李 靑 龍 /재정경제부 법인세제과Ⅰ. 들어가기 전에 Ⅱ. 합병에 대한 지원세제    1. 합병의 의의    2. 합병시 특례가 허용되는 합병의 요건    3. 합병법인의 합병차익과세 문제    4. 합병법인의 이월결손금승계 문제 Ⅲ. 분할에 대한 지원세제 Ⅰ. 들어가기 전에Ⅱ. 합병에 대한 지원세제1. 합병의 의의(1) 합병의 개념(2) 합병시 발생하는 과세문제2. 합병시 특례가 허용되는 합병의 요건 4. 합병법인의 합병차익 과세문제 (1) 합병평가차익1) 기본요건(法法 44 ①)2) 손금산입한도3) 손금산입방법4) 사후관리 (2) 합병감자차익 (3) 피합병법인의 자본잉여금    (4) 피합병법인의 이익잉여금 4. 합병법인의 이월결손금 승계문제 (1) 승계요건(2) 승계결손금의 범위 및 공제방법 (3) 사후관리(4) 역합병의 경우 이월결손금 공제배제(5) 이월결손금 승계요건의 특례1) 법인세법상의 특례2) 조세특례제한법상의 특례   ① 특수관계법인간 합병시 이월결손금 승계허용   ② 합병금융기관의 주식 10% 미만 보유시에도 이월결손금 승계허용 <목 차>        종전에는 법인세법의 합병에 대한 과세원칙이 미비하여 시가평가에 의한 합병이든 장부가액에 의한 합병이든 합병의 방법과 관련하여서는 제한없이 합병을 허용하되, 시가평가에 의한 합병의 경우에는 평가차익에 대해 과세가 이루어지도록 하였다. 특히 합병의 목적이나 합병 후 피합병법인으로부터 승계한 사업의 폐지 여부 등에 관계없이 과세를 하지 아니하되, 피합병법인의 이월결손금은 조세회피 소지측면에서 합병법인으로의 승계만 배제하였었다.    그러나 1997.12. 법인세법시행령 개정시 원활한 구조조정을 지원하기 위하여 시가평가에 의한 합병의 경우에도 합병단계에서는 과세문제가 발생하지 않도록 합병차익에 대한 손금산입제도가 마련되었으며(舊 法法 14의5 및 舊法令 23의4), 1998.12. 법인세법 전문개정시에는 합병과 관련한 제도를 보다 체계화하는 외에 기업의 구조조정 및 조직변경과 관련하여 상법에 분할제도가 도입됨에 따라 분할에 대한 과세제도도 도입하였다. 즉 일정한 기본요건을 충족하는 합병 및 분할에 대해서는 원칙적으로 합병 및 분할단계에서의 과세를 배제하되, 요건을 충족하지 못한 합병 및 분할에 대해서는 합병 및 분할단계에서 과세가 이루어지도록 하였다.    한편, 전년도 임시국회 및 정기국회에서 기업의 재무구조개선 및 구조조정에 대한 세제지원과 관련하여 조세특례제한법 중 일부가 개정됨에 따라 합병과 관련한 세제지원의 기본요건중 일부에 예외가 인정되었다. 이 편에서는 1998.12. 공포된 법인세법시행령, 1999. 5. 공포된 법인세법시행규칙 및 전년도 법인세법시행령 개정안 중 합병·분할관련 부분과 1999. 8.31. 공포된 조세특례제한법 및 전년도 정기국회에서 확정(1999.12. 3.)된 조세특례제한법 개정안 중 합병과 관련한 개정내용을 설명한다.    법인세법·령·규칙의 개정내용 중 합병과 관련한 내용은 1999. 1. 1. 이후 합병하는 분(전년도 시행령 개정안은 2000. 1. 1.)부터, 분할과 관련한 내용은 1998.12.28.이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용된다.           합병이라 함은 상법에 규정된 절차에 따라 2개 이상의 법인이 하나의 법인으로 되는 것을 말한다. 이러한 합병의 형태는 2개 이상의 법인 중 하나의 법인이 다른 법인을 흡수하여 존속하고 다른 법인은 소멸하는 흡수합병과 2개 이상의 법인이 모두 소멸하고 하나의 법인을 설립하는 신설합병 및 기존회사를 분할하여 분할한 일부분의 회사가 존립중인 1개 또는 수개의 회사와 합병하는 분할합병으로 대별된다. 여기서는 합병 중 흡수합병 및 신설합병에 대해서 분할합병에 대해서 설명하고 "분할에 대한 지원세제"에서 언급한다.    합병에 의하여 설립되거나 존속하는 법인을 합병법인이라 하고 소멸하는 법인을 피합병법인이라 한다. 합병법인은 피합병법인의 모든 권리와 의무를 별도의 청산절차없이 승계하고, 그 대가로 합병법인의 주식 및 금전 기타 재산 등을 피합병법인의 주주 및 출자자에게 교부한다.    법인이 합병을 하는 주된 이유는 경쟁기업과의 합병으로 경쟁회피 및 시장지배력의 제고 등에 의한 이윤의 극대화 추구 또는 생산의 집중화, 전문화 및 다각화 등에 의한 경영의 효율성을 증대시키는 데 있다고 하겠다.       합병에 있어 발생하는 세법상의 과세문제는 크게 4가지로 대별할 수 있는바, 첫째 합병법인에 있어서는 피합병법인의 자산이 합병법인으로 이전됨에 따른 합병차익에 대한 법인세 과세문제와 취득세·등록세 과세문제 및 피합병법인의 이월결손금 승계문제가 있고, 둘째 피합병법인에 있어서는 합병법인으로의 자산이전에 따른 청산소득 및 특별부가세에 대한 과세문제가 있으며, 셋째 피합병법인의 주주에 있어서는 합병대가로 합병법인의 신주 및 합병교부금을 수령함에 따른 의제배당소득에 대한 과세문제가 있고 마지막으로 합병당사법인의 주주에 있어서는 불공정합병과 관련한 주주간의 부당행위계산부인 및 증여의제문제 등이 있을 수 있다.    그러나 합병에 대하여 시가에 의한 자산매각으로 보아 과세한다면 일시에 막대한 세부담이 발생하여 사실상 합병이 불가능하게 된다. 따라서 1998.12. 법인세법령 개정시에는 법인간 합병이 사업의 계속성 및 주주지분의 연속성이 확보되는 단순한 조직변경에 불과한 경우에는 실제 이익이 실현되는 시점까지 과세를 이연하여 주는 제도를 도입하여 1999. 1. 1. 이후 합병하는 분부터 적용하도록 함으로써 세제면에서 합병을 통한 구조조정을 지원하였다.    1997.12. 법인세법령 개정시 합병을 통한 원활한 구조조정을 지원하기 위하여 시가평가에 의한 합병의 경우에도 합병단계에서는 과세문제가 발생하지 않도록 합병차익에 대한 손금산입제도가 마련되었으며, 1998.12. 법인세법령 개정시에는 합병관련제도를 보다 체계화하였다.    법인이 1999. 1. 1. 이후 합병하는 경우로서 다음의 2가지 기본요건을 충족하는 경우에는 합병과 관련하여 양도차익 내지 평가차익이 실현된 것으로 보지 아니하되, 기본요건을 충족하지 못한 경우에는 그 이익이 실현된 것으로 보아 과세한다.    2가지의 기본요건은(法法 44 ①) 첫째, 합병당사법인 모두가 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인이어야 한다(1호). 이는 합병등기일 현재 최소한 1년 이상은 사업을 계속하여 영위하던 내국법인간의 합병으로서 합병당사법인 중 어느 한 법인이라도 휴업 등의 사유로 사업영위일이 1년 미만인 경우에는 제외된다.    둘째, 피합병법인의 주주·사원 또는 출자자가 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 95% 이상이어야 한다(2호). 이는 합병대가 중 주식 또는 출자지분 이외의 금전 등을 과다하게 지급하는 경우 주주의 연속성을 특성으로 하는 합병이 아니라 사업양수도와 동일하므로 지원대상에서 제외하려는 것이다.    "합병대가의 총합계액"은 합병등기일 현재의 시가에 의하여 계산하며, 주식 및 출자지분 등의 가액도 합병등기일 현재의 시가에 의하여 계산한 금액을 말한다. 또한 합병대가는 주주 등이 직접 교부받은 주식 및 출자지분 등의 재산가액을 말하며, 합병법인의 포합주식취득가액이나  청산소득에 대한 법인세 대납액 등은 제외된다. 이 경우 시가의 계산은 법인세법시행령제89조의 규정에 의하며, 합병법인의 주식 또는 출자지분의 가액은 동조 제2항 제2호의 규정에 의하여 상속세및증여세법제38조 및 동법시행령제28조 제5항 내지 제7항의 규정에 의하여 평가한 가액에 의한다.    합병차익이라 함은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액(총자산－총부채)이 피합병법인의 주주 등에게 합병의 대가로 교부한 주식 등의 가액 및 금전 기타 재산가액을 초과하는 금액이 있는 경우 이를 합병차익이라 한다(法令 12 ①). 법인세법시행령에서는 합병차익이 합병평가차익, 합병감자차익, 피합병법인의 자본잉여금상당액 및 피합병법인의 이익잉여금상당액의 순서로 발생하는 것으로 규정하였다.    한편, 상법제459조 제2항에서는 합병차익의 범위 내에서 피합병법인의 이익준비금 기타 법정준비금을 합병법인이 승계할 수 있도록 하고 있으나, 이 경우 합병차익이 전혀 없을 수도 있으므로 과세형평을 위해 법인세법시행령에서는 동 금액의 승계가 없는 것으로 보아 합병차익을 계산하고 산출된 합병평가차익상당액을 익금에 산입하도록 하였다(法令 12 ③).    합병차익은 자본거래로 인한 수익으로 보아 익금에 산입하지 아니하나 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계함에 따라 발생한 합병평가차익은 익금에 산입한다(法法 17 3호). 합병차익은 다음의 구성요소별로 순차로 발생하는 것으로 한다(法令 12 ①).       법인이 합병하는 경우에 발생하는 합병차익 중 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 시가로 평가하여 승계하는 경우 그 승계가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액을 합병평가차익이라 한다(法法 17 3호, 法令 12 ① 1호·法令 15 ②).    즉 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우에는 합병평가차익이 발생하지 않으나 평가하여 승계하는 경우에는 합병평가차익이 발생한다. 이러한 합병평가차익은 자산의 평가차익 중 피합병법인의 청산소득에 대해 과세가 이루어지지 아니한 부분의 금액이므로 합병법인에게 우선적으로 과세한다. 반면 합병감자차익과 피합병법인의 자본잉여금상당액 및 피합병법인의 이익잉여금상당액은 피합병법인의 각사업연도소득계산시 이미 법인세가 과세되었거나, 자본거래에 해당되어 익금불산입된 금액이므로 과세에서 제외한다(法法 17 3호). 합병평가차익을 산식으로 표시하면 다음과 같다.    합병평가차익＝합병법인의 자산승계가액－피합병법인의 자산의 장부가액    합병평가차익은 자산의 평가차익에 해당하므로 익금에 산입하나(法法 17 3호 단서), 다음의 요건을 갖춘 합병으로서 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산 중 토지 및 건축물에 대한 합병평가차익상당액은 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금에 산입할 수 있도록 하였다(法法 44 ①).    또한 합병평가차익을 계산함에 있어서 기본요건을 충족하지 못하여 피합병법인에게 합병대가를 시가로 평가하여 청산소득을 과세하는 경우에는 동 평가차익상당액이 이미 피합병법인에게 청산소득으로 과세되었으므로 합병법인에게 다시 익금으로 과세하는 것은 이중과세가 된다.    따라서 시가에 의하여 피합병법인에게 청산소득이 과세된 경우에는 피합병법인에게 과세된 평가차익상당액을 차감하여 합병평가차익을 계산하며(令 12 ① 1호), 이 경우 합병평가차익이 곧 합병차익이 된다(法令 12 ① 1호 단서). 합병평가차익 ＝합병법인의 승계가액－{피합병법인의 장부가액＋(합병대가의 총합계액－피합병법인의 순자산가액)    "합병대가의 총합계액"은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등 및 금전 기타 재산가액의 합계액으로서 주주 등이 직접 받은 것을 말하고, 청산소득계산시 청산소득금액에 가산되는 포합주식의 취득가액이나 청산소득에 대한 법인세대납액 등은 제외된다.    합병대가의 총합계액을 계산함에 있어 주식 등의 평가방법은 기본요건을 충족한 합병의 경우에는 액면가액 또는 출자금액에 의하고, 기본요건을 충족하지 못한 합병의 경우에는 시가에 의한다(令 14 ① 1호). 이 경우 불공정합병으로 인하여 특수관계법인 주주로부터 분여받은 이익이 있는 경우로서 기본요건을 충족하지 못한 경우에는 시가에서 동 금액을 차감한다.    "피합병법인의 순자산가액"은 피합병법인의 자산의 장부가액에서 부채의 가액을 차감한 금액을 말한다(令 12 ① 1호).    첫째, 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병이어야 한다(1호).    둘째, 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 95% 이상이어야 한다(2호).    셋째, 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속하여 영위하여야 한다(3호).    이 경우 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계받은 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 승계받은 사업을 계속 영위하는 것으로 보지 아니한다.    "승계한 고정자산가액"은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계하여 장부에 계상한 가액, 즉 취득가액을 말하며, "고정자산"에 대해서는 별도로 규정한 바는 없으나 기업회계기준에 의한 고정자산 중 투자자산, 이연자산을 제외한 유형고정자산 및 무형고정자산에 한정된다고 보여진다.    "승계받은 사업"은 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 판정하되, 2 이상의 사업을 승계한 경우에는 각 사업별로 사업의 계속성 여부를 판정한다. 따라서 2 이상의 사업을 승계하여 1사업부문의 자산을 모두 처분하여 전체 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하게 된 경우라 하더라도 나머지 1사업부문의 자산에 대하여는 손금산입을 적용받을 수 있다.    합병법인의 합병차익에 대한 과세문제와 피합병법인의 자산이전에 따른 양도차익 내지 평가차익에 대한 청산소득에 대한 과세문제는 서로 불가분의 관계에 있다. 즉 합병법인이 자산을 평가하여 승계하는 한 청산소득으로든, 합병평가차익으로든 과세가 이루어진다는 것이다.    즉 합병법인이 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 평가차익부분은 합병비율에 따라 합병법인의 신주가액(액면가)이 피합병법인의 자기자본을 초과하는 경우에는 피합병법인에게 청산소득으로 과세되고, 피합병법인의 자기자본에 미달하는 경우에는 합병법인에게 합병평가차익으로 과세된다.    합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산 중 합병평가차익의 손금산입특례가 적용되는 자산은 피합병법인의 토지 및 건축물에 국한된다(令 80 ①). 토지 및 건축물에 대한 합병평가차익의 계산은 합병평가차익에 합병법인이 평가증하여 승계한 전체자산의 총평가증액 중 평가증된 토지 및 건축물의 총평가증액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로, 이를 산식으로 표시하면 다음과 같다(令 80 ②). 토지 등의 합병평가차익 ＝합병평가차익×평가증된 토지 등의 총평가증액/평가증된 전체자산의 총평가증액    "합병평가차익"은 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우의 당해 승계자산가액에서 피합병법인의 장부가액을 차감한 금액으로 하되 시가를 초과하는 가액을 제외하며(法令 80 ② 후단), "평가증된 전체자산의 총평가증액"은 피합병법인으로부터 승계한 자산 중 평가증하여 승계한 전체자산의 총평가증액을 말하고, "평가증된 토지 등의 총평가증액"은 평가증하여 승계한 전체자산의 총평가증액 중 평가증된 토지 및 건축물에 대한 총평가증액을 말한다.    한편, 1998.12.31. 이전에 합병한 경우에는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 자산가액의 합계액에서 피합병법인의 장부가액의 합계액을 차감한 금액이 손금산입대상 합병차익이 된다.    토지 및 건축물에 대한 합병평가차익은 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금에 산입할 수 있다(法法 44 ①). 이 경우 손금에 산입하는 금액은 개별토지 등 별도 건축물의 경우에는 일시상각충당금으로 토지의 경우에는 압축기장충당금으로 계상하되, 개별 토지 등의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금은 토지 등의 합병평가차익에 개별 토지 등의 평가증액이 평가증된 토지 등의 총평가증액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 이를 산식으로 표시하면 다음과 같다(令 80 ④). 건축물의 일시상각충당금＝토지 등의 합병평가차익×건축물의 평가증액/토지 등의 총평가증액 토지의 압축기장충당금＝토지 등의 합병평가차익×토지의 평가증액/토지 등의 총평가증액    건축물에 대한 일시상각충당금은 충당금설정액을 한도로 당해 자산의 감가상각비와 상계하고, 토지에 대한 압축기장충당금은 당해 토지를 양도하는 사업연도에 익금에 산입하여 과세된다(令 80 ⑤).    합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음사업연도개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다(法法 44 ②). 또한 당해 기간 내에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하거나 승계사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 및 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우에는 당해 사유가 발생한 사업연도에 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 잔액전액을 익금에 산입한다(令 80 ⑥). 이 경우 "승계한 고정자산가액"은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계하여 장부에 계상한 가액, 즉 취득가액을 말하며, "승계받은 사업"은 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 판정하되, 2 이상의 사업을 승계한 경우에는 각 사업별로 사업의 계속성 여부를 판정한다. 따라서, 2 이상의 사업을 승계하여 1사업부문의 자산을 모두 처분하여 전체 승계한 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하게 된 경우라 하더라도 나머지 1사업부문의 자산에 대하여는 손금산입을 적용받을 수 있다(令 80 ③).       법인이 합병하는 경우에 발생하는 합병차익 중 합병법인의 주식가치가 피합병법인의 주식가치보다 높은 경우에는 피합병법인의 주주 등은 구주 1주당 합병법인의 신주를 1주 이상 교부받지 못한다. 즉 합병비율이 1대 1에 미달하는 경우 피합병법인의 자본금상당액만큼 그대로 합병법인의 자본금이 증가되지 아니하며, 그 비율만큼 자본금이 감소되는 것이다. 이와 같이 피합병법인의 자본금에 미달하게 합병법인의 신주 등 합병대가를 지급한 경우 그 차액이 합병감자차익이며(令 12 ① 2호), 이를 산식으로 표시하면 다음과 같다.    합병감자차익＝합병대가의 총합계액(주식은 액면가액)－피합병법인의 자본금    "합병대가의 총합계액"은 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등 및 금전 기타 재산가액의 합계액으로 피합병법인의 주주들이 직접 받은 것의 총합계액을 말하며, 청산소득계산시 청산소득금액에 가산되는 포합주식 취득가액이나 청산소득에 대한 법인세 대납액 등은 제외된다(法則 7). 다만, 감자차익을 계산하는 것이므로 주식의 경우에는 기본요건 충족 여부에 관계없이 액면가액에 의한다(法令 12 ① 2호). 그러나 기타 재산은 시가로 계산한다. 반대로 피합병법인의 1주당 주식가치가 합병법인의 1주당 주식가치보다 높아 피합병법인의 주주들이 구주 1주당 합병법인의 신주 1주 이상을 교부받는 경우에는 합병법인에 합병감자차익이 발생되지 아니하고, 피합병법인의 주주에게 의제배당소득에 대한 과세문제가 발생한다.       법인이 합병하는 경우에 발생하는 합병차익 중 "피합병법인의 자본잉여금"은 피합병법인의 자본잉여금이 합병법인에게 그대로 승계되지 아니하고 합병차익화된 금액이다.    "자본잉여금"은 주식발행액면초과액, 감자차익, 합병차익, 분할차익, 기타자본잉여금, 즉 자본준비금과 자산재평가법에 의한 재평가적립금을 말하며(法則 8), 무상주를 분배하는 경우 의제배당으로 익금산입되지 아니하는 자본잉여금부터 순차로 계산하여 합병차익을 계산한다.       법인이 합병하는 경우에 발생하는 합병차익 중 "피합병법인의 이익잉여금"은 피합병법인의 이익잉여금이 합병법인에게 그대로 승계되지 아니하고 합병차익화된 금액이다.    한편, 합병차익을 계산함에 있어 이익잉여금을 가장 후순위로 계산하는 것은 피합병법인의 주주 등이 합병신주를 교부받으면서 의제배당으로 익금산입한 금액이 있다면 이익잉여금에서 가장 먼저 분배받았다고 간주함으로써 향후 합병법인이 합병차익을 자본전입하여 무상주를 분배하는 경우 동 금액을 제외함으로써 그 만큼 무상주에 대한 의제배당을 감소시켜 주기 위한 것이다.    종전(1998.12. 이전)에는 법인이 합병하는 경우 피합병법인의 이월결손금은 합병법인으로의 승계가 허용되지 않았으나, 합병을 통한 구조조정을 지원하기 위하여 일정한 요건을 충족하는 합병의 경우에는 이월결손금의 승계를 허용하는 제도가 1998.12. 법인세법 개정시 신설되어(法法 45), 1999. 1. 1. 이후 합병하는 분부터 적용된다. 한편, 전년도 임시국회에서 개정되어 1999. 8.31. 공포된 조세특례제한법에서는 이월결손금승계요건의 예외를 인정하는 일부조문의 개정이 있었고, 법인세법시행령 개정안에서는 역합병에 대한 규제를 강화하는 내용의 개정이 있었다.          합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우로서 다음의 요건을 갖춘 경우에는 합병등기일 현재 피합병법인의 이월결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위 안에서 각사업연도의 과세표준에서 공제한다(法法 45 ①).    첫째, 법인세법제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자 외의 법인간에 합병하는 경우로서 지원대상이 되는 합병에 해당해야 한다(1호). "지원대상이 되는 합병"이라 함은 상기 "3. (1) 1) 기본요건"을 충족한 합병을 말하며, 특수관계의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일부터 합병등기일까지의 기간에 의하여 판정하되, 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날부터 합병등기일까지의 기간을 기준으로 판정한다(令 88 ②).    둘째, 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등이 합병법인의 합병등기일현재 발행주식총수 또는 출자총액의 10% 이상이어야 한다(2호).    셋째, 합병법인은 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다(3호, 法法 113 ③).       합병법인이 각사업연도의 과세표준을 계산함에 있어서 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일현재 피합병법인의 법인세법제13조 제1호의 규정에 의한 결손금으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 경과한 것으로 보아 계산한 금액으로 하고(法令 81 ①), 합병 후 합병법인의 각사업연도에 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 결손금이 발생한 경우에는 다음사업연도 이후의 승계결손금의 범위액은 그 범위액에서 당해 결손금에 상당하는 금액을 차감한 금액으로 한다(令 81 ②).    이 경우 "제13조 제1호의 규정에 의한 결손금", 즉 피합병법인의 각사업연도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액으로 하며, "승계결손금의 범위액"을 합병등기일이 속하는 사업연도와 그후의 사업연도로 구분하여 보면 다음과 같다(法則 41 ①).    ① 합병등기일이 속하는 사업연도의 경우    합병등기일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금으로서 그 후의 각사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액으로 한다.    ② 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 후 개시하는 사업연도의 경우에는 ⅰ.에서 ⅱ. 및 ⅲ.을 차감한 금액을 말한다.    ⅰ. 당해 사업연도의 합병등기일 해당일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금    ⅱ. 당해 사업연도의 개시일 전에 승계하여 공제한 결손금    ⅲ. 법인세법시행령제81조 제2항의 규정에 의하여 합병법인이 승계받은 사업에서 결손금이 발생한 경우 이를 차감한 결손금       합병법인이 피합병법인의 결손금을 공제한 후 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음사업연도개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 공제한 결손금의 전액을 그 폐지일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다(法法 45 ②). 또한 당해 기간 내에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하거나 승계사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 및 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우에는 당해 사유가 발생한 사업연도에 공제한 결손금의 전액을 익금에 산입한다(令 81 ③). 이 경우 2 이상의 사업을 승계받아 일부만 계속 또는 폐지하는 경우의 승계결손금의 범위액 및 익금산입액은 승계한 사업별 자산가액의 비율로 안분하여 계산한 금액으로 한다.       법인이 합병하는 경우 1995.12.31. 이전까지는 합병법인의 이월결손금은 과세표준계산에 있어서 전액 공제할 수 있었으나, 1996. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 합병하는 분부터는 일정한 요건을 갖추지 못한 합병으로서 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이라고 인정되는 경우에는 합병법인의 이월결손금도 과세표준에서 공제를 배제하였다(法法 45 ③). 공제배제요건은 다음과 같으며 다음의 요건을 모두 충족한 경우에 한하여 공제배제한다(令 81 ④ 및 ⑤).    첫째, 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도개시일부터 합병등기일까지의 기간중 하나의 법인이 다른 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 20% 이상을 소유하거나 출자하고 있는 당해 법인간의 합병 또는 동일인이 2 이상의 법인에 대하여 발행주식총수 또는 출자총액의 30% 이상을 각각 소유하거나 출자하고 있는 당해 법인간의 합병이어야 한다. 이 경우 사업연도개시일이 서로 다른 법인이 합병하는 경우에는 먼저 개시한 날부터 합병등기일까지의 기간중 발행주식총수 또는 출자총액을 계산한다.    둘째, 법인세법제13조 제1호의 규정에 의한 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하여야 한다. 즉 합병등기일 현재 각사업연도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 이월결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하여야 한다.    셋째, 합병등기일 후 2년 이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기하여야 한다. 한편, 전년도 법인세법시행령 개정안에서는 합병등기일 후 2년 이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기하여야 하는 요건을 악용하여 합병등기일 직전에 피합병법인의 상호로 변경하여 조세를 회피하는 것을 방지하기 위하여 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도개시일부터 합병등기일까지의 기간중에 피합병법인의 상호로 변경등기하는 경우에도 역합병으로 보아 합병법인의 이월결손금승계를 배제하되, 동법시행령 부칙에서 2000. 1. 1. 이후 합병하는 분부터 적용하도록 하였다.       합병을 통한 구조조정을 지원하기 위하여 1999. 1. 1. 현재 특수관계가 없는 법인의 주식을 주채권은행의 승인을 얻어 합병을 목적으로 취득한 경우로서 1999.12.31. 이전에 당해 법인을 합병한 경우에는 특수관계가 없는 법인간의 합병으로 본다(令 附法則 13 ④, 대통령령 제15970호, 1998.12.31.). 이는 합병등기일이 속하는 직전사업연도의 개시일부터 합병등기일까지의 기간중에 특수관계 법인에 해당하는 경우에도 1999. 1. 1. 현재 특수관계가 없는 경우로서 주채권은행의 승인을 얻어 합병을 목적으로 주식을 취득한 경우로서 1999.12.31.까지 합병하는 경우에는 특수관계가 없는 법인간의 합병으로 보아 지원한다.    합병을 통한 구조조정을 지원하기 위하여 1999.12.31.까지 합병하는 경우로서 특수관계법인간의 합병 및 금융기관간의 합병의 경우에 한하여 이월결손금의 승계요건을 완화하는 조세특례제한법이 전년도 임시국회에서 개정되어 1999. 8.31. 공포되었는바, 주요내용은 다음과 같다.    내국법인이 1999.12.31. 이전에 법인세법제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계에 있는 다른 내국법인과 법인세법제44조 제1항 각호(3. (1) 1) 기본요건)와 법인세법제45조 제1항 제2호(피합병법인의 주주 등이 합병법인의 주식 등을 10% 이상 보유) 및 제3호(구분경리)의 요건을 갖추어 합병하는 경우에도 피합병법인의 이월결손금은 합병법인의 과세표준에서 공제할 수 있도록 하였다(租特法 47의2 ①). 법인세법제45조 제1항 중 제1호의 요건, 즉 특수관계자 외의 법인간 합병요건을 제외함으로써 특수관계법인간의 합병시에도 이월결손금의 승계를 허용하였다. 또한 개정규정은 공포일이 속하는 과세연도에 합병하는 분부터 적용하도록 하여 사업연도가 12월말인 법인의 경우 1999. 1. 1.부터 1999.12.31.까지 합병하는 경우에 한하여 적용된다(附法則 6 ①).    금융기관이 "금융산업의구조개선에관한법률"에 의하여 1999.12.31. 이전에 합병하는 경우로서 법인세법제45조 제1항 제2호(피합병법인의 주주 등이 합병법인의 주식 등을 10% 이상 보유)의 요건을 갖추지 아니한 경우에도 합병으로 인하여 소멸하는 금융기관의 법인세법제13조 제1호의 규정에 의한 결손금은 합병법인의 각사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제할 수 있도록 하였다(租特法 49 ②). 즉 피합병금융기관의 주주가 합병등기일 현재 합병금융기관이 발행한 주식총수의 10%에 미달하게 보유한 경우에도 피합병금융기관의 이월결손금은 합병금융기관의 과세표준에서 공제가 가능하다. 또한 개정규정은 공포일이 속하는 사업연도에 합병하는 분부터 적용하도록 하여 사업연도가 12월말인 금융기관의 경우에는 1999. 1. 1.부터 1999.12.31.까지 합병하는 경우에 한하여 적용된다(附法則 6 ①)