주식을 양도하는 경우에는 양도소득세를 과세한다. 양도소득세의 과세는 상장주식과 비상장주식이 다르고, 기타자산이란 특별한 과세방식도 있다. 상장주식이나 비상장주식이 기타자산에 해당하는 경우에는 기타자산으로 보아 과세한다. 경영권을 양도하더라도 재투자를 하는 경우 양도세를 연기시켜주는 경우가 있다. 벤처기업의 주주가 경영권을 양도한 후 그 양도대금 중 50% 이상을 재투자한 경우에는 양도에 다른 양도소득세 납부를 연기해준다(조특법 §46의 8 ①).

상장법인 대주주만 2022년까지 과세 상장법인의 소액주주는 양도소득세를 내지 않는다. 상장법인의 주식 중 소액주주가 아닌 대주주가 양도하는 주식만 양도소득세를 과세한다(소득법 §94 ① 3호 가목). 대주주란 지분비율이 1% 이상인 경우이다(소득령 §157 ④). 상장주식이라도 증권시장이 아닌 장외거래인 경우 양도소득세가 과세된다(구 소득법 §94 ① 3호 가목). 여기에는 신주인수권과 증권예탁증권을 포함한다. 2023년 1월 1일부터는 상장주식에 대한 양도소득세는 없어지고 금융투자소득으로 과세된다. 여기서의 설명은 그 전까지만 적용된다. 상장법인 대주주의 범위 양도소득세 과세되는 상장법인의 대주주란 대주주 본인과 가족 등이 회사주식의 1% 이상 보유한 경우이다. 가족 등을 세법에서는 특수관계인 또는 기타주주라고 부르고 본인과 특수관계인 모두 양도소득세를 낸다. 즉 상장법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인 및 특수관계자(세법에서 기타주주라 부른다)가 법인지분의 1% 이상을 소유한 경우에 동 주주 및 특수관계자는 양도소득세를 내야한다(소득령 §157 ④ 1호). 다만 코스닥 상장법인은 2% 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우, 코넥스 상장법인 4% 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우에 대주주로 본다(소득령 §157 ⑤). 기타주주란 주주 1인과 친족 그 밖의 특수관계에 있는 자이다. 주식에는 신주인수권과 증권예탁증권을 포함한다(소득령 §157 ④ 1호). 전년도 말에 대주주인 경우 올해도 계속 대주주로 본다. 즉 주식의 소유비율은 주식 양도일의 직전 사업연도종료일 현재(신설법인인 경우법인의 설립등기일)를 기준으로 판단한다(소득령 §157 ④ 1호). 직전 사업연도종료일에는 비율에 미달하였으나 그 후 주식을 취득하여 대주주 비율에 해당하는 때에는 그 취득일 이후의 주주 및 특수관계자 주주를 포함한다(소득령 §157 ④ 1호 후단).

비상장주식은 모두 양도소득세가 과세된다(구 소득법 §94 ① 3호 나목). 비상장법인의 주식은 대주주 여부에 관계없이 양도소득세가 과세된다는 점이 상장주식과 다르다.

부동산이 많거나 골프장 같은 업종의 주식은 높은 세율로 과세한다. 단순히 20%의 낮은 세율로 과세되는 것이 아니므로 유의하여야 한다. 첫째 법인 자산 중 50% 이상이 부동산이나 주식(주식금액에 해당법인 자산 중 부동산이 차지하는 비율을 곱한 금액)이고, 대주주와 친인척 등 지분이 50% 이상이 가지고 있다가 법인주식의 50% 이상을 제3자에게 양도하는 경우이다(소득법 §94 ① 4호 다목). 한 마디로 경영권을 양도하는 경우이다. 한 번에가 아니라도 3년 내에 그렇게 양도한 경우도 마찬가지이다. 부동산의 보유비율은 양도일 현재 또는 직전 사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 장부가액에 의하지만 토지와 건축물은 기준시가가 더 큰 경우 기준시가로 한다. 조심할 것은 자산총액을 계산할 때 동일인 가수금과 가지급금을 상계하는 경우도 있다는 점이다. 자산총액을 계산할 때 무형자산 중 개발비와 사용수익 기부자산은 제외된다(소득령 §158 ④ 1호). 그리고 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금·금융재산 및 대여금의 합계액도 자산총액에서 제외된다(소득령 §158 ④ 2호). 이는 자산총액 중 부동산가액의 비율을 감소시키기 위하여 증자나 차입하는 것을 막기 위한 입법이다. 이 경우 제외되는 것은 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금·금융재산 및 대여금의 합계액에 ‘한한다’(양도소득세 집행기준 §94-158-4). 둘째 골프장, 스키장, 휴양콘도미니엄, 전문휴양시설 법인으로 자산총액에서 위에서 언급한 ‘부동산주식’의 부동산과 주식이 80% 이상인 경우에는 주식의 소유비율에 관계없이 별도로 과세된다. 동 시설을 건설 또는 취득하여 직접 경영하거나 분양 또는 임대하는 사업을 포함한다. 셋째 이용권·회원권, 그밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물 이용권은 기타자산으로 양도소득세가 과세된다(소득법 §94 ① 4호 나목). 법인의 주식( 또는 출자 지분)을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식 등도 양도소득세가 별도로 과세된다(소득법 §94 ① 4호 나목 괄호).

양도소득세는 종합소득세와는 별도로 과세한다. 양도소득 금액은 주식 매각대금에서 주식의 취득가액과 취득에 소요된 비용, 매각에 소요된 비용을 차감하여 계산한다.

양도가액은 양도자와 양수 자간에 실제로 거래한 가액에 의한다(소득법 §96 ①). 그러나 부당하게 높거나 낮은 가액으로 거래하면 증여세가 부과될 수 있으니 유의하여야 한다. 이에 대하여는 뒤에서 설명한다. 주식을 계열사 같이 특수한 관계가 있는 법인에게 지나치게 싸거나 비싼 금액으로 매각한 경우에는 이를 인정하지 않고 양도 당시의 시가로 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

취득가액도 실지거래가액을 적용한다(소득법 §97 ① 1호 가목). 법인설립 당시 주식의 취득가액은 원칙적으로 액면 가액이다. 할증발행을 했다면 그 금액이 취득원가이다. 상속 또는 증여받은 자산의 취득원가는 상속세나 증여세 신고 시의 금액이며, 원칙적으로 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 나중에 세무조사로 변경된 경우 그 금액으로 한다(소득령 §163 ⑨).

주식 양도차익을 계산할 때 양도와 관련된 비용은 빼준다(소득법 §97 ①). 이에는 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세, 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용, 공증비용, 인지대 및 소개비, 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제58조에 따른 위탁매매수수료, 투자일임수수료, 농어촌특별세가 인정된다. 투자일임수수료에 대하여는 일정한 요건을 갖추어야 인정된다(소득법 §97 ① 3호, 소득령 §163 ⑤, 소득칙 §79 ②). M&A로 경영권을 매각하는 경우 자문사에 자문수수료를 꽤 많이 지급한다. 이러한 비용은 양도비용으로 인정되는지 명확한 규정이 없다. 과거 주식평가비용, 실사비용, 법률 및 재무 자문비용은 양도비 등에 포함되지 않는다고 해석이 있었다(서일46014-10388, 2001.10.31.). 그러나 심판원에서는 자문비용으로 인정하는 판결이 있다. 상세한 내용은 필자나 전문가에게 문의하기 바란다.

주식을 양도하면 양도소득세와 양도소득세의 10%인 주민세를 부담한다. 중소기업이 아닌 기업의 대주주가 1년 미만 보유한 주식은 30%, 기타 대주주의 비상장주식은 3억원까지는 20%, 3억원을 초과하는 것은 25%이다(소득법 §104 ① 11호). 대주주가 아닌 경우 중소기업은 10%, 기타는 20%이다(소득법 §104 ① 11호). 이 경우 하나의 자산이 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그중 가장 높은 것을 적용한다(소득법 §104 ① 후단). 위에서 설명한 부동산 주식, 골프장 주식과 회원권 주식은 다음과 같은 누진세율을 적용한다(소득법 §104 ① 1호, 소득법 §55 ①). 법인의 자산총액 중 「법인세법」 제55조의 2 제2항에 따른 비사업용토지의 가액이 차지하는 비율이 50% 이상인 법인의 주식도 같다(소득법 §104 ① 9호, 소득령 §167의 7).

주식과 경영권을 매각할 때 세법은 그 거래가격을 있는 그대로만 인정하지 않는 경우가 있다. 세법이 정하는 가격보다 과도하게 싸거나 비싸게 매각하는 경우 양도소득세를 더 내거나 증여세가 과세된다. 따라서 주식 거래 시 이 점에 대한 검토가 사전에 이루어져야 한다. 부당한 가격으로 양도소득세를 추가로 과세하는 것은 주주가 제3자가 아닌 친족 등과 거래하는 경우에만 적용된다. 제3자와의 거래에는 해당이 없다. 즉 특수관계자끼리 시가보다 높은 가격으로 매입하거나 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때에 적용된다(소득령 §167 ③ 1호). 그러나 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상 차이가 나는 경우에만 적용된다(소득령 §167 ③ 단서). 특수관계자란 「국세기본법 시행령」 제1조의 2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다(소득령 §98 ①). 이 부분은 전문가의 도움을 받기 바란다.

주식과 경영권을 매각할 때 세법이 정한 시가보다 높거나 낮게 거래하는 경우 그 차액만큼 증여로 과세될 수 있다. 그러나 대법원은 정상적인 거래인 경우 예외를 인정한다. 정상적인 거래인지 여부는 거래당사자들이 각기 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에 있는지, 거래당사자들이 거래 관련 사실에 관하여 합리적인 지식이 있으며 강요에 의하지 아니하고 자유로운 상태에서 거래를 하였는지 등 제반 사정을 종합적으로 검토하여 결정한다. 따라서 특수관계에 있는 자와의 거래라 하더라도 위와 같은 제반 사정을 고려하여 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래라고 판단되면 그 거래가액을 시가로 보아야 한다(대법원 2006두17055, 2007.1.11., 판결 참조). 특히 주식을 거래할 당시 이해관계가 상반되는 양 당사자의 협상을 통해 이루어진 주식의 거래가액은 객관적인 교환가치를 적절하게 반영한 시가로 볼 수 있다(조심2018서3647, 2019.1.8.). 따라서 거래가격을 협상하면서 평가를 하거나 협상과정을 문서화하는 경우 증여세를 피할 여지는 있다. 상세한 증여세 금액에 대해서는 필자와 상의하기 바란다.