규정하면서 제1호에서 ‘비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제’를, 제3호에서 ‘「지방세법」 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용’을 규정하고 있는 등 개별법령과 특정 조문에 한하여 적용되는 “감면 규정”이 있다.따라서 「지방세특례제한법」 제180조의 규정에 의거 동일한 과세대상에 적용할 일반감면 규정이 둘 이상이 중복되는 경우에는 그중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하는 것이기 때문에 납세자에게 유리한 규정을 적용하여야 한다.
사례 지방세 중복 감면 적용 범위(행안부, 지방세특례제도과-2423, 2020.10.13.) 쟁점토지가 국가산업단지 조성용에 해당된다고 하더라도 그 토지가 공공시설물의 효용과 편익을 위해 사용되는 공공시설부지와 공공시설의 부지로 사용되지 아니하는 공공시설 외부지로 명확하게 구분되고, 당해 공공시설부지가 「지방세특례제한법」 제76조 제2항에 따른 ◯◯공사가 관계 법령에 따라 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설물 및 그 부속토지와 공공시설용지에 해당되는 경우라면, 이는 산업용건축물의 부지 등 오로지 산업단지로 조성되는 공공시설 외 부지와는 별개의 과세대상에 해당된다고 할 것이어서 공공시설부지와 공공시설 외부지로 구분하여 각각의 감면조문(항)을 적용할 수 있다고 할 것이므로 그 면적비율에 따라 공공시설부지에 대해서는 「지방세특례제한법」 제76조 제2항의 재산세 면제를, 공공시설 외의 부지에 대해서는 같은 법 제78조 제1항의 재산세 감면을 각각 적용할 수 있다.
중복 감면 예외
「지방세특례제한법」 제180조의 규정은 일반감면 간의 중복 감면을 배제하는 것이므로 지방세 비과세와 감면 규정이 중복 적용되는 경우에는 각각 중복 적용 대상에 해당하는 것이다. 또한 「지방세특례제한법」상 일반감면 규정과 특정감면 규정(§73, §74, §92 및 §92의 2)의 적용에 있어서 특정감면 규정은 중복하여 적용할 수가 있으며, 특정감면 규정 간에는 그중 높은 규정을 적용하는 것이다. 여기서 중복 감면을 판단하는 경우 개별물건별로 판단하는 것이기 때문에 감면요건의 성립요건이 서로 상이한 경우에는 이를 각각 감면 규정을 적용하여야 하는 것이고 이는 중복 감면이라고는 할 수가 없는 것이다. 중복 감면은 동일사실에 대하여 감면하는 규정이 2개 이상의 규정이 적용되는 경우에는 그중 1개의 감면 규정을 적용하는 것이기 때문에 1개의 감면 규정을 적용하여야 하는 것이지 감면요건이 각각 상이한 경우라면 이를 각각 달리 적용하여야 하는 것이다. 또한 「조세특례제한법」 등의 일반감면 규정과 「지방세특례제한법」상 일반감면 규정 간 중복 적용되는 경우에는 그중 높은 감면 규정을 적용하게 되는 것이다. 이와 같이 비과세와 감면 규정이 중복되는 경우에는 비과세만 하고 감면을 배제하는 규정이 없기 때문에 비과세하고 감면을 모두 할 수가 있는 것이며 적용순서는 비과세규정을 먼저 적용하고 감면 규정을 나중에 적용하여야 하는 것이다.
[예제] 취득세 납부세액이 1,000만원이나, 납세자는 토지수용 등으로 대체취득에 기인한 보상금 범위인 감면세액 300만원이 있고, 자경농민의 농지취득으로 취득세를 50% 감면받는 경우의 감면과 감면 규정의 적용방법은? ☞ ① 납부세액 1,000만원 - 감면세액 300만원 = 납부할 세액 700만원 ② 감면세액은 납부할 세액 1,000만원의 50% = 500만원 이 경우 납세자의 실제 납부세액은 700 - 500 = 200만원에 해당되는 것이다.
사례 동일 과세대상의 중복 감면 적용범위(행안부, 지방세특례제도과-1199, 2014.8.1.) 동일한 과세대상인 하나의 사업지구 토지에 대하여 두 개의 조문(제31조 및 제85조의 2)을 선택적으로 중복 적용하는 것은 지방세특례제한법 제96조의 입법취지 및 조세공평성에 배치되는 것으로 타당하지 아니하다. 다만, 기부채납에 의한 비과세의 경우 지방세법에서 별도로 규정하고 있어 지방세특례제한법상의 중복 감면의 배제 규정 대상에 해당하지 않으므로, 사업지구 전체 토지 면적 중 기부채납 부분에 대하여는 우선적으로 비과세 규정을 적용한 후, 나머지 토지에 대하여는 감면율이 높은 하나의 조항만을 적용함이 타당하다.
중과세특례와 지방세 중복 감면
「지방세특례제한법」 제180조의 2 제1항의 규정에 의거 부동산투자회사 등이 취득하는 부동산에 대한 취득세 중과세율 적용을 배제하고 있다. 「지방세특례제한법」 제180조에서 동일한 과세대상에 대해 둘 이상의 감면 규정을 중복 적용할 수 없도록 규정하고 있으며, 그 적용대상은 「지방세특례제한법」 제180조의 규정에서 ‘동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다’라고 규정하고 있다. 2 이상 지방세 감면 규정이 적용되는 경우로 한정하여야 하는 것이 두 개 이상의 감면 규정을 모두 적용할 경우 발생할 수 있는 조세부담의 불공평성을 방지하면서 과다한 조세지원을 조절하여 세수를 확보하고 조세감면의 체계적인 관리를 유지하기 위한 것이다. 그런데 ‘지방세 감면’의 범위는 ‘지방세 특례’ 적용과는 달리 「지방세특례제한법」상 ‘지방세 특례’(§2 ① 6호)와 ‘지방세 감면’(§4 ①)의 개념정의를 각각 별도로 규정하고 있으며 그 범위도 상이하다. 지방세 특례는 「세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등」으로 개념규정을 두고 지방세 감면은 ‘지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 “지방세 감면”이라 한다)’라고 규정하고 있기 때문에 지방세 감면에는 지방세 중과세와 과세구분전환은 이에 포함되지 아니하는 것으로 볼 수가 있는 것이다. 그러므로 「지방세특례제한법」 제180조의 규정상 지방세 감면범위는 「지방세특례제한법」 제4조 제1항에서 지방세 감면의 개념을 ‘지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 “지방세 감면”이라 한다)’라고 정의하고 있어서 중과세 배제는 「지방세특례제한법」 제180조를 적용할 때에는 적용대상에 해당되는지 여부가 쟁점인 것이다. 즉, 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대한 감면과 대도시 내 취득세 중과세율 배제를 동시에 적용할 수 있는지이다. 이에 대한 입법연혁을 보면, 구 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 이전의 것, 이하 “구 조세특례제한법”이라 함) 제120조 제4항 제1호의 규정에서 ‘부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대하여 취득세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 「지방세법」 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다’고 규정하였다가, 2015년부터는 「지방세특례제한법」 제57조의 2 제3항으로 이관하면서 취득세 감면 규정은 일몰로 종료하고 취득세 중과세율 적용배제 규정만 존치하게 되었고, 구 조세특례제한법 제119조 제3항의 대도시 법인설립등기에 대한 중과세율 적용배제조항도 「지방세특례제한법」 제180조의 2 제2항으로 이관되었다. 예를 들어 부동산투자회사가 현물출자로 취득하는 재산에 대하여 「지방세특례제한법」 제57조의 2 제3항 제3호의 규정에 따른 취득세 감면과 같은 법 제180조의 2 지방세 중과세율 적용 배제가 동시에 해당될 경우에는 중복 감면 배제대상에 해당된다고 보고 있다(행안부 지방세특례제도과-249, 2020.2.6. 참조). 그러나 1개 감면 규정에서는 감면율이 있고 다른 규정에는 ‘감면율이 없는 경우’에는 동 규정의 적용대상에 해당되지 아니하는 것이고 감면의 범위에 중과세 배제도 포함되는지 여부가 명확하지 아니한 이상 중복 감면 배제에서 지방세특례가 배제되어야 한다는 점도 설득력을 가지고 있다.
사례 부동산투자회사의 중복감면 적용(행안부, 지방세특례제도과-249, 2020.2.6.) 지방세 감면에 대한 정의 규정이 없는 상황에서 「지방세특례제한법」 제180조의 중복 감면 배제 조항의 중복 감면에 대도시 내 취득세 중과세율 적용 배제도 포함할 것인지에 대하여는 첫째, “감면”의 개념을 사전적 의미로 해석하더라도 중과세율 적용 배제를 통하여 조세부담을 덜어주는 것으로 감면의 범주로 볼 수 있는 점, 둘째, 구 조세특례제한법에서 규정하고 있던 감면 조항이 「지방세특례제한법」으로 이관되면서 취득세 감면 규정은 일몰로 종료하고 취득세 중과세율 적용 배제 규정만 존치하게 된 점, 셋째, 「지방세특례제한법」 제180조의 2 외에 개별조항에서도 중과세율 적용 배제 규정이 존재하고 있으므로 동일하게 적용되어야 하는 점 등 「지방세특례제한법」 제180조의 2 중과세율 적용 배제 규정만 특별히 같은 법 제180조(중복 감면 배제) 규정을 적용받지 아니하여야 할 사유를 찾아볼 수 없음. 부동산투자회사가 현물출자로 취득하는 재산에 대하여 「지방세특례제한법」 제57조의 2 제3항 제3호의 규정에 따른 취득세 감면과 같은 법 제180조의 2 지방세 중과세율 적용 배제가 동시에 해당될 경우에는 같은 법 제180조에 따른 중복 감면 배제대상에 해당되므로 감면율이 높은 감면 규정을 적용함.
타 감면 규정과 중복 감면의 적용 범위
적용법령의 범위
「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제6호는 ‘지방세특례’의 범위를 정하고 있는바, 그 범위는 ‘세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함) 등’으로 열거하고 있다. 지방세특례는 ① 직접적인 감면효과(세율경감, 세액감면, 세액공제)와 ② 간접적 감면효과(중과세 배제 및 과세대상 구분전환)는 그 성격이 다른 것이기 때문에 ‘지방세 감면’은 직접적인 감면효과 만을 의미하는 것이다. 그러므로 중복 감면에 적용되는 감면 규정이란 「지방세특례제한법」상 각각의 감면하는 감면 조문(항) 자체를 의미한다고 할 것이므로 동일한 과세대상에 대하여 감면 조문별로 유리한 세목만을 선택하여 적용할 수는 없는 것이다(행안부 지방세특례제도과-910, 2020.4.24. 참조). 따라서 「지방세법」상 특례감면(분리과세나 중과세 예외규정)과 「지방세특례제한법」상 감면이 동일하게 적용되더라도 각각 분리과세, 중과배제되고 나아가 감면을 적용받는 것이다. 그러나 「지방세특례제한법」 및 감면조례상에 별도로 합산과세 적용대상이지만 분리과세규정을 두고 있는 경우라면 중복 감면 적용대상에 해당하는 것이다.
* 행정안전부 유권해석에서는 지방세특례규정은 감면의 범위에 포함되는 것이므로 중복 감면에 해당하는 것으로 해석을 하고 있다.
구분 | 지방세특례제한법 | 감면조례 | 지방세법 | 조세특례제한법 |
---|---|---|---|---|
일반 + 일반감면 | 중복 적용 배제 | 중복 적용 배제 | - | 중복 적용 가능 |
특정(대체취득 감면등) + 일반감면 | 중복 적용 | 중복 적용 | 중복 적용 | 중복 적용 |
특례(중과배제, 분리과세) + 일반감면 | 중복 적용 배제* | 중복 적용 배제 | 중복 적용 | 중복 적용 |
적용 세목과 감면율의 범위
동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하는바(지특법 §180), 여기서 동일한 과세대상에 과세된 ‘지방세’의 범위는 특별시세, 광역시세, 특별자치시세, 도세, 특별자치도세 또는 시ㆍ군세, 구세(자치구의 구세를 말함)를 말한다(지기법 §2 ① 3호). 그런데 세목별로 다른 경우 지방세의 의미가 지방세 전 세목을 기준으로 판단하는 것인지, 아니면 동일한 세목 간의 감면율을 비교하는지 여부가 쟁점이다. 예를 들면 부동산을 취득하는 경우 취득세만 감면하는 규정과 재산세만 감면하는 규정이 2개 중복 적용되는 경우에도 중복 감면에 해당하는지 여부이다. 이에 대하여 감면은 납세의무 성립일 당시의 감면세액을 비교하는 것이므로 취득세와 재산세는 납세의무성립일이 다른 이상 비교를 할 수가 없는 것이므로 각각의 납세의무 성립일을 기준으로 감면을 하여야 하기 때문에 중복 감면이 되지 아니하는 것이다. 또한 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하여야 한다는 규정에서 ‘감면율이 높은 것’의 의미는 감면세액을 기준으로 높은 감면세액을 적용한다는 의미인지 여부가 불분명하나 지방세특례규정에서 세액감면, 과세표준감면, 세액공제 등이 있기 때문에 감면율(예 : 50%, 75%) 중에서 높은 감면율(75%)을 적용하는 것은 물론이고 ‘세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제와 비교하여 감면세액이 높은 것을 적용’하는 것이다. 만약 2개 이상의 감면 규정에 의거 동일한 감면율에 따라 감면을 받는 경우 감면받는 본세에는 그 감면세액이 동일하기 때문에 실익이 없으나 감면세액에 의거 납세하여야 하는 부가세인 농어촌특별세를 납부하는 경우에도 마찬가지로 유리한 규정을 적용하여야 하는 것이다. 예를 들면 시ㆍ도의 구 지방세감면조례에 의거 금융부채상환용 부동산에 대한 감면 규정과 사업양수도로 인한 감면 규정이 중복하여 적용되는 경우로서 면제규정이 중복 적용되었으나 중복 적용되는 규정에 의거 부과되는 농어촌특별세는 어떤 규정(금융부채상환용 부동산에 대한 감면)은 비과세되고, 어떤 규정(사업양수도에 따른 감면)은 과세되는 규정이 있을 경우 농어촌특별세가 비과세되는 규정(금융부채상환용 부동산에 대한 감면)을 적용하여야 하는 것이다.
높은 감면율 적용의 강행규정성
「지방세특례제한법」 제180조에서는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있다. 이 경우 1개의 사실관계에서 2개의 규정에 적용되는 경우에 반드시 높은 감면율을 적용하도록 처분청을 구속하는 강행규정인지 여부가 쟁점이다. 납세자가 지방세 감면을 신청하는 경우 납세자가 신청하는 감면 규정에 의거 감면 여부를 판단하여야 하나, 감면신청을 잘못하거나 추징하는 경우라도 납세자에게 유리한 규정을 적용하여 감면을 하여야 하는 것이다. 또한 감면신청을 하지 아니하더라도 관련규정상 감면요건을 구비하고 있는 이상 직권으로 높은 감면율을 적용하여 감면을 하여야 한다(대법원 2010두26414, 2012.1.27., 판결 참조).
지방세특례와 중복 감면의 적용 범위
동일한 과세대상 건물에 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우 어떤 기준으로 적용을 해야 하는지, 직접 사용하고 있는 해당 면적으로 기준을 해야 하는지가 쟁점이다. 예를 들면 동일 건물에 1층은 유흥주점이고 2~6층 근린시설 소재하는 경우 감면조례에 의거 사치성 재산 재산세 중과세 적용 배제와 착한 임대인에 대한 재산세 감면이 동시에 적용되는 경우에 중복 적용이 되는지 여부이다. 「지방세특례제한법」 제180조에 의거 ‘동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그중 감면율이 높은 것 하나만을 적용’하며 같은 법 제4조의 규정에 의거 해당 지방자치단체의 감면조례에 따라 고급오락장에 대한 중과세 배제규정과 착한 임대인 감면 규정을 각각 신설한 경우에는 조례에 의한 감면을 적용할 수가 있는 것이다. 동일한 과세대상에 대해 두 개 이상의 감면 규정을 중복 적용할 수 없도록 규정하고 있으며, 이는 두 개 이상의 감면 규정을 모두 적용할 경우 발생할 수 있는 조세부담의 불공평성을 방지하면서 과다한 조세지원을 조절하여 세수를 확보하고 조세감면의 체계적인 관리를 유지하기 위한 것이라는 입법취지를 반영하는 측면에서 적용되어야 한다. 이 경우 동일한 과세대상인지 여부는 원칙적으로 과세물건을 기준으로 판단하나 이는 지방세 세율이 각각 적용되는지 여부를 기준으로 적용하는 것이므로 동일 건물 내 각각의 상이한 세율이 적용되어 구분되는 것이라면 각각 구분되는 면적을 기준으로 중복 감면 적용 여부를 판단하는 것이다. 따라서 1층(유흥주점)의 경우 고급오락장은 중과세 배제되며 2~6층(상가등)의 경우 착한 임대인 조례감면이 각각 적용된다.
중복 감면과 소급 감면신청 가능성
납세자가 당초 감면신청한 근거규정(예 산업단지 내 취득하는 부동산 감면분에 대하여 ‘농특세 과세’)을 변경하여 다른 규정(예 기업부설연구용 부동산에 대한 취득세 감면분에 대하여 ‘농특세 비과세’)에 따라 감면을 소급하여 적용을 신청가능한 것인지 여부가 쟁점이다. 1개의 과세 사실에 대하여 중복적으로 지방세 감면이 적용되는 경우에는 원칙적으로 감면율이 높은 규정을 적용하는 것이며(지특법 §180), 동일한 감면율이 적용되는 경우에는 납세자가 선택적으로 어떠한 감면에 따라 감면 신청하는 것이다. 따라서 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없기 때문에 실체적으로 감면요건에 해당되면 그 감면근거 신청을 어떻게 하더라도 무관한 것이다(대법원 2001두10639, 2003.6.27., 판결 등 참조). 궁극적으로 1개의 사실에 대해 감면율이 동일한 2개의 규정이 중복적으로 적용되는 경우라면 감면신청여하에 불구하고 변경신청이 가능한 것이다(대법원 2013두18582, 2014.2.13., 판결). 어떠한 과세대상이 당초 감면을 받은 규정에 의한 감면대상에 해당하지 않는다고 하더라도 다른 감면 규정에 의한 감면대상에 해당하고 그에 관하여 추징사유가 발생하지 아니하였다면 다른 규정에 따른 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다.(대법원 2010두26414, 2012.1.27., 판결 참조).
판례 감면 신청과 감면의 적격요건(대법원 2013두18582, 2014.2.13., 판결) 조례에서 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없음(대법원 2001두10639, 2003.6.27., 판결 등 참조). 그리고 어떠한 과세대상이 당초 감면을 받은 규정에 의한 감면대상에 해당하지 않는다고 하더라도 다른 감면 규정에 의한 감면대상에 해당하고 그에 관하여 추징사유가 발생하지 아니하였다면 다른 규정에 따른 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것임(대법원 2010두26414, 2012.1.27., 판결 참조). ※ (대법원 94다31419, 1995.2.28.,) 판결도 동일한 취지임.
감면추징 시 높은 감면율 적용 요청권
납세자가 기 감면분이 추징되는 경우 다른 중복 감면의 사유를 들어 감면을 요청할 수 있는 것인지 여부가 쟁점이다. 추징처분은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제하고 그 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이다. 따라서 추징처분이 해당 법에서 규정한 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수 없다(대법원 99두11677, 2001.3.9., 판결 등 참조). 그러므로 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면 규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면 규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 의한 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2010두26414, 2012.1.27., 판결 참조).
판례 중복 감면 규정과 임대용 부동산의 추징(대법원 2010두26414, 2012.1.27., 판결) 복수의 감면 규정 중 어느 하나의 규정에 의하여 감면이 이루어진 후 다른 감면 규정에 종속하는 추징규정에 근거하여 추징처분이 이루어진 경우에는 당초에 한 감면결정의 근거가 된 감면사유가 존재하는지 여부를 먼저 판단하여 그 감면사유가 존재한다면 다른 감면 규정에 따른 추징요건을 충족하는지 여부와 상관없이 그 추징처분은 위법하다고 할 것임. 반면 당초 감면결정의 감면사유가 인정되지 않는다면 거기에서 나아가 그 추징처분의 바탕이 된 감면 규정에 정한 감면사유 및 추징사유의 존부를 가려 그 처분의 위법 여부를 판단하여야 할 것임. 그리고 이 경우 그 추징처분이 적법하기 위해서 그 전제가 되는 감면결정이 먼저 있어야 하는지 여부는 해당 법령의 성격 등을 따져서 할 것인바, 그 감면결정에 당사자의 감면신청이 필요적 요건이 아니라면 따로 감면결정이 없었더라도 곧바로 추징처분을 할 수 있다고 볼 것임. 토지의 취득이 법 제289조 제1항의 면제요건에는 해당하지 않지만 법 제269조 제1항의 면제요건과 제3항의 추징요건에 해당한다면 법 제269조 제1항에 의한 면제결정이 없었다 하더라도 같은 조 제3항에 의한 추징처분을 할 수 있다고 봄.
중복 감면의 농어촌특별세 과세 범위
「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제6호의 지방세특례와는 달리 농어촌특별세법 제2조 제1항의 규정에 의거한 “감면”이란 「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음에 해당하는 것을 말한다. 그러므로 농어촌특별세 과세대상이 되는 감면의 범위에는 세액감면의 일종에 해당되어 대도시 내 신설법인에 대한 취득세 중과세 적용배제는 과세대상으로 적용되는 것이다(행안부, 지방세특례제도과-249, 2020.2.6. 참조).
예를 들면 수도권 과밀억제권역 내 부동산투자회사 PFV 등의 부동산 취득 시 「지방세특례제한법」 제180조의 2 제1항의 취득세 중과세 적용 배제된 경우 농어촌특별세가 과세되는지가 쟁점이다. 즉, 「지방세특례제한법」상 지방세특례의 범위에는 “중과배제”가 포함되고 「농어촌특별세법」상 과세대상인 “감면”으로 보고 있어서 「지방세특례제한법」에 따라 중과세 배제된 부분을 감면받은 취득세의 감면세액 20%를 농어촌특별세로 징수하여야 하는지 여부이다.「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제6호에서의 “지방세특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함) 등을 말하고 같은 법 제180조의 2 제1항에서 「부동산투자회사법」 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사 등이 취득하는 부동산의 취득에 대해서는 「지방세법」에 따른 취득세를 과세할 때 취득세 중과세 세율을 적용하지 아니하는 것은 결과적으로 중과세 납부세액을 감면한 것과 동일한 결과이므로 그 차액분을 감면세액으로 보아 농어촌특별세를 과세하여야 하는 것이다(행자부 세정-1612">세정-1612, 2004.6.15. 참조). 따라서 수도권 과밀억제권역 내 PFV 등의 부동산 취득 시 취득세 중과세 적용 배제된 경우 농어촌특별세가 과세대상이 되는 것이나, 이 부분도 중과세 배제부분이 감면의 범위에 포함되는지에 대해 명확한 규정을 두고 있지 않은 측면이 있다.
사례 농어촌특별세의 등록면허세 과세표준 범위(행자부, 세정-1612">세정-1612, 2004.6.15.) 「지방세법」 제138조 제1항의 규정에 의거 대도시 내에서의 법인의 설립과 그 설립 이후의 부동산등기에 대한 세율은 같은 법 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하도록 되어 있으므로, 「조세특례제한법」 제119조 제1항 제17호에 의거 감면을 받는 등록세는 중과세액이 되는 것이며 「농어촌특별세법」 제5조의 규정에서 농어촌특별세의 과세표준은 감면을 받는 등록세의 감면세액으로 규정하고 있으므로 등록세중과세액이 과세표준이 되는 것임(행자부, 세정 13407-516, 2000.4.18., 참조).
사례 농어촌특별세의 가산세 적용범위(조심 2018지0766, 2018.8.1.) 건축물의 취득세 등을 신고하면서 취득세 면제세액의 100분의 20에 해당하는 농어촌특별세를 신고ㆍ납부하였고, 건축물의 취득세 등이 추징대상이 됨에 따라 청구인이 납부하여야 할 농어촌특별세를 (본세)로 결정한 후, 취득세 면제에 따른 농어촌특별세는 전액 환급하기로 하였으므로 추가로 납부하여야 할 농어촌특별세는 사실상 없다고 할 것임에도 취득세 추징에 따른 농어촌특별세를 과세하면서 농어촌특별세 납부불성실가산세를 포함한 처분은 잘못임.
결어
지방세 감면은 서민생활 지원 등 공익 목적, 특정지역의 개발, 특정산업ㆍ특정시설의 지원목적 및 감염병의 발생으로 인하여 지방세의 감면이 필요한 경우 등 여러 가지 이유에 따라 세부담을 경감하는 것이다. 또한 지방세 세부담을 경감하는 방법에는 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함) 등 다양한 방법이 적용된다. 그러나 동일한 1개의 과세요건 사실에 대하여 중복 감면이 적용될 경우 발생할 수 있는 조세부담의 불공평성을 방지하면서 과다한 조세지원을 조절하여 세수를 확보하고 조세감면의 체계적인 관리를 유지하기 위한 측면에서 타당하지 아니하므로 중복 감면지원은 배제되는 것이 원칙이다. 이에 「지방세특례제한법」 제180조의 규정에서 ‘동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다’라고 규정하고 있어서 2 이상 지방세 감면 규정이 적용되는 경우로 한정하여야 하는 것이다. 그런데 1개의 과세요건사실에 대하여 중과세 배제나 분리과세 전환 등 지방세특례가 적용되고 다른 한편으로는 일반감면이 적용되는 경우에도 중복 감면이기 때문에 그중 높은 감면율을 적용하도록 중과배제규정이 적용되는 것인지에 대하여 지방세특례의 정의 규정에 비추어 볼 때, 감면 규정에 대한 명확한 규정이 없어 논점이 제기된다. 이에 따라 처분청에서는 부동산투자회사가 취득하는 재산에 대하여 취득세 감면과 지방세 중과세율 적용 배제가 동시에 해당될 경우에는 중복 감면 배제대상에 해당된다고 보고 있다. 그러나 1개 감면 규정에서는 감면율이 있고 다른 규정에는 ‘감면율이 없는 경우’에는 동 규정의 적용대상에 해당되지 아니하는 것이고 감면의 범위에 중과세 배제도 포함되는지 여부가 명확하지 아니한 이상 중복 감면배제에서 지방세특례가 배제되어야 한다는 점에서 대립되는 견해가 제기된다. 또한 동일한 감면이 적용되는 경우에는 납세자가 선택적으로 어느 감면 규정에 따라 소급하여 감면신청이 가능한 것인지에 대하여 보면 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없기 때문에 실체적으로 감면요건에 해당되면 그 감면근거 신청을 어떻게 하더라도 무관한 것이므로 소급하여 유리한 감면근거 규정을 주장하여 감면신청이 가능한 것이다. 그리고 「농어촌특별세법」에서 감면의 정의는 ‘「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 취득세 등이 부과되지 아니하거나 경감되는 경우 과세대상으로 하는 것’이다. 그러므로 농어촌특별세 과세대상이 되는 감면의 범위에는 「지방세법」상 세액감면ㆍ세액공제받은 경우에 감면 대상으로 하기 때문에 대도시 내 신설법인에 대한 취득세 중과세 적용배제도 일종의 세액감면이므로 농어촌특별세 과세대상에 해당된다. 그러나 「농어촌특별세법」상 감면대상의 범위를 명확히 하고 있지 아니한 부분이 있어 이에 대한 입법적 보완이 필요하다고 사료된다.