사업자 A는 사업자 B로부터 개발사업권을 양수하고 매입세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받았다. 그 후 법원에서 계약이 무효로 확정판결되었으나, 사업자 B는 (-)세금계산서를 발급하지 아니하였다.

법원의 판결에 따라 당초 재화의 공급이 무효로 된 경우 공급받은 자는 재화를 반환하고 매매대금을 돌려받아야 하므로 수정세금계산서를 발급해야 한다. 따라서 사업자 B는 사업자 A에게 (-)수정세금계산서를 발급해야 하고, 사업자 A는 발급받은 (-)수정세금계산서의 매입세액을 매입세액에서 차감해서 세액을 납부해야 한다.

계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우에는 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하여야 한다. 계약이 법원에서 무효 판결되거나 계약이 해제된 경우에는 수정세금계산서를 발급하였는지 검토하여 수정세금계산서 발급사유에 해당하는 경우 수정세금계산서를 발급하거나 발급받아 부가가치세 신고에 반영해야 한다. 만일, 당초 세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받은 후 수정세금계산서 발급사유가 발생하였는데 거래상대방이 폐업한 경우에는 수정세금계산서는 발급받을 수 없으나, 그 사유가 발생한 때가 속하는 과세기간에 당초에 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다.

주택신축판매업자 A는 다중주택으로 건축허가를 받아 다중주택을 건설하여 사용승인을 받은 후 각 실별로 취사시설을 설치하여 다가구주택으로 용도를 개조하여 분양하였다. 주택신축판매업자 A는 그 주택을 공급할 때 세대별 전용면적을 기준으로 국민주택규모 여부를 판단하여 국민주택으로 보아 면세로 신고하였다.

국세청 감사관실에서는 다중주택으로 건축허가 및 사용승인을 받은 경우에는 각 실별로 취사시설을 설치하여 다가구주택으로 개조하였더라도 공부상 다중주택이라면 주택법에 따른 다가구주택에 해당하지 않으므로 전체 주거전용면적을 기준으로 국민주택 여부를 판단해야 함에도 세대별 전용면적을 기준으로 국민주택 여부를 판단하여 부가가치세를 부족하게 징수하였다고 지적하였다.

국민주택의 공급은 공급자가 누구인지 여부 및 완공 정도에도 불구하고 부가가치세가 면제된다(조특집 106-0-3). 국민주택이란 주택법 제2조 제1호에 따른 단독ㆍ공동주택으로서, 주거전용면적이 1호(戶) 또는 1세대당 85㎡(수도권정비계획법 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100㎡) 이하인 주택을 말한다(조특법 §106 ① 4호, 조특령 §106 ④ 1호). 국민주택규모 이하를 판정할 경우 아파트ㆍ연립주택ㆍ다세대주택 등 공동주택과 다가구주택은 1세대당(다가구주택은 가구당) 전용면적을 기준으로 국민주택인지 판단하나, 단독주택과 다중주택은 전체 주거전용 면적을 기준으로 국민주택인지 판단한다(서면3팀-2078, 2006.9.8.).

일반과세자 A는 재화 매입 시 매입세액공제를 받은 후 사업을 일반과세자 B에게 포괄양도하였고, 일반과세자 B는 매출이 저조하여 간이과세자로 전환되었다. 전환일 현재 일반과세자 A가 매입세액공제를 받은 재화가 B의 사업장에 있었으나 B는 부가가치세 신고 시 재고납부세액을 신고하지 아니하였다.

국세청 감사관실에서는 재고납부세액 계산은 매입세액공제를 받은 재화에 한하며, 사업양도에 의하여 사업양도자가 매입세액공제를 받은 재화를 포함하므로 재고납부세액을 납부세액에 가산해야 한다고 지적하였다.

일반과세자가 간이과세자로 과세유형이 변경된 경우 그 변경일 현재 보유하는 재고품, 건설 중인 자산, 감가상각자산은 일반과세자로서 매입세액을 공제받은 자산이나 간이과세자로 과세될 것이므로 매입세액공제와 납부세액이 대응되지 않는다. 이에 따라 당초 일반과세자로서 공제받은 매입세액과 간이과세자로 공제받을 매입세금계산서 등 수취세액공제액과의 차액을 납부세액에 가산하는 제도를 두고 있는데, 이를 재고납부세액 (재고품 등 매입세액 가산)이라고 한다. 사업양수자가 양수한 자산으로서 사업양도자가 매입세액을 공제받은 재화도 재고납부세액 계산대상인 점에 유의해야 한다.

국민주택 규모 초과 주택을 신축하면서 매입세액을 공제받은 후 사업자가 그 주택을 주거용으로 직접 사용하였다. 해당 사업자는 국민주택 초과 주택을 거주용으로 사용한 것에 대하여 부가가치세 신고 시 과세대상에 포함하지 않았다.

국세청 감사관실에서는 매입세액을 공제받은 국민주택 초과 주택을 사업자가 거주용으로 사용하는 것은 개인적 공급이나 이에 대하여 검토 소홀로 부가가치세가 부족징수되었다고 지적하면서 부가가치세 환급 시 사업장 소재지와 사업자의 주소지 동일 여부를 확인하여 개인적 공급 등 징수사유에 대하여 사후관리를 철저히 할 필요가 있다고 강조하였다.

사업자가 매입세액을 공제받은 재화를 사업과 직접적인 관계없이 자기의 개인적인 목적이나 그 밖의 다른 목적을 위하여 사용ㆍ소비하는 경우에는 간주공급(개인적 공급)으로 보아 부가가치세를 과세한다. 상가주택이나 오피스텔을 구입할 때 매입세액을 공제받은 후 자기가 거주하는 경우에는 개인적 공급으로, 주택으로 임대하는 경우에는 면세전용으로 보아 부가가치세를 과세해야 하는 점에 유의해야 한다.

사업자 A는 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하였다. 사업자 A는 철거한 건축물의 취득에 대한 매입세액과 철거비용에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

국세청 감사관실에서는 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 그 매입세액은 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액이므로 매출세액에서 공제할 수 없는데도 부가가치세 환급 검토 소홀로 부가가치세를 부족징수하였다고 지적하였다.

토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 토지의 공급은 면세거래로서 매출세액을 발생시키지 못하므로 그에 대응하여 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액을 공제하지 않는다. 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액이란 토지의 가치를 증가시키는 것을 말하며, 그 범위는 다음과 같다(부령 §80).

• ① 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지조성 등을 위한 매입세액
• ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 건축물을 철거하고 토지만을 사용하거나, 취득한 건축물을 철거하고 새로운 건축물을 신축하는 경우에 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(재소비-208, 2004.2.24.)
• ③ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득가액을 구성하는 비용에 관련된 매입세액

부가가치세 신고 시 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액이 있는지 검토하여 매입세액을 불공제해야 한다. 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액에 대한 사례는 다음과 같다.

제조업에 해당하는 사업자가 음식점업의 공제율을 적용하여 의제매입세액을 공제하였다.

국세청 감사관실에서는 의제매입세액공제 적용 시 과다 적용 여부를 검토하여 부가가치세가 과소납부되지 않도록 유의해야 한다고 지적하였다.

사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물ㆍ소금(이하 “면세농산물 등”)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우 제외)에는 의제매입세액공제를 받을 수 있다. 의제매입세액공제율은 다음과 같이 업종에 따라 다르므로 의제매입세액공제율 적용에 유의해야 한다.

면세를 포기하여 영세율을 적용받는 사업자가 면세농산물을 그대로 또는 단순(1차) 가공하여 수출하면서 면세농산물 등에 대하여 의제매입세액공제를 적용하였다.

국세청 감사관실에서는 면세포기로 영세율이 적용되는 사업자가 면세농산물 등을 그대로 또는 단순(1차) 가공을 거쳐 수출하는 경우 의제매입세액공제 대상이 아니므로 의제매입세액공제 적용 시 과다적용 여부를 검토하여 부가가치세가 과소납부되지 않도록 해야 한다고 지적하였다. 영세율 매출 신고 사업자가 의제매입세액공제를 받은 경우 세적변경이력조회(BB04 화면)로 면세포기 여부, 수출통관자료(DAC3 화면)의 HS코드표로 제조ㆍ가공을 거치지 아니한 수출 재화 여부를 확인할 필요가 있다는 점을 강조하였다.

면세농산물 등을 그대로 또는 단순(1차)가공을 거쳐 수출하여 영세율이 적용되는 경우에 해당 사업자가 면세포기하더라도 면세농산물 등은 의제매입세액공제 대상에 해당하지 아니하나, 면세농산물 등을 제조ㆍ가공한 후 수출하여 영세율이 적용되는 경우에 해당 사업자가 면세포기하면 의제매입세액공제 대상에 해당한다(부집 28-57-1 ). 따라서 면세를 포기하여 영세율을 적용받는 경우 제조ㆍ가공을 하였는지를 확인해서 의제매입세액공제 여부를 판단하여야 한다.

사업자가 임대용 부동산을 의료법인에 채무의 인수를 조건으로 부담부증여하고 면세로 처리하였다.

국세청 감사관실에서는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화는 면세이나 유상으로 공급하는 재화는 과세대상이므로 부담부증여를 원인으로 양도소득세를 신고한 경우 양도자의 부가가치세법상 사업자 여부를 확인하여 부가가치세 과세 여부 검토하여야 함에도 이를 누락하여 부가가치세를 부족징수하였다고 지적하였다.

재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다. 사업자가 공익단체에 무상으로 공급하는 재화는 부가가치세를 면제하나, 유상으로 공급하는 경우에는 부가가치세를 과세한다. 사업자의 공익법인에 부담부증여로 재화를 공급하는 경우 그 채무액에 상당하는 부분은 유상공급이므로 부가가치세가 과세되는 점에 유의해야 한다.

슈퍼를 운영하기 위하여 취득한 건물에 대한 매입세액을 부가가치세 신고 시 전액 공제대상 매입세액으로 하여 매출세액에서 공제하였다.

국세청 감사관실에서는 슈퍼는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자이므로 조기환급 검토 시 공통매입세액에 대하여 면세공급가액(또는 예정사용면적)을 확인하여 안분계산을 해서 매입세액이 과다공제되지 않도록 하라고 지적하였다.

약국, 슈퍼, 신문사, 잡지사 등은 대표적인 과세ㆍ면세 겸영사업자이다. 건물 등을 구입하여 과세사업과 면세사업에 함께 사용하는 경우 공통매입세액은 실지귀속에 따라 어떤 사업의 매입세액인지를 구분해야 하고, 실지귀속이 불분명한 공통매입세액은 안분계산해야 한다. 공통매입세액을 안분계산하는 경우 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있는 경우에는 다음 계산식에 따라 면세사업 등과 관련된 매입세액을 계산한다(도축업은 도축두수로 안분계산함). 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다(부령 §81 ①, 부칙 §54 ①). 총공급가액이란 공통매입세액에 관련된 과세사업의 공급가액과 면세사업(비과세사업 포함)의 수입금액 합계액을 말한다. 과세사업의 공급가액은 재화ㆍ용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준(영세율 과세표준 포함)의 합계액을 말하며, 면세사업(비과세사업 포함)의 공급가액은 면세사업의 수입금액 합계액을 말한다. 총괄납부사업자가 판매목적으로 타 사업장에 반출한 과세재화와 면세재화는 공통매입세액의 안분계산 시 공급가액에 포함하나, 공통매입세액과 관련이 없는 고정자산의 매각액은 공급가액에 포함하지 아니한다(서삼 46015-11127, 2002.7.5.; 부가 1265-1604, 1984.7.28.).

여러 개의 사업장이 있는 과세ㆍ면세 겸영사업자가 공통매입세액의 안분계산 시 사업자 전체의 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분계산하여 공통매입세액 중 면세사업의 매입세액을 계산하여 불공제 매입세액으로 신고하였다.

국세청 감사관실에서는 여러 개의 사업장이 있는 과세ㆍ면세 겸업사업자의 공통매입세액 안분계산은 사업장 단위별로 안분계산을 하여야 하는데도 사업자 전체의 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분계산함으로써 부가가치세를 부족징수하였다고 지적하였다.

여러 개의 사업장(건설업은 건설현장)이 있는 사업자의 공통매입세액은 해당 사업장(건설업은 건설현장) 단위의 공통매입세액과 관련된 사업부별로 구분하여 안분계산하되, 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액은 각 사업장의 공급가액의 합계액으로 안분계산한다(서면3팀-2329, 2004.11.16.). 사업자 단위 과세사업자가 각 사업장에서 동일한 업종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 각 사업장별로 안분계산한 후, 본점 또는 주사업장에서 이를 합산하여 신고한다(부가-814, 2009.6.15.).