중소기업의 성장을 위한 밑거름, 연구비와 인력개발 지원에 대한 세금혜택

들어가며
R&D는 ‘Research and Development’의 약자로, 우리말로 ‘연구개발’이라 한다. OECD는 R&D를 ‘인간ㆍ문화ㆍ사회를 망라하는 지식의 축적분을 늘리고 그것을 새롭게 응용함으로써 활용성을 높이기 위해 체계적으로 이루어지는 창조적인 모든 활동’이라 정의하고 있다. 중소기업과 중견기업의 성장을 말할 때 연구개발에 대한 부분은 빠져서는 안 되는 중요한 요소이다. 경제의 톱니바퀴가 돌아가며, 선순환하는 구조에 있어서 기업의 성장에 대한 욕구와 그로인한 투자, 그리고 정부의 지원까지 각 분야의 긍정적인 시그널은 세금에 있어서도 필요하다. 많은 기업들이 잘 모르거나 어렵다는 이유로 많은 연구비와 인력개발비에 비용을 투자하면서도 그에 따른 세금혜택을 제대로 받지 못하고 있다. 더욱 안타까운 것은 세무대리인조차도 위험하거나 불안하다는 이유로 기업에게 꼭 필요한 여러 가지 세금혜택을 챙기지 않는 경우가 비일비재하다. 결국, 이러한 시장의 공백을 노리고 세무사나 전문자격인이 아닌 컨설팅 업체 혹은 보험계약을 염두에 두고 영업력을 동반한 보험회사까지, 비정상적인 대행의 형태가 눈에 띄게 성장하고 있다. 연구ㆍ인력개발비에 대한 세금혜택은 단순하게 신고하고 감면받는 일시적인 영역이 아니라, 사후관리가 동반되어야 하는 지속적인 관리의 영역이다. 해당 기업의 세무관리를 책임지는 게 세무대리인의 역할이라고 생각해 본다면, 기업과 올바른 소통을 통해 연구ㆍ인력개발비에 대한 부분까지 세무대리인이 충분히 신경쓸 수 있고, 신경써야 하는 분야인 것이다.
중소기업 연구ㆍ인력개발 지원
조세특례제한법에서 규정하는 다양한 지원
- 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 - 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례 - 기술이전 및 기술취득 등에 대한 과세특례 - 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세(소득세) 감면 - 기술혁신형 합병에 대한 세액공제 - 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 - 외국인 기술자에 대한 소득세 면제 - 연구개발 지원을 위한 지방세 감면
이번에 다뤄볼 실무에 가장 많이 사용되는 규정
연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 [지원대상] • 일반연구ㆍ인력개발비가 발생한 내국인(이하, 내국인이란 소득세 또는 법인세 대상자를 의미함)은 모든 업종에서 적용받을 수 있다. 또한, 신성장ㆍ원천기술연구개발비에 해당하는 경우 2024.12.31.까지 발생한 연구개발비를 적용받을 수 있다.
- 중소기업과 중견기업의 비교
- 관련 법령 조세특례제한법 제2조 및 제10조, 동법 시행령 제1조의 2 및 제9조 동법 시행규칙 제7조, 제7조의 2 [세액공제 적용에 있어 실무상 중요한 부분] 1. 구분경리 위와 같은 세액공제를 적용받기 위해서는 세무대리인이 작성해주는 복식부기로 장부가 관리되어 있음으로 끝나지 않는다. 세액공제를 신청하기 위해서 해당 내용을 반영할 수 있는 구분경리가 필요하다.
연구ㆍ인력개발비란? 조세특례제한법 제2조 제1항 제11호ㆍ제12호에는 연구개발과 인력개발을 다음과 같이 정의하고 있다. 11. “연구개발”이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동*을 제외한다. 12. “인력개발”이란 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말한다. * 대통령령으로 정하는 활동 1. 일반적인 관리 및 지원활동 2. 시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험 3. 반복적인 정보수집 활동 4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동 5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무 6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등 조사ㆍ탐사 활동 7. 위탁받아 수행하는 연구활동 8. 이미 기획된 콘텐츠를 단순 제작하는 활동 9. 기존에 상품화 또는 서비스화된 소프트웨어 등을 복제하여 반복적으로 제작하는 활동 중소벤처기업부 규정에 따른, 조금 더 구체적인 설명 • 연구ㆍ인력개발비로 인정되는 비용은 조세특례제한법 시행령 별표6, 별표7, 별표8에 나열된 비용 - 기존의 미래형 자동차, 인공지능 등 11개 분야 173개 기술외 첨단소재, 부품, 장비분야, 시스템반도체 설계, 제조기술 등을 추가하여 12개 분야 223개 기술로 확대함. • 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육, 훈련시키는 활동을 말함. • 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 지출한 금액 중 과학기술분야와 결합되지 않은 금액에 대해서는 자체 연구개발 지출액만 포함함. • 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 등에 따라 기업부설연구소가 인정취소되는 경우 납세자의 귀책사유에 따라 배제시점을 차등화함.
[연구ㆍ인력개발 세액공제 지원 내용] 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 ‘가. 신성장ㆍ원천기술연구개발비’와 ‘나. 일반연구ㆍ인력개발비’를 구분해서 접근할 필요가 있다. 다만, 신성장ㆍ원천기술연구개발비가 발생하더라도 기업의 선택에 따라 일반, 연구인력개발비와 동일한 산식으로 계산할 수 있다.
가. 신성장ㆍ원천기술연구개발비의 경우 다음의 계산식으로 세액공제액 산출 세액공제금액 : 해당 과세연도의 발생한 신성장ㆍ원천기술연구개발비 × (ㄱ + ㄴ) ㄱ : 기업유형에 따른 비율 1) 중소기업 : 30% 2) 코스닥상장 중견기업 : 25% 3) 그 밖의 경우 : 20% ㄴ : Min(a, b)
나. 일반연구ㆍ인력개발비의 경우 아래 A, B 중 선택하는 금액으로 계산할 수 있다. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도의 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 작은 경우에는 B의 방법으로만 할 수 있다. A : 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 세액공제금액 : (해당 과세연도의 일반연구ㆍ인력개발비 – 직전 과세연도의 일반연구ㆍ인력개발비) × 일정비율* * 1) 일반기업 : 25% 2) 중견기업 : 40% 3) 중소기업 : 50% B : 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 있는 경우 세액공제금액 : 해당 과세연도의 일반연구ㆍ인력개발비 × 일정비율* * 1) 중소기업 : 25% 2) 중소기업이 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 최초 3년간 15%, 이후 2년간 10% 3) 중견기업 : 8% 4) 그 밖의 기업 : Min(a, b)
- 중견기업이란? 대통령령으로 정하는 중견기업으로 다음 요건을 모두 갖춘 기업 1. 중소기업이 아닐 것 2. 소비성서비스업 등을 영위하지 아니할 것 3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 충족될 것 4. 직전 3개 과세연도의 매출액의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것 - 세액공제를 적용받기 위해서는 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장ㆍ원천기술연구개발비를 각각 별도의 회계처리로 구분경리하여야 함. - 과세표준신고와 함께 세액공제신청서, 일반연구ㆍ인력개발비 명세서, 신성장ㆍ원천기술연구개발비 명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출
a. ( | 당기 발생한 신성상, 원천기술연구개발비 | ) × 3 |
당기수입금액 | ||
b. 10%(코스닥상장 중견기업 15%) |
a. ( | 당기 일반연구ㆍ인력개발비 | ) × 50% |
당기수입금액 | ||
b. 2% |
공제율 | 중소기업 | 중소기업 | 중견기업 | 그 외 기업 | |||||||
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제외된 후 1~3년 | 제외된 후 4~5년 | ||||||||||
일반연구ㆍ인력개발비용 | 당해연도 투자금액 | 25% | 15% | 10% | 8% | 2% 한도 | |||||
초과금액 | 50% | 40% | 40% | 40% | 25% | ||||||
신성장 연구ㆍ인력개발비 | ㄱ 항목 | 30% | 20%(코스닥상장 중견기업 25%) | ||||||||
ㄴ 항목 | Min(a, b)
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중소기업 | 중견기업 |
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• 신성장 혹은 일반연구 개발비가 있는 경우 다음의 해당하는 금액을 합(①+②) ① 신성장 : ㄱ+ㄴ ㄱ : 당기분 × 30% ㄴ : ( 당기분/당기수입 ) × 3, 10% 한도 ② 일반개발비 : ㄱ, ㄴ 중 선택 ㄱ. 총액기준 : 당기분 × 25% ㄴ. 증액기준 : (당기분 - 전기분) × 50% 다만, 소급 4년간 일반개발비가 없거나, 당기분이 소급 4년간 일반개발비 평균액보다 작은 경우 ‘ㄱ. 총액기준’ 적용 | • 신성장 혹은 일반연구 개발비가 있는 경우 다음 해당하는 금액을 합(①+②) ① 신성장 : ㄱ+ㄴ ㄱ : 당기분 × 20%(코스닥 중견기업 25%) ㄴ : ( 당기분/당기수입(코스닥 중견기업 15%) ) × 3, 10% 한도 ② 일반개발비 : ㄱ, ㄴ 중 선택 ㄱ. 총 액기준 : 당기분 × 8%, 중소기업제외 1~3년간 15%, 4~5년간 10% ㄴ. 증액기준 : (당기분-전기분) × 40% 다만, 소급 4년간 일반개발비가 없거나, 당기분이 소급 4년간 일반개발비 평균액보다 작은 경우 ‘ㄱ. 총액기준’ 적용 |
‘구분경리’란? 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 자산과 부채 및 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분 기장하는 것을 말함, 이는 세법상 특정사업소득에 대하여만 납세의무를 부여하거나 특정사업소득에 대하여만 소득공제, 세액감면, 준비금 손금산입 등 조세감면혜택을 부여하는 경우에 해당 사업소득과 기타 사업소득을 구분하여 경리하는 것을 말함.
2. 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 연구비, 인력개발비의 세액공제의 시작은 기업부설연구소 혹은 연구개발 전담부서의 설립부터 시작된다고 해도 과언이 아닐 정도로 연구소 설립의 까다로운 요건을 통과하고 인증까지 받아야 한다.
- 1) 담당 기관 (사)한국산업기술진흥협회는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제20조 및 동법 시행령 제27조 제1항에 근거하여 연구소/전담부서 신고의 수리 및 인정 업무를 처리하고 있음.
- 2) 신고방법 기업부설연구소/연구개발전담부서 설립신고는 기본적으로 선설립ㆍ후신고 체계이므로 이를 신고하고자 하는 기업은 신고 인정요건을 갖춘 상태에서 구비서류를 작성하여 (사)한국산업기술진흥협회에 신고하여야 한다.
- 3) 인정요건
구분 신고요건 인적요건 연구소 벤처기업 연구전담요원 2명 이상 연구원창업 중소기업 소기업 연구전담요원 3명 이상단, 창업일로부터 3년까지는 2명 이상 중기업 연구전담요원 5명 이상 국외에 있는 기업연구소(해외연구소) 연구전담요원 5명 이상 중견기업 연구전담요원 7명 이상 대기업 연구전담요원 10명 이상 연구개발전담부서 기업규모에 관계없이 동등 적용 연구전담요원 1명 이상 물적요건 연구시설 및 공간요건 연구개발활동을 수행해 나가는 데 있어서 필수적인 독립된 연구공간과 연구시설을 보유하고 있을 것 - 4) 연구전담 요원 자격 • 기업규모 등에 관계없이 모두 인정되는 경우(기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제2조 제3항) - 자연계(자연과학ㆍ공학ㆍ의학계열)분야 학사 이상인 자 - 국가자격법에 의한 기술ㆍ기능분야 기사 이상인 자 • 중소기업에 한해 인정되는 경우 - 자연계분야 전문학사로 2년 이상 연구 경력이 있는 자(3년제는 1년 이상) - 「국가기술자격법」에 의한 기술ㆍ기능분야 산업기사로 2년 이상 연구 경력이 있는 자 - 마이스터고 또는 특성화고 졸업자로 4년 이상 연구 경력이 있는 자 - 기능사 자격증 소지자의 경우 경력 4년 이상 연구 경력이 있는 자 * 창업 3년 미만 소기업 : 대표이사가 연구전담요원 자격을 갖춘 경우 연구전담요원 인정 가능 • 중견기업에 한해 인정되는 경우 - 중소기업 당시 연구전담요원으로 등록되어 해당 업체에 계속해서 근무하는 경우는 중소기업에 한해 인정되는 자격을 중견기업이 되었어도 인정 • 산업디자인 분야 및 서비스 분야를 주업종으로 하는 경우(기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제2조 제4항) - 자연계분야 전공자가 아니더라도 가능 - 학사 이상인 자 - 전문학사로 2년 이상 연구 경력이 있는 자 - 「국가기술자격법」 제9조 제2호에 따른 서비스 분야 1급 이상의 자격을 가진 자 - 「국가기술자격법」 제9조 제2호에 따른 서비스 분야 2급 소유자로서 2년 이상 연구 경력이 있는 자
- 5) 독립된 연구공간 • 사방이 다른 부서와 구분될 수 있도록 벽면을 고정된 벽체로 구분하고 별도의 출입문을 갖춘 독립공간을 확보해야 함. • 면적은 객관적으로 볼 때 해당 연구소에서 연구기자재를 구비하고 연구원이 관련분야의 연구개발을 수행하는 데 적절한 크기를 확보해야 함. • 다음의 경우에 한하여, 연구소/전담부서가 면적 50㎡ 이하인 경우 연구공간을 별도의 출입문을 갖추지 않고 다른 부서와 칸막이 등으로 구분하여 운영할 수 있음(연구소/전담부서 현판을 칸막이에 부착). - 과학기술분야 및 서비스분야 중기업, 소기업, 연구원창업 중소기업, 벤처기업 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 - 서비스 분야 대기업, 중견기업, 연구개발전담부서(정보서비스 또는 소프트웨어개발공급 업종만 해당)
- 6) 연구시설 연구기자재(연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 기계, 기구, 장치 및 재료를 말한다)는 연구공간에 위치할 것
연구비, 인력개발비 사전심사 제도
사전심사 제도
2020년부터 납세자의 신청에 따라 국세청이 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도이다.
사전심사 신청 시 제출 서류
- 1) 연구개발비 명세서
- 2) 연구개발 보고서
- 3) 그 밖의 공제대상 연구ㆍ인력개발비임을 증명하는 서류
공통 증빙 비용 증빙 연구소 - 연구소 인정서 인건비 - 급여대장 인적구성 1) 연구원 등록 현황 2) 업무분장표 재료비 - 과제별 재료비 집행 내역 - (품목, 수량, 금액, 거래처 등 연구활동 증빙(기술검토) 1) 연구계획서, 내부보고서, 회의록 2) 연구증빙자료(연구노트) 3) 기타 지적재산권 등록 자료 등 위탁개발비 - 위ㆍ수탁계약서 및 관련 증빙(위탁과제 집행 내역) 수탁개발비 - 과세협약서, 과제비 집행내역서
사전심사 시 혜택
신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영하여 법인세(소득세)를 신고한 경우 다음과 같은 혜택이 있다(단, 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경ㆍ누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외). ① 사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인* 및 감면사후관리** 대상에서 제외된다. * 사업자의 신고내용 중 특정 항목의 오류 또는 누락 혐의에 대하여 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하여 신고내용의 적정 여부를 확인하는 업무 ** 감면요건의 일치 또는 중복공제ㆍ감면 여부 및 사후 법적의무의 이행 여부를 서면 또는 현장확인 방법으로 관리하는 제도 ② 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고 가산세가 면제된다. 연구비, 인력개발비 세액공제 관련 예시 및 질의응답
1. 주식회사 금강의 대표이사 나금강씨는 휴대전화의 주요 부품을 생산하는 업체로 기술력을 인정받아 안정적인 성장을 하고 있는 중소기업의 대표이다. 최근 더욱 성장하기 위하여 신제품 개발에 착수하고자 연구전담요원을 선발하여 신제품 개발연구에 몰두하였다. 현재 주식회사 금강의 신제품 개발로 인한 인건비 등 추가지출액은 아래와 같다.
이러한 지출액을 확인한 세무대리인 윤세무는 연구개발비 세액공제를 아래와 같이 반영하였다.
• 2017년 : 5,000,000원 | • 2018년 : 15,000,000원 | • 2019년 : 20,000,000원 |
• 2020년 : 25,000,000원 | • 2021년 : 40,000,000원 |
2021년 일반연구개발비 공제액 : Max(①, ②) = 10,000,000원 ① 총액기준 : 40,000,000 × 25% = 10,000,000원 ② 증액기준 : (40,000,000 – 25,000,000) × 50% = 7,500,000원
따라서 윤세무는 하마터면 놓치고 넘어갈 뻔한 세액공제 10,000,000원을 반영하여 법인세 신고를 끝마칠 수 있었다. 2. 중소기업의 연구개발부서에서 연구개발업무를 담당하는 상무이사인 옌상무는 외부전문가 및 거래처에게 지속적인 접대업무까지 병행하며 연구개발업무에 몰두하고 있었다.옌상무는 연구개발부서에서 연구개발업무를 전담하고 있으므로 회사의 경리부서는 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하였으나 과세관청으로부터 세액공제를 부인당하는 처분을 통지받고 세액공제를 부인당한 이유를 전문가인 윤세무에게 의뢰하였다. 이러한 문의에 윤세무사는 아래와 같은 답변을 하였다. 연구인력개발비 세액공제란, 연구개발부서에 전담업무를 하는 경우의 인건비를 세액공제받을 수 있는 것이며, 연구개발 전담부서에 근무하면서 타업무를 겸직하였기 때문에 세액공제 부인 사유가 됩니다. - 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 세액공제가 적용됩니다. - 연구개발부서의 상무이사가 거래처를 법인카드로 접대한 사실이 확인되었으므로 해당 접대비 사용내역에 따라 상무이사는 연구개발업무 의외에 겸직하는 것이 확인됩니다. - 연구요원이란 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질적으로 전업적으로 연구 개발 관련 업무에 종사한 직원을 말하는 것입니다. 3. 주식회사 은건의 부장으로 일하는 광부장은 기업의 연구원으로 근무하며, 정년퇴직을 앞두고 있다. 광부장은 퇴직급여충당금이 나 중간정산퇴직금이 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당하는지 궁금하여 세무사에게 자문을 구하였다. 이러한 문의에 윤세무사는 다음과 같은 답변을 하였다. 연구 및 인력개발비란 해당 연구개발비에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 하므로, 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 급여 성격의 비용은 해당 연구결과에 따른 직접적인 비용이라 할 수 없고, 충당금 또한 적정한 기간손익의 합리적 계산을 위한 쌓아놓는 금액에 불과하여 세액공제 대상 인건비라고 볼 수 없습니다.
관련 예규 및 판례 - (조심 2012서523, 2012.8.6.; 대법원 2011두6844, 2011.6.24., 판결) - (조심 2014중3244, 2014.8.11.) - (서면2팀–2279, 2006.11.9.)