지방세법(§7 ⑤)의 규정에 의거 취득세 납세의무자로서의 과점주주는 “비상장법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법(§47 2호)의 규정에 의한 과점주주(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우를 제외)가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함) 취득”한 것으로 보아 납세의무를 부담시키는 것이다. 이때 과점주주는 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인(지기법 §2의 2의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자)의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50이 초과된 자들을 말한다. 여기서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법(§47 2호)에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니함)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법(§44)의 규정에 의한 연대납세의무를 준용한다. 따라서 과점주주가 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위라 함은 실제 법인의 경영지배를 통하여 권한을 행사하였을 것을 요구하는 것은 아니고, 소유하고 있는 주식에 관하여 의결권행사 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다 할 것이고(대법원 2015두49191, 2015.10.22., 참조), 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 과점주주 중 특정 주주 1인의 주식의 증가를 기준으로 판단하는 것이 아니라 과점주주 집단이 소유한 총주식 비율의 증가를 기준으로 판단한다(대법원 2012두12495, 2013.7.25., 참조). 이 경우 과점주주 집단의 범위는 특수관계의 존부 여부를 기준으로 판단하는 것이며 주주 중에서만 특수관계인 여부를 판단하는 것이 아니라 주주가 아닌 경우라도 지방세기본법 시행령(§2의 2)의 규정에 의한 특수관계자의 해당 여부로 판단하는 것이다. 이는 과점주주 집단 내부에서 주식이 이전되는 경우나 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계에 있으나 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우뿐만 아니라 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우에도 기존의 과점주주와 새로운 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 간주취득세의 과세대상이 되지 아니하기 때문이다(대법원 2012두12495, 2013.7.25., 판결 참조). 그러므로 여기서는 최근에 쟁점이 되는 사실상 영향력 여하에 따른 지배경영관계에 있어서 과점주주의 특수관계 성립기준에 대하여 살펴보고자 한다.

과점주주의 특수관계를 판단하는 기준으로 쌍방성 관계가 타당한지 아니면 일방성 관계로서만으로 족한 것인지 여부가 쟁점이다. 이 문제는 친족관계 등 특수관계 여부를 판단할 때에는 지방세기본법(§47 2호)의 규정에서 “주주 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들”로 표현되어 있는 만큼 2인 주주 간의 특수관계를 판단할 때에는 주주 1인과 여타 주주와의 관계가 가족 등 특수관계이면 반대로 여타 주주의 입장에서 보면 가족 등 특수관계가 되기 때문에 논란의 여지가 없는 것이다. 그러나 3인의 주주에 있어서 특수관계를 판단할 때에는 1인 주주와 여타의 주주가 가족 등 특수관계에 해당하면 과점주주로서 충족하는 것이나 여타 주주 2인 간에는 특수관계가 형성되지 아니할 수가 있는 것이다. 이 경우 3인 주주 간에는 1인 주주를 기준으로 할 때에는 특수관계가 성립되나 다른 주주를 기준으로 할 때 특수관계가 형성되지 아니할 경우 과점주주로서의 특수관계가 없다고 볼 것인가에 대하여 반론이 제기된다. 지기법(§47 2호)의 규정에서 명백하게 “주주 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들”의 관계라고 표현되어 있는 이상 반드시 3인 모두 쌍방 간의 특수관계에 해당되어야 하는 것으로 보기에는 불명확하다. 이 규정은 2인 주주 간의 특수관계 여부를 판단하는 경우에 타당하지만 3인 주주 간의 특수관계를 고려할 때에는 명확한 규정으로 볼 수는 없다. 따라서 과점주주 특수관계 여부를 판단하는 기준으로 “특정주주를 기준으로 했을 때 여타 주주들 사이에 친족 기타 특수관계가 없다 하더라도 특정주주를 기준으로 볼 때 특수관계에 해당하면 다른 주주 모두 특수관계에 해당한다”라고 보는바, 이는 특수관계 여부를 판단함에 있어서는 주주들 간의 특수관계가 쌍방적인 관계가 아니더라도 “일방성 관계”가 형성되면 전부 과점주주로 판단하는 것이다(대법원 2008두150, 2011.7.21. 참조). 지방세법 시행령(§11 ②) 규정에 의거 이미 과점주주의 범위는 최초 과점주주가 된 이후에 주식지분변동이 있는 경우 과점주주의 지위(보유지분이 50% 초과한 상태)를 보유한 상태에서 추가분에 대하여 과점주주의 납세의무를 부담하는 것이므로 원칙적으로 주식을 취득함으로써 과점주주의 납세의무가 성립할 당시의 특정주주를 기준으로 지방세기본법 시행령(§2의 2)에 의한 특수관계자의 과점주주의 비율을 기준으로 판단하고 그 추가분에 대하여 과세하는 것이다.

지방세기본법(§2 ① 34호)의 규정에 의거 지방세법상 과점주주의 특수관계의 범위에 대하여 정의규정을 두고 있는바, “특수관계인”이란 본인과 다음에 해당하는 관계에 있는 자를 말하며 이 경우 지방세기본법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

과점주주의 특수관계를 판단하는 기준 중 경영지배관계의 경우 종전에는 직접적으로 해당 주주가 당해 법인의 의결권을 통하여 행사하는 것을 의미하였으나 간접적 경제적 연관 관계자를 통하여 행사하는 경우에도 지배경영관계로서 특수관계에 포함토록 확대되었다. 간접적 경제적 연관관계의 기준으로서의 특수관계판단은 ‘출자관계기준’과 ‘사실상 영향력 판단기준’ 중 선택적으로 적용한다. ‘출자관계기준’에 대하여는 피지배법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 50% 이상을 출자한 경우로 판단하기 때문에 정량적 기준으로 판단하게 된다. 그러나 ‘사실상 영향력 판단기준’은 당해 피지배법인 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우에 지배경영관계가 성립된다고 의제하고 있는 것이다. 그런데 ‘사실상 영향력’에 대하여는 명확한 기준은 없으나 현실적으로 직접 사실상의 영향력을 행사하는 것은 물론 이사회에 참여하지 아니하더라도 실질적인 주주로서 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있어 다른 이사회의 참석자에 영향을 주어 사실상 법인의 경영에 영향을 미치는 경우도 포함한다고 할 것이다. 그러므로 사실상 영향력의 행사 범위에 대하여 광의적으로 볼 수도 있으나 주주권의 행사에 있어서 피지배주주의 의결권의 행사가 부정된다거나 제한된다고 볼 수 없는 상태가 아니라면 피지배주주들을 대신하여 행사하더라도 피지배법인 등에 대한 사실상 영향력을 행사하는 정도에 이르렀다고 보기는 어렵다는 점을 감안할 때 사실상 지배력의 범위를 확대할 경우 해석의 범위를 일탈한 것으로 보게 된다는 점을 경계하여야 한다.