현행 세법은 스톡옵션(주식매수선택권)의 행사 차익에 대해 근로소득으로 보고 연봉에 더해 근로소득세를 매긴다. 다만, 상장 벤처기업에 대해선 비과세 특례가 적용돼 스톡옵션을 행사해 벌어들인 수익이 연간 3,000만원을 넘지 않을 경우 비과세된다. 이에 대해 업계에서는 줄곧 비과세 한도가 너무 적다는 지적이 많았다. 사실상 스톡옵션은 벤처기업 임직원의 성과에 대한 보상 성격이 강하지만 벤처업계는 20여 년 전보다 비과세 폭이 오히려 후퇴했다고 말한다. 사실 벤처 스톡옵션 비과세는 1996년 5,000만원 한도로 처음 시행됐기 때문이다. 벤처기업협회에 따르면 2021년 말 기준 스톡옵션 제도를 도입한 벤처기업은 전체의 2.4%에 불과했다. 벤처기업에서는 스톡옵션과 같은 유인책이 아니라면 고급인력의 이탈을 막기 위해서는 거액의 연봉을 지급해 고용을 유지할 수밖에 없다. 이러한 배경에서 제도개선 등 업계의 요구사항을 반영해 벤처기업 주식매수선택권 행사이익과 관련한 조세지원제도가 개정되었다고 할 수 있다.

주식매수선택권 세제혜택 확대와 관련한 개정사항을 요약하면 다음과 같다. 첫째, 2022년부터 벤처기업 주식매수선택권의 비과세 혜택을 행사이익 기준 3,000만원에서 5,000만원으로 상향 추진한다. 이는 2006년 12월 벤처기업 주식매수선택권 비과세 제도가 폐지되고 2018년 1월 제도가 재도입된 이후 최대치다. 비과세 혜택이 2018.1.1.부터 2019.12.31.까지 행사이익 기준 2,000만원이었다가 2020.1.1.~2021.12.31.에는 행사이익 기준이 3,000만원으로 상향되었다. 2022년부터는 5,000만원으로 대폭 확대된다. 이번 비과세금액 확대로 벤처기업의 임직원은 주식매수선택권 행사 시 기존보다 추가로 세금을 절약할 수 있을 것으로 기대된다. 둘째, 시가 이하로 부여한 주식매수선택권의 경우에도 행사 시 근로소득세를 납부하지 않고 처분 시 양도소득세만 납부가 가능한 과세특례가 적용된다. 다만, 이때 시가 이하 발행에 따른 차익 부분은 근로소득세가 부과된다. 현재는 부여 후 2년간 재직하고 행사, 3년간 행사가액의 합계가 5억원 이하, 시가 이상 발행 등 일정요건을 갖춘 주식매수선택권의 경우에만 과세특례(과세이연)가 허용되고 있다. 시가 이하로 부여한 주식매수선택권도 과세이연이 가능해질 경우 미실현 이익에 대한 세금납부 부담이 완화될 것으로 기대된다. 셋째, 벤처기업이 기술기업을 인수한 후에도 우수인재를 유치할 수 있도록 자회사 임직원도 세제혜택 대상에 포함된다.

1996년 「증권거래법」에 ‘주식매수선택권’이라는 명칭으로 처음 도입되어 시행, 이후 비과세 한도가 축소되었다가 2006년 12월 제도가 폐지되었다. 이후 정부가 ‘혁신산업생태계 조성방안’을 발표하면서 벤처기업에 우수 인재를 확보하기 위한 목적으로 주식매수선택권 비과세제도를 재도입하였다.

벤처기업이란 창조적 아이디어와 첨단 기술을 바탕으로 도전적인 사업을 운영하는 중소기업을 의미한다. 벤처기업은 고도의 전문 능력, 창조적 재능, 기업가 정신을 살려 대기업에서는 착수하기 힘든 특수한 신규 산업에 도전하는 연구개발형 기업이다. 벤처기업은 성장 속도가 빠른 반면 도산될 위험도 큰 편인데 그 원인으로는 창업자의 1인 체제, 마케팅과 재무의 취약성, 안이한 과대설비 투자, 기술개발체제가 벽에 부딪히는 상황 등이 존재한다. 우리나라에서는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에서 일정요건을 갖춘 중소기업을 벤처기업으로 정의하고 벤처기업 성장을 지원하고 있다. 현재 일정한 요건을 갖춘 후 벤처기업에 대한 인증을 받은 경우 창업분야, 세제분야, 금융분야, 입지분야 및 기타분야 등으로 구분되는 지원제도를 받을 수 있다. Kibo A+Members로 선정되는 경우 거래편의 우대, 보증심사 우대, 연계지원 및 홍보지원 등을 받을 수 있고 이외에도 보증연계투자, 기술평가 투자보증, 기술 및 경영컨설팅, 벤처재기보증 지원제도를 운영하여 벤처기업에 대한 직접투자 등을 실시하고 있다. 벤처기업에 대한 조세지원은 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세 감면 등이 있다. 주식매수선택권은 창업 초기 이익을 내기 힘든 벤처기업들이 인력 확보 수단으로 가장 많이 활용하는 인센티브 제도로 일정 수량의 회사 주식을 유리한 가격으로 매수할 수 있는 권리를 부여하는 것을 말한다. 주식매수선택권은 일정 수량의 회사 주식을 유리한 가격으로 매수할 수 있는 권리를 부여하는 제도로 중기부는 1998년부터 벤처기업의 우수인재 유치를 지원하기 위해 주식매수선택권을 도입해 운영 중이다.

1998년 주식매수선택권 제도 도입 이후 중기부에 신고한 기업 기준 벤처기업 4,340개 사가 67,468명에게 주식매수선택권을 부여한 것으로 나타났다. 벤처붐이 일었던 2000년에 주식매수선택권을 가장 많이 부여(456건 8,337명)했으며, 이후 주식매수선택권 부여가 급격히 감소하다가 2017년부터 빠르게 증가해 2020년 451건 6,174명에게 부여한 것으로 나타났다. 벤처기업은 개인별로 평균 7,978주를 부여했으며 평균 부여 행사가액은 4,280만원이었다. 1인당 부여금액은 1,000만원 이하의 금액으로 부여하는 경우가 40.8%를 차지하고 있으며, 1억원을 초과하는 경우도 증가하고 있는 것으로 나타났다. 주식매수선택권은 신주발행을 통한 교부, 벤처기업의 자기주식 양도, 행사가액과 시가와의 차액을 금전 또는 자기주식으로 주는 차액보상 등 세 가지 방법으로 부여할 수 있으며 최근 3년간 부여 현황을 살펴보면 신주발행으로 부여하는 경우가 78.5%로 가장 많았다. 벤처기업은 대부분 임직원(96.3%)에게 주식매수선택권을 부여하고 있으며, 산업분류별로는 제조업(33.7%)과 정보통신업(31.9%), 과학 및 기술서비스업(26.8%)이 대부분을 차지하고 있는 것으로 나타났다.

미국, 일본, 영국, 프랑스 및 싱가포르는 적격요건을 갖춘 주식매수선택권의 경우 행사시점에는 근로소득세를 비과세하고, 양도시점에 자본이득세로 과세하는 특례제도를 두고 있다. 미국의 경우, 적격주식매수선택권은 부여일로부터 2년 경과 후 행사 가능하며 이전이 불가하고 행사가액은 10만달러 이하이다. 적격주식매수선택권은 행사자 양도 시 자본이득으로 과세하고 법인은 비용으로 불인정한다. 비적격주식매수선택권은 공정가격이 있는 경우에는 교부시점에, 공정가격이 없는 경우 행사시점에 근로소득으로 과세한다. 두 경우 모두 법인으로 비용으로 인정된다. 우리나라와 달리 벤처기업 및 중소기업 등의 기업규모에 차등을 두고 과세특례를 제공하고 있는 것은 아니므로 벤처기업 주식매수선택권 과세특례라고 볼 수 없으며, 모든 기업에 적용되는 과세특례제도이다. 일본의 경우, 적격주식매수선택권은 부여일로부터 2년 경과 후 행사 가능하며 이전이 불가하고 행사가액은 1,200만엔 이하이다. 적격주식매수선택권은 행사자 양도 시 자본이득으로 과세하고 법인은 비용으로 불인정한다. 일반적 주식매수선택권은 행사시점에 근로소득으로 과세하고 법인 손금으로 인정된다. 미국과 마찬가지로 벤처기업 및 중소기업 등의 기업규모에 차등을 두고 과세특례를 적용하고 있지 않다. 영국의 경우, 모든 회사에서 적용 가능한 적격주식매수선택권Ⅰ과 중소기업에서 유능한 인력을 확보하고 채용할 수 있도록 과세특례를 적용하는 적격주식매수선택권Ⅱ를 구분하여 운영하고 있다. 영국의 중소기업에 적용하는 주식매수선택권 과세특례제도는 우리나라의 벤처기업 주식매수선택권 과세특례제도와 마찬가지로 기업의 규모에 제한을 두고 적용하고 있으나, 우리나라는 벤처기업 인증을 받는 경우 그 외 별도의 요건은 충족하지 않아도 된다. 싱가포르는 스타트업, 중소기업, 일반기업을 구분하여 과세특례 요건 및 혜택을 정하고 있다. 행서시점 시 근로소득세에 대해서 75% 세액감면을 적용하고 있다. 싱가포르는 다른 국가들과 다르게 행사시점에 근로소득세를 과세하고 있으나, 75% 세액감면을 적용하고 있다. 다만, 우리나라와 유사하게 벤처기업에 대한 별도의 주식매수선택권 과세특례를 적용하고 있다. 프랑스에서는 일반적인 프랑스 적격주식매수선택권제도와 BSPCE로 나누어진다. 프랑스 적격주식매수선택권제도는 주로 상장회사나 국외상장회사의 프랑스 자회사에서 이용되는 제도이며, BSPCE는 신설 비상장법인에서 주로 이용되는 제도이다. 프랑스는 우리나라와 마찬가지로 벤처기업의 주식매수선택권 과세특례제도를 두고 있으며, 적격요건을 갖춘 경우 양도시점에 자본이득세로 과세하고 있다. 독일은 적격/비적격을 구분하여 과세제도를 운영하고 있지 않으며, 주식매수선택권제도와 관련하여 종업원에게 별도의 구체적인 조세특례제도는 운영하고 있지 않다. 행사시점과 양도시점에 각각 근로소득세 및 자본이득세로 과세한다. 우리나라와 같이 기업의 규모를 구분하여 규모가 작고 신설기업일수록 더 큰 과세특례를 제공하는 국가는 영국, 싱가포르 및 프랑스가 해당한다. 주식매수선택권 과세특례를 적용하는 국가들은 대부분 적격요건을 갖춘 경우에만 적용하고 있으나, 우리나라는 세법상 별도의 적격요건 없이 벤처기업 인증을 받은 경우 과세특례 대상이 될 수 있다.