세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 세무조사과정에서 아래의 사유에 해당하는 경우에는 세무조사기간을 연장할 수 있다(국기법 §81의 8 ①). 1) 조사기피행위에 대하여 구체적이고 객관적인 기준을 마련하여 입법화할 필요가 있음.

• ① 중소규모가 아닌 경우[조사사규 §36 ② (1)] 가. 중소규모 납세자 이외의 납세자에 대한 조사에서 조사기간을 연장하는 경우에는 납세자보호위원회의 승인을 받아야 한다. 나. 조세범칙조사의 경우에는 조세범칙조사심의위원회의 승인을 받아야 한다. 중소규모 납세자(조사사규 §15 ②)
  조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만(부가가치세에 대한 세무조사의 경우 1과세기간 공급가액의 합계액이 50억원 미만)인 납세자
• ② 중소규모 납세자를 세무서에서 조사하는 경우[조사사규 §36 ② (2)] 가. 중소규모 납세자에 대하여 세무서장이 실시하는 조사의 조사기간을 연장하는 경우에는 최초 연장은 조사관할 관서의 납세자보호담당관(조세범칙조사의 경우에는 조사과장)의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장은 지방국세청 납세자보호담당관(조세범칙조사의 경우에는 조세범칙조사심의위원회)의 승인을 받아야 한다. 나. 이 경우 세무조사 연장기간은 각각 20일 이내로 제한된다.
• ③ 중소규모 납세자를 지방국세청에서 조사하는 경우[조사사규 §36 ② (3)] 가. 중소규모 납세자에 대하여 지방국세청장이 실시하는 조사의 조사기간을 연장하는 경우에는 최초 연장은 지방국세청 납세자보호담당관(조세범칙조사의 경우에는 조세범칙조사심의위원회)의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장은 국세청 납세자보호관의 승인을 받아야 한다. 나. 이 경우 세무조사 연장기간은 각각 20일 이내로 제한된다.

세무조사가 중지ㆍ재개되는 경우에는 조사기간 중 중지된 기간에 해당하는 일수만큼 조사기간이 연장된다는 내용이 기재된 세무조사 중지 통지 및 세무조사 재개 통지를 납세자에게 통지함으로써 조사기간이 연장된다(조사사규 §36 ④).

세금계산서에 대한 추적조사가 필요한 경우 등 일정한 사유에 해당하는 경우에는 연장기간의 제한을 받지 아니하고 세무조사를 실시²⁾할 수 있다(국기법 §81의 8 ③ 단서). 2) 세무조사 시 대응에 유의할 필요가 있다. 다만, 실무적으로 업무량을 고려할 때 조사관서에서도 무제한 연장하여 세무조사를 하기는 곤란하다.

세무조사 연장 통지는 조사기간 종료 전에 납세자에게 송달하여야 한다(납보사규 §46 ②). 「국세기본법」 제81조의 8 제2항의 규정에 따라 세무조사기간을 연장하려는 때에는 연장사유와 기간을 납세자에게 문서로 조사기간이 종료되기 전에 통지하여야 하는 것이며, 조사기간 종료 후에 통지한 조사기간 연장 통지는 연장의 효력이 없다.

세무조사 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖의 사유³⁾로 조사를 받기 곤란한 경우(세무조사 연기사유) 관할 세무서장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다(국기법 §81의 7 ②). 3) 세무조사 연기신청 사유와 동일 세무조사 연기사유(국기령 §63의 7 ①)

조사공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 일정한 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 최소한의 기간 동안 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 세무조사기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다(국기법 §81의 8 ④, 조사사규 §37 ①). 조사관서장이 세무조사를 중지하는 사유는 아래와 같다(국기령 §63의 9).

① 조사관서장은 납세자가 세무조사 중지신청을 하는 경우 그 내용을 검토하여 세무조사 중지 여부를 기재한 세무조사 (중지ㆍ연장) 신청 결과 통지 서식에 의하여 통지하여야 한다. ② 납세자가 조사중지 신청을 하는 경우 이외로서, 조사중지가 3회차 이상인 경우에는 조사관서 납세자보호담당관의 승인을 받아 조사를 중지할 수 있다. 다만, 중지 사유가 납세자의 소재 불명 또는 해외 출국인 경우에는 그러하지 아니하다. ③ 조사관서장이 세무조사를 중지하는 경우에는 세무조사 중지통지에 그 사유와 기간을 기재하여 납세자에게 통지하여야 한다. ④ 조사관서장은 세무조사를 중지한 기간이 종료된 때에는 특별한 사유가 없으면 지체 없이 조사를 재개하여야 한다. 다만, 중지기간이 종료되기 전이라도 중지사유가 소멸되었거나 증거인멸 우려 또는 조세채권 확보 등으로 긴급히 조사를 재개하여야 할 사유가 발생한 때에는 세무조사를 재개할 수 있다. ⑤ 세무조사를 재개하는 경우에는 납세자에게 세무조사 재개통지 서식에 그 사유를 기재하여 통지하여야 하며, 조사를 재개함에 있어 조사반(팀)이 변경되는 등의 사유가 발생한 경우에는 새로 조사계획을 수립하여야 한다.

세무조사의 중지기간 중에는 납세자에 대하여 질문을 하거나 장부등의 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다(국기법 §81의 8 ⑤). 그러나 중지기간 중 납세자의 필요에 의해 자발적으로 조사진행사항에 대해 문의하거나 해명자료를 제출하는 경우에는 응답이나 제출받을 수 있다. 또한 조사기간의 연장이나 범위를 확대한다는 통지행위를 할 수 있고, 납세자 외의 거래처 등에 대한 관련인 추가 선정 등도 가능하다.

조사공무원은 세무조사를 실시하는 동안 조사대상 과세기간 및 조사대상 세목, 조사기간 등에 대해 사전에 정한 범위와 한계를 준수하여야 한다(조사사규 §38).

조사공무원은 구체적인 세금탈루혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련된 것으로 확인되는 경우 등 일정한 사유에 해당하는 경우에는 조사 진행 중 조사범위를 확대⁴⁾할 수 있다(조사사규 §39). 4) 예를 들어 임대료 등 매출누락 차명통장이 발견되었고, 그 차명통장으로 매출누락금액이 지속적으로 입금되었음이 확인되는 경우 조사범위를 5년으로 확대할 수 있다. 세무조사 범위의 확대(국기령 §63의 10)

• ① 중소규모 이외의 납세자 중소규모 이외의 납세자에 대한 조사에서 조사범위를 확대하는 경우에는 납세자보호위원회의 승인을 받아야 한다.
• ② 중소규모 납세자 중소규모 납세자에 대하여 조사범위를 확대하는 경우에는 최초 조사범위 확대는 조사관할 관서의 납세자보호담당관의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 확대는 상급 관서의 납세자보호(담당)관의 승인을 받아야 한다.
• ③ 조세범칙조사의 경우 조세범칙조사로 전환하는 과정에서 조사범위를 확대하거나, 조세범칙조사에서 조사범위를 확대하는 경우에는 조세범칙조사심의위원회의 승인을 받아야 한다.
• ④ 조사범위 확대 통지 조사공무원은 조사범위가 확대된 경우에는 그 사실을 조사범위확대(유형전환) 통지 서식에 의해 납세자에게 통지하여야 한다.

세무공무원이 제출받은 자료를 검토하는 과정에서 조사대상 외 과세기간의 신고내용이 잘못되었다는 의심이 들었다면 위 「국세기본법」 규정에 따라 세무조사의 범위를 해당 부분에 한정하여 확대한 후 청구인에게 그 내용을 문서로 통지하였어야 하나, 조사청은 그러한 법령상의 절차를 위반한 채 세무조사 대상이 아닌 과세기간에 대한 세무조사 결과통지를 하였고, 그 결과통지 내용대로 이 건 부과처분을 한바, 결국 이 건 부과처분은 세무조사의 대상 과세기간이 확대되었음에도 불구하고 청구인에게 통지가 누락된 세무조사에 기초한 것이어서 그 처분의 취소사유에 해당하는 중대한 절차상 하자가 있다 할 것이므로 청구인이 20◎◎~20◇◇년 귀속 종합소득세 신고 시 감가상각비를 과다계상하였다고 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다(조심 2018서4063, 2019.6.26.).

조사공무원은 원칙적으로 세무조사의 목적으로 납세자의 장부 또는 서류 등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다(국기법 §81의 10 ①).

납세자가 비정기 조사대상자 선정사유에 해당하는 경우⁵⁾로서 납세자의 동의가 있는 경우⁶⁾에는 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 얻어 세무관서에 일시 보관할 수 있다(국기법 §81의 10 ②). 5) 세무조사대상자 비정기선정 사유(국기법 §81의 6 ③) 1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우 2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우 3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6) 납세자의 동의가 없는 경우에는 세무공무원이 임의로 장부ㆍ서류를 가져갈 수 없다.

• ① 일시보관 방법에 의한 조사계획을 수립한 경우(조사사규 §40 ①) 가. 조사공무원은 납세자의 증거인멸 우려 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단될 경우에는 조사관할 지방국세청장의 승인을 받아 장부ㆍ서류 등의 일시 보관방법에 의한 조사계획을 수립할 수 있다. 나. 조사계획에 따라 조사 시작 시 각 세법의 질문조사권에 따라 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등의 제출을 요구하고 납세자의 동의를 받아 세무조사기간 동안 관련 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시 보관할 수 있다.
• ② 조사 진행 중 긴급한 경우(조사사규 §40 ②) 가. 조사 진행 중 증거인멸 우려 등 긴급한 경우에는 조사관서장의 승인을 받아 납세자의 동의하에 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시 보관할 수 있다. 나. 이 경우 조사관할 지방국세청장의 승인을 받아야 한다.

• ① 일시보관동의서 수령 조사공무원은 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자에게 일시보관 내용이 포함된 장부등 일시보관에 따른 안내를 교부하고, 장부등의 일시 보관 방법 및 절차⁷⁾를 설명한 후 장부등 일시보관 안내확인 및 동의서를 받아야 한다(조사사규 §40 ③). 7) 장부등의 일시보관 방법 및 절차(국기령 §63의 11 ①) 장부등의 일시 보관 전에 납세자에게 다음 각 호의 사항을 고지하여야 한다. 1. 법 제81조의 6 제3항 각 호의 사유 중 장부등을 일시 보관하는 사유 2. 납세자등이 동의하지 아니하는 경우에는 장부등을 일시 보관할 수 없다는 내용 3. 납세자등이 임의로 제출한 장부등에 대해서만 일시 보관할 수 있다는 내용 4. 납세자등이 요청하는 경우 일시 보관 중인 장부등을 반환받을 수 있다는 내용
• ② 일시보관증 등 교부 조사공무원은 일시 보관할 장부ㆍ서류에 대하여 일시보관증, 일시보관 서류 등의 목록 및 장부, 서류 등 반환요청서를 교부하여야 한다(조사사규 §40 ③).
• ③ 즉시 반환 장부ㆍ서류 등의 일시 보관은 조사목적에 필요한 최소한의 범위에서 실시하여야 하며, 일시 보관한 장부ㆍ서류 중 증거서류로서의 활용가치가 없다고 판단되는 것은 납세자에게 즉시 반환하여야 한다(조사사규 §40 ④).
• ④ 납세자의 반환요청이 있는 경우 일시 보관하고 있는 장부 또는 서류 등에 대하여 납세자가 반환을 요청한 경우에는 그 반환요청일로부터 14일 이내에 반환하여야 하며, 조사목적을 달성하기 위해 필요한 경우에는 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 1회에 한해 14일 이내의 범위 내에서 보관기간을 연장할 수 있다. 이 경우 조사공무원은 장부 또는 서류 등에 대한 사본을 보관할 수 있고, 그 사본이 원본과 다름없다는 사실을 확인하는 납세자의 서명 또는 날인을 요구할 수 있다(조사사규 §40 ⑤ㆍ⑥).
• ⑤ 반환확인서 수령 조사공무원은 일시 보관하고 있던 장부ㆍ서류 등을 반환하는 경우에는 장부ㆍ서류 등 반환확인서를 납세자로부터 받아 보관하여야 한다(조사사규 §40 ⑦).

조사공무원은 세무조사 진행 과정에서 세금탈루 혐의 등에 대하여 납세자에게 해명할 수 있는 기회를 주어야 한다(조사사규 §41 ①).

• ① 서면으로 해명자료 제출을 요구하는 경우 조사공무원은 세무조사 과정에서 조사받는 납세자에게 과세요건 및 사실관계 규명 등에 필요한 서류ㆍ증빙ㆍ물건 등의 제출ㆍ열람 및 해명을 요구할 경우에는 장부ㆍ서류 등 자료제출 요구서에 의해 요구하고, 요구사항 목록을 작성하여 보관하여야 한다(조사사규 §41 ②).
• ② 구두로 해명자료 제출을 요구하는 경우 법령 등에 의해 비치ㆍ기장 의무가 있는 회계장부 및 관련 증빙은 구두로 요구하되, 요구사항 목록을 작성ㆍ보관하여야 한다(조사사규 §41 ② 단서).

조사공무원은 과세의 근거자료를 확보하여 향후 불복청구 등에 대비하여야 하며, 납세자 또는 관련인 등의 확인이 필요한 사항에 대해서는 확인서 또는 진술서를 받아야 한다(조사사규 §41 ③).

세무조사 시 부분조사 또는 세목별조사 과정에서 발견된 세금탈루 행위가 과세기간의 전반적인 사항 또는 다른 세목에 관련되는 경우 조사유형을 전환할 수 있다(조사사규 §42 ①).

부분조사에서 전부조사 등으로 유형 전환되는 경우에는 납세자보호담당관 또는 납세자보호위원회의 승인을 받도록 하고 있다(조사사규 §42 ①).

• ① 사전 승인 대상[조사사규 §43 ① (1)] 가. 금융거래 현장확인 대상자 또는 계좌를 선정하는 때 나. 타인의 연결계좌 또는 연결수표 입출금계좌 중 승인받지 않은 자 명의의 계좌에 대한 금융거래정보를 조회하고자 하는 때
• ② 사후 보고하는 경우(조사사규 §43 ②) 가. 세무조사과정에서 신용카드 변칙거래, 가짜세금계산서 수수혐의 등에 대한 금융거래 현장확인이 긴급히 필요한 경우에는 조사관서장 또는 조사국장, 세무서장의 승인을 받아 금융거래 현장확인이나 조회를 시작할 수 있다. 나. 이 경우 시작한 날의 다음 날까지 금융거래 현장확인 대상자와 긴급한 사유 등을 지방국세청장에게 보고하여야 한다.
• ③ 조회대상기간의 확대[조사사규 §43 ① (1)] 조회대상기간은 조사대상 과세기간으로 한정하되, 조사대상 과세기간 내의 탈루혐의 확인 등과 관련하여 필요한 경우에는 조사대상 과세기간 외의 기간으로 확대할 수 있다.

지방국세청장의 승인을 받은 자 또는 계좌에 대해 승인대상기간 외의 기간에 대한 금융거래정보 제공을 요구하고자 하는 때에는 조사관서장, 조사국장, 세무서장의 승인을 받아야 한다[조사사규 §43 ① (2)].

조사기간 종료 후에는 금융기관에 대해 금융거래정보 제공을 요구할 수 없다[조사사규 §43 ① (3)].

• ① 거래처에 대한 세무조사 세무조사과정에서 조사대상 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우에는 해당 거래처를 조사대상자로 선정하여야 한다(조사사규 §44 ①).
• ② 조사관할 조정 등 이 경우 조사대상자 선정, 조사관할 조정, 세무조사 통지 등 일반적인 세무조사 절차에 따라 진행된다(조사사규 §44 ① 후단).

세무조사 과정에서 조사대상 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대하여 현장확인이 필요한 경우에는 그 사유와 범위를 표시하여 소관 조사과장의 승인을 받아 실시한다. 장확인 출장 시에는 현장확인 출장증에 그 사유를 기재하여 현장확인 대상 거래처 또는 거래상대방에게 제시하여야 한다(조사사규 §44 ②).

세무조사의 종결 절차(조사사규 §45)

• ① 조사관서장에게 보고 조사공무원이 세무조사를 종결하고자 할 때에는 조사한 내용을 정리하여 조사관서장에게 보고하여야 한다.
• ② 조사관서장의 조사종결 여부 결정 조사종결 보고를 받은 조사관서장은 그 내용을 검토하여 조사의 종결 여부를 결정한다.
• ③ 납세자에게 조사 결과에 대한 설명 조사공무원은 조사기간의 마지막 날에 납세자 또는 납세관리인에게 조사 결과에 대하여 구체적으로 설명하여야 하며, 조사결과에 대한 이의가 있을 경우 납세자의 권리구제 방법을 상세히 알려주어야 한다.

세무조사 결과통지(조사사규 §46)

• ① 20일 이내 통지(국기법 §81의 12 ①, 조사사규 §46 ①) 조사공무원은 납세자에게 통지한 조사기간이 종료한 날로부터 20일 이내에 세무조사 결과를 납세자에게 구체적으로 설명하고, 세무조사결과통지서에 세무조사 결과를 상세히 기재하여 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 공시송달의 사유가 있는 경우에는 40일 이내에 통지하여야 한다.
  1. 세무조사 내용 2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거 3. 세무조사 대상 세목 및 과세기간 4. 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다) 5. 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거 6. 관할 세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 수정신고가 가능하다는 사실 7. 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실
• ② 세무조사 결과통지의 생략(국기법 §81의 12 ① 단서, 국기령 §63의 13 ②) 가. 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 나. 조세불복에 따른 재조사 결정에 의한 조사를 마친 경우 다. 세무조사결과통지서 수령을 거부하거나 회피하는 경우
• ③ 개인공동사업자에 대한 조사 결과통지(조사사규 §46 ②) 개인공동사업자에 대한 조사 결과통지는 대표공동사업자에게 한다. 다만, 대표공동사업자가 아닌 비대표공동사업자를 세무조사한 경우에는 비대표공동사업자에게도 세무조사 결과통지를 한다.
• ④ 조사 종결까지 장기간 소요될 것으로 예상되는 경우(조사사규 §46 ③) 조사를 종결하는데 장기간이 소요될 것으로 판단되는 경우 미완료된 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 조사결과를 조사종결 전에 우선 통지할 수 있다. 이 경우 미완료된 부분은 조사 종결일까지 조사를 종결한 후 그 결과를 통지한다.
• ⑤ 세무조사 결과 일부 통지 대상(조사사규 §46 ④) 세무공무원은 다음의 어느 하나에 해당하는 사유 등과 같이 20일(40일) 이내에 조사결과를 통지할 수 없는 부분이 있는 경우에는 납세자가 세무조사 부분 결과통지 동의서를 제출하는 경우 조사 결과를 통지할 수 없는 부분을 제외한 나머지 조사결과에 대해 납세자에게 구체적으로 설명하고, 이를 세무조사결과통지서에 상세히 기재하여 납세자에게 통지할 수 있다. 가. 「국제조세조정에 관한 법률」 및 조세조약에 따른 국외 자료의 수집ㆍ제출 또는 상호합의절차 개시에 따라 외국 과세기관과의 협의가 진행 중인 경우 나. 해당 세무조사와 관련하여 세법의 해석 또는 사실관계 확정을 위하여 과세기준자문 또는 과세사실판단자문을 신청하는 경우
• ⑥ 일부 통지 사유가 해소된 경우(국기법 §81의 12 ③, 조사사규 §46 ⑤) 상호합의절차 종료, 세법의 해석 또는 사실관계 확정을 위한 질의에 대한 회신 등의 사유가 해소된 때에는 그 사유가 해소된 날부터 20일(공시송달의 사유 40일) 이내에 조사결과를 통지할 수 없는 부분 외에 대한 조사결과를 납세자에게 설명하고, 서면으로 통지하여야 한다.

결정ㆍ경정 절차(조사사규 §47)

• ① 제세 결정ㆍ경정결의서 작성 시기 조사종결 지시를 받은 조사공무원은 아래의 시기가 경과할 때에는 지체 없이 제세결정ㆍ경정결의서를 작성하여야 한다. 가. 과세전적부심사 청구기간이 경과한 때 나. 과세전적부심사 결정이 있는 때 다. 납세자의 조기결정 신청이 있는 때
• ② 조사서 작성 조사공무원은 세무조사 적출사항에 대해서 그 내용과 근거를 조사서에 상세히 기재하고 끝부분에 조사자의 직, 성명을 기재한 후 서명 날인한다. 가. 과세전적부심사를 청구한 경우 결정ㆍ경정의 유보 납세자가 세무조사 결과통지에 대해 과세전적부심사를 청구한 경우에는 그 청구한 부분에 대해서는 제세결정ㆍ경정을 유보하여야 한다(조사사규 §48 ①). 나. 조기 결정ㆍ경정을 하는 경우 납기 전 징수사유가 있는 등 일정한 사유(국기법 §81의 15 ③, 국기령 §63의 14 ③)가 있는 경우에는 과세전적부심사 청구 중이라도 조사내용에 따라 결정ㆍ경정할 수 있다. 이 경우 그 이유를 청구인에게 통지하여야 한다(조사사규 §48 ②).