「지방세법」 제7조 제5항에서는 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보며, 법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 않는다고 규정하고 있다. 이는 주식 또는 지분을 법인설립 시 최초 취득한 경우 외의 모든 취득을 과점주주 간주취득세 과세대상에 포함하는 것을 의미한다. 따라서 법인의 최초 설립 시 취득한 부분을 제외한 증자ㆍ매매ㆍ증여ㆍ상속 등으로 인한 일체의 취득행위를 통해 주식등을 취득하는 행위로 인해 과점주주가 되는 경우에는 과점주주 간주취득세 과세대상이 된다. 여기서 증자를 통해 과점주주가 되는 경우의 간주취득세 과세대상 여부를 추가적으로 살펴보자. 증자를 하는 경우 일반적으로 균등증자를 하게 되고, 이 경우에는 증자를 해도 주주의 지분율의 변동은 없다. 하지만 증자를 하면서 일부 주주가 신주인수를 포기하는 경우에는 지분율의 변동이 발생하며, 이 과정에서 과점주주가 된 경우에는 간주취득세 과세문제가 발생하게 된다. 대법원에서도 증자에 의하여 과점주주가 되는 경우에도 적용될 뿐만 아니라 법인이 유상증자를 함에 있어 기존 주주들 중 일부가 신주 인수를 포기하고 나머지 주주들이 신주를 인수하여 과점주주가 된 경우에도 적용된다고 판시(대법원 2011두12252, 2012.6.28., 판결)한 바 있다.

과점주주가 되어 간주취득세를 부담하게 되는 지분변동은 크게 세 가지가 있다. ① 지분을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우 ② 과점주주가 된 후 지분율이 증가한 경우 ③ 과점주주가 비과점주주가 된 후 지분을 다시 취득하여 과점주주가 된 경우 각각의 상황에 대해 「지방세법 시행령」 제11조에서는 아래와 같이 규정하고 있다. [법령] 지방세법 시행령 제11조 【과점주주의 취득 등】 아래의 예시를 통해 지분율 변동에 따른 간주취득세 과세대상 여부를 간단한 사례를 통해 살펴보자. [예시 1] 최초로 과점주주가 된 경우 1) 해당 지분(55%)을 법인 최초 설립 시 취득한 경우에는 과세제외 [예시 1]과 같이 최초로 과점주주가 된 경우에는 과점주주가된 시점의 지분을 모두 취득한 것으로 보아 간주취득세를 과 세하므로 과세되는 비율이 다른 케이스에 비해 상대적으로 높다. 따라서 지분변동이 예상되는 경우 미리 해당 법인의 지분구조를 먼저 파악한 뒤 최초 취득 대상인지 여부를 확인하는 것은 필수적이라 할 수 있다. [예시 2] 과점주주가 된 후 지분을 추가 취득한 경우 2) 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 3) 취득 후의 지분율(80%)이 기존 최고지분율(70%)을 초과하는 부분(10%)을 취득한 것으로 보아 간주취득세 과세 [예시 2]의 경우 [예시 1]과는 달리 이전 최고지분율을 초과하는 지분 취득만 과세대상이 된다. 따라서 이러한 경우에는 과점주주가 이전 최고지분율을 초과하지 않은 경우에는 과세대상이 아니기 때문에 과거의 지분내역을 통해 과거 최고 지분율을 확인하는 것이 바람직할 것이다. [예시 3] 비과점주주가 된 후 다시 과점주주가 된 경우 4) 비과점주주가 되었다가 다시 과점주주가 되었으나, 이전 최고지분율(70%)에 미달하므로 과세제외 5) 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 취득세를 부과하므로 이전 과점주주 당시의 최고지분율(70%)을 초과하는 지분율(10%)을 취득한 것으로 보아 간주취득세 과세 [예시 3]의 경우 과거지분구조를 살펴보지 않은 경우에는 [예시 1]의 경우와 혼동하여 자칫하면 취득세를 과다신고할 수 있는 위험이 있으니, 과거지분구조를 살펴서 접근하는 것을 권장한다.

세법에서는 과점주주 간주취득세의 과세요건을 판단할 때의 지분을 ‘주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자들의 소유주식의 합계’를 기준으로 판단하고 있다. 지분거래의 결과 과점주주집단 총지분이 증가했다면 과세대상이고 그렇지 않다면 과세대상이 아닙니다. 판례(대법원 2004.2.27. 선고 2002두1144 판결)에서도 과점주주 및 그의 특수관계인들이 발행주식 100% 전부를 소유하고 있는 회사의 유상증자에 참가하여 새로 주식을 취득하였으나 위 특수관계자를 포함한 과점주주 전체의 주식소유비율에는 변동이 없는 경우 간주취득세의 과세대상에서 제외된다고 판시하고 있다. [판례] 지분거래 결과 과점주주집단의 총지분의 변동이 없는 경우 – (대법원 2012두12495, 2013.07.25)

과점주주 간주취득세는 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하거나 증자 등으로 인해 과점주주가 되거나 기존 지분이 증가한 경우에 과세하게 된다. 즉, 과점주주 간주취득세 과세대상이 되는 지분증가의 원인은 지분의 취득에 있다는 것을 의미하므로 법인의 자기주식 취득은 과점주주등이 지분을 취득한 것이 아니므로 간주취득세 과세대상이 아니다. 대법원에서는 법인이 자기주식을 취득하는 경우 그 지분 비율이 증가하여 주주가 과점주주가 된 것일 뿐, 주주들이 법인의 주식을 취득한 것이라고 볼 수 없으므로 지방세법상 과점주주의 간주취득세 납부대상이 아니라고 판시(대법원 2010두8669, 2010.9.30., 선고)하고 있다.