세금계산서는 재화 또는 용역의 공급시기에 발급하는 것이 원칙이다. 공급시기가 도래하기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 세금계산서를 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 공급시기로 보므로, 공급시기가 도래하기 전에 발급하는 것은 무방하다. 그러나 재화 또는 용역의 공급시기 이후 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 공급자는 공급가액의 1%에 상당하는 ‘세금계산서 지연발급 가산세’를, 공급받는 자는 공급가액의 0.5%에 상당하는 ‘세금계산서 지연수취 가산세’를 물게 된다. 또한, 2022년 2월 15일 이후 공급분부터는 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에도 매입세액공제를 받을 수 있다.

• 가. 「국세기본법 시행령」 제25조 제1항에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의 3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우
• 나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지관할세무서장, 납세지관할지방국세청장 또는 국세청장이 결정 또는 경정하는 경우

다만, 공급자는 공급가액의 2%에 상당하는 세금계산서 미발급 가산세를, 공급받는 자는 공급가액의 0.5%에 상당하는 세금계산서 지연수취 가산세를 물게 된다. 예를 들어 5월 25일 재화를 공급하였으나, 6월 15일에 세금계산서를 발급하였다면, 공급자와 공급받는 자 모두 가산세를 물어야 한다. 또한 과세기간을 달리하여 위 각 목의 요건을 충족하여 다음 해 1월 31일에 세금계산서를 발급하였다면, 공급자와 공급받는 자 모두 가산세를 물고 공급받는 자는 매입세액을 공제 받을 수 있다. 그러나 다음 해 7월 27일에 세금계산서를 발급하였다면 공급자는 가산세를 물고 공급받는 자는 매입세액을 공제받을 수 없다.

세금계산서에 기재하는 내용 중 잘못 기재되었을 경우 가산세 등 불이익을 받게되는 것을 ‘필요적 기재사항’이라 하는데, 필요적 기재사항은 다음과 같다.

• 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
• 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
• 공급가액과 부가가치세액
• 작성 연월일

필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 않았거나 사실과 다르게 기재된 때에는 그 공급가액에 대해 공급자는 1%, 공급받는 자는 0.5%를 가산세로 물어야 한다. 그러므로 세금계산서를 발급할 때는 재화 또는 용역의 공급시기에 특히 필요적 기재사항을 정확히 기재하여 발급하여야 한다.

다음의 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

• ① 거래처별로 1역월의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
• ② 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
• ③ 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

• 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액
• 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액

• 적법하게 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등의 수령명세서를 수정신고, 경정청구, 기한 후 신고 시 제출하는 경우
• 매입처별세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우
• 적법하게 발급받은 세금계산서 또는 신용카드매출전표 등을 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우

• 사업자등록을 신청한 사업자가 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급하는 경우
• 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
• 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한(1월 25일, 7월 25일)까지 발급받은 경우
• 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

• 법인 회장이 사용하는 아파트의 냉장고, 홈시어터 등 비품 구입비는 매입세액공제를 받지 못한다.
• 주식의 매각은 부가가치세 과세대상인 재화 또는 용역의 공급에 해당하지 아니하므로 주식 매각과 관련하여 지출한 법무수수료, 중개수수료 등에 대한 매입세액은 사업과 관련이 없는 매입세액으로 보나, 주식의 발행·취득 관련 비용의 과세사업 확장이나 자금조달을 위한 비용으로 사업관련성이 있는 경우에는 매입세액이 공제된다.
• 사업자가 골프회원권을 취득한 경우, 그 회원권의 사용실태 등을 고려하여 사업상 종업원의 복리후생을 목적으로 취득한 때에는 매입세액공제가 가능하나, 거래처 등을 접대하기 위하여 취득한 경우에는 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 공제되지 아니한다.

골프회원권을 임·직원의 복리후생목적으로 취득하였다하더라도 동 골프회원권이 접대목적으로 사용되고 있다면 매입세액이 불공제된다.

골프연습장을 운영하면서 특정회원들과 골프장을 이용한 것은 특정인의 이익을 위한 지출행위에 해당하므로 신용카드매출전표에 기재된 부가가치세는 접대와 관련된 매입세액으로 불공제된다.

불특정다수인이 아닌 특정 대리점에 무상공급한 재화는 접대 등의 행위에 해당되는 것으로 매입세액이 불공제된다.

공급가액이 확정되어 판매된 특정거래처에 대하여 사전약정 없이 임의적인 판단에 따라 일정률을 매출할인한 것은 접대비에 해당한다.

부가가치세가 면제되는 국민주택 공급과 관련하여 매입세액을 부담한 경우 해당 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다.

국가로부터 출연금을 받아 운영되는 연구원의 고유목적사업이 과세대상이 아닌 경우 관련 매입세액은 공제되지 아니한다.

• 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
• 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용과 관련된 매입세액
• 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

사업을 하다 보면 평소 거래를 하지 않던 사람으로부터 시세보다 싸게 물품을 대 줄 테니 사겠냐는 제의를 받아 이를 구입하는 경우가 있다. 이런 경우에는 거래상대방이 정상사업자인지, 세금계산서는 정당한 세금계산서인지 여부를 우선 확인해 보아야 한다. 왜냐하면 거래 상대방이 폐업자이거나, 세금계산서가 다른 사업자 명의로 발급된 때에는 실제 거래를 하였더라도 매입세액을 공제 받을 수 없기 때문이다. 그러므로 거래상대방이 의심스러우면 세금계산서를 받을 때 다음 사항을 반드시 확인해 보는 것이 좋다.

물건을 판 사업자가 발급하는 사업자등록증이 정상인지 확인하여야 한다.

휴업이나 폐업자가 아닌 세금계산서 발급이 가능한 정상사업자인지 확인하여야 한다.

예를 들어 2021년 4월에 물품을 구매하고 세금계산서는 2021년 6월에 받는 경우, 판매자에게는 공급가액의 1%, 매입자에게는 0.5%의 가산세가 부과된다.

예를 들어 2021년 4월에 물품을 구매하고 세금계산서는 과세기간의 확정신고기한이 지난 후인 다음 해인 2022년 2월에 발급받는 경우, 원칙적으로 판매자에게는 공급가액의 2%의 가산세를 물리고, 매입자에게는 매입세액을 공제해 주지 않는다. 다만, 2022년 2월 15일 이후 재화 또는 용역을 공급받은 경우에는 공급시기가 속하는 확정신고기한의 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 발급받으면 수정신고·경정청구 또는 과세관청의 결정·경정으로 매입세액 공제 가능하다. 만약 매입자가 매입세액을 공제 받을 수 없는 데도 매입세액을 공제하여 신고하면, 매입세액의 10%에 해당하는 신고불성실 가산세 및 공급가액의 0.5%에 상당하는 매입처별 세금계산서합계표 불성실 가산세와 함께 과소 납부금액에 대한 납부지연가산세가 부과된다. 위에서 보는 바와 같이 세금계산서는 반드시 재화 또는 용역의 공급시기에 주고 받아야 불이익을 받지 않는다. 설령 재화 또는 용역의 공급시기에 대금을 지급하지 못하더라도 세금계산서는 제때에 주고 받아야 한다.

세금계산서 발급의무가 있는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그에 대한 세금계산서를 발급하지 않는 경우, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자(매입자)가 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발급할 수 있는 제도다.

경제적으로 우월한 지위에 있는 재화 또는 용역의 공급자가 과세표준이 노출되지 않도록 하기 위하여 세금계산서를 발급하지 않는 사례를 방지하기 위한 것이다.

일반과세자(2021년 7월 1일 공급분부터 세금계산서 교부의무가 있는 간이과세자 포함)로부터 재화나 용역을 공급받는 자는 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있다.

• 1) 세금계산서 발급의무가 있는 사업자가 세금계산서를 발급하지 않는 경우(사업자의 부도ㆍ폐업 등으로 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우 포함) 매입자(신청인)는 그 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일로부터 6개월 이내에 거래사실확인신청서에 대금결제 등 거래사실 입증자료를 첨부하여 신청인의 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다. - 거래사실 입증책임은 매입자에게 있으므로 대금 결제 등 증빙자료(영수증, 거래명세표, 거래사실 확인서 등)를 확보하여야 한다.
• 2) 신청인 관할세무서장은 신청인이 제출한 자료를 공급자 관할세무서장에게 송부한다.
• 3) 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 공급자의 거래사실여부를 확인하고 그 결과를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 통보한다.
• 4) 공급자 관할세무서장으로부터 거래사실확인 통지를 받은 신청인 관할세무서장은 즉시 신청인에게 그 결과를 통지하고, 그 통지를 받은 신청인은 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 거래사실 확인통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다.
• 5) 신청인이 부가가치세 신고 또는 경정청구 시 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우, 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 공제받을 수 있다.

매입자가 세금계산서를 발급하기 위하여 세무서장에게 거래사실 확인신청하는 경우에는 다음과 같은 제한이 있다. ㆍ 거래건당 공급대가(부가가치세 포함)가 10만 원 이상이어야 한다.

전자세금계산서를 발급하려면 먼저 전자서명을 위한 공동인증서를 준비하여야 한다. 그리고 국세청에서 운영하는 홈택스 또는 손택스(모바일앱), 전자세금계산서 발급대행사업자(ASP)가 운영하는 발급사이트 중 하나를 선택하여 회원가입을 한 후 전자세금계산서를 발급하면 된다. 만약 공동인증서 발급이 어렵다면 세무서 방문을 통해 보안카드를 무료로 발급받아 홈택스 또는 손택스에서 전자세금계산서를 발급받을 수 있다

전자세금계산서를 발급하면 별도로 출력이나 보관할 필요가 없어 종이세금계산서에 비해 발급 비용이 절감되고, 분실 및 훼손 위험도 방지할 수 있다. 그리고 부가가치세 신고시 매출·매입처별 세금계산서합계표에 합계액만 기재하고 거래처별 명세를 작성하지 않아도 되어 신고가 간편하다. 또한 직전연도 공급가액이 3억 원 미만인 개인 일반과세자는 2022년 7월 발급하는 분부터 건당 200원(연간 100만 원 한도)의 발급세액공제도 적용받을 수 있어 전자세금계산서 발급으로 세금 부담을 줄일 수 있다.

2021년 재화 또는 용역의 공급가액(과세·면세) 합계액이 2억 원 이상이 되었다면 2022년 7월 1일분부터 전자세금계산서를 의무발급하여야 한다. 의무발급 대상자에 해당한다면 부가가치세 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서를 발급할 때 반드시 전자세금계산서로 발급하여야 하고, 이를 위반하게 되면 가산세가 적용되므로 주의하여야 한다.