내국인(「소득세법」에 따른 거주자 및 「법인세법」에 따른 내국법인을 말함)이 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에 신성장ㆍ원천기술연구개발비, 국가전략기술 연구개발비(2021.7.1. 이후 발생한 연구개발비부터 적용)와 일반연구인력개발비로 구분하여 세액공제액을 계산한다. 이와 같이 구분하는 것은 경제발전을 견인하는 신성장ㆍ원천기술연구개발비와 국가안보 및 국민경제에 중대한 영향을 미치는 국가전략기술에 대한 연구개발비에 더 큰 혜택을 주기 위한 것이다. 다만, 신성장ㆍ원천기술연구개발비와 국가전략연구개발비에 대하여 일반연구ㆍ인력개발비방식으로 세액공제액을 계산하는 것을 선택할 수 있다(조특법 §10 ① 3호).

연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액은 다음 “1)~3)”의 금액을 합한 금액으로 한다. 이 경우 1)과 2)를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그중 하나만을 적용한다(조특법 §10 ①). 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 동 비용이 발생된 각 과세연도마다 적용하며, 연구ㆍ인력개발비를 연구개발비 등 자산계정으로 처리한 경우에도 세액공제를 적용한다(조기통 10－0…1 ②).

신성장ㆍ원천기술연구개발비에 대한 세액공제액은 해당 사업연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술연구개발비에 공제율을 곱한 금액을 공제한다(조특법 §10 ① 1호). * 공제율

① 중소기업 : 30%＋ Min [	신성장ㆍ원천기술연구개발비	× 3, 10% ]
	해당 사업연도의 수입금액*

② 코스닥상장중견기업 : 25% ＋ Min [	신성장ㆍ원천기술연구개발비	× 3, 15% ]
	해당 사업연도의 수입금액*

③ 그 밖의 기업 : 20% ＋ Min [	신성장ㆍ원천기술연구개발비	× 3, 10% ]
	해당 사업연도의 수입금액*

* 수입금액은 기업회계기준(법법 §43)에 따라 계산한 매출액을 말한다.

신성장ㆍ원천기술연구개발비 및 국가전략연구개발비에 해당하지 아니하거나 신성장ㆍ원천기술연구개발비 및 국가전략연구개발비에 대한 세액공제를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(“일반연구ㆍ인력개발비”)의 경우에는 다음과 같이 세액공제액을 계산한다(조특법 §10 ① 3호). 증가분방식과 당기분방식 중 선택하는 방법에 의하는 경우 “나”의 당기분방식만 적용하는 법인이 아닌 경우에는, 증가분방식과 당기분방식 중에서 선택하는 방법으로 세액공제액을 계산한다. *1 중견기업 : 다음 요건을 모두 갖춘 기업(조특령 §9 ③) ① 중소기업이 아닐 것 ② 다음 중 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. ㉮ 소비성서비스업 ㉯ 「 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조 제2항 제2호 각목의 업종*을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것 * 금융업, 보험과 연금업, 금융 및 보험 관련 서비스업을 말함. ③ 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조 제2항 제1호에 적합할 것 ④ 직전 3개 사업연도의 매출액의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것. 이 경우 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다(조특칙 §2 ④). *2 공제율 ① 중소기업 : 25% ② 중소기업이 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우(중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우) : 3년 이내에 끝나는 사업연도까지 15%, 그 후 2년 이내에 끝나는 사업연도까지 10% ③ 중견기업이 “②”에 해당하지 아니하는 경우 : 8%

④ 위에 해당하지 아니하는 경우：	일반연구ㆍ인력개발비	×	1	→ 2% 한도
	해당 사업연도의 수입금액		2

당기분방식만을 적용하는 경우 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 당기분방식으로 연구ㆍ인력개발비를 계산하여야 한다(조특법 §10 ① 3호 단서). ① 당기 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 않은 경우 ② 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 당기 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우. 이는 직전 과세기간의 연구ㆍ인력개발비를 적게 지출하는 방법으로 증가분방식에 따른 세액공제액을 조절시키는 것을 막기 위한 규정이다. 일반연구ㆍ인력개발비의 4년간 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다(조특령 §9 ⑨). * 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 사업장별로 그 사업에 관한 권리(미수금 제외)와 의무(미지급금 제외)를 포괄적으로 현물출자를 받은 법인의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 현물출자를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자로부터 발생한 일반연구ㆍ인력개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인 등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병 등을 하기 전에 피합병법인 등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 피합병법인 등에서 합병 등을 하기 전에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인 등에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비로 본다(조특령 §9 ⑩).

연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고(조특법 §2 11호), 인력개발은 고용하고 있는 임직원을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말한다(조특법 §2 12호). 다만, 다음의 활동은 연구개발에 포함하지 아니한다(조특령 §1의 2). ① 일반적인 관리 및 지원활동 ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험 ③ 반복적인 정보수집 활동 ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동 ⑤ 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무 ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동 ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동 ⑧ 이미 기획된 콘텐츠를 단순 제작하는 활동 ⑨ 기존에 상품화 또는 서비스화된 소프트웨어 등을 복제하여 반복적으로 제작하는 활동

연구ㆍ인력개발비란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 「조세특례제한법 시행령」 [별표 6]의 비용을 말한다. 다만, 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용할 때 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 위하여 발생한 비용 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발을 위하여 발생한 것에 한정한다(조특법 §10 ⑤).

*1 연구소 또는 전담부서 : 다음 중 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(조특칙 §7 ①). ① 「 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의 2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 ② 「문화산업진흥 기본법」 제17조의 3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서 ③ 「 산업디자인진흥법」 제9조에 따른 산업디자인전문회사 *2 인건비의 범위 : 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. ① 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 ② 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금 ③ 「 법인세법 시행령」 제44조의 2 제2항에 따른 퇴직연금 등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 제40조의 2 제1항 제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

조특령 [별표 7]에 따른 신성장ㆍ원천기술의 연구개발업무를 위한 연구개발비를 신성장ㆍ원천기술연구개발비라고 하며 그 범위는 다음과 같다(조특령 §9 ③). 일반연구개발을 수행하는 전담부서 등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 다음의 구분에 따른 조직을 신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서 등으로 본다(조특칙 §7 ②).

다음에 해당하는 비용은 신성장ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비에서 제외한다(조특령 §9 ①). ① 연구개발목적으로 다음의 법률에 따른 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액(조특법 §10의 2, 조특령 §9의 2) ㉮ 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 ㉯ 「산업기술혁신 촉진법」 ㉰ 「정보통신산업 진흥법」 ㉱ 「중소기업기술혁신 촉진법」 ㉲ 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화를 위한 특별조치법」 ㉳ 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 ㉴ 「기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률」 ② 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

자체 연구개발에 지출하는 연구개발비가 다음의 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 배제시점 이후에 지출하는 금액에 대하여 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용하지 아니한다(조특법 §10 ⑥, 조특령 §9 ⑭ㆍ⑮). 배제사유 ① 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정이 취소된 경우 ② 「문화산업진흥 기본법」 제17조의 3 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서의 인정이 취소된 경우 배제시점 ① 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의 3 제1항 제1호 또는 「문화산업진흥기본법」 제17조의 3 제4항 제1호에 따라 인정이 취소된 경우 : 인정일이 속하는 사업연도의 개시일 ② 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의 3 제1항 제2호, 제3호, 제5호, 제6호 및 제8호에 따라 인정이 취소된 경우 : 인정취소일 ③ 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3 제1항 제4호ㆍ제7호 또는 「문화산업진흥 기본법」 제17조의 3 제4항 제2호에 따라 인정이 취소된 경우 : 인정취소일이 속하는 사업연도의 개시일

연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 대하여 최저한세를 적용하나, 중소기업에 대하여는 최저한세를 적용하지 않는다(조특법 §132 ① 3호).

해당 사업연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 각 사업연도의 법인세에서 공제한다(조특법 §144 ①).

연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 농어촌특별세 과세대상이 아니다(농특령 §4 ⑦ 1호).

추계결정 및 경정의 경우 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용하지 아니한다(조특법 §128 ①).

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 세액공제신청서, 연구 및 인력개발비명세서 및 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(조특법 §10 ③, 조특령 §9 ⑭). 그러나 납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 요건만 충족되면 당연히 공제되고 공제신청이 있어야만 공제되는 것은 아니다(대법원 2000두3115, 2002.1.22.). 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 요건을 충족한 내국법인이 법정신고기한 내에 법인세 신고를 하였으나 세액공제를 적용받지 못한 경우에는 경정청구할 수 있다(서면2팀-300, 2006.3.6.). 예를 들어, 중소기업이 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 최저한세가 적용되는 것으로 잘못 알고 세액공제를 받지 않은 경우 경정청구를 통하여 추가로 세액공제 받을 수 있으며, 경정청구 결과 납부할 세액이 없는 경우에는 미공제분은 이월공제할 수 있다(서면2팀-452, 2006.3.3.).

연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받으려는 내국인은 2020.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 세액공제에 대한 신고를 하기 전에 지출한 비용이 연구ㆍ인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 심사 방법 및 요청 절차 등에 필요한 사항은 국세청장이 정한다(조특령 §9 ⒔).

자체연구개발의 경우 연구전담부서 등이 설치되어 있더라도 관련 법에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고하지 않은 경우에는 세액공제를 받을 수 없다. 당해 사업연도 중에 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우에는 신고일 이후 발생되는 비용에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있으나(법규과-1543, 2011.11.22.), 신고 전에 발생한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 없다(서면2팀-474, 2007.3.21.).

① 전담부서 등에서 근무하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원의 인건비는 세액공제대상이나, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자, 수위, 청소원, 운전기사 등의 인건비의 세액공제대상이 아니다. 연구업무만 전담하지 아니하고 다른 업무를 겸직하는 연구원의 인건비도 세액공제대상이 아니며(조심 2014중3244, 2014.8.11.), 전담부서에서 근무하다가 전담부서가 아닌 곳으로 이동하여 전담부서의 연구용역을 수행하는 경우에도 세액공제대상이 아니다(법인세과－912, 2009.8.18.). 국세청에서는 세액공제를 적용받은 연구전담요원, 연구보조요원 등이 연구소 등에 상시적으로 근무하는지를조직도(연구소 조직도), 인사발령서류(근무부서, 발령일), 연구소 내부 도면 등을 통해 확인하므로 이에 관한 입증자료를 준비해 두어야 한다. ② 연구원 및 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람이라도 주주인 임원으로서 지분율이 10% 초과하는 등 일정한 요건에 해당하는 사람의 인건비는 세액공제대상이 아니다. 예를 들어, 연구원이 해당 법인의 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하는 경우 또는 10% 초과 소유하는 자의 배우자 등 특수관계인인 경우에는 전담부서 등에 근무하는 직원에서 제외된다(서면-2017-법인-2178, 2017.11.29.). 그러나 전담부서에서 연구전담요원이 사업연도 중 당해 법인의 주식을 취득하여 그 소유지분이 총발행주식의 10%를 초과하게 되어 연구인력개발비 세액공제 대상 연구전담요원에서 제외되는 경우 그 제외사유 발생일 이전 기간에 상당하는 인건비에 대해서는 연구인력개발비 세액공제를 적용할 수 있다(서면법규과-01017, 2014.9.21.).

인건비에 비과세 근로소득의 포함 여부 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로 비과세 근로소득을 포함한다. 따라서 「국민건강보험법」에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등 「소득세법」상 비과세 근로소득이지만 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함한다(서면법규과-752, 2014.7.17.). 국민연금 사용자 부담금이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인 인건비인지 여부(조심2016광1337, 2016.12.16.) 조세심판원은 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하고, 「국민연금법」에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함되는 것이 타당하므로 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상에 해당한다고 결정하였다(조심 2016광 1337, 2016.12.16.; 조심 2018중0635, 2018.6.8.).

전담부서 등이 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비 포함)는 세액공제대상이나 연구전담부서의 소모품비, 복리후생비는 세액공제대상이 아니다. 그리고 연구전담부서에서 직접 사용하기 위한 컴퓨터하드웨어 또는 소프트웨어 등 연구ㆍ시험용 시설의 구입비용은 세액공제대상이 아니나, 전담부서 등이 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설의 임차 또는 위탁연구기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용은 세액공제대상이다.

납품업체가 자기의 책임과 비용으로 거래처의 납품의뢰에 따라서 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술로 상품화개발 등을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 자체연구개발 비용에 해당한다(기획재정부 조세특례제도과－177[기획재정부 조세특례제도과－177], 2017.2.9.).

상품화 개발을 수행하는 과정에서 생산한 시제품을 고객사에서 검사를 하여 검사에 합격하면 제품 양산계약을 체결하여 제품을 납품하게 되고, 검사에 불합격하면 다시 시제품을 제작하게 된다. 시제품이 검사에서 합격되어 고객사로부터 보상금을 받은 경우, 그 보상금을 세액공제대상인 연구개발비에서 차감해야 하는가? 종전에 국세청은 연구개발과정에서 법인이 실질적으로 부담한 금액만 세액공제대상이라고 해석하고 있으므로, 시제품으로 인하여 받은 보상금은 연구개발비에서 차감하는 것으로 보았다(서면법인－26, 2015.9.17.). 그러나 기획재정부는 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유ㆍ사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구개발비에서 차감하지 아니한다는 새로운 예규를 발표하였다(기획재정부 조세특례－177, 2017.2.9.).

내국법인이 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역을 수행하는 과정에서 당해 법인의 전담부서에서 발생한 인건비 등은 연구인력개발비 세액공제 대상 비용이 아니다(법인세과-319, 2009.7.3.). 이와 같이 수탁연구개발 관련 비용에 대하여 세액공제를 하지 않는 것은 그 연구개발을 위탁한 위탁자가 위탁연구비로서 세액공제를 받기 때문이다. 연구개발 전담부서에서 자체연구개발과 수탁연구개발을 함께 수행하는 경우 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역을 수행하는 자의 인건비로 지출하는 비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없으므로 수탁받은 연구개발용역을 수행하는 자의 인건비는 연구개발 수행기간ㆍ시간 등 합리적인 방법으로 안분계산하여야 한다(법인세과-272, 2012.4.18.).

내국법인이 특수관계 있는 국내 기업의 전담부서 등에 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁하여 수탁법인의 전담부서 등에서 해당 용역을 직접 수행하는 경우 그 용역대가로 지급한 비용 중 「법인세법시행령」 제89조에 따른 시가 범위 내의 금액은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있다(서면－2015－법령해석법인－0399, 2015.6.19.).

용역위탁계약을 체결한 수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에게 재위탁한 부분도 세액공제대상인가? 법원에서는 2007년과 2008년 귀속분에 대한 사건에서 「조세특례제한법 시행령」 [별표 6]에는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용이라고 규정하고 있는바, 문언 해석상 원고가 지출한 비용이 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용에 해당하기만 하면 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는 것이므로, 수탁업체(국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서)는 수탁받은 연구개발용역을 모두 자신의 전담부서에서 수행할 필요는 없고, 전담부서 외의 다른 부서 또는 재수탁업체(전담부서 보유 불문)로 하여금 수행하게 할 수 있다고 판결하였다(대법원 2014두7510, 2014.10.15.; 대법원 2014두4320, 2014.5.29.). 정부는 이러한 법원의 판결을 수용할 수 없어서 2013.2.15. 「조세특례제한법 시행령」 [별표 6] 제1호 나목 1) “마) 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 부분”을 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)”으로 개정하여 재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 연구개발용역에 관한 비용을 명시적으로 세액공제대상에서 배제시켰다.