과세관청 해석에 따르면, 조세심판원 결정은 후발적 경정청구 사유로 볼 수 없다는 입장이다.²⁾ 그 이유는 “법률”에서 4가지 사유(① 소송에 대한 판결, ② 다른 사람에게로 소득을 귀속시키는 결정ㆍ경정 ③ 조세조약에 따른 상호합의 ④ 결정ㆍ경정으로 다른 귀속시기의 과세표준 세액의 감소)로 열거하고 있고, 나머지는 대통령령(시행령)에 위임을 하였는데 시행령에서 3가지 사유(① 계약 등에 대한 관청의 허가 등 처분취소 ② 계약의 해제ㆍ취소 ③ 장부압수 등으로 신고 과다하게 하였으나 그 사유소멸)를 규정하고 이러한 “3가지 사유와 유사한 사유”를 들고 있는데, 조세심판원 결정은 3가지 사유와 유사하지 않다는 점으로 생각된다. 이후 과세관청은 2021년 6월 23일 세법 해석정비를 통해 후발적 사유에 해당하지 않는다는 기존 해석인 “법령해석기본－2639, 2016.2.11.”를 삭제하게 되는데, 이는 당해 질의한 사건에 대한 조세심판원 결정이 있었기 때문이었다. 이후 최근 기획재정부는 조세심판원 결정은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 보았다.³⁾

조세심판원은 다음과 같은 이유로 조세심판 결정도 후발적 경정청구에 해당한다고 보았다. 첫째, 후발적 경정청구 제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정 기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 권리구제를 확대하려는 데 있고,⁴⁾ 심판청구에 대한 결정이 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니할 경우 납세자는 심판청구가 기각되고 행정소송에서 승소하여야만 권리구제가 가능하게 되어 심판청구 제도를 도입한 취지에 반한다. 둘째, ‘심판청구에 대한 결정(결정의 근거가 되는 판단내용을 포함)에 의하여 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 다른 것으로 확정되었을 때’도 법원의 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때와 마찬가지로 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것으로 해석함이 입법취지에 부합한다.

조세심판원은 최근 결정에서도 종전의 근거를 이유로 납세자 권익보호를 위해 조세심판원 결정도 후발적 경정청구의 사유로 보았다. 여기에 더하여, 청구법인은 당초 조세심판 청구 시 부가가치세에 대한 취소를 청구하지는 않았으나(법인세 관련 다툼), 쟁점이 동일한 과세표준 및 세액 계산의 기초가 된 사실이 선행 심판결정을 거쳐 다른 것으로 확정된 경우에는 국세기본법 제45조의 2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당되는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단하였다.

과세관청의 해석 논리를 추론해 보면, 조세법은 유불리를 떠나 엄격해석하여야 하는데 국세기본법 또는 동 시행령 어느 규정을 보더라도 “조세심판원 결정”은 없다는 것이고, 국세기본법 시행령 제25조의 2 제4호에서 “4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우”도 앞의 제1호부터 제3호까지와 조세심판원 결정은 유사한 경우로 볼 수 없다는 것이다. 그런데 조세심판 청구에 대한 결정이 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다면, 조세심판청구에 대한 심판원의 결정이 늦어져서 일반적인 경정청구 기간이 만료된 후에 (조세심판) 결정될 경우, 경정 또는 경정청구를 할 수 없어 납세자의 권익을 침해하는 결과를 초래하게 되며, 조세심판원의 결정 후에 행정소송을 제기하여야 하는 문제가 있다. 따라서 필자는 조세심판원의 결정도 후발적 경정청구의 사유에 해당한다는 조세심판원의 결정이 합목적적 해석으로 타당하다고 보며 찬동하기도 한다. 이에 대해 혹자는 후발적 사유에 의한 경정청구는 제척기간 경과 후에도 그 사유가 발생할 수 있으며, 후발적 사유에 따른 경정청구가 있는 경우 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있지 않느냐고 반문할 수 있으나, 조세심판원 결정을 “후발적 경정청구 사유”로 보지 않으면 동 규정을 적용받을 수 없으므로 결국 납세자의 권익이 침해될 수 있다는 점이다.