Adobe Japan은 1999.11.30.까지는 아래 도표와 같이 국외 특수관계자로부터 제품을 구매하여 고객에게 판매하는 통상의 재판매업자(재판매이익은 매출액의 10%)로서의 기능을 수행하였다. I 사업재편 전 거래구조(1999.11.30. 이전) I 그런데 과세당국에 의한 경정처분의 대상이 된 1999.12.1. 이후의 거래(이하 “쟁점거래”)를 보면, Adobe Japan의 국외 특수관계자가 일본 도매업자에 대한 제품판매를 직접 수행하고, Adobe Japan은 일본 도매업자에 대하여 판매 지원용역(sales supporting service)만을 제공하는 것으로 사업재편이 이루어졌음을 알 수 있다. Adobe Japan은 이와 같은 용역제공의 대가로서 실제 발생한 비용과 함께 순매출액의 1.5%에 해당하는 금액을 국외 특수관계회사로부터 수령하였다. 그 결과, Adobe Japan은 통상의 재판매업자가 부담해야 하는 재고 리스크나 고객의 대손 위험으로부터는 해방되게 되었지만, 약정된 서비스 제공에 상응하는 소액의 수수료만을 수입으로 인식하는 사업형태로 전환하게 되었다. I 사업재편 후 거래구조(1999.12.2. 이후) I 과세당국은 Adobe Japan이 일본 내 도매업자에게 지원용역을 제공하는 대가로 국외 특수 관계회사로부터 수수료를 받는 거래를 이전가격세제를 적용해야 하는 검증대상 거래로 보고, 이에 대한 비교대상 거래는 비특수관계자 간에 행해진 수주판매(受注販売) 방식의 재판매 거래를 선정했다. 그리고 Adobe 그룹의 제품이 일본에서 판매된 매출액에 비교대상 거래의 매출총이익률을 곱하여 정상 매출액을 산출하였다. 이와 같은 방법을 ‘재판매 가격방법과 동등한 방법’이라고 보고 Adobe Japan이 세무 신고한 금액에 대한 경정처분을 하였다. 이에 대해 Adobe Japan은 과세당국이 선정한 비교대상 거래와 쟁점거래는 유사성이 부족하다는 이유로 과세당국의 경정처분에 대한 취소결정을 구하는 소송을 제기하였다. 이 소송사건에 대하여, 2007.12.7. 동경지방법원은 과세당국의 주장을 인정하고 Adobe Japan의 청구를 기각하는 판결(訟月54 巻8 号1652頁)을 내렸다. 이에 대해 Adobe Japan은 동경고등법원에 항소하였다. 아래에서는 동경고등법원의 판결을 중심으로 쟁점과 판시 내용을 정리하였다.

上村工業(株)(이하 “우에무라 공업”)은 도금약품의 제조ㆍ판매사업을 영위하며, 국외 특수관계회사인 대만소재 P1사와 말레이시아 소재 P2사에게 제조 관련 know-how 등을 사용할 수 있도록 허락하고 추가적으로 기술지원서비스를 제공하였다. P1사와 P2사는 사용허락받은 무형자산을 사용하여 제조한 제품을 대만 현지의 제3자에게 판매하거나(P1의 경우), 싱가포르에 소재하는 다른 국외 특수관계회사 P3에게 판매하였다(P2의 경우, 이하 “쟁점거래”). P1사와 P3사는 고객들에게 기술지원서비스도 제공하였다. 2006년 일본 국세청은 본사인 우에무라 공업이 쟁점제품(도금약품)의 제조ㆍ판매와 관련한 기술이나 know-how 등의 무형자산을 국외 특수관계회사들에게 사용허락하면서 한편으로 기술지원서비스를 제공한 대가로 수령한 금액이 정상가격에 미달한다고 보고, 2000-2004사업연도의 법인세를 추징하였다. 국세청은 정상가격산출방법으로서 조세특별조치법 시행령 제39조의 12 제8항에서 규정하는 잔여이익 분할방법을 적용하였다. 처분청은 2006.3.31. 세무조사에 따른 경정고지를 하였으나, 이에 대해 우에무라 공업은 불복하였고 조세심판소를 거쳐 2013.5.14. 동경지방법원에 소송을 제기하였다.

이 사건의 쟁점은 ① 쟁점거래가 이익분할방법을 적용하기에 적합한 거래인지 여부 ② 공헌도 산정을 위한 이익분할기준으로서 일본 국세청이 채택한 기준이 적정한지 여부이었다.

쟁점1 _ 쟁점거래가 이익분할방법을 적용하기에 적합한 거래인지 여부에 대하여 쟁점거래는 무형자산 사용허락 거래이므로 비교가능제3자가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법(이하, “기본3법”)의 적용은 불가능하다. 특히, 우에무라 공업은 내부 비교대상을 제시하고 있으나 이들은 비교가능 거래로 볼 수 없으므로 조세특별조치법에 규정된 기타 방법 중 하나인 잔여이익 분할방법을 적용하여 정상가격을 산출해야 한다. 쟁점거래를 무형자산 사용허락 거래로 보는 논거는 다음과 같다. 우에무라 공업은 P1, P2, P3에게 도금약품 등 제조 및 판매에 관한 기술정보나 know-how를 제공하는 한편 국외 특수관계회사들인 P1, P2, P3 또는 그들의 고객에 대하여 기술지원을 함으로써 쟁점제품에 대한 신용을 형성ㆍ유지 및 발전시켰으므로 기술정보나 know-how 등은 우에무라 공업의 무형자산에 해당한다. 다시 말해, 이와같은 무형자산에 힘입어 국외 특수관계회사들은 대만이나 싱가포르를 포함한 아세안국가에서 타사보다 압도적인 경쟁우위를 확보할 수 있었던 것이다. 한편, 국외 특수관계자인 P1, P2, P3는 우에무라 공업의 지원을 받아 현지에서 고객에 대한 영업과 기술지원 등을 수행하여 쟁점 제품의 브랜드가치를 제고하였고 부가가치를 창출했으므로 이들은 현지시장에서의 마케팅 무형자산을 보유하고 있다고 할 수 있다. 이익분할방법을 규정하고 있는 조세특별조치법 제66조의 4 및 관련 통달[66-4(4)-(5) 110]에 의하면, 내국법인이나 국외 특수관계자가 ‘중요한’ 무형자산을 보유하고 있는 경우에는 ‘중요한’ 무형자산의 가치에 비례하여 잔여이익을 배분할 수 있다고 규정되어 있으므로 쟁점거래에 대해 잔여이익 분할방법을 적용하는 것은 적정하다. 쟁점2 _ 공헌도 산정을 위한 이익분할 기준에 대하여 잔여이익 분할방법 적용 시 첫 번째 수행해야 하는 작업인 ‘통상의 이익(또는 기본적 이익) 배분’에 있어, 우에무라 공업은 본사는 대부분의 사업활동을 수행함에 있어 자신의 중요한 무형자산을 직접 사용하고 있으므로, 우에무라 공업 본사의 ‘통상의 이익’은 없는 것으로 보아도 무방하다. 또한, 국외 특수관계자인 P1, P2, P3에 대한 이익 배분에 관해서는, 이들 각각의 지역의 비교대상기업들을 선정하여, 그 기업들의 총비용에 대한 영업이익(Full Cost Mark Up)의 중위값을 이익수준 지표로 하여 ‘통상의 이익’을 배분한 후, 잔여 이익에 대해서는 지출한 비용(연구개발비 등)을 기준으로 우에무라 공업과 국외 특수관계자들 사이에 배분하여야 한다.

쟁점1 _ 동 사건이 이익분할방법을 적용하기에 적합한 상황인지 여부에 대하여 우에무라 공업의 국외 특수관계 회사들인 P1, P2, P3가 현지에서 높은 시장점유율(market share)을 가지고 있고 높은 이익을 향유하는 이유는 국외 특수관계 회사들의 현지에서의 독자적인 공헌이 크기 때문이다. 이 사건에서는 현지에서 적정한 내부 비교대상 거래를 선정하여 이를 기준으로 정상 로열티율을 산정함으로써 쟁점거래에 대해 이전가격의 타당성을 충분히 검증할 수 있으므로 시험연구비 등을 지표로 한 잔여이익 분할방법을 적용할 필요가 없다. 쟁점2 _ 공헌도 산정을 위한 이익분할기준에 대하여 과세당국은 “잔여이익 분할 시 우에무라 공업이 로열티 소득을 벌어들이기 위해 발생한 비용이 공제되어야 한다”고 하면서 각 연도의 연구개발비를 해당 연도의 우에무라 공업과 그 국외 특수관계 회사들의 잔여이익을 분할하는 기준으로 삼아야 한다고 주장하고 있으나, 과세대상 사업연도에 지출한 연구개발비용은 미래에 제조될 새로운 제품의 개발을 위한 것이지 국외 특수관계 회사들이 쟁점 과세연도에 판매한 제품의 개발을 위한 것이 아니다. 이와같이 제품의 개발기간과 판매기간은 상이하고 한 연도에 지출한 연구개발비는 해당 연도의 로열티 소득에 상응하는 비용이 아니므로 과세당국이 연구개발비를 쟁점거래의 이익분할기준으로 채택한 것은 부당하다.

쟁점거래에 대한 적정한 내부 비교대상 또는 외부 비교대상은 존재한다고 할 수 없어서 재판매가격방법 또는 원가가산방법을 무형자산이 활용된 거래에서의 정상이익률 산정 또는 정상 로열티 산정을 위해 사용하는 것은 불가능하다고 판단되므로, 처분청이 이익분할방법을 적용한 것은 적정하다. 쟁점거래는 우에무라 공업의 국외 특수관계 회사들인 P1과 P2가 제조한 제품을 P3 및 독립된 제3자에게 판매한 거래로서, 원고인 우에무라 공업과 그 국외 특수 관계회사들은 쟁점거래에서 무형자산을 통하여 이익을 획득하고 있다. 따라서 쟁점거래에 대해서는 국외 특수관계자들인 P1, P2, P3가 제3자에게 판매하는 행위를 포함한 거래 전체를 대상으로 하여 분할대상 이익을 산정해야 한다. 즉, 본 사건의 경우 우에무라와 국외 특수관계자 사이의 중요한 무형자산을 개발하고 그 가치를 창출하는 데 초래된 비용에 기초하여 배분한다면 합리적인 배분이 된다고 할 수 있다. 따라서 잔여이익을 원고 및 국외 특수관계자 각각이 보유하는 주요한 무형자산의 가치에 비례하여 배분한다는 관점에서, 연구개발비 또는 영업기술 관련 비용 중 납세자, 국외 특수관계자 P1, P2, P3가 각각 대상거래에 관련하여 지출한 것으로 인정되는 부분을 토대로, 잔여이익 등의 배부비율을 산출하는 것은 합당하다. 일반적으로 기업회계기준은 연구개발비가 발생하게 되면 그 발생비용을 사업연도의 총이익에 대응하여 비용으로 취급하는데, 본 사건에서 연구개발비도 제조원가라기보다는 각 사업연도에 대응하는 판매관리비로서의 성격이 더 강하다. 따라서 잔여이익 분할 시 우에무라 공업의 각 연도별 연구개발비를 사용하여 각 연도별 분할이익을 산정한 것은 오류라고 한 원고의 주장은 옳지 않다고 하면서 납세자의 주장을 기각하였다.

자동차 제조 및 판매를 주된 사업으로 하는 일본법인인 혼다 기연공업(주)(이하 “혼다”)은 브라질 마나우스 자유무역지역에서 자동이륜차의 제조 및 판매사업을 하고 있는 혼다의 자회사인 HDA사 및 그 연결 자회사인 HCA사와 HTA사(이하, HDA 사, HCA사 및 HTA 사를 아울러 “HDA사 등”이라 칭함)와 ① 완성 자동 이륜차의 판매 거래, ② 자동 이륜차의 부품의 판매 거래, ③ 자동 이륜차의 제조 설비 등의 판매 거래, ④ 기술지원서비스 제공 거래 ⑤ 무형자산의 사용허락에 관한 거래(이하 쟁점거래라 칭함)를 하였고 혼다는 HDA사 등으로부터 그 대가를 수령하였다. 혼다는 HDA사 등으로부터 수령한 대가를 1998 ~ 2003사업연도의 수입금액에 포함시켜 세무신고를 하였다. 그런데 일본 과세당국은 혼다의 수입금액에 포함시킨 위 대가액이 조세특별조치법 66조의4에서 규정하는 정상가격에 미달한다고 보고 조세특별조치법 시행령 39조의 12 제8항에 규정된 이익분할방법에 따라 소득조정을 하고 약 75억 6750만엔의 법인세를 추징하였다. 이에 대해 혼다는 당초 일본-브라질 과세당국 간 상호합의절차를 신청하여 이중과세를 피하려고 시도했으나 이 상호합의가 도중에 결렬되었다. 이에 따라, 혼다는 부득불 일본의 국내 불복절차를 통해 문제 해결을 추진한 것이다. 한편 HDA사 등은 마나우스 자유무역지역에서 제공하는 각종 조세감면 조치를 받았는데 이 중에는 브라질 기업회계상 매출원가 절감항목인 비용을 감소시키는 조치도 포함되어 있다. HDA사 등이 마나우스 자유무역지역에서 사업을 시작한 이후 HAD사 등의 각 사업연도의 영업이익 합계액 중 약 59% 상당액이 위 조세감면 조치에 따른 이익이었다고 한다.

이 사건의 쟁점은 ① 잔여이익 분할방법의 적용이 타당한지 여부 ② 쟁점거래를 하나의 거래로 설정하여 정상가격을 산출하는 것이 적정한지 여부 ③ 잔여이익 분할방법을 적용 시 기본적 이익(통상이익)의 적정한지 여부로 나누어 볼 수 있다.

일본 과세당국은, 브라질에서 자동 이륜차의 제조 및 판매를 실시하는 기업의 제품별 판매 수량 및 제조 수량에 관한 정보나, 납세자에 대한 서면조회 및 혼다의 동업 타사에의 현장 조사 등으로 얻어진 정보를 바탕으로 쟁점거래에 대한 비교가능성 분석을 실시하였다. 특히 이전가격의 기본 3법이라 할 수 있는 비교가능제3자가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법의 본 사건에의 적용가능성과 비교대상 거래 유무에 대해 집중적으로 검토하였다. 검토 결과, 쟁점 과세연도 기간 중에 브라질에서 자동이륜차의 제조 및 판매를 하고 있는 기업의 제품별 판매 수량 및 제조 수량에 있어서는 HDA사 등이 90%에 이르는 판매 점유율을 가지고 있었고, 사실상 브라질의 자동이륜차 시장은 HDA사 등과 제2위의 업체에 의해 과점 상태로 운용되고 있음을 확인할 수 있었다. 브라질의 나머지의 자동이륜차 제조업자가 수행한 거래는, 모두 그 무형자산의 공여, 품질 및 판매 수량으로 보아 본건 쟁점거래와 비교가능성을 가지고 있지 않다고 과세당국은 판단하였다. 한편 시장점유율 제2위인 업체의 경우도 제품 구매는 전량 특수관계자 거래를 통해서 이루어지고 있으므로 동 거래를 쟁점거래의 비교대상 거래로 채택하는 것은 부적절하다고 판단하였다. 결과적으로 쟁점거래에 대해서는 조세특별조치법 66조의4 및 조세특별조치법 시행령 39조의 12 제8항에 규정된 잔여이익 분할방법을 적용하는 것이 불가피하다고 보았다. HDA사 등이 각 사업연도 중, 브라질의 자동이륜차 시장에 있어서 약 90%에 이르는 매우 높은 판매 점유율을 유지하면서 동시에 높은 영업 이익률을 달성한 것은 혼다와 HDA사 등이 무형자산(intangibles)을 보유하고 있기 때문이라고 주장하였다. 즉, 혼다는 본건 각 사업연도에 있어서 HDA사 등에 자동이륜차의 제조 및 판매에 관한 기술정보와 부품 및 제품 생산 관련한 각종 know-how를 제공했을 뿐 아니라, 원고의 상표와 브랜드 등 마케팅 무형자산의 사용도 허락하였다. 한편 HDA사 등도 원고로부터 받은 기술정보, 노하우 등을 이용하여 자동이륜차에 개량을 가해 양산 체제를 확립함과 동시에 생산체질을 개선하는 과정에서 자동이륜차의 제조에 관한 독자적인 기술과 know-how를 형성ㆍ유지ㆍ발전시키고, 혼다의 상표, 브랜드 등 마케팅 무형자산을 사용하여 사업활동을 하고 있었으며, HDA사 등의 판매망은 수백명이 넘는 수많은 딜러 및 각 딜러가 고용하거나 위탁계약을 체결하고 있는 컨솔시오¹⁾ 판매망에 의해 브라질시장의 대부분을 장악한 것으로 판단된다. 이러한 무형자산으로 인해 혼다와 HDA사 등은 비특수관계에서 얻을 수 있는 통상의 이익(기본적 이익)을 초과하는 이익(초과이익)을 얻을 수 있었다고 판단된다. 본건 쟁점거래에 대한 정상가격 산출방법은 기본3법에 준하는 기타의 방법으로서 시행령에서 규정한 잔여이익분할방법을 사용하는 것이 가장 적합하다고 판단하였다. 그리고 잔여이익 분할방법을 적용함에 있어서는 쟁점거래를 하나의 거래로 보고 정상가격을 산출하는 것이 합당하다는 입장을 취했다. 1) 저소득자는 컨솔시오라는 일종의 계(契)모임을 구성하여 상품을 구입하였다.

원고인 혼다는 HDA사 등이 마나우스 무역지역에서 얻은 세제혜택(이하 “마나우스 세제 혜택”)을 통해 많은 이익을 얻었지만, 이는 HDA사 등이 사업활동을 하는 시장의 조건에 근거하여 얻은 이익이므로 전적으로 HDA사 등에 귀속되어야 한다고 주장하였다. 이러한 입장에서, 처분청이 혼다와 HDA사 등에 마나우스 세제혜택으로 인한 이익을 분할할 것을 전제로 해당 이익을 전체이익에 포함시킨 것은 정상거래 원칙에 위배된다는 주장을 제기하였다.

쟁점 1 _ 잔여이익 분할방법의 적용이 타당한지 여부에 대하여 우선 법원은, 본건이 이전가격 기본3법을 적용할 수 없는 경우에 해당한다고 판단하였다. 또한 처분청이 채택한 잔여이익 분할방법은 내국법인과는 국외 특수관계자가 ‘중요한’ 무형자산을 보유하고 있는 경우에 적용되는 것인데, 혼다 및 HDA사 등이 보유한 독자적인 기술과 know-how, 브랜드, 판매망 등은 모두 ‘중요한’ 무형자산이라고 할 수 있고 이로 인해 무형자산을 갖지 않는 비특수관계자 간 거래에 있어서 통상 얻을 수 있는 이익(기본적 이익)을 넘는 이익(초과이익)을 얻고 있다고 법원은 판단하였다. 요컨대, 법원은 본건 쟁점거래에서 정상가격을 산출함에 있어 잔여이익 분할방법은 가장 적합한 정상가격 산출방법이라고 판단하였다. 쟁점 2 _ 쟁점거래를 하나의 거래로 설정하여 정상가격을 산출하는 것이 적정한지 여부에 대하여 법원은, 정상가격의 산정은 원칙적으로 개별 거래마다 실시해야 한다면서도, (舊)조세특별조치법 통달66의 4(3)-1이 규정하였듯이, 복수의 거래 각각에 관한 재고자산의 판매가격 설정이 각 거래마다 독립적으로 이루어지는 것이 아니라, 각 거래의 연관성을 고려하여 행해지는 경우 또는 복수의 거래가 그 목적ㆍ거래내용ㆍ거래수량 등에서 긴밀하게 연결되어 하나의 거래처럼 행해지고 있는 경우에는, 복수의 거래를 하나의 거래로 보아 정상가격을 산출ㆍ적용하는 것이 합리적이며, 이것은 거래의 당사자가 복수의 국외 특수관계자에 해당되어 있는 경우에도 다르지 않다고 보았다. 이러한 맥락에서 법원은, 본건 쟁점거래에 대해서는, HCA사 및 HTA사와의 거래를 포함해 여러 거래를 1개의 거래로 보아 정상가격을 산정하는 것이 타당하다고 판시하였다. 쟁점 3 _ 잔여이익 분할방법을 적용 시 기본적 이익(통상이익)의 적정성에 대하여 기본적 이익을 산정하려면, 검증대상 거래의 사업과 동종의 사업을 운영하고 시장이나 사업규모 등이 유사한 법인(중요한 무형자산을 가진 법인은 제외)을 비교대상 법인으로 보아 해당 법인의 사업용 자산 또는 매출액에 대한 영업이익의 비율 등으로 표시되는 이익지표에 근거하여 기본적 이익을 계산해야 한다. 한편 본건에서 처분청이 선정한 비교대상 법인을 살펴보면, 마나우스 자유무역지역 밖에서 사업활동을 하고 마나우스 세제 혜택을 받고 있지 않는 기업을 선정하였다. 이에 대해 법원은, 마나우스 자유지역 밖에 있는 법인은 마나우스 세제 혜택의 이익을 누리고 있는 HDA사 등과 비교가능성이 매우 작다는 입장을 취하였다. 다시 말해, 정부의 규제나 개입의 영향을 받고 있는 경우에는 그러한 영향을 받고 있는 법인을 비교대상 법인으로 선정해야 한다고 하면서, 수입세 및 ICMS는 개별회사의 영업 이익에 상당한 영향을 미치고 있으므로 마나우스 자유지역에서 사업활동을 하고 세금 혜택을 받고 있는 법인을 본건의 비교대상 법인으로 선정해야 한다고 판시하였다. 결론적으로 동경지방법원은 2014.8.28. 브라질측 비교대상 기업이 사업활동을 수행하는 시장과 HDA사 등이 사업활동을 수행하는 시장은 전혀 별개의 시장이므로, 처분청이 채택한 브라질측 비교대상 기업은 HDA사 등과의 비교가능성이 없다고 판단하고 국가패소 판결을 내렸다.

① 본건 정상가격을 산출함에 있어 과세당국이 이익분할방법을 적용한 것이 위법한지 여부 ② 과세당국이 이 건에 대해 이익분할방법을 적용할 때에 본건 내국법인이 계상한 영업손실 전액을 손실로 인정하지 않고 분할대상 이익으로 취급한 것이 위법한지 여부 ③ 과세당국이 이익분할방법을 사용할 때 판매ㆍ일반관리비를 이익분할 기준으로 보았는데 이것이 위법한 것인지 여부

TDK의 동경 본사는, 홍콩이나 싱가포르에 소재하는 국외 특수관계 회사들에게, PC 등의 전자부품 및 재료를 판매하면서 동시에 자사가 개발한 무형자산을 제공한 후 해당 국외 특수관계 회사들로부터 완제품을 구입하는 거래(이하 “쟁점거래”)를 수행하였다. 한편, TDK와 국외 특수관계회사들 간에는 R&D계약이 체결되어 있었는데 이에 따르면 본사는 제품 연구개발을 수행하고 국외 특수관계 회사들은 일정 수준의 부담을 본사에 지급하도록 한 것이다. 이러한 내용을 도표로 요약하면 옆의 그림과 같다. TDK는 쟁점거래를 수행하면서 개별거래 각각에 대해 비교가능제3자가격방법, 재판매가격방법 또는 이들과 유사한 방법을 적용하여 이전가격에 대한 정상가격을 산출하였다. 이에 대해 과세당국은 2005년에 1998사업연도부터 2003사업연도에 대한 세무조사를 실시한 후, 동 기간 중 본사의 이익을 국외 특수관계회사들에게 이전했다는 이유로 2005.6.29. 정상가격 산출방법 중 잔여이익 분할방법을 적용하여 TDK 동경본사에 약 213억엔 상당의 과세소득 조정을 행하였다. 이에 대해 TDK가 국세청에 이의신청을 하였고 그 결과 국세청은 2007.6.29. 30억엔의 소득금액을 취소하였다. 그 후 TDK는 해당 사건에 대해 국세심판소에 심판을 신청하였고 2010.1.27. 국세심판소는 약 141억엔의 소득금액을 추가로 취소하는 결정을 내렸다. 그 후 TDK는 소송을 진행하지 않음에 따라 해당 불복사건은 국세심판소 판결로 확정되었기 때문에 여기서는 국세심판소의 판결 내용을 정리하였다.

(1) 정상가격 산출에 있어서 잔여이익 분할방법을 적용한 것이 적합한지 여부 (2) 잔여이익 분할방법의 적용에 있어서의 문제점 ① 기본이익의 계산, ② 부품조달에 따른 귀속이익은 영업이익에서 제외해야 하는지, ③ 잔여이익의 분할지표로서 연구개발비용을 채택하는 경우 (i) 국외 특수관계자가 부담한 비용, (ii) 부품의 가공 위탁업자의 제조비용, (iii) 보조부문의 경비를 연구개발비용에 포함하는 것이 적합한지 여부

쟁점 1 _ 정상가격 산출에 있어서 잔여이익 분할방법 적용이 적합한지 여부 이 사건에서 내국법인인 TDK와 국외 특수관계회사는 각각이 보유하는 무형자산을 활용하여 부가가치를 창출한 것은 인정되었다. 즉 내국법인인 본사는 주요 부품의 제조에 있어서 연구개발 등과 관련된 무형자산을 형성하였고, 국외 특수관계회사는 주요 부품을 소재로 하여 완제품을 제조하는 등의 부가가치를 창출하였다. 또한 내국법인과 국외 특수관계회사는 각각 수주판매 활동을 하고 있었으며, 판매처의 분리가 명확했기 때문에 양 회사의 판매와 관련된 무형자산(판매망의 관리)도 별도로 인정되었다. 한편 해당 전자제품과 관련된 판매 또는 구입거래에 대해서는, TDK가 주장하는 비교대상거래 제품의 성능 및 용도 등에 차이가 있고 더욱이 단가도 크게 다르기 때문에 비교가능제3자가격방법을 이용할 수 없다고 국세심판소는 판단하였다. 나아가 이 사건 무형자산 거래에 있어서, 쟁점거래와 비교대상거래 사이에 기술이전 계약과 관련된 무형자산이 동종이라는 것과 무형자산 공여의 거래조건이 동일하다는 것을 인정할 수 있는 구체적인 증빙이 없으므로 쟁점거래에 대해 정상가격 산출방법 중 기본 3법(즉, 비교가능제3자가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법)을 이용할 수 없다고 조세심판소는 판시하였다. 더 나아가, 이 사건과 같이 내국법인과 국외 특수관계자 쌍방이 모두 중요한 무형자산을 보유한 경우에는 잔여이익 분할방법을 활용하여 관련 거래 전체의 이익을 분할하는 방식으로 정상이윤을 계산한 과세당국의 처분에 위법성은 인정되지 않는다고 판시하였다. 쟁점 2 _ 잔여이익 분할방법의 적용에 있어서의 문제점 잔여이익 분할방법의 적용에 있어서의 쟁점은 다음과 같이 분류할 수 있다. 첫째, 기본이익 계산이 적합한지 여부, 둘째, 부품을 조달하는 기능이 영업이익 창출에 특별한 공헌을 하였는지 여부, 그리고 셋째, 연구개발에 관련하여 국외 특수관계회사가 부담한 비용을 연구개발비에 포함시킨 것이 적정한지 여부, 넷째, 부품을 수탁받아 가공한 업자가 제조과정에서 발생한 비용을 잔여이익의 분할지표로서의 마케팅 비용에 포함시켜야 할 것인지 여부, 다섯째 보조부문으로서 규정되는 부문의 경비를 연구개발비용에 포함하는 것이 적합한지 여부로 나누어 볼 수 있다. 우선 첫 번째 쟁점의 경우, 이 사건 거래에 대해 과세당국이 시판 데이터베이스를 이용하고, 비교대상 법인과 비교대상 거래의 추출을 실시했지만, 추출된 비교대상 법인 가운데, 특정회사 Y의 연결 매출액 및 연결 영업이익률은 분명히 비정상인 수치를 나타내는 사업연도가 있으므로 Y사가 수행한 거래를 비교대상 거래에 포함시키는 것은 적정하지 않다는 이유로 이 쟁점에 대한 과세당국의 주장을 기각했다. 두 번째 쟁점의 경우, 이 사건 국외 특수관계회사가 행한 부품조달에 의한 매출에 대한 공헌(즉, 영업이익의 향상)은 인정되므로 해당 이익은 본건 전자제품의 제조ㆍ판매에 관한 영업이익에서 제외할 수 없다고 국세심판소는 보았다. 세 번째 쟁점의 경우, 이 사건에서 내국법인이 연구개발을 실시하고 국외 특수관계회사가 부담한 비용을 분할지표로서의 연구개발비의 금액에 포함해야 한다고 국세심판소는 판단했다. 왜냐하면 이 사건에서 내국법인의 연구개발부문은 본 연구개발의 진척도를 관리하는 주요한 역할을 수행하고 있기 때문이다. 더욱이 이러한 연구개발 결과는 국외 특수관계회사가 가공업자로서 주요 부품에 관한 가공 공정을 개선하고 제조수율을 유지ㆍ향상시켜 제품 경쟁력을 제고하는 데에도 영향을 미쳤으므로, 본사의 연구개발에 대한 대가로 국외 특수관계회사가 본사에 지급하는 부담금은 전체 연구개발비 금액에 포함하는 것이 타당하다고 국세심판소는 판단하였다. 네 번째 쟁점의 경우, 부품의 가공위탁에 의한 제조비용을 산정함에 있어, 가공위탁처의 업무내용이 명확하지 않기 때문에 중요한 무형자산의 형성 등의 공헌 정도가 특별히 인정되지 않는다는 점에서 이를 분할지표로 보아 마케팅 비용에 포함하는 것은 타당하지 않다고 국세심판소는 판단했다. 다섯 번째 쟁점의 경우, 보조부문으로서 규정되는 부문의 경비는 주로 창구업무, 일정관리와 관련된 비용으로서, 중요한 자산의 형성에는 특별한 공헌을 한 바가 없기 때문에 분할지표에서는 제외해야 한다고 국세심판소는 판단했다. 이와 같이 국세심판소는 과세당국이 행한 과세처분에 대해 일부 부당한 부분이 있다고 판단하여 이에 대해서는 상당부분을 취소하는(총 213억엔 추징액 중 171억엔 취소) 결정을 내렸다.